Base-pair statistics (frequencies and scores together) (view)

predominant_types
Base-pair types shown in bold in the published table (most frequent).
covarying_types
Base-pair types marked * in the published table (involved in a covariation).
sequences
Number of sequences in the group.

47 rows where group_code = "T", molecule = "16S" and strength = "Weak" sorted by position_1

✎ View and edit SQL

This data as json, CSV (advanced)

Suggested facets: helix_number, reference_base_pair, GC, CG, UA, AU, GU, UG, AA, AC, AG, CA, CC, CU, GA, GG, UC, UU, gap, predominant_types, covarying_types, PE, PES, Cov3, WC, WCGU, DfDel, PNuc

conformation 4

tertiary_type 2

strength 1

  • Weak · 47 ✖

molecule 1

  • 16S · 47 ✖

group_code 1

molecule helix_number position_1 ▼ position_2 reference_base_pair conformation tertiary_type strength group_code GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap sequences predominant_types covarying_types Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1_C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc
16S 1 13 21 U:G No BP   Weak T   0.1 8.8 0.1   88.5 0.1   1.5 0.1     0.1 0.1   0.3 0.5 3890 UA,UG UG,AA 14 68 3 0.07 0.02 0.0 0.02 0.09 0.98 1.8 1.5 0.0 0.46
16S 3 35 549 G:C cWW   Weak T 82.3 0.1 0.3 4.1 10.8     1.2   0.1 0.3   0.1   0.2 0.1 0.3 5420 GC,AU,GU GC,CG,UA,AU 75 71 20 0.27 0.26 0.87 1.13 0.87 0.98 1.57 1.35 0.0 0.63
16S 3 37 547 U:A tWS   Weak T     97.5 0.1   0.7 0.2     0.9     0.2   0.1 0.1 0.3 5551 UA UA,AU 34 24 5 0.17 0.06 0.0 0.06 0.98 0.99 1.85 1.89 0.0 0.65
16S 4 39 403 G:C cWW   Weak T 67.3 0.2 13.1 1.2 1.0 0.2 0.3 0.3   0.6 0.3 0.1 14.2 0.1 0.3 0.6 0.5 5839 GC,UA,GA GC,CG,UA,AU 95 98 28 0.29 0.45 0.82 1.27 0.82 0.83 1.17 0.93 0.0 0.68
16S 5 54 357 C:G cWW   Weak T   99.0 0.3     0.3     0.1 0.1               6225 CG CG,UA 12 6 2 0.22 0.29 0.99 1.28 0.99 1.0 1.92 1.94 0.0 0.73
16S 5 56 356 U:A cWW   Weak T     99.5             0.1     0.1       0.2 6225 UA   4 4 1 0.25 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 1.96 1.97 0.0 0.73
16S 5 58 354 C:G cWW   Weak T 0.6 98.2       0.3     0.1 0.1 0.2     0.1     0.3 6357 CG GC,CG 16 11 3 0.22 0.46 0.99 1.45 0.99 0.99 1.87 1.88 0.0 0.74
16S 6 62 105 U:G cWW   Weak T 0.1 1.4 1.1 0.2   94.0 0.1 0.2 0.1 0.9 0.5     0.1 0.4 0.2 0.6 6551 UG UG,AC,CA 65 65 17 0.26 0.21 0.96 1.16 0.03 0.97 1.64 1.66 0.0 0.76
