Base-pair statistics (frequencies and scores together) (view)

predominant_types
Base-pair types shown in bold in the published table (most frequent).
covarying_types
Base-pair types marked * in the published table (involved in a covariation).
sequences
Number of sequences in the group.

61 rows where group_code = "T", molecule = "23S" and strength = "Weak" sorted by position_1

✎ View and edit SQL

This data as json, CSV (advanced)

Suggested facets: reference_base_pair, AA, AC, AG, CA, CC, CU, GA, GG, UC, UU, covarying_types, PE, Cov3, WCGU, DfDel

conformation 3

tertiary_type 2

strength 1

  • Weak · 61 ✖

molecule 1

  • 23S · 61 ✖

group_code 1

molecule helix_number position_1 ▼ position_2 reference_base_pair conformation tertiary_type strength group_code GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap sequences predominant_types covarying_types Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1_C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc
23S 1 8 2895 C:G cWW   Weak T 4.9 21.6 31.6 3.3 0.6 15.5 1.8 0.6   3.0 0.3     0.3   0.6 15.7 329 GC,CG,UA,AU,UG,CA GC,CG,UA,AU 31 29 7 0.23 0.57 0.73 1.3 0.73 0.92 -0.23 -0.26 0.0 0.27
23S 6.1 66 88 C:G cWW 3°: pseudoknot Weak T 0.1 49.5 1.5 0.5 0.1 0.8 0.1   0.9 0.1 0.3   0.3 0.3 0.3 0.3 44.8 740 CG GC,CG,UA,AU 15 8 3 0.26 0.38 0.94 1.32 0.94 0.95 -0.29 -0.15 0.12 0.39
23S 10 158 168 U:G cWW   Weak T 0.9 1.2 13.2 0.8   36.6 1.2 0.3 2.1 0.9 0.5   0.4 0.1 0.3 0.3 41.1 759 UA,UG,AG GC,UG,AA 18 23 8 0.39 0.1 0.0 0.1 0.27 0.9 -0.27 -0.52 0.01 0.43
23S 16 274 363 C:G cWW   Weak T 2.3 3.7 4.7 0.2 0.3 2.2 1.3 1.9 0.6 0.8 1.3 0.5 0.8 0.1 0.7 2.6 76.1 872 GC,CG,UA,UG,UU GC,CG,UA,AU 32 17 4 0.16 0.32 0.46 0.78 0.46 0.56 -0.97 -0.85 0.16 0.2
23S 18 281 359 C:G cWW   Weak T 6.2 5.6 3.1 7.4 4.5 2.8 1.6 7.5 0.8 0.6 0.9 2.0 0.7 1.5 0.7 2.5 51.7 869 GC,CG,UA,AU,GU,UG,AC,CU,UU CG,UA,GU,AC 41 56 13 0.27 0.32 0.43 0.75 0.46 0.61 -0.97 -0.87 0.09 0.4
23S 18 284 356 U:G cWW   Weak T 5.7 15.1 4.4 6.3 3.4 3.8 2.8 4.3 1.5 1.6 2.1 0.8 0.7 1.4 3.7 4.1 38.3 870 GC,CG,UA,AU,GU,UG,AA,AC,CC,UC,UU GC,CG,UA,AU 73 65 23 0.33 0.35 0.51 0.86 0.51 0.63 -0.91 -0.88 0.0 0.51
23S 18 293 347 U:A cWW   Weak T 6.1 1.4 35.2 2.7 1.1 2.4 2.8 1.1 1.5 2.4 0.6 1.0 1.8 1.5 2.1 1.8 34.7 888 GC,UA,AU,UG,AA,CA,UC GC,CG,UA,AU 52 48 20 0.4 0.34 0.69 1.03 0.69 0.75 -0.58 -0.56 0.01 0.56
23S 20 327 335 G:C cWW   Weak T 71.8 0.2   1.8       0.1             0.3   25.7 891 GC GC,CG,AU 3 1 1 0.5 0.82 0.99 1.81 0.99 0.99 0.49 0.52 0.0 0.63
