Base-pair statistics (frequencies and scores together) (view)

predominant_types
Base-pair types shown in bold in the published table (most frequent).
covarying_types
Base-pair types marked * in the published table (involved in a covariation).
sequences
Number of sequences in the group.

47 rows where group_code = "M", molecule = "16S" and strength = "Weak" sorted by position_1

✎ View and edit SQL

This data as json, CSV (advanced)

Suggested facets: helix_number, reference_base_pair, GC, CG, AU, GU, UG, AA, AC, AG, CA, CC, CU, GA, GG, UC, UU, gap, covarying_types, Xch, Ych, PE, PES, Cov1, Cov3, C1_C3, WC, WCGU, DfDel, PNuc

conformation 4

tertiary_type 2

strength 1

  • Weak · 47 ✖

molecule 1

  • 16S · 47 ✖

group_code 1

molecule helix_number position_1 ▼ position_2 reference_base_pair conformation tertiary_type strength group_code GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap sequences predominant_types covarying_types Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1_C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc
16S 1 13 21 U:G No BP   Weak M     50.2 0.1   38.6 0.4   8.1 0.7     0.4 0.1   0.6 0.6 669 UA,UG,AG UA,AG 10 59 2 0.06 0.16 0.0 0.16 0.51 0.9 1.4 0.89 0.0 0.57
16S 3 35 549 G:C cWW   Weak M 12.1 0.4 1.8 31.0 44.2   0.3 8.2   0.4 0.1     0.1 0.5 0.5 0.3 733 GC,AU,GU,AC CG,UA,GU,AC 61 55 16 0.28 0.19 0.0 0.19 0.45 0.9 0.77 1.11 0.0 0.63
16S 3 37 547 U:A tWS   Weak M 0.1 0.1 90.8 0.5   0.5 0.5   0.3 5.3   0.1 0.5   0.1 0.4 0.5 738 UA,CA GC,CG,UA,AU 27 15 5 0.24 0.09 0.0 0.09 0.92 0.93 1.48 1.78 0.0 0.63
16S 4 39 403 G:C cWW   Weak M 8.0 1.3 67.2 6.3 0.8 1.1 1.1 0.4 0.1 4.6 0.8 0.8 0.1 0.1 0.7 5.5 1.1 747 GC,UA,AU,CA,UU GC,CG,UA,AU 70 60 21 0.32 0.49 0.84 1.33 0.84 0.86 0.76 0.62 0.0 0.64
16S 5 54 357 C:G cWW   Weak M   96.6 0.1     2.1 0.1   0.3     0.1         0.6 791 CG,UG CG,AA 6 4 1 0.2 0.04 0.0 0.04 0.97 0.99 1.74 1.91 0.0 0.68
16S 5 56 356 U:A cWW   Weak M     98.6     0.3       0.5             0.6 793 UA   2 2 1 0.5 0.0 0.0 0.0 0.99 0.99 1.89 1.91 0.0 0.68
16S 5 58 354 C:G cWW   Weak M 0.4 96.1 0.2 0.2   1.6 0.1   0.4         0.1   0.2 0.6 827 CG GC,CG,UA,AU 7 5 1 0.17 0.26 0.98 1.24 0.98 0.99 1.69 1.82 0.0 0.71
16S 6 62 105 U:G cWW   Weak M 1.0 4.7 4.0 1.3   68.2 0.5 1.8 1.0 6.8 3.9 0.1     0.8 1.0 4.7 827 CG,UA,UG,CA,CC UG,AC,CA 56 47 16 0.31 0.32 0.81 1.13 0.12 0.83 0.51 0.67 0.04 0.68
