Base-pair statistics (frequencies and scores together) (view)

predominant_types
Base-pair types shown in bold in the published table (most frequent).
covarying_types
Base-pair types marked * in the published table (involved in a covariation).
sequences
Number of sequences in the group.

2,975 rows where molecule = "16S" and strength = "Strong" sorted by position_1

✎ View and edit SQL

This data as json, CSV (advanced)

Suggested facets: reference_base_pair, DfDel

group_code 7

  • 3 425
  • A 425
  • B 425
  • C 425
  • E 425
  • M 425
  • T 425

conformation 6

tertiary_type 2

strength 1

  • Strong · 2,975 ✖

molecule 1

  • 16S · 2,975 ✖
molecule helix_number position_1 ▼ position_2 reference_base_pair conformation tertiary_type strength group_code GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap sequences predominant_types covarying_types Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1_C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc
16S 1 9 25 G:C cWW   Strong T 56.7 24.9 0.2 15.1 0.9 0.1 0.1 1.1 0.1   0.2     0.1 0.1   0.5 3661 GC,CG,AU GC,CG,UA,AU 32 27 12 0.41 0.94 0.97 1.91 0.97 0.98 0.52 0.64 0.0 0.43
16S 1 9 25 G:C cWW   Strong 3 65.7 31.5     0.8 0.1   0.8           0.1 0.2   0.6 2878 GC,CG GC,CG 16 9 3 0.24 0.94 0.98 1.92 0.98 0.99 0.93 1.03 0.0 0.4
16S 1 9 25 G:C cWW   Strong B 97.2       1.2 0.1   1.2           0.1 0.3   0.1 1946 GC GC,UG 13 7 1 0.1 0.02 0.0 0.02 0.97 0.98 1.86 1.85 0.0 0.33
16S 1 9 25 G:C cWW   Strong A   99.3       0.7                       148 CG   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.99 1.0 1.94 2.0 0.0 0.56
16S 1 9 25 G:C cWW   Strong C 97.6             1.6     0.8             123 GC   2 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.98 0.98 1.81 2.0 0.0 0.68
16S 1 9 25 G:C cWW   Strong E   97.1 0.1     0.3     0.1 0.1 0.1     0.1     2.0 784 CG CG,UA 3 2 2 0.8 0.14 0.0 0.14 0.99 0.99 1.73 1.95 0.02 0.73
16S 1 9 25 G:C cWW   Strong M 9.5 0.5 1.1 83.8 1.4   0.3 2.3 0.3   0.6           0.3 662 GC,AU,AC GC,CG,UA,AU 14 18 9 0.56 0.69 0.95 1.65 0.95 0.96 1.3 1.28 0.0 0.57
16S 1 10 24 A:U cWW   Strong T 14.6 3.2 20.7 58.4 1.9     0.2 0.1 0.1   0.4       0.2 0.3 3741 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU 33 22 8 0.29 0.93 0.97 1.9 0.97 0.99 0.44 0.56 0.0 0.44
16S 1 10 24 A:U cWW   Strong 3   3.9 26.1 66.9 1.9       0.1 0.1   0.5       0.1 0.3 2956 CG,UA,AU CG,UA,AU 20 12 5 0.31 0.92 0.97 1.89 0.97 0.99 0.76 0.96 0.0 0.41
16S 1 10 24 A:U cWW   Strong B       96.2 2.8       0.1     0.6       0.1   2016 AU,GU   14 8 1 0.09 0.01 0.0 0.01 0.96 0.99 1.73 1.9 0.0 0.34