23S 21 378 396 C:G cWW   Weak T 1.2 38.0 1.2 1.1 0.9 32.4     0.2     0.6     0.1   24.3 893 CG,UG GC,CG,UA,AU 25 15 11 0.55 0.1 0.0 0.1 0.55 0.99 -0.24 0.36 0.0 0.65
23S 21 382 392 A:U cWW   Weak T 2.7 1.1 0.7 22.9 11.3 0.1 0.7 6.9 0.1 0.1   0.2 0.1   0.1 27.4 25.5 894 GC,AU,GU,AC,UU CG,AC,GA,UU 28 18 7 0.3 0.17 0.0 0.17 0.37 0.52 -0.54 0.05 0.0 0.64
23S 25 538 555 A:G cWW 3°: base pair Weak T 11.9 0.6 0.3 3.7 6.4 3.1 2.7   43.4     0.1 0.1 0.2   1.4 26.1 881 GC,AU,GU,UG,AA,AG GC,AG,UU 16 29 6 0.27 0.43 0.77 1.2 0.22 0.35 -0.24 -0.4 0.0 0.62
23S 25.1 564 577 C:G cWW   Weak T 0.1 97.6 0.2 0.1 0.1       0.1   0.2 0.2         1.2 888 CG CG,UA,GU 3 4 1 0.29 0.4 0.99 1.39 0.99 0.99 1.81 1.78 0.0 0.84
23S 27 600 657 G:U cWW   Weak T 20.1   0.1 1.0 54.1                       24.7 882 GC,GU UA,GU 4 6 1 0.2 0.01 0.0 0.01 0.28 1.0 0.6 0.05 0.0 0.64
23S 31 641 647 U:G cWW   Weak T   6.2 2.0     39.9 0.1   0.1     0.2 0.2   0.1 0.2 50.8 883 CG,UA,UG UG,CU,GA 16 10 3 0.23 0.05 0.0 0.05 0.17 0.98 -0.33 -0.2 0.0 0.41
23S 32 671 809 C:G cWW   Weak T   97.6 0.1 1.1 0.1 0.1   0.1                 0.8 845 CG CG,UA,AU 2 3 1 0.4 0.77 1.0 1.77 1.0 1.0 1.84 1.8 0.0 0.8
23S 33 687 775 C:G No BP   Weak T   95.8 0.2 0.9   1.2   0.1 0.3 0.1 0.1 0.3 0.1 0.3     0.3 886 CG CG,UA,AU 11 7 0 0.0 0.29 0.97 1.27 0.97 0.98 1.72 1.8 0.0 0.84
23S 33 695 767 G:U cWW   Weak T 6.2 0.5 2.3 13.3 74.6 1.8 0.5 0.5               0.5   887 GC,UA,AU,GU CG,UA,GU,AC 39 45 22 0.52 0.12 0.0 0.12 0.22 0.99 1.11 1.32 0.0 0.85
23S 34 703 729 U:G No BP   Weak T   15.1 0.1 0.1 0.1 71.4 0.2   5.1 0.1   0.1   0.6     7.1 887 CG,UG,AG GU,UG,AA 40 4 1 0.04 0.02 0.0 0.02 0.17 0.93 0.55 1.49 0.01 0.79
23S 34 707 724 G:U cWW   Weak T 0.9 0.2 0.6 3.7 67.6 0.2 0.1 0.2 0.1     0.2       0.1 25.9 887 AU,GU CG,UA,GU,AC 13 7 1 0.1 0.16 0.0 0.16 0.07 0.99 0.31 0.5 0.0 0.63
23S 37 826 831 U:G cWW   Weak T   20.1 2.0 0.5 0.1 73.8       0.4       0.1 0.1 0.1 2.8 856 CG,UA,UG AU,UG,CA 15 8 3 0.26 0.04 0.0 0.04 0.23 0.99 0.99 1.51 0.0 0.8
23S 42 1051 1108 G:U cWW   Weak T 27.7 5.2 0.6 31.5 13.6 0.1 0.1 0.2 0.2 0.1   0.1 0.2   0.1 0.6 19.4 858 GC,CG,AU,GU GC,CG,UA,AU 24 17 6 0.29 0.68 0.81 1.49 0.81 0.98 -0.2 -0.14 0.01 0.66
23S 46 1215 1234 G:U cWW   Weak T 0.3   0.5 1.4 66.1     3.2     0.1       0.1 1.0 27.2 871 GU,AC UA,GU,AC 12 4 1 0.12 0.55 0.96 1.51 0.03 0.94 0.25 0.36 0.0 0.61