16S 6 68 101 G:A cWW 3°: base pair Weak M 1.2   0.4 0.7 1.2       0.1       6.9 0.1   0.1 89.2 830 GA AU,GA 8 13 7 0.67 0.01 0.0 0.01 0.02 0.04 -0.33 -0.42 0.0 0.0
16S 12 292 308 G:C cWW   Weak M 9.6   0.2 0.6   0.2                     89.2 871 GC GC,UA,AU 4 4 4 1.0 0.01 0.0 0.01 0.1 0.11 -0.31 -0.37 0.0 0.0
16S 14 342 347 C:G cWW   Weak M 0.2 69.7 2.8 0.5   1.7 0.4 0.1 14.1     0.1 0.1   0.1 0.4 9.8 831 CG,UA,AG GC,CG,UA,AU 27 11 7 0.37 0.17 0.0 0.17 0.81 0.83 0.51 1.02 0.02 0.65
16S 15 375 388 U:G No BP   Weak M 0.2 0.4 5.1     92.9 0.4   0.1         0.2   0.1 0.6 829 UA,UG GC,UG,AA 7 8 3 0.4 0.09 0.0 0.09 0.06 0.99 1.82 0.84 0.11 0.71
16S 16 406 436 G:C cWW   Weak M 4.4 0.2 0.4 4.6 1.2               0.2       88.9 833 GC,AU GC,CG,UA,AU 23 6 3 0.21 0.05 0.0 0.05 0.1 0.11 -0.75 -0.43 0.0 0.0
16S 16 416 427 G:U cWW   Weak M 0.4 0.1 3.6 2.5 2.9 0.1 0.2   0.2     0.2         89.6 835 UA,AU,GU UA,GU,AG 11 7 4 0.44 0.03 0.0 0.03 0.07 0.1 -0.46 -0.42 0.0 0.0
16S 16 419 424 C:G cWW   Weak M   2.4 3.0 1.9 0.1 0.6 0.5   0.5   0.1         0.1 90.7 835 CG,UA CG,UA,AU 7 3 2 0.4 0.04 0.0 0.04 0.07 0.08 -0.42 -0.41 0.0 0.0
16S 19.1 571 865 U:A cWW 3°: pseudoknot Weak M   2.3 93.0 0.7 0.6 0.8 0.7     0.1   0.1 0.1   0.1 0.2 1.3 881 CG,UA CG,UA,AU 13 15 2 0.14 0.52 0.97 1.49 0.97 0.99 1.63 1.55 0.01 0.75
16S 20 584 757 G:U cWW   Weak M 3.9   2.5 49.5 14.2 0.3 4.3 4.9 0.2 1.7 1.5 4.4 0.3   1.6 6.5 4.3 883 GC,UA,AU,GU,AA,AC,CU,UU GC,UA,AU 69 62 11 0.17 0.14 0.0 0.14 0.58 0.73 -0.24 0.71 0.11 0.73
16S 21 594 645 U:G cWW   Weak M 0.1   1.0 1.7   0.3 0.4 0.1   2.1 0.1   0.2 0.1 0.1 2.7 91.2 1021 CA,UU AC,CA,GG,UU 12 13 7 0.56 0.02 0.0 0.02 0.03 0.03 -0.41 -0.38 0.0 0.0
16S 21 597 643 G:C cWW   Weak M 2.9   0.6 0.2       2.6       0.1 0.2   0.4 0.1 92.9 1021 GC,AC GC,UA,AU 7 10 2 0.23 0.01 0.0 0.01 0.04 0.04 -0.34 -0.32 0.0 0.0
16S 21 605 633 U:G cWW   Weak M 0.1   0.5 0.4 0.2 2.4 0.1   0.1     0.1 0.1   0.1 0.2 95.8 1021 UG AU,UG,GA 8 7 3 0.4 0.01 0.0 0.01 0.01 0.04 -0.24 -0.24 0.0 0.0
16S 21 606 632 G:U No BP   Weak M   0.1 0.6 0.2 2.0 0.2 0.4   0.2 0.1     0.1     0.4 95.8 1021 GU UA,GU,AG 7 5 1 0.17 0.01 0.0 0.01 0.01 0.03 -0.25 -0.23 0.0 0.0
16S 22 658 748 C:G cWW   Weak M 0.3 0.8 17.4 1.5 2.1 5.1 1.5 0.6 9.6 2.9 0.2 0.1 0.4 0.3 0.6 1.5 55.3 896 UA,GU,UG,AG,CA UA,GU,AG,CC 70 45 10 0.17 0.43 0.65 1.09 0.45 0.61 -0.69 -0.81 0.08 0.35
16S 22 666 740 G:U cWW   Weak M 0.3 15.7 6.8 7.0 3.5 0.1 17.2 6.5 6.4 6.7 2.6 5.4 0.2     0.8 21.0 897 CG,UA,AU,GU,AA,AC,AG,CA,CC,CU CG,GU,AA 45 76 11 0.18 0.31 0.46 0.77 0.38 0.42 0.24 -0.61 0.12 0.61