16S 1 10 24 A:U cWW   Strong A   73.5 25.9     0.7                       147 CG,UA CG,UA 3 2 2 0.8 0.97 0.99 1.97 0.99 1.0 1.17 1.21 0.0 0.56
16S 1 10 24 A:U cWW   Strong C       100.0                           124 AU   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 2.0 2.0 0.0 0.68
16S 1 10 24 A:U cWW   Strong E   0.8 92.6 5.0           0.4   0.1 0.1       1.0 793 UA,AU CG,UA,AU 3 2 2 0.8 0.9 0.99 1.9 0.99 0.99 1.5 1.63 0.01 0.74
16S 1 10 24 A:U cWW   Strong M 82.5 0.8 0.2 12.5 2.1     0.9     0.2       0.2 0.5 0.3 663 GC,AU,GU GC,CG,UA,AU 13 10 3 0.26 0.78 0.96 1.74 0.96 0.98 1.26 1.26 0.0 0.57
16S 1 11 23 G:C cWW   Strong T 93.8 0.1 0.4 1.1 0.1     4.0     0.1       0.1   0.3 3799 GC,AC GC,CG,UA,AU 23 16 10 0.51 0.26 0.96 1.21 0.96 0.96 1.61 1.84 0.0 0.45
16S 1 11 23 G:C cWW   Strong 3 99.1     0.1       0.3             0.1   0.3 3010 GC GC,AU 7 4 1 0.18 0.23 1.0 1.23 1.0 1.0 1.91 1.95 0.0 0.42
16S 1 11 23 G:C cWW   Strong B 99.1     0.2       0.4                 0.1 2053 GC GC,AU 6 4 1 0.2 0.27 0.99 1.26 0.99 0.99 1.91 1.94 0.0 0.35
16S 1 11 23 G:C cWW   Strong A 100.0                                 151 GC   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 2.0 2.0 0.0 0.57
16S 1 11 23 G:C cWW   Strong C 99.2             0.8                   125 GC   1 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.99 0.99 1.93 2.0 0.0 0.69
16S 1 11 23 G:C cWW   Strong E 99.0                   0.1       0.1   0.7 806 GC   1 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 1.89 1.99 0.01 0.76
16S 1 11 23 G:C cWW   Strong M 68.9 0.5 2.1 5.4 0.5   0.2 21.3     0.2   0.2   0.5 0.2 0.3 666 GC,UA,AU,AC GC,CG,UA,AU 15 12 9 0.67 0.26 0.77 1.03 0.77 0.78 0.91 1.45 0.0 0.57
16S 1 12 22 U:G cWW   Strong T 23.1 0.6 0.9 0.2   68.2 0.2 1.0 0.1 4.9 0.1     0.2 0.1 0.2 0.4 3888 GC,UG,CA GC,AU,UG,CA 35 31 9 0.27 0.89 0.97 1.86 0.25 0.93 0.79 0.88 0.0 0.46
16S 1 12 22 U:G cWW   Strong 3 29.1 0.3 0.1 0.2   68.3   1.3 0.1   0.1     0.2 0.1 0.1 0.3 3095 GC,UG GC,AU,UG 11 13 6 0.5 0.93 0.98 1.91 0.3 0.98 0.95 1.07 0.0 0.43
16S 1 12 22 U:G cWW   Strong B   0.4       98.6     0.1         0.2 0.1 0.1 0.2 2131 UG   6 6 1 0.17 0.08 0.0 0.08 0.01 0.99 1.88 1.91 0.0 0.36
16S 1 12 22 U:G cWW   Strong A 90.6   0.7     8.1               0.7       149 GC,UG GC,UG 2 3 2 0.8 0.86 0.99 1.84 0.91 0.99 1.57 1.53 0.0 0.56
16S 1 12 22 U:G cWW   Strong C           99.2               0.8       126 UG   1 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.99 1.93 2.0 0.0 0.69
16S 1 12 22 U:G cWW   Strong E 93.9     0.6 0.1     4.8     0.1           0.4 815 GC,AC GC,AU 3 4 3 0.86 0.11 0.0 0.11 0.95 0.95 1.63 1.91 0.0 0.77
