Base-pair statistics (frequencies and scores together) (view)

predominant_types
Base-pair types shown in bold in the published table (most frequent).
covarying_types
Base-pair types marked * in the published table (involved in a covariation).
sequences
Number of sequences in the group.

61 rows where group_code = "E", molecule = "23S" and strength = "Weak" sorted by position_1

✎ View and edit SQL

This data as json, CSV (advanced)

Suggested facets: reference_base_pair, GC, CG, UA, AU, GU, UG, AC, AG, CA, CU, GA, GG, UC, UU, gap, sequences, covarying_types, Xch, Ych, PE, PES, Cov1, Cov3, WCGU, DfDel, PNuc

conformation 3

tertiary_type 2

strength 1

  • Weak · 61 ✖

molecule 1

  • 23S · 61 ✖

group_code 1

molecule helix_number position_1 ▼ position_2 reference_base_pair conformation tertiary_type strength group_code GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap sequences predominant_types covarying_types Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1_C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc
23S 1 8 2895 C:G cWW   Weak E   2.4                             97.4 41 CG   6 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 -0.91 -0.43 0.01 0.0
23S 6.1 66 88 C:G cWW 3°: pseudoknot Weak E                   0.8             99.1 118     7 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.25 -0.05 0.45 0.0
23S 10 158 168 U:G cWW   Weak E 4.2 2.5 73.3 0.8   0.8 1.7           2.5     0.8 13.3 120 GC,CG,UA,GA GC,CG,UA,AU 5 6 3 0.55 0.56 0.93 1.5 0.93 0.94 0.53 0.68 0.0 0.4
23S 16 274 363 C:G cWW   Weak E 0.5 2.9 15.7 0.5 1.0   3.4 7.8 1.0 2.9 4.4 2.0 0.5 0.5 0.5 9.8 46.6 204 CG,UA,AA,AC,CA,CC,CU,UU CG,UA,GU,AC 15 8 2 0.17 0.31 0.51 0.82 0.37 0.39 -0.64 -0.88 0.13 0.41
23S 18 281 359 C:G cWW   Weak E 8.8 3.4   1.0 1.0         1.5 1.5 5.9   2.5   0.5 74.0 204 GC,CG,CU,GG GC,CU 6 17 1 0.09 0.34 0.57 0.91 0.51 0.55 -0.73 -0.56 0.35 0.2
23S 18 284 356 U:G cWW   Weak E 4.4 5.4 1.0 12.7 11.8 1.0 1.5 2.9 2.9 0.5 6.4   1.5 4.4 9.3 3.4 30.9 204 GC,CG,AU,GU,AC,AG,CC,GG,UC,UU CG,AU,GA,UC 17 19 6 0.33 0.29 0.42 0.7 0.34 0.53 -0.71 -0.44 0.06 0.54
23S 18 293 347 U:A cWW   Weak E 24.5 2.3 10.5 3.6 1.8 0.9 0.9 3.2 3.6 3.6 2.3 3.6 1.8 1.8 8.6 4.1 22.9 220 GC,CG,UA,AU,AC,AG,CA,CC,CU,UC,UU GC,UA,AG,CU 19 23 11 0.52 0.34 0.55 0.88 0.53 0.56 -0.54 -0.18 0.06 0.65
23S 20 327 335 G:C cWW   Weak E 91.4 0.9   6.4       0.5             0.5   0.5 220 GC,AU GC,CG,AU 2 1 1 0.67 0.89 0.99 1.88 0.99 0.99 1.48 1.53 0.0 0.83
23S 21 378 396 C:G cWW   Weak E   19.5 2.7 0.9   76.5                 0.5     221 CG,UA,UG AU,UG 7 5 1 0.17 0.04 0.0 0.04 0.23 0.99 1.22 1.71 0.0 0.84
23S 21 382 392 A:U cWW   Weak E           0.5           0.9     0.5 97.7 0.5 221 UU   1 2 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 1.93 1.87 0.0 0.84
23S 25 538 555 A:G cWW 3°: base pair Weak E 38.2 2.4   9.2 20.8 13.0               0.5   5.8 10.1 207 GC,CG,AU,GU,UG,UU GC,AU,UG 11 11 2 0.18 0.43 0.67 1.1 0.55 0.93 0.13 0.14 0.02 0.71
23S 25.1 564 577 C:G cWW   Weak E   100.0                               207 CG   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 2.0 2.0 0.0 0.79
23S 27 600 657 G:U cWW   Weak E 83.6   0.5 0.5 14.9                       0.5 201 GC,GU GC,UA,AU 1 5 1 0.33 0.06 0.0 0.06 0.85 1.0 1.85 1.34 0.0 0.76
23S 31 641 647 U:G cWW   Weak E                                 100.0 203     0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
23S 32 671 809 C:G cWW   Weak E   100.0                               204 CG   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 2.0 2.0 0.0 0.78