23S 54 1415 1587 U:G cWW   Weak T 7.1 6.4 7.6 1.3 3.7 9.8 3.0   0.7 1.3 0.1 0.2 5.5 3.9 0.2 5.8 43.3 857 GC,CG,UA,GU,UG,AA,GA,GG,UU GC,UG,AA,CU 41 22 7 0.22 0.22 0.36 0.58 0.4 0.63 -0.78 -0.93 0.04 0.47
23S 56 1436 1556 G:C cWW   Weak T 37.8 0.7 1.7 3.3 14.4 0.3 2.4 1.7 0.3 0.1 0.1 0.6 2.2 0.2 1.4 0.8 31.7 860 GC,AU,GU,AA,GA GC,CG,UA,AU 27 37 11 0.34 0.19 0.0 0.19 0.64 0.85 -0.22 -0.49 0.0 0.56
23S 56 1440 1551 U:A cWW   Weak T 6.2 11.9 2.8 10.7 17.9 2.9 1.4 1.3 0.7 0.5 0.6 2.3 0.1 0.7 1.3 0.9 37.7 859 GC,CG,UA,AU,GU,UG,CU CG,UA,GU,AC 53 48 14 0.28 0.36 0.55 0.91 0.51 0.84 -0.87 -0.75 0.01 0.51
23S 57 1445 1466 G:U cWW   Weak T 1.5 4.3 0.1 1.6 35.1 3.1 0.1 3.3 0.5 1.0 0.9 0.6 0.2 3.0 0.3 3.1 41.0 861 CG,GU,UG,AC,GG,UU CG,UA,GU,AC 34 24 14 0.48 0.32 0.73 1.05 0.13 0.78 -0.63 -0.55 0.03 0.48
23S 58 1468 1524 U:G cWW   Weak T 7.1 10.6 3.7 2.6 1.0 10.8 4.5 0.5 8.4 0.2 0.2 1.3 4.4 2.9 0.2 4.1 37.4 861 GC,CG,UA,AU,UG,AA,AG,GA,GG,UU GC,UG,AA,CU 46 35 8 0.2 0.25 0.38 0.63 0.38 0.57 -0.93 -0.79 0.01 0.52
23S 58 1478 1513 G:U cWW   Weak T 17.9 2.0 0.9 3.5 22.0 0.8 1.9 0.2 0.5 4.8 1.0   1.6 1.9 0.1   40.8 860 GC,CG,AU,GU,CA GU,UG,AC,CA 21 41 8 0.26 0.16 0.0 0.16 0.41 0.8 -0.51 -0.85 0.01 0.49
23S 58 1481 1510 U:G cWW   Weak T 2.7 3.1 1.2 0.6 1.7 3.7 0.3 0.2 0.1 1.0 0.8 12.3 0.2 0.5   0.5 70.9 861 GC,CG,UG,CU GC,UG,AA,CU 21 22 4 0.19 0.4 0.66 1.06 0.26 0.45 -0.83 -0.92 0.05 0.24
23S 58 1483 1506 G:U cWW   Weak T 18.7 4.2 12.1 2.6 3.8 3.6 0.1 0.2   4.5 0.1 0.1 6.9 2.2 0.1 0.7 40.0 861 GC,CG,UA,AU,GU,UG,CA,GA,GG GC,CG,UA,AU 42 39 14 0.35 0.46 0.63 1.08 0.63 0.75 -0.72 -0.88 0.02 0.49
23S 63 1707 1751 G:U cWW   Weak T 19.0 1.4   7.8 41.4     0.1     0.6   0.4       29.2 833 GC,AU,GU CG,GU,AC 21 35 10 0.36 0.05 0.0 0.05 0.4 0.98 0.06 -0.18 0.0 0.56
23S 64 1770 1982 G:U cWW   Weak T 10.8 41.4 2.8 4.3 30.8 8.0 0.1   0.1 0.1   0.9 0.2       0.3 809 GC,CG,UA,AU,GU,UG CG,UA,GU 28 35 8 0.25 0.58 0.75 1.33 0.6 0.98 0.37 0.44 0.0 0.77
23S 65 1775 1789 U:A tHS   Weak T   1.0 97.3 0.4     0.1               0.5 0.8   842 UA CG,UA,AU 3 7 1 0.2 0.48 0.99 1.46 0.99 0.99 1.88 1.79 0.0 0.81
23S 66 1799 1820 G:U No BP   Weak T 22.1   0.1 0.6 73.2     0.1         0.4       3.5 842 GC,GU UA,GU,AC 3 10 1 0.15 0.01 0.0 0.01 0.24 0.99 1.63 0.93 0.0 0.78
23S 66 1803 1814 A:G tHS 3°: base pair Weak T 0.5 0.4 0.6 1.5 20.2 0.1 7.6 2.6 37.5 0.2 0.1 0.1       0.2 28.2 840 GU,AA,AC,AG UA,GU,AG,CC 9 27 4 0.22 0.61 0.81 1.43 0.04 0.33 -0.16 -0.58 0.02 0.58
23S 68 1835 1905 G:C cWW   Weak T 98.1   0.1   0.5               0.1       1.2 851 GC GC,UA 1 3 1 0.5 0.17 0.0 0.17 0.99 1.0 1.86 1.82 0.0 0.81