16S 6 68 101 G:A cWW 3°: base pair Weak T 3.1 0.3 13.9 0.7 0.3 0.3 0.2   0.1 0.2     68.8 0.4   0.2 11.6 6584 GC,UA,GA AU,UG,GA 39 50 15 0.34 0.05 0.0 0.05 0.2 0.21 0.52 0.9 0.01 0.68
16S 12 292 308 G:C cWW   Weak T 74.5     6.4 7.4     0.3         0.2   0.1 0.2 10.6 7204 GC,AU,GU GC,AU 24 16 6 0.3 0.43 0.91 1.34 0.91 0.99 0.81 0.72 0.02 0.76
16S 14 342 347 C:G cWW   Weak T 0.1 94.9 0.4 0.1   0.6     1.7         0.1   0.1 2.1 7119 CG GC,CG,UA,AU 44 14 8 0.28 0.17 0.0 0.17 0.97 0.98 1.59 1.82 0.01 0.82
16S 15 375 388 U:G No BP   Weak T   0.1 0.9     97.8     0.1         0.1 0.1 0.4 0.4 6852 UG   10 30 4 0.2 0.05 0.0 0.05 0.01 0.99 1.94 1.68 0.02 0.8
16S 16 406 436 G:C cWW   Weak T 73.7   0.1 0.5 0.5                 0.1 0.1   24.9 7096 GC GC,UA,AU 30 18 5 0.21 0.47 0.99 1.46 0.99 1.0 0.58 0.59 0.01 0.63
16S 16 416 427 G:U cWW   Weak T 12.5   0.4 0.8 56.1     0.7       0.1       1.4 27.8 7239 GC,GU UA,GU,AC 48 72 10 0.17 0.07 0.0 0.07 0.19 0.97 0.35 0.05 0.0 0.61
16S 16 419 424 C:G cWW   Weak T 0.2 56.0 0.7 0.4   12.2 0.1   0.1               30.1 7217 CG,UG GC,CG,UA,AU 103 33 16 0.23 0.1 0.0 0.1 0.82 1.0 -0.04 0.46 0.02 0.59
16S 19.1 571 865 U:A cWW 3°: pseudoknot Weak T   0.3 98.8 0.1 0.1 0.2 0.1                   0.1 6825 UA CG,UA,GU 15 16 2 0.13 0.41 0.99 1.4 0.99 1.0 1.92 1.89 0.0 0.8
16S 20 584 757 G:U cWW   Weak T 0.6   0.3 6.3 88.6   0.5 0.6   0.2 0.2 0.6 0.4   0.2 0.8 0.5 7034 AU,GU UA,GU,AC 72 70 11 0.15 0.09 0.0 0.09 0.07 0.96 1.25 1.72 0.02 0.82
16S 21 594 645 U:G cWW   Weak T 0.3 20.2 6.3 1.5   40.2 1.0 0.5 0.3 1.3   0.1 0.1 0.1 0.1 0.5 27.2 7202 CG,UA,UG GC,AU,UG,CA 148 112 34 0.26 0.1 0.0 0.1 0.39 0.94 -0.25 0.01 0.0 0.61
16S 21 597 643 G:C cWW   Weak T 71.2   0.1 0.1 0.1     0.6     0.1   0.1 0.2 0.1   27.5 7236 GC GC,UA,AU 14 21 4 0.23 0.18 0.0 0.18 0.98 0.99 0.52 0.55 0.0 0.62
16S 21 605 633 U:G cWW   Weak T 1.0 0.4 1.1 0.2 0.3 62.5     0.1           1.0 4.7 28.5 7254 UG,UU GC,AU,UG 22 56 8 0.2 0.14 0.0 0.14 0.04 0.92 0.43 0.08 0.01 0.61
16S 21 606 632 G:U No BP   Weak T 1.7 1.7 1.4 1.7 47.5 1.7 0.4 0.1 0.4   0.3 0.3 2.0 8.1 1.4 2.4 28.8 7251 GU,GA,GG,UU GU,UG,AA,CC 89 148 18 0.15 0.15 0.0 0.15 0.09 0.78 -0.06 -0.3 0.01 0.61
16S 22 658 748 C:G cWW   Weak T 5.4 6.2 6.5 26.7 6.7 1.2 7.0 1.5 1.6 2.4 0.5 3.6 14.8 1.9 1.1 6.1 6.9 7004 GC,CG,UA,AU,GU,AA,CA,CU,GA,UU CG,AU,GA,UC 281 264 67 0.25 0.33 0.52 0.86 0.48 0.57 -0.13 -0.06 0.01 0.77
16S 22 666 740 G:U cWW   Weak T 1.7 2.8 1.0 3.0 69.7   2.2 0.8 0.9 0.8 0.3 0.7 13.1     0.1 2.7 7111 CG,AU,GU,AA,GA CG,GU,AA 74 108 14 0.15 0.18 0.0 0.18 0.09 0.8 1.16 0.74 0.01 0.81