23S 33 687 775 C:G No BP   Weak E   98.5                       1.0     0.5 205 CG   2 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.99 0.99 1.92 1.95 0.0 0.78
23S 33 695 767 G:U cWW   Weak E 5.9       93.2 0.5   0.5                   205 GC,GU GU,UG,AC 2 5 1 0.29 0.14 0.0 0.14 0.06 0.99 1.91 1.61 0.0 0.78
23S 34 703 729 U:G No BP   Weak E   49.3       50.2       0.5               205 CG,UG UG,CA 16 0 0 0.0 0.01 0.0 0.01 0.49 0.99 1.0 1.96 0.0 0.78
23S 34 707 724 G:U cWW   Weak E 0.5       98.0             0.5         1.0 205 GU   1 1 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.99 1.86 1.96 0.01 0.77
23S 37 826 831 U:G cWW   Weak E   75.6       23.5                 0.5   0.5 213 CG,UG CG,UC 5 1 0 0.0 0.02 0.0 0.02 0.76 0.99 1.16 1.91 0.0 0.81
23S 42 1051 1108 G:U cWW   Weak E 98.0     0.5       1.0                 0.5 205 GC GC,AU 2 1 1 0.67 0.33 0.99 1.32 0.99 0.99 1.8 1.9 0.0 0.78
23S 46 1215 1234 G:U cWW   Weak E 1.6       80.7     14.6               2.6 0.5 192 GU,AC,UU GU,AC 2 1 0 0.0 0.78 0.96 1.74 0.02 0.83 1.19 1.31 0.0 0.73
23S 54 1415 1587 U:G cWW   Weak E 24.9 0.6 2.8 4.0 13.6 0.6 8.5   1.1 1.1 0.6 1.1 2.8 6.2 0.6 25.4 6.3 177 GC,UA,AU,GU,AA,GA,GG,UU GC,CG,AA,UU 8 4 1 0.17 0.5 0.63 1.13 0.34 0.49 0.09 -0.06 0.0 0.63
23S 56 1436 1556 G:C cWW   Weak E 65.7 3.4 0.6 14.6 8.4   2.2 1.1         0.6 1.1 2.2     178 GC,CG,AU,GU,AA,UC GC,CG,UA,AU 11 11 4 0.36 0.54 0.84 1.38 0.84 0.93 0.95 0.78 0.0 0.68
23S 56 1440 1551 U:A cWW   Weak E 3.9 7.8   5.6 1.7 1.7                 0.6   78.8 179 GC,CG,AU GC,CG,AU 19 8 2 0.15 0.71 0.82 1.52 0.82 0.97 -0.79 -0.64 0.02 0.14
23S 57 1445 1466 G:U cWW   Weak E 1.7 1.1   2.2 70.6       2.2 5.0     0.6 14.4 1.1 0.6 0.6 180 AU,GU,AG,CA,GG GU,AG,CA,UC 7 6 3 0.46 0.29 0.79 1.08 0.05 0.76 1.29 0.81 0.0 0.68
23S 58 1468 1524 U:G cWW   Weak E     3.9 5.6 0.6 8.9 16.1 1.1 35.6       12.2 11.1     5.1 180 UA,AU,UG,AA,AG,GA,GG AG,GA 13 8 0 0.0 0.21 0.5 0.71 0.1 0.2 0.5 0.39 0.02 0.65
23S 58 1478 1513 G:U cWW   Weak E 15.6 3.3 5.0 21.1 1.7   3.9   0.6 22.2 2.2   1.1 7.2 1.1   15.1 180 GC,CG,UA,AU,AA,CA,CC,GG GC,AU,CA 7 10 2 0.23 0.58 0.69 1.28 0.53 0.55 -0.43 -0.48 0.01 0.58
23S 58 1481 1510 U:G cWW   Weak E 2.8 20.7 7.8 38.5 3.9 3.4 0.6     0.6 1.7 4.5   0.6 3.9 1.1 10.1 179 GC,CG,UA,AU,GU,UG,CU,UC GC,CG,UA,AU 4 9 1 0.15 0.61 0.78 1.39 0.78 0.86 -0.27 -0.08 0.01 0.61
23S 58 1483 1506 G:U cWW   Weak E 2.8 57.2 13.9 10.6 5.6 3.3       1.1   0.6 0.6 0.6 0.6   3.4 180 GC,CG,UA,AU,GU,UG GC,CG,UA,AU 8 9 3 0.35 0.69 0.87 1.56 0.87 0.97 0.18 0.35 0.01 0.66
23S 63 1707 1751 G:U cWW   Weak E 1.9     1.3 96.1                       0.6 155 GU   1 3 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.03 1.0 1.9 1.79 0.0 0.59
23S 64 1770 1982 G:U cWW   Weak E   99.4 0.6                             155 CG CG,UA 1 1 1 1.0 1.0 1.0 2.0 1.0 1.0 1.94 1.94 0.0 0.59
23S 65 1775 1789 U:A tHS   Weak E     97.4                       2.6     156 UA,UC   0 2 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.97 0.97 2.0 1.83 0.0 0.59
23S 66 1799 1820 G:U No BP   Weak E 97.4       0.6     0.6                 1.2 155 GC   0 2 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.99 0.99 1.82 1.78 0.0 0.58
23S 66 1803 1814 A:G tHS 3°: base pair Weak E 2.6 1.9 0.6 1.9 89.1     0.6                 3.2 156 GC,GU CG,UA,GU,AC 4 5 1 0.22 0.42 0.95 1.37 0.07 0.99 1.37 1.3 0.0 0.57
23S 68 1835 1905 G:C cWW   Weak E 99.4       0.6                         155 GC   0 1 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.99 1.0 2.0 1.94 0.0 0.59