16S 23 677 713 U:G cWW   Weak M 1.8 4.8 12.8 3.6 1.0 8.3 17.2 11.8 3.4 14.0 1.7 2.4 2.0 0.4 7.0 3.8 4.1 901 CG,UA,AU,UG,AA,AC,AG,CA,CU,GA,UC,UU GC,UG,AA,CU 82 96 21 0.24 0.16 0.0 0.16 0.24 0.34 0.18 -0.05 0.03 0.74
16S 23 684 706 U:A cWW   Weak M 0.7 12.9 43.3 2.9 0.7 6.0 6.1 0.7 0.2 3.1 6.4 1.9 0.2   2.4 11.0 1.6 901 CG,UA,AU,UG,AA,CA,CC,UC,UU GC,CG,UA,AU 67 78 21 0.29 0.3 0.61 0.9 0.61 0.67 0.64 0.17 0.01 0.77
16S 23 690 697 G:U tSH   Weak M 0.2 0.4 33.7 5.1 13.8 0.1 0.7 0.2   13.0 6.3 0.1 0.4   24.8 0.8 0.3 901 UA,AU,GU,CA,CC,UC UA,GU,CC 78 27 7 0.13 0.3 0.54 0.84 0.4 0.54 0.43 0.43 0.0 0.77
16S 26 832 854 G:U cWW   Weak M 0.3 1.7 1.2 1.6 2.5 0.3               0.1   0.2 92.1 1099 GU CG,UA,GU 12 11 5 0.43 0.03 0.0 0.03 0.05 0.08 -0.4 -0.37 0.0 0.0
16S 26.1 861 868 G:C cWW   Weak M 4.1 2.8 10.3 4.8 0.1 0.5 19.6 0.8 0.1 15.1 1.6 1.4 1.1   0.3 1.0 36.2 1096 GC,CG,UA,AU,AA,CA GC,CG,AA,UU 98 61 10 0.13 0.18 0.0 0.18 0.35 0.36 -0.79 -0.02 0.18 0.6
16S 28 925 1391 G:U cWW   Weak M 66.4 3.6 0.4 0.7 27.7 0.1     0.2     0.2 0.7         899 GC,CG,GU GC,CG,UA,AU 7 24 1 0.07 0.14 0.0 0.14 0.71 0.99 1.71 0.84 0.0 0.78
16S 28 935 1380 A:U cWW   Weak M   88.1 0.5 4.6 0.3 0.5 3.4 0.2   0.5 0.3         1.0 0.4 970 CG,AU,AA CG,UA,AU 12 18 3 0.2 0.45 0.94 1.39 0.94 0.94 1.47 1.32 0.0 0.83
16S 29 942 1341 G:U cWW   Weak M 0.3   0.3 0.4 99.0                         1129 GU UA,GU 4 3 0 0.0 0.27 0.99 1.27 0.01 1.0 1.93 1.95 0.0 0.97
16S 30 950 1231 U:G cWW   Weak M   0.3 0.2     98.3           0.3     0.2 0.7 0.1 1152 UG UG,CU 5 11 0 0.0 0.16 0.0 0.16 0.01 0.99 1.94 1.89 0.0 0.99
16S 31 960 975 U:A No BP   Weak M     6.5 89.1   0.6 0.9 0.3 0.6   0.1 0.3     1.0 0.7 0.1 1153 UA,AU UA,AU,CC 9 16 1 0.08 0.61 0.96 1.56 0.96 0.96 1.53 1.43 0.0 0.99
16S 31 961 974 U:A No BP   Weak M 0.6   54.6 0.6 0.4 0.1 1.5 0.1   3.3 0.3 12.3 0.1   8.9 17.3   1151 UA,CA,CU,UC,UU GC,UA,CU 43 61 4 0.08 0.28 0.67 0.96 0.56 0.56 1.14 0.69 0.0 0.99
16S 34 1052 1206 U:G cWW   Weak M   0.4 3.3     80.4 0.1     14.9         0.2 0.4 0.3 1152 UA,UG,CA UG,CA 15 6 0 0.0 0.77 0.96 1.73 0.04 0.84 1.36 1.23 0.0 0.99
16S 34 1053 1205 G:U No BP   Weak M 0.5     90.9 7.8     0.5       0.1       0.1 0.1 1152 AU,GU GC,AU 5 6 0 0.0 0.06 0.0 0.06 0.92 0.99 1.55 1.9 0.0 0.99
16S 34 1058 1199 G:U cWW   Weak M 3.7     4.6 76.2     0.7         0.1     14.7 0.1 1150 GC,AU,GU,UU GU,AC 14 10 2 0.17 0.03 0.0 0.03 0.08 0.84 1.1 1.71 0.0 0.99