16S 1 12 22 U:G cWW   Strong M   1.9 5.1     62.0 1.0   0.3 28.4   0.1   0.1   0.6 0.3 669 UA,UG,CA UG,CA 23 18 3 0.15 0.75 0.91 1.66 0.07 0.69 0.97 0.99 0.0 0.57
16S 2 17 918 U:A cWW 3°: pseudoknot Strong T   0.1 98.3 0.1   0.4 0.1     0.1     0.1   0.2 0.2 0.4 3912 UA CG,UA,AU 13 16 7 0.48 0.15 0.0 0.15 0.99 0.99 1.92 1.9 0.0 0.46
16S 2 17 918 U:A cWW 3°: pseudoknot Strong 3     98.5     0.5       0.1     0.1   0.2 0.2 0.3 3123 UA   3 6 1 0.22 0.05 0.0 0.05 0.99 0.99 1.94 1.92 0.0 0.43
16S 2 17 918 U:A cWW 3°: pseudoknot Strong B     99.1     0.1             0.1     0.2 0.2 2163 UA   1 3 0 0.0 0.07 0.0 0.07 0.99 0.99 1.95 1.96 0.0 0.37
16S 2 17 918 U:A cWW 3°: pseudoknot Strong A     98.6     1.4                       148 UA   0 1 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.99 1.0 2.0 1.93 0.0 0.56
16S 2 17 918 U:A cWW 3°: pseudoknot Strong C     100.0                             117 UA   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 2.0 1.93 0.01 0.64
16S 2 17 918 U:A cWW 3°: pseudoknot Strong E     96.8 0.1   1.4       0.4         0.7 0.1 0.5 812 UA UA,AU 2 2 1 0.5 0.04 0.0 0.04 0.97 0.99 1.91 1.81 0.0 0.77
16S 2 17 918 U:A cWW 3°: pseudoknot Strong M   0.4 97.3 0.4   0.1 0.3     0.1     0.1 0.1 0.3 0.3 0.3 672 UA CG,UA,AU 10 10 6 0.6 0.38 0.98 1.36 0.98 0.99 1.82 1.83 0.0 0.58
16S 2 18 917 C:G cWW 3°: pseudoknot Strong T 0.6 92.5 3.9     0.6     0.3 1.7   0.1 0.1       0.2 3930 CG,UA GC,CG,UA 44 41 21 0.49 0.62 0.97 1.6 0.97 0.98 1.62 1.59 0.0 0.46
16S 2 18 917 C:G cWW 3°: pseudoknot Strong 3   92.8 3.9     0.7     0.2 2.1   0.1         0.2 3137 CG,UA,CA CG,UA 27 23 11 0.44 0.56 0.97 1.53 0.97 0.98 1.68 1.66 0.0 0.44
16S 2 18 917 C:G cWW 3°: pseudoknot Strong B   95.2 3.0     0.7     0.2 0.5   0.1         0.1 2163 CG,UA CG,UA 24 18 10 0.48 0.64 0.98 1.62 0.98 0.99 1.7 1.75 0.0 0.37
16S 2 18 917 C:G cWW 3°: pseudoknot Strong A   99.3       0.7                       149 CG   1 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.99 1.0 1.94 1.96 0.0 0.56
16S 2 18 917 C:G cWW 3°: pseudoknot Strong C   99.2             0.8                 118 CG   1 1 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.99 0.99 1.94 1.93 0.01 0.65
16S 2 18 917 C:G cWW 3°: pseudoknot Strong E   85.5 7.2     0.6       6.5             0.2 825 CG,UA,CA CG,UA 2 5 1 0.29 0.5 0.93 1.43 0.93 0.93 1.58 1.34 0.0 0.78
16S 2 18 917 C:G cWW 3°: pseudoknot Strong M 3.4 90.1 4.7 0.1   0.1 0.1   0.6 0.1     0.1     0.1 0.3 675 GC,CG,UA GC,CG,UA,AU 16 17 10 0.61 0.86 0.99 1.85 0.99 0.99 1.39 1.35 0.0 0.58