23S 68 1841 1901 U:A cWW   Weak T     98.5       0.2     0.1             1.2 852 UA   2 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 1.85 1.88 0.0 0.81
23S 68 1842 1898 G:U cWW   Weak T 0.9       97.3             0.1 0.2 0.1     1.3 852 GU   2 8 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.99 1.86 1.76 0.0 0.81
23S 68 1851 1891 U:G cWW   Weak T   0.3 1.3     65.5 0.7   0.1 0.2 0.1   0.3 0.2 0.6 0.1 30.4 867 UG UG,AA,CC 7 10 5 0.59 0.2 0.0 0.2 0.02 0.96 0.34 0.28 0.0 0.58
23S 69 1907 1923 G:U cWW   Weak T 0.7 0.2   0.1 97.6               0.1       1.2 850 GU CG,GU 2 5 1 0.29 0.2 0.0 0.2 0.01 1.0 1.85 1.8 0.0 0.8
23S 69 1911 1919 U:A No BP   Weak T     97.9             0.5           0.1 1.5 852 UA   2 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.99 0.99 1.82 1.86 0.0 0.8
23S 71 1945 1961 G:C cWW   Weak T 97.3   0.1 0.1 0.1   0.1 0.2     0.2   1.7       0.1 848 GC GC,AA 5 7 2 0.33 0.04 0.0 0.04 0.98 0.98 1.92 1.83 0.0 0.81
23S 71 1947 1959 C:G cWW   Weak T 0.1 84.4 2.6 0.1 0.2 11.9                   0.4 0.2 848 CG,UA,UG CG,UA,GU 12 5 4 0.47 0.18 0.0 0.18 0.88 1.0 1.35 1.72 0.0 0.81
23S 73 2056 2612 G:C cWW   Weak T 70.7     18.7     7.6 0.7 0.3   0.1   1.9         726 GC,AU,AA GC,AU 8 7 2 0.27 0.64 0.89 1.53 0.89 0.89 1.09 0.84 0.0 0.69
23S 74 2065 2445 C:G cWW   Weak T   98.0 1.1     0.6                     0.3 832 CG CG,UA 2 1 1 0.67 0.64 0.99 1.64 0.99 1.0 1.85 1.87 0.0 0.79
23S 74 2075 2434 U:A No BP   Weak T   0.1 97.8     0.4 0.2         0.1     0.2 1.2   845 UA CG,UA 4 8 3 0.5 0.05 0.0 0.05 0.98 0.98 1.94 1.83 0.0 0.81
23S 75 2077 2243 A:U cWW   Weak T 0.1     98.6 0.1 0.1 0.1         0.1 0.1     0.4 0.3 845 AU AU,UG,GA 4 2 1 0.33 0.22 0.99 1.21 0.99 0.99 1.86 1.93 0.0 0.81
23S 76 2100 2189 G:U cWW   Weak T 7.3 0.6 2.2 4.4 47.9 3.9 0.7         0.2   0.5   0.5 31.7 847 GC,UA,AU,GU,UG GU,UG,AA 23 26 6 0.24 0.23 0.77 1.0 0.21 0.97 -0.17 -0.29 0.0 0.55
23S 76 2109 2180 U:U cWW 3°: base pair Weak T 18.1   3.9 0.5 0.1 1.2 0.1     0.4   0.4     0.6 42.7 32.0 847 GC,UA,UU GC,CA,UU 13 12 4 0.32 0.73 0.9 1.63 0.33 0.35 -0.22 -0.41 0.0 0.55
23S 77 2120 2178 G:C cWW   Weak T 30.1 0.8 0.7 14.3 21.1               0.1     0.9 31.8 847 GC,AU,GU GC,CG,UA,AU 20 16 7 0.39 0.42 0.67 1.09 0.67 0.98 -0.21 -0.33 0.0 0.55
23S 78 2136 2155 G:U cWW   Weak T 3.4 4.7 2.1 12.3 18.9 0.1 1.2 0.5 0.1 0.7   0.1 1.2 0.2   0.2 54.2 847 GC,CG,UA,AU,GU CG,UA,GU,AC 41 44 17 0.4 0.27 0.57 0.84 0.49 0.91 -0.82 -0.71 0.01 0.37
