Base-pair statistics (frequencies and scores together) (view)

predominant_types
Base-pair types shown in bold in the published table (most frequent).
covarying_types
Base-pair types marked * in the published table (involved in a covariation).
sequences
Number of sequences in the group.

61 rows where group_code = "M", molecule = "23S" and strength = "Weak" sorted by position_1

✎ View and edit SQL

This data as json, CSV (advanced)

Suggested facets: reference_base_pair, GC, CG, UA, AU, GU, UG, AA, AC, AG, CA, CC, CU, GA, GG, UC, UU, sequences, covarying_types, Xch, Ych, PE, PES, Cov3, WCGU, DfDel, PNuc

conformation 3

tertiary_type 2

strength 1

  • Weak · 61 ✖

molecule 1

  • 23S · 61 ✖

group_code 1

molecule helix_number position_1 ▼ position_2 reference_base_pair conformation tertiary_type strength group_code GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap sequences predominant_types covarying_types Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1_C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc
23S 1 8 2895 C:G cWW   Weak M 2.9   29.4 20.6 5.9   5.9 5.9   2.9           5.9 20.6 34 GC,UA,AU,GU,AA,AC,CA,UU GC,UA,AU 5 4 1 0.22 0.47 0.67 1.14 0.67 0.74 -0.74 -0.53 0.02 0.09
23S 6.1 66 88 C:G cWW 3°: pseudoknot Weak M 0.4   0.9 1.7 0.4       2.6   0.4   0.9     0.9 91.7 233 AG UA,GU,AG,CC 3 4 1 0.29 0.39 0.58 0.96 0.37 0.42 -0.48 -0.47 0.02 0.06
23S 10 158 168 U:G cWW   Weak M 0.4     0.4             1.7           97.4 234   AU,CC 1 0 0 0.0 0.5 0.83 1.33 0.33 0.33 -0.15 -0.17 0.0 0.02
23S 16 274 363 C:G cWW   Weak M 1.6       0.4 0.4                   0.8 96.9 254   GC,UU 0 1 0 0.0 0.5 0.75 1.25 0.5 0.75 -0.23 -0.3 0.01 0.03
23S 18 281 359 C:G cWW   Weak M   1.6 1.2 1.2   0.4 0.8         0.4     0.4   94.1 254   CG,UA,AU 1 3 1 0.5 0.55 0.67 1.21 0.67 0.73 -0.35 -0.35 0.0 0.05
23S 18 284 356 U:G cWW   Weak M   0.8 1.2 0.4   0.4 0.8       0.4     0.4 0.4 1.6 93.7 254   CG,AA,UU 2 5 2 0.57 0.33 0.5 0.83 0.38 0.44 -0.34 -0.38 0.0 0.05
23S 18 293 347 U:A cWW   Weak M   0.4 0.8 3.1 1.6 0.4 0.4 0.4         0.4     1.6 91.0 254 AU CG,UA,AU 4 4 1 0.25 0.2 0.0 0.2 0.48 0.7 -0.43 -0.4 0.0 0.07
23S 20 327 335 G:C cWW   Weak M 11.0     0.4                     0.8   87.8 254 GC GC,AU 1 0 0 0.0 0.33 0.94 1.27 0.94 0.94 -0.36 -0.32 0.0 0.1
23S 21 378 396 C:G cWW   Weak M   5.1 2.0 2.0 0.4 3.5           2.0         85.1 255 CG,UA,AU,UG,CU CG,UA,AU 8 6 6 0.86 0.4 0.6 1.0 0.6 0.87 -0.54 -0.51 0.0 0.12
23S 21 382 392 A:U cWW   Weak M 0.4   2.4 2.7 2.4   2.4   0.4 0.4     0.4       88.6 255 UA,AU,GU,AA GC,UA,AU 4 4 2 0.5 0.32 0.48 0.8 0.48 0.69 -0.47 -0.44 0.0 0.09
23S 25 538 555 A:G cWW 3°: base pair Weak M     1.2 4.3 0.8   6.2   5.5     0.4 0.4       81.3 256 AU,AA,AG GU,AA 2 10 3 0.5 0.06 0.0 0.06 0.29 0.33 -0.47 -0.61 0.01 0.15
23S 25.1 564 577 C:G cWW   Weak M 0.4 92.7 0.8 0.4 0.4       0.4   0.4 0.4         4.2 262 CG GC,CG,UA,AU 3 2 1 0.4 0.5 0.98 1.48 0.98 0.99 1.47 1.45 0.0 0.8