16S 2 19 916 A:U cWW 3°: pseudoknot Strong T 0.1 86.3 1.4 8.0   0.2 0.1   1.3 0.4 0.1 1.8   0.1     0.4 3959 CG,AU GC,CG,UA,AU 49 31 7 0.17 0.71 0.96 1.67 0.96 0.96 1.38 1.41 0.0 0.46
16S 2 19 916 A:U cWW 3°: pseudoknot Strong 3   85.3 0.9 9.6   0.3     1.2 0.3 0.1 2.2   0.1     0.2 3166 CG,AU,CU CG,UA,AU 32 16 1 0.04 0.72 0.96 1.68 0.96 0.96 1.39 1.41 0.0 0.44
16S 2 19 916 A:U cWW 3°: pseudoknot Strong B   79.9 0.3 13.9   0.4     1.7 0.2 0.1 3.2   0.1     0.2 2190 CG,AU,CU CG,UA,AU 32 13 1 0.04 0.72 0.94 1.66 0.94 0.95 1.29 1.34 0.0 0.37
16S 2 19 916 A:U cWW 3°: pseudoknot Strong A   100.0                               150 CG   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 2.0 1.96 0.0 0.57
16S 2 19 916 A:U cWW 3°: pseudoknot Strong C   91.5             8.5                 117 CG,AG   5 2 1 0.29 0.0 0.0 0.0 0.92 0.92 1.4 1.93 0.0 0.64
16S 2 19 916 A:U cWW 3°: pseudoknot Strong E   97.0 2.4             0.5             0.1 826 CG,UA CG,UA 0 3 0 0.0 0.83 0.99 1.83 0.99 0.99 1.82 1.79 0.0 0.78
16S 2 19 916 A:U cWW 3°: pseudoknot Strong M 0.4 90.7 4.4 1.9   0.1 0.3   0.4 0.9   0.1   0.3     0.3 676 CG,UA GC,CG,UA,AU 12 13 5 0.4 0.75 0.98 1.73 0.98 0.98 1.46 1.52 0.0 0.58
16S 3 27 556 G:C cWW   Strong T 71.0 3.4 2.3 18.6 0.3 0.1 2.0 0.8 0.2   0.2 0.1     0.1 0.5 0.4 4476 GC,CG,UA,AU,AA GC,CG,UA,AU 50 80 26 0.4 0.85 0.96 1.81 0.96 0.96 0.83 0.96 0.0 0.52
16S 3 27 556 G:C cWW   Strong 3 78.8 2.4 0.1 17.2 0.1   0.1 0.3     0.1       0.1 0.4 0.2 3638 GC,CG,AU GC,CG,UA,AU 16 13 8 0.55 0.94 0.99 1.93 0.99 0.99 1.09 1.28 0.0 0.51
16S 3 27 556 G:C cWW   Strong B 99.3             0.2     0.1       0.1   0.2 2600 GC   3 1 1 0.5 0.0 0.0 0.0 0.99 0.99 1.92 1.98 0.0 0.44
16S 3 27 556 G:C cWW   Strong A 63.9 29.7   1.3       3.2     1.3           0.6 155 GC,CG,AC GC,CG,AU 5 3 2 0.5 0.87 0.95 1.83 0.95 0.95 0.84 1.0 0.0 0.58
16S 3 27 556 G:C cWW   Strong C 97.7     1.5 0.8                         132 GC GC,AU 0 1 0 0.0 0.67 0.99 1.66 0.99 1.0 1.89 1.87 0.0 0.72
16S 3 27 556 G:C cWW   Strong E 21.0 4.9 0.2 70.8 0.5   0.6 0.1       0.1       1.8 0.1 883 GC,CG,AU GC,CG,UA,AU 8 9 5 0.59 0.9 0.97 1.86 0.97 0.97 0.83 0.98 0.0 0.84
16S 3 27 556 G:C cWW   Strong M 26.1 9.0 14.5 29.0 0.8 0.4 12.1 3.2 1.3 0.1 0.3 0.3 0.1 0.1 0.1 0.8 1.4 708 GC,CG,UA,AU,AA,AC GC,CG,UA,AU 34 66 18 0.36 0.71 0.8 1.51 0.8 0.81 0.2 0.04 0.01 0.6
16S 3 28 555 A:U cWW   Strong T 40.4 7.5 2.1 32.1 14.2 0.5 0.1 1.2   0.4 0.1 0.5     0.1 0.4 0.2 4977 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU 69 103 33 0.38 0.7 0.82 1.53 0.82 0.97 0.51 0.55 0.0 0.58
16S 3 28 555 A:U cWW   Strong 3 45.4 1.4   35.5 16.8     0.1     0.1 0.2       0.1 0.2 4137 GC,AU,GU GC,CG,AU 25 29 8 0.3 0.68 0.82 1.5 0.82 0.99 0.89 0.9 0.0 0.57