16S 40 1158 1178 C:G No BP   Weak M 0.1 2.5 2.3 0.3     0.2   0.1     0.3   0.2   0.4 93.5 1152 CG,UA GC,CG,UA,AU 5 145 3 0.04 0.03 0.0 0.03 0.05 0.05 -0.32 0.02 0.0 0.0
16S 40 1159 1177 U:G No BP   Weak M   0.3 0.3 0.2 0.1 2.5 0.1   0.1 0.3 2.0 0.2   0.2   0.4 93.6 1152 UG,CC AU,UG,CC 8 148 4 0.05 0.02 0.0 0.02 0.01 0.03 -0.32 0.0 0.0 0.0
16S 41 1255 1282 G:C cWW   Weak M 4.3   0.1 1.2 1.7             0.1     0.1 0.1 92.4 1154 GC GC,UA,AU 6 4 1 0.2 0.01 0.0 0.01 0.06 0.07 -0.31 -0.32 0.0 0.0
16S 44 1401 1501 G:C cWW   Weak M 93.4     5.8 0.1                 0.1 0.4   0.1 791 GC,AU GC,AU 4 3 1 0.29 0.9 0.99 1.9 0.99 0.99 1.65 1.65 0.0 0.68
16S 44 1425 1475 U:G cWW   Weak M 0.2 0.5 1.6 1.8 0.1 2.7       0.1           2.9 89.9 849 UG,UU GC,CG,UU 8 10 6 0.67 0.01 0.0 0.01 0.04 0.07 -0.4 -0.44 0.0 0.0
16S 44 1435 1466 G:C cWW   Weak M 0.6 0.1   0.7 0.4   0.4 0.1 0.1   0.1   2.2     0.5 94.8 849 GA AU,CC,GA 11 9 4 0.4 0.01 0.0 0.01 0.01 0.02 -0.27 -0.28 0.0 0.0
16S 44 1442 1460 G:C cWW   Weak M 0.1 0.1 0.2 2.8 0.1 0.4 0.2 0.1 0.1       0.1     0.4 95.3 849 AU GC,AU,UG 9 6 5 0.67 0.01 0.0 0.01 0.03 0.04 -0.25 -0.24 0.0 0.0
16S 45 1506 1529 U:G No BP   Weak M     15.6     83.0               0.1 0.1 0.9 0.1 672 UA,UG   1 10 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.16 0.99 1.99 1.27 0.0 0.58
16S 45 1511 1524 G:C cWW   Weak M 53.0 3.6 0.3 25.4 15.6 0.3   0.4 0.1 0.3 0.3   0.1   0.1   0.3 674 GC,CG,AU,GU GC,CG,UA,AU 27 45 10 0.28 0.63 0.83 1.45 0.83 0.98 0.83 0.75 0.0 0.58
16S 45 1512 1523 U:G cWW   Weak M   1.6 0.4 0.4   96.4     0.4     0.1   0.1     0.2 675 UG AU,UG 12 5 2 0.23 0.14 0.0 0.14 0.03 0.99 1.76 1.89 0.0 0.58

Advanced export

JSON shape: default, array, newline-delimited

CSV options: 

CREATE VIEW basepair_combined as
select f.molecule, f.helix_number, f.position_1, f.position_2,
       f.reference_base_pair, f.conformation, f.tertiary_type, f.strength, f.group_code,
       f.GC, f.CG, f.UA, f.AU, f.GU, f.UG, f.AA, f.AC, f.AG, f.CA, f.CC, f.CU, f.GA, f.GG, f.UC, f.UU, f.gap, f.Seq as sequences,
       f.predominant_types, f.covarying_types,
       s.Xch, s.Ych, s.PE, s.PES, s.Cov1, s.Cov3, s."C1+C3" as C1_C3,
       s.WC, s.WCGU, s.XCons, s.YCons, s.DfDel, s.PNuc
from basepair_frequency f
left join basepair_collective_score s
  on s.molecule = f.molecule and s.position_1 = f.position_1
 and s.position_2 = f.position_2 and s.group_code = f.group_code;