16S 23 677 713 U:G cWW   Weak T 0.2 5.1 28.6 0.4 0.1 51.6 2.2 1.5 0.4 6.4 0.2 0.8 0.3 0.1 1.0 0.5 0.5 7166 CG,UA,UG,AA,CA GU,UG,AC,CA 120 186 37 0.24 0.17 0.0 0.17 0.34 0.87 1.12 0.7 0.0 0.84
16S 23 684 706 U:A cWW   Weak T 7.1 1.6 73.8 0.5 9.9 0.8 2.2 0.4   0.4 0.8 0.3 0.1   0.4 1.4 0.2 7176 GC,UA,GU,AA CG,UA,GU,AC 91 96 28 0.3 0.46 0.86 1.32 0.83 0.94 0.94 0.87 0.0 0.84
16S 23 690 697 G:U tSH   Weak T 0.1 0.1 4.2 7.5 81.9   0.1     1.6 0.8 0.1 0.1   3.1 0.2 0.1 7180 UA,AU,GU,UC UA,GU,CC 103 33 7 0.1 0.28 0.87 1.15 0.12 0.94 1.05 1.41 0.0 0.84
16S 26 832 854 G:U cWW   Weak T 5.7 1.0 0.5 2.8 60.5 0.3 10.8 0.9 0.6     0.1 0.5 1.7 0.1 0.6 13.8 7262 GC,AU,GU,AA CG,GU,AA,UC 70 89 22 0.28 0.47 0.84 1.31 0.12 0.82 0.38 0.12 0.0 0.73
16S 26.1 861 868 G:C cWW   Weak T 70.9 2.2 1.6 0.9 5.6 0.1 3.1 0.6   2.4 3.9 0.2 0.2 0.1 0.1 0.4 7.5 6998 GC,CG,GU,AA,CA,CC GC,CG,AA,UU 171 108 19 0.14 0.26 0.83 1.09 0.82 0.88 0.65 0.83 0.04 0.76
16S 28 925 1391 G:U cWW   Weak T 10.1 0.5 0.1 0.1 88.5             0.1 0.2 0.1   0.1 0.2 5916 GC,GU CG,UA,GU 12 31 1 0.05 0.05 0.0 0.05 0.11 0.99 1.9 1.45 0.0 0.69
16S 28 935 1380 A:U cWW   Weak T   13.5 0.1 84.8 0.1 0.1 0.6 0.1 0.1 0.1 0.1 0.2       0.1 0.2 6264 CG,AU CG,UA,AU 20 24 4 0.18 0.92 0.99 1.91 0.99 0.99 1.31 1.34 0.0 0.73
16S 29 942 1341 G:U cWW   Weak T 0.1     0.2 98.1                     0.2 1.3 6607 GU   16 5 1 0.1 0.16 0.0 0.16 0.0 1.0 1.83 1.96 0.01 0.77
16S 30 950 1231 U:G cWW   Weak T   0.3 12.1     86.7       0.1       0.2   0.2 0.3 6649 UA,UG UG,CA 15 26 1 0.05 0.01 0.0 0.01 0.12 0.99 1.92 1.43 0.0 0.78
16S 31 960 975 U:A No BP   Weak T     61.8 14.8   22.4 0.2   0.1           0.2 0.2 0.3 6871 UA,AU,UG UA,AU 10 32 1 0.05 0.39 0.77 1.16 0.77 0.99 1.35 0.64 0.0 0.81
16S 31 961 974 U:A No BP   Weak T 0.1 0.1 66.4 0.1 0.1 16.8 0.3     0.6 0.2 2.1     8.7 4.1 0.3 6856 UA,UG,CU,UC,UU GC,UA,CU 48 99 4 0.05 0.07 0.0 0.07 0.67 0.84 1.73 0.59 0.0 0.8
16S 34 1052 1206 U:G cWW   Weak T   0.2 0.7     95.9     0.1 2.6         0.1 0.1 0.3 6733 UG,CA UG,CA 20 13 0 0.0 0.68 0.99 1.67 0.01 0.97 1.78 1.75 0.0 0.79
16S 34 1053 1205 G:U No BP   Weak T 2.6     15.1 81.7     0.1       0.1         0.3 6891 GC,AU,GU GU,AC 7 20 0 0.0 0.01 0.0 0.01 0.18 1.0 1.35 1.79 0.0 0.81
16S 34 1058 1199 G:U cWW   Weak T 0.7     0.8 95.5     0.1       0.2       2.4 0.3 6900 GU,UU GU,AC 15 12 2 0.15 0.03 0.0 0.03 0.01 0.97 1.71 1.91 0.0 0.81