23S 27 600 657 G:U cWW   Weak M 0.4     1.1 15.6                       82.9 262 GU   1 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.09 1.0 -0.42 -0.37 0.0 0.14
23S 31 641 647 U:G cWW   Weak M   1.5 3.4     0.4 0.4   0.4       0.8   0.4   92.7 262 UA CG,UA 2 2 2 1.0 0.4 0.68 1.08 0.68 0.74 -0.35 -0.32 0.0 0.06
23S 32 671 809 C:G cWW   Weak M   93.5 0.4 3.4 0.4 0.4   0.4                 1.6 262 CG,AU CG,UA,AU 2 3 1 0.4 0.77 0.99 1.76 0.99 1.0 1.55 1.57 0.0 0.83
23S 33 687 775 C:G No BP   Weak M   89.7 0.8 3.1   4.2   0.4 0.4       0.4 0.4     0.8 262 CG,AU,UG CG,UA,AU 8 4 0 0.0 0.4 0.94 1.34 0.94 0.98 1.34 1.62 0.01 0.83
23S 33 695 767 G:U cWW   Weak M 10.3 1.5 6.5 44.5 27.8 5.7 1.5 1.1               1.1   263 GC,UA,AU,GU,UG GC,CG,UA,AU 34 33 20 0.6 0.33 0.63 0.96 0.63 0.96 0.48 0.75 0.0 0.84
23S 34 703 729 U:G No BP   Weak M   6.1 0.4 0.4 0.4 48.7 0.8   17.1     0.4   1.9     24.0 263 CG,UG,AG GU,UG,AA 20 4 1 0.08 0.04 0.0 0.04 0.09 0.73 -0.3 0.73 0.04 0.64
23S 34 707 724 G:U cWW   Weak M 1.1 0.8 1.9 4.2 3.4 0.8 0.4   0.4     0.4         86.8 263 AU,GU GC,CG,UA,AU 3 4 1 0.29 0.42 0.6 1.02 0.6 0.91 -0.57 -0.53 0.01 0.11
23S 37 826 831 U:G cWW   Weak M   1.5 6.1 1.5 0.4 81.4       1.1           0.4 7.6 263 UA,UG AU,UG,CA 7 7 3 0.43 0.24 0.91 1.15 0.1 0.98 1.14 0.9 0.0 0.78
23S 42 1051 1108 G:U cWW   Weak M 2.9 16.3 1.8 15.2 0.4 0.4 0.4   0.4 0.4   0.4 0.4   0.4 1.4 59.4 276 GC,CG,AU GC,CG,UA,AU 7 12 4 0.42 0.82 0.89 1.71 0.89 0.91 -0.85 -0.83 0.03 0.36
23S 46 1215 1234 G:U cWW   Weak M     1.4 3.3 8.7           0.4       0.4 0.4 85.5 276 AU,GU UA,GU,CC 6 3 1 0.22 0.31 0.72 1.04 0.33 0.93 -0.52 -0.41 0.0 0.13
23S 54 1415 1587 U:G cWW   Weak M   0.4 1.1 0.7                     0.4   97.5 276   CG,UA,AU 3 1 0 0.0 0.75 0.86 1.61 0.86 0.86 -0.22 -0.18 0.01 0.02
23S 56 1436 1556 G:C cWW   Weak M 0.4     0.4   0.4         0.4         0.4 98.3 276   GC,AU,UG 1 1 1 1.0 0.5 0.6 1.1 0.4 0.6 -0.2 -0.14 0.01 0.02
23S 56 1440 1551 U:A cWW   Weak M 0.4   0.4           0.4               99.0 276   GC,UA,AG 1 1 1 1.0 1.0 1.0 2.0 0.67 0.67 -0.14 -0.1 0.01 0.01
23S 57 1445 1466 G:U cWW   Weak M 0.4 0.4 0.4 0.4   0.7                   0.4 97.4 276   GC,AU,UG 1 2 1 0.67 0.4 0.57 0.97 0.57 0.86 -0.16 -0.2 0.01 0.02
23S 58 1468 1524 U:G cWW   Weak M         0.4                       99.7 276     0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 -0.15 -0.03 0.02 0.0
23S 58 1478 1513 G:U cWW   Weak M         0.4                       99.7 276     0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 -0.1 -0.03 0.01 0.0
23S 58 1481 1510 U:G cWW   Weak M         0.4   0.4                   99.4 276   GU,AA 0 0 0 0.0 1.0 1.0 2.0 0.0 0.5 -0.1 -0.06 0.0 0.0
23S 58 1483 1506 G:U cWW   Weak M     0.4             0.7             99.0 276     0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.33 0.33 -0.1 -0.07 0.0 0.01