16S 3 28 555 A:U cWW   Strong B 51.4 0.2   46.9 1.0     0.1     0.1           0.1 3080 GC,AU GC,CG,AU 12 12 5 0.42 0.97 0.99 1.96 0.99 1.0 0.95 0.97 0.0 0.53
16S 3 28 555 A:U cWW   Strong A 56.5 28.0   1.2 11.3           1.2           1.8 168 GC,CG,GU GC,CG,AU 4 5 2 0.44 0.7 0.87 1.57 0.87 0.99 0.9 0.61 0.01 0.62
16S 3 28 555 A:U cWW   Strong C 94.0     3.8 1.5     0.8                   133 GC,AU GC,AU 5 6 2 0.36 0.62 0.98 1.6 0.98 0.99 1.68 1.61 0.0 0.73
16S 3 28 555 A:U cWW   Strong E 22.4 0.4 0.1 2.5 72.6 0.1   0.1       0.9 0.1     0.6 0.2 889 GC,AU,GU CG,UA,GU,AC 9 12 1 0.1 0.03 0.0 0.03 0.26 0.98 1.63 1.19 0.0 0.84
16S 3 28 555 A:U cWW   Strong M 1.6 44.3 14.5 17.5 1.0 3.5 0.8 7.9   3.1 0.1 2.1 0.1   0.4 2.7 0.3 709 CG,UA,AU,UG,AC,CA,CU,UU GC,CG,UA,AU 39 68 23 0.43 0.61 0.78 1.39 0.78 0.83 0.36 0.21 0.0 0.61
16S 3 29 554 U:A cWW   Strong T 7.5 2.4 36.6 46.9 0.5 1.1 0.2 1.1   0.4 0.4 0.7 0.1 0.1 0.2 0.6 1.1 5079 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU 103 125 48 0.42 0.9 0.94 1.84 0.94 0.96 0.39 0.48 0.01 0.59
16S 3 29 554 U:A cWW   Strong 3 7.7 2.4 36.3 51.0 0.2 0.5   0.1       0.1   0.1   0.3 1.2 4239 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU 43 48 27 0.59 0.97 0.98 1.95 0.98 0.99 0.43 0.55 0.01 0.58
16S 3 29 554 U:A cWW   Strong B 10.0   21.2 67.7 0.3     0.1       0.2 0.1     0.3   3182 GC,UA,AU GC,UA,AU 28 31 19 0.64 0.97 0.99 1.96 0.99 0.99 0.76 0.79 0.0 0.54
16S 3 29 554 U:A cWW   Strong A 1.1 56.5 26.0 1.7   10.2               2.8     1.7 177 CG,UA,UG,GG GC,CG,UA,AU 13 11 6 0.5 0.69 0.87 1.56 0.87 0.97 0.62 1.06 0.01 0.66
16S 3 29 554 U:A cWW   Strong C 1.5     93.3 3.7                     1.5   134 AU,GU GC,AU 3 1 1 0.5 0.22 0.95 1.17 0.95 0.98 1.61 1.91 0.0 0.74
16S 3 29 554 U:A cWW   Strong E 0.5   92.7 0.2 0.2 0.6       0.1 0.1         0.2 5.3 880 UA GC,UA,AU 2 6 2 0.5 0.35 0.99 1.34 0.99 0.99 1.5 1.82 0.04 0.79
16S 3 29 554 U:A cWW   Strong M 7.8 3.4 45.9 13.6 1.4 4.9 1.0 7.8 0.1 2.3 2.8 4.2 0.3   1.4 2.7 0.4 708 GC,CG,UA,AU,UG,AC,CA,CC,CU,UU GC,CG,UA,AU 57 76 20 0.3 0.46 0.71 1.17 0.71 0.77 0.32 0.25 0.0 0.61
16S 3 30 553 U:A cWW   Strong T 7.3 33.6 34.0 22.1 0.6 1.2 0.2 0.2   0.2   0.1 0.2 0.1   0.1 0.2 5157 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU 98 108 65 0.63 0.96 0.97 1.93 0.97 0.99 0.14 0.21 0.0 0.6
16S 3 30 553 U:A cWW   Strong 3 1.4 40.1 35.8 20.0 0.3 1.4 0.2     0.2   0.1 0.1       0.1 4314 CG,UA,AU GC,CG,UA,AU 55 60 37 0.64 0.96 0.97 1.93 0.97 0.99 0.35 0.41 0.0 0.6