23S 78 2143 2148 C:G cWW   Weak T   31.7   0.1 0.2 13.1       0.1             54.7 848 CG,UG CG,GU 8 3 1 0.18 0.02 0.0 0.02 0.7 1.0 -0.51 -0.16 0.0 0.37
23S 80 2249 2255 U:G No BP   Weak T     4.1     94.6       0.6       0.4 0.1 0.1 0.1 845 UA,UG UG,CA 2 10 1 0.17 0.11 0.0 0.11 0.04 0.99 1.91 1.68 0.0 0.81
23S 83 2291 2341 U:G cWW   Weak T 2.7 6.8 3.7 0.2   54.7     0.1 0.2     0.2   0.1   31.1 848 GC,CG,UA,UG GC,AU,UG,CA 11 13 5 0.42 0.23 0.84 1.07 0.2 0.99 -0.04 0.07 0.0 0.56
23S 85.1 2328 2387 A:U cWW 3°: pseudoknot Weak T     0.1 68.4       0.5                 31.0 848 AU UA,AU 1 24 1 0.08 0.2 0.0 0.2 0.99 0.99 0.47 0.74 0.18 0.56
23S 86 2351 2366 G:A cWW 3°: base pair Weak T 4.9 0.8 10.5 4.6 1.1 0.2 26.9 0.8 0.1 1.6   0.1 40.8 0.1 0.6 0.4 6.4 849 GC,UA,AU,AA,GA CG,AU,GA,UC 59 28 12 0.28 0.11 0.0 0.11 0.22 0.24 0.14 0.78 0.01 0.76
23S 89 2455 2496 G:C cWW   Weak T 45.7 30.0   3.7 20.3     0.1     0.1     0.1       828 GC,CG,AU,GU GC,CG,AU 10 8 3 0.33 0.62 0.79 1.41 0.79 1.0 0.9 0.47 0.0 0.79
23S 89 2460 2490 U:G cWW   Weak T       1.2   81.3 0.2 0.1       0.1     0.1 16.5 0.3 828 UG,UU AU,UG 1 3 0 0.0 0.07 0.0 0.07 0.01 0.83 1.85 1.25 0.0 0.79
23S 93 2592 2601 G:C cWW   Weak T 97.3     0.4 0.8           0.3   0.4 0.1 0.1   0.5 734 GC GC,AU 3 7 0 0.0 0.19 0.0 0.19 0.98 0.99 1.92 1.78 0.01 0.7
23S 95 2652 2668 C:G cWW   Weak T 1.2 37.4 9.6 7.5 1.0 16.8 0.3 0.3 0.1 12.6 4.2 0.1     7.5 1.1 0.3 736 CG,UA,AU,UG,CA,CC,UC GC,CG,UA,AU 50 46 21 0.44 0.29 0.56 0.85 0.56 0.74 0.58 0.3 0.0 0.7
23S 96 2696 2711 U:A cWW   Weak T   2.6 55.4 0.1   8.5       1.4   1.0     0.1 1.5 29.3 727 CG,UA,UG CG,UA,AU 8 13 5 0.48 0.18 0.0 0.18 0.82 0.94 0.27 -0.07 0.0 0.49

Advanced export

JSON shape: default, array, newline-delimited

CSV options: 

CREATE VIEW basepair_combined as
select f.molecule, f.helix_number, f.position_1, f.position_2,
       f.reference_base_pair, f.conformation, f.tertiary_type, f.strength, f.group_code,
       f.GC, f.CG, f.UA, f.AU, f.GU, f.UG, f.AA, f.AC, f.AG, f.CA, f.CC, f.CU, f.GA, f.GG, f.UC, f.UU, f.gap, f.Seq as sequences,
       f.predominant_types, f.covarying_types,
       s.Xch, s.Ych, s.PE, s.PES, s.Cov1, s.Cov3, s."C1+C3" as C1_C3,
       s.WC, s.WCGU, s.XCons, s.YCons, s.DfDel, s.PNuc
from basepair_frequency f
left join basepair_collective_score s
  on s.molecule = f.molecule and s.position_1 = f.position_1
 and s.position_2 = f.position_2 and s.group_code = f.group_code;