23S 63 1707 1751 G:U cWW   Weak M 4.0 0.4   5.1 2.2               1.1       87.4 277 GC,AU,GU GC,CG,AU 3 2 1 0.4 0.57 0.74 1.31 0.74 0.91 -0.44 -0.48 0.0 0.11
23S 64 1770 1982 G:U cWW   Weak M 9.1 47.5 8.0 10.1 0.7 22.8 0.4   0.4 0.4   0.7           276 GC,CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU 20 18 6 0.32 0.52 0.75 1.26 0.75 0.98 0.29 0.69 0.0 0.89
23S 65 1775 1789 U:A tHS   Weak M   2.8 93.6 1.1                       2.5   283 CG,UA,UU CG,UA,AU 2 5 1 0.29 0.61 0.97 1.59 0.97 0.97 1.73 1.59 0.0 0.91
23S 66 1799 1820 G:U No BP   Weak M 0.7   0.4 1.8 89.0                       8.1 283 GU UA,GU 3 3 1 0.33 0.12 0.0 0.12 0.03 1.0 1.27 1.37 0.0 0.83
23S 66 1803 1814 A:G tHS 3°: base pair Weak M     1.4 1.8   0.4 3.2 0.4 10.6 0.7   0.4         81.3 283 AA,AG UA,AG,CU 3 8 3 0.55 0.22 0.66 0.88 0.17 0.19 -0.46 -0.57 0.06 0.17
23S 68 1835 1905 G:C cWW   Weak M 95.2   0.3   1.0               0.3       3.2 311 GC GC,UA 1 2 1 0.67 0.2 0.0 0.2 0.99 1.0 1.7 1.6 0.0 0.96
23S 68 1841 1901 U:A cWW   Weak M     95.8       0.6     0.3             3.2 311 UA   2 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.99 0.99 1.64 1.73 0.0 0.96
23S 68 1842 1898 G:U cWW   Weak M 1.0       94.5               0.6 0.3     3.5 311 GU   1 5 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.99 1.7 1.54 0.0 0.96
23S 68 1851 1891 U:G cWW   Weak M   1.0 3.5     3.9 1.9   0.3 0.6 0.3   1.0 0.6 1.6 0.3 84.9 311 UA,UG UG,AA,CC 7 10 5 0.59 0.2 0.0 0.2 0.3 0.55 -0.56 -0.54 0.0 0.15
23S 69 1907 1923 G:U cWW   Weak M 1.6 0.6   0.3 94.2                       3.2 311 GU CG,GU 2 3 1 0.4 0.25 0.98 1.23 0.03 1.0 1.64 1.58 0.0 0.96
23S 69 1911 1919 U:A No BP   Weak M     96.1                           3.8 311 UA   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 1.71 1.71 0.0 0.96
23S 71 1945 1961 G:C cWW   Weak M 93.9   0.3   0.3   0.3 0.6         4.5         311 GC,GA GC,AA 3 6 1 0.22 0.05 0.0 0.05 0.94 0.94 1.89 1.68 0.0 1.0
23S 71 1947 1959 C:G cWW   Weak M   58.5 7.1 0.3 0.6 32.5                   1.0   311 CG,UA,UG CG,UA,GU 12 5 4 0.47 0.19 0.0 0.19 0.66 0.99 0.95 1.5 0.0 1.0
23S 73 2056 2612 G:C cWW   Weak M 92.4     0.4     0.4 1.1     0.4   5.3         262 GC,GA GC,AU 5 3 2 0.5 0.05 0.0 0.05 0.93 0.93 1.83 1.65 0.0 0.84
23S 74 2065 2445 C:G cWW   Weak M   95.5 2.9     1.6                       309 CG,UA CG,UA 2 1 1 0.67 0.64 0.98 1.63 0.98 1.0 1.7 1.81 0.0 0.99
23S 74 2075 2434 U:A No BP   Weak M   0.3 94.8     1.0 0.6         0.3     0.6 2.3   309 UA,UU CG,UA 4 7 3 0.55 0.06 0.0 0.06 0.95 0.96 1.85 1.67 0.0 0.99
23S 75 2077 2243 A:U cWW   Weak M 0.3     96.8 0.3 0.3 0.3           0.3     1.0 0.6 309 AU AU,UG,GA 3 2 1 0.4 0.25 0.98 1.23 0.98 0.98 1.73 1.84 0.01 0.98
23S 76 2100 2189 G:U cWW   Weak M 1.0 1.6 4.5 1.3   2.3 1.3                 1.3 86.7 309 UA,UG GC,CG,UA,AU 6 6 2 0.33 0.44 0.63 1.08 0.63 0.81 -0.5 -0.54 0.0 0.13