16S 3 30 553 U:A cWW   Strong B 0.1 50.4 47.0     1.6 0.1   0.1 0.3   0.1 0.1     0.1   3238 CG,UA GC,CG,UA 41 47 27 0.61 0.95 0.98 1.93 0.98 0.99 0.94 0.96 0.0 0.55
16S 3 30 553 U:A cWW   Strong A 28.1 50.6 14.0 1.1   5.6             0.6         178 GC,CG,UA,UG GC,CG,UA,AU 8 8 6 0.75 0.88 0.94 1.81 0.94 0.99 0.45 0.48 0.0 0.67
16S 3 30 553 U:A cWW   Strong C   2.2 92.5 1.5   0.7             3.0         134 CG,UA,GA CG,UA,AU 4 3 1 0.29 0.5 0.96 1.46 0.96 0.97 1.49 1.68 0.0 0.74
16S 3 30 553 U:A cWW   Strong E 0.7 0.7   95.8 1.7   0.4 0.1           0.1     0.6 898 AU GC,CG,AU 6 5 4 0.73 0.36 0.98 1.34 0.98 0.99 1.72 1.85 0.01 0.85
16S 3 30 553 U:A cWW   Strong M 44.6 0.3 11.5 39.2 2.1 0.1 0.1 1.0   0.3   0.1   0.1   0.1 0.3 711 GC,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU 39 45 27 0.64 0.93 0.96 1.89 0.96 0.98 0.52 0.58 0.0 0.61
16S 3 32 552 A:U cWW   Strong T 0.5 0.2 27.4 70.3 0.2   0.1   0.1 0.1   0.1   0.5   0.2 0.4 5253 UA,AU GC,CG,UA,AU 23 28 12 0.47 0.95 0.99 1.94 0.99 0.99 1.0 1.09 0.0 0.61
16S 3 32 552 A:U cWW   Strong 3 0.6   19.1 78.7 0.3   0.1         0.1   0.5   0.2 0.3 4408 UA,AU GC,UA,AU 13 14 5 0.37 0.94 0.99 1.92 0.99 0.99 1.15 1.25 0.0 0.61
16S 3 32 552 A:U cWW   Strong B     0.2 98.8 0.4   0.1 0.1       0.1       0.2 0.1 3333 AU UA,AU 6 7 1 0.15 0.14 0.0 0.14 0.99 0.99 1.89 1.92 0.0 0.57
16S 3 32 552 A:U cWW   Strong A 1.1     98.3               0.6           178 AU GC,AU 1 1 1 1.0 0.67 0.99 1.66 0.99 0.99 1.87 1.93 0.0 0.67
16S 3 32 552 A:U cWW   Strong C       100.0                           135 AU   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 2.0 2.0 0.0 0.74
16S 3 32 552 A:U cWW   Strong E 2.6 0.1 93.1       0.1     0.1   0.1   2.7 0.1 0.1 1.0 897 GC,UA,GG UA,CU,GG 6 6 3 0.5 0.47 0.97 1.44 0.97 0.97 1.56 1.61 0.01 0.84
16S 3 32 552 A:U cWW   Strong M   1.1 84.3 12.5 0.1   0.3   0.3 0.3     0.1   0.1 0.4 0.4 712 UA,AU CG,UA,AU 10 14 7 0.58 0.89 0.98 1.87 0.98 0.98 1.27 1.33 0.0 0.61
16S 3 33 551 A:U cWW   Strong T 0.1 5.5 9.3 84.1 0.4                     0.1 0.5 5282 CG,UA,AU GC,CG,UA,AU 20 22 11 0.52 0.96 0.99 1.96 0.99 1.0 1.17 1.25 0.0 0.62
16S 3 33 551 A:U cWW   Strong 3   3.0 1.1 95.2 0.2                       0.2 4439 CG,AU CG,UA,AU 11 10 5 0.48 0.92 1.0 1.92 1.0 1.0 1.65 1.72 0.0 0.62
16S 3 33 551 A:U cWW   Strong B       99.6 0.2                         3361 AU   4 1 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 1.96 1.97 0.0 0.57
16S 3 33 551 A:U cWW   Strong A   71.6 27.3             0.5             0.5 183 CG,UA CG,UA 5 6 3 0.55 0.98 0.99 1.98 0.99 0.99 1.16 1.17 0.0 0.69
16S 3 33 551 A:U cWW   Strong C     1.5 97.8               0.7           135 AU UA,AU 1 0 0 0.0 0.67 0.99 1.66 0.99 0.99 1.83 1.91 0.0 0.74