16S 40 1158 1178 C:G No BP   Weak T   81.2 0.4 0.1   0.5       0.1 1.8 0.2   0.1 0.2 0.1 15.2 7138 CG CG,UA,AU 12 156 4 0.05 0.13 0.0 0.13 0.96 0.97 0.97 1.02 0.12 0.71
16S 40 1159 1177 U:G No BP   Weak T   5.5 0.2 0.1   73.5 1.5 0.3 1.5 0.4 0.4 0.1 0.1 0.8   0.4 15.2 7135 CG,UG UG,AA,CC 80 167 11 0.09 0.16 0.0 0.16 0.07 0.94 0.49 1.0 0.12 0.71
16S 41 1255 1282 G:C cWW   Weak T 69.5   0.1 0.3 0.8   0.1 0.1         0.1       28.8 7218 GC GC,UA,AU 14 18 3 0.19 0.27 0.98 1.26 0.98 0.99 0.49 0.44 0.0 0.6
16S 44 1401 1501 G:C cWW   Weak T 98.1     1.2             0.1   0.1   0.1   0.2 3713 GC GC,AU 11 5 1 0.12 0.75 1.0 1.75 1.0 1.0 1.89 1.86 0.0 0.43
16S 44 1425 1475 U:G cWW   Weak T 1.9 4.0 5.4 5.4 9.1 24.2 1.3 0.6 25.9 0.2     3.4 2.2 1.1 0.6 14.6 5415 CG,UA,AU,GU,UG,AG,GA,GG UA,GU,AG 119 92 24 0.23 0.24 0.47 0.72 0.2 0.59 -0.3 -0.09 0.0 0.54
16S 44 1435 1466 G:C cWW   Weak T 64.4 0.9 0.2 5.3 8.6 1.5 0.3 1.9 0.1   0.2 0.1 0.9 0.1 0.1 0.1 15.4 5555 GC,AU,GU GC,AU,UG 65 81 21 0.29 0.34 0.84 1.18 0.84 0.96 0.53 0.29 0.01 0.55
16S 44 1442 1460 G:C cWW   Weak T 16.7 1.8 3.3 1.3 0.6 1.2 15.8 0.2 0.4 5.7   0.1 28.7 0.4 0.2 2.1 21.5 5635 GC,UA,AA,CA,GA,UU CG,AC,GA,UU 113 96 18 0.17 0.08 0.0 0.08 0.29 0.32 -0.38 -0.17 0.02 0.52
16S 45 1506 1529 U:G No BP   Weak T   0.6 4.6     93.0               0.2 0.5 0.4 0.7 2260 UA,UG   7 19 0 0.0 0.01 0.0 0.01 0.05 0.99 1.9 1.58 0.0 0.26
16S 45 1511 1524 G:C cWW   Weak T 78.4 1.5 0.2 6.9 8.3 0.1   0.3   0.1 0.3 0.1 0.2 0.5     3.1 2480 GC,AU,GU GC,CG,UA,AU 36 75 12 0.22 0.46 0.9 1.36 0.9 0.98 1.24 1.04 0.01 0.28
16S 45 1512 1523 U:G cWW   Weak T   0.6 0.4 0.1   96.0     0.2         0.1 0.6 1.4 0.5 2528 UG AU,UG 18 19 4 0.22 0.05 0.0 0.05 0.01 0.98 1.85 1.74 0.0 0.29

Advanced export

JSON shape: default, array, newline-delimited

CSV options: 

CREATE VIEW basepair_combined as
select f.molecule, f.helix_number, f.position_1, f.position_2,
       f.reference_base_pair, f.conformation, f.tertiary_type, f.strength, f.group_code,
       f.GC, f.CG, f.UA, f.AU, f.GU, f.UG, f.AA, f.AC, f.AG, f.CA, f.CC, f.CU, f.GA, f.GG, f.UC, f.UU, f.gap, f.Seq as sequences,
       f.predominant_types, f.covarying_types,
       s.Xch, s.Ych, s.PE, s.PES, s.Cov1, s.Cov3, s."C1+C3" as C1_C3,
       s.WC, s.WCGU, s.XCons, s.YCons, s.DfDel, s.PNuc
from basepair_frequency f
left join basepair_collective_score s
  on s.molecule = f.molecule and s.position_1 = f.position_1
 and s.position_2 = f.position_2 and s.group_code = f.group_code;