23S 76 2109 2180 U:U cWW 3°: base pair Weak M 1.3   3.6 0.6 0.3   0.3         0.3       5.8 87.6 309 UA,UU GC,AA,UU 8 6 3 0.43 0.25 0.6 0.85 0.45 0.47 -0.47 -0.47 0.01 0.12
23S 77 2120 2178 G:C cWW   Weak M 1.3 0.6 1.3 3.6 3.6               0.3     2.6 86.7 309 AU,GU,UU GC,CG,UA,AU 7 5 4 0.67 0.33 0.51 0.85 0.51 0.78 -0.53 -0.47 0.0 0.13
23S 78 2136 2155 G:U cWW   Weak M     1.3 1.0                         97.7 309   UA,AU 2 2 2 1.0 1.0 1.0 2.0 1.0 1.0 -0.13 -0.16 0.01 0.02
23S 78 2143 2148 C:G cWW   Weak M   1.6   0.3 0.3                       97.7 309   CG,AU 1 1 1 1.0 0.5 0.86 1.36 0.86 1.0 -0.14 -0.13 0.0 0.02
23S 80 2249 2255 U:G No BP   Weak M     10.7     87.1       1.6         0.3 0.3   309 UA,UG UG,CA 1 8 1 0.22 0.12 0.0 0.12 0.11 0.98 1.88 1.4 0.0 0.99
23S 83 2291 2341 U:G cWW   Weak M 0.3 1.3 1.9 0.3   11.3                     84.7 309 UG GC,AU,UG 3 3 1 0.33 0.17 0.0 0.17 0.26 1.0 -0.42 -0.44 0.01 0.15
23S 85.1 2328 2387 A:U cWW 3°: pseudoknot Weak M     0.3 14.6                         85.1 309 AU UA,AU 1 23 1 0.08 1.0 1.0 2.0 1.0 1.0 -0.33 -0.32 0.61 0.15
23S 86 2351 2366 G:A cWW 3°: base pair Weak M   0.3 26.2 4.9     36.2 2.3   4.5   0.3 5.2   1.6 1.0 17.4 309 UA,AU,AA,AC,CA,GA AA,CU,UC 35 12 5 0.21 0.04 0.0 0.04 0.38 0.38 -0.14 0.42 0.04 0.82
23S 89 2455 2496 G:C cWW   Weak M 12.4 81.0   2.0 3.9           0.3     0.3       306 GC,CG,AU,GU GC,CG,AU 6 6 3 0.5 0.76 0.95 1.71 0.95 0.99 1.22 1.14 0.0 0.98
23S 89 2460 2490 U:G cWW   Weak M       3.3   94.4 0.7 0.3       0.3     0.3   0.6 306 AU,UG AU,UG 1 3 0 0.0 0.67 0.98 1.65 0.03 0.98 1.68 1.63 0.0 0.97
23S 93 2592 2601 G:C cWW   Weak M 94.7     1.1 1.9           0.8     0.4 0.4   0.8 262 GC GC,AU 3 4 0 0.0 0.25 0.96 1.22 0.96 0.98 1.81 1.69 0.01 0.83
23S 95 2652 2668 C:G cWW   Weak M   42.0 11.8 6.9 0.8 4.6 0.8 0.8 0.4 28.2   0.4       2.7 0.8 262 CG,UA,AU,UG,CA,UU CG,UA,AU 20 25 13 0.58 0.33 0.61 0.94 0.61 0.67 0.83 0.49 0.01 0.83
23S 96 2696 2711 U:A cWW   Weak M     14.7 0.4                     0.4   84.5 252 UA UA,AU 1 1 1 1.0 0.5 0.97 1.47 0.97 0.97 -0.34 -0.36 0.0 0.12

Advanced export

JSON shape: default, array, newline-delimited

CSV options: 

CREATE VIEW basepair_combined as
select f.molecule, f.helix_number, f.position_1, f.position_2,
       f.reference_base_pair, f.conformation, f.tertiary_type, f.strength, f.group_code,
       f.GC, f.CG, f.UA, f.AU, f.GU, f.UG, f.AA, f.AC, f.AG, f.CA, f.CC, f.CU, f.GA, f.GG, f.UC, f.UU, f.gap, f.Seq as sequences,
       f.predominant_types, f.covarying_types,
       s.Xch, s.Ych, s.PE, s.PES, s.Cov1, s.Cov3, s."C1+C3" as C1_C3,
       s.WC, s.WCGU, s.XCons, s.YCons, s.DfDel, s.PNuc
from basepair_frequency f
left join basepair_collective_score s
  on s.molecule = f.molecule and s.position_1 = f.position_1
 and s.position_2 = f.position_2 and s.group_code = f.group_code;