16S 3 33 551 A:U cWW   Strong E 0.2     98.3 0.1     0.1 0.1               1.1 895 AU GC,AU 2 3 2 0.8 0.4 1.0 1.4 1.0 1.0 1.87 1.94 0.01 0.84
16S 3 33 551 A:U cWW   Strong M 0.4 22.2 62.2 11.5 1.4   0.3     0.1     0.1     0.3 1.3 712 CG,UA,AU GC,CG,UA,AU 8 12 6 0.6 0.94 0.98 1.92 0.98 0.99 0.55 0.62 0.0 0.6
16S 3 34 550 C:G cWW   Strong T 0.9 69.8 0.9 9.4 0.4 17.0   0.3 0.2   0.1 0.1   0.3   0.1 0.3 5366 CG,AU,UG GC,CG,UA,AU 68 55 28 0.46 0.38 0.81 1.19 0.81 0.99 0.74 1.37 0.0 0.63
16S 3 34 550 C:G cWW   Strong 3   78.2 0.6     20.0     0.2   0.1 0.1   0.4     0.3 4520 CG,UG CG,UA 22 12 5 0.29 0.03 0.0 0.03 0.79 0.99 1.18 1.9 0.0 0.63
16S 3 34 550 C:G cWW   Strong B   98.6 0.3     0.1     0.3   0.1 0.1   0.3     0.2 3444 CG CG,UA 8 8 3 0.38 0.29 0.99 1.28 0.99 0.99 1.89 1.92 0.0 0.59
16S 3 34 550 C:G cWW   Strong A   29.0       71.0                       183 CG,UG   4 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.29 1.0 1.13 2.0 0.0 0.69
16S 3 34 550 C:G cWW   Strong C   98.5       0.7       0.7               136 CG   1 1 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.98 0.99 1.94 1.95 0.0 0.75
16S 3 34 550 C:G cWW   Strong E   9.6 1.8 0.2 0.1 86.5           0.2   0.7     0.9 893 CG,UG UG,CU 10 4 2 0.29 0.02 0.0 0.02 0.12 0.99 1.36 1.78 0.01 0.84
16S 3 34 550 C:G cWW   Strong M 6.7 11.3 2.9 71.0 3.2 0.6 0.3 2.4       0.1 0.1     0.7 0.6 714 GC,CG,UA,AU,GU,AC GC,CG,UA,AU 45 42 23 0.53 0.74 0.93 1.66 0.93 0.96 0.76 0.91 0.0 0.61
16S 3 36 548 C:G cWW   Strong T   88.7 9.2     0.7 0.1   0.1 0.3 0.1 0.1   0.2     0.4 5516 CG,UA CG,UA 55 59 30 0.53 0.85 0.98 1.83 0.98 0.99 1.45 1.52 0.0 0.65
16S 3 36 548 C:G cWW   Strong 3   96.8 1.8     0.2     0.1 0.2 0.2 0.1   0.2     0.4 4632 CG CG,UA 13 15 6 0.43 0.67 0.99 1.66 0.99 0.99 1.78 1.82 0.0 0.64

Next page

Advanced export

JSON shape: default, array, newline-delimited

CSV options: 

CREATE VIEW basepair_combined as
select f.molecule, f.helix_number, f.position_1, f.position_2,
       f.reference_base_pair, f.conformation, f.tertiary_type, f.strength, f.group_code,
       f.GC, f.CG, f.UA, f.AU, f.GU, f.UG, f.AA, f.AC, f.AG, f.CA, f.CC, f.CU, f.GA, f.GG, f.UC, f.UU, f.gap, f.Seq as sequences,
       f.predominant_types, f.covarying_types,
       s.Xch, s.Ych, s.PE, s.PES, s.Cov1, s.Cov3, s."C1+C3" as C1_C3,
       s.WC, s.WCGU, s.XCons, s.YCons, s.DfDel, s.PNuc
from basepair_frequency f
left join basepair_collective_score s
  on s.molecule = f.molecule and s.position_1 = f.position_1
 and s.position_2 = f.position_2 and s.group_code = f.group_code;