23S 68 1841 1901 U:A cWW   Weak E     100.0                             155 UA   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 2.0 2.0 0.0 0.59
23S 68 1842 1898 G:U cWW   Weak E         99.4             0.6           155 GU   1 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.99 1.94 2.0 0.0 0.59
23S 68 1851 1891 U:G cWW   Weak E           100.0                       155 UG   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 2.0 2.0 0.0 0.59
23S 69 1907 1923 G:U cWW   Weak E         100.0                         155 GU   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 2.0 2.0 0.0 0.59
23S 69 1911 1919 U:A No BP   Weak E     99.4                         0.6   155 UA   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.99 0.99 2.0 1.94 0.0 0.59
23S 71 1945 1961 G:C cWW   Weak E 99.4                               0.6 155 GC   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 2.0 1.93 0.0 0.59
23S 71 1947 1959 C:G cWW   Weak E   99.4                             0.6 155 CG   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 2.0 1.93 0.0 0.59
23S 73 2056 2612 G:C cWW   Weak E       100.0                           135 AU   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 2.0 2.0 0.0 0.51
23S 74 2065 2445 C:G cWW   Weak E   98.6                             1.4 144 CG   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 1.93 1.87 0.0 0.54
23S 74 2075 2434 U:A No BP   Weak E     98.1                         1.9   155 UA   0 1 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.98 0.98 2.0 1.86 0.0 0.59
23S 75 2077 2243 A:U cWW   Weak E       99.4                         0.6 155 AU   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 1.93 2.0 0.0 0.59
23S 76 2100 2189 G:U cWW   Weak E 13.5   2.6 12.3 70.3             0.6         0.6 155 GC,UA,AU,GU UA,GU 5 6 1 0.18 0.09 0.0 0.09 0.29 0.99 1.17 1.24 0.0 0.59
23S 76 2109 2180 U:U cWW 3°: base pair Weak E 96.1     0.6   2.6                     0.6 155 GC,UG GC,AU,UG 1 1 1 1.0 1.0 1.0 2.0 0.97 1.0 1.7 1.77 0.0 0.59
23S 77 2120 2178 G:C cWW   Weak E 11.0 3.2   65.2 20.0                       0.6 155 GC,CG,AU,GU GC,CG,AU 8 4 2 0.33 0.41 0.8 1.21 0.8 1.0 0.92 1.23 0.0 0.59
23S 78 2136 2155 G:U cWW   Weak E       0.6                         99.3 155     0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 -0.04 -0.15 0.01 0.0
23S 78 2143 2148 C:G cWW   Weak E         0.6                       99.2 155     0 1 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 -0.04 -0.29 0.03 0.0
23S 80 2249 2255 U:G No BP   Weak E           98.1               1.9       155 UG   1 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.98 1.86 2.0 0.0 0.59
23S 83 2291 2341 U:G cWW   Weak E 14.2 33.5 12.3 0.6   37.4     0.6 1.3               155 GC,CG,UA,UG GC,AU,UG,CA 6 8 4 0.57 0.26 0.54 0.79 0.61 0.98 0.49 0.76 0.0 0.59
23S 85.1 2328 2387 A:U cWW 3°: pseudoknot Weak E       97.4       2.6                   155 AU,AC   0 1 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.97 0.97 2.0 1.76 0.0 0.59
23S 86 2351 2366 G:A cWW 3°: base pair Weak E 16.1 3.9 3.9 2.6 1.9 1.3             70.3         155 GC,CG,UA,AU,GA CG,AU,GA 5 8 4 0.61 0.22 0.77 0.98 0.27 0.3 1.3 0.83 0.0 0.59
23S 89 2455 2496 G:C cWW   Weak E         100.0                         138 GU   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 2.0 2.0 0.0 0.53
23S 89 2460 2490 U:G cWW   Weak E                               99.3 0.7 138 UU   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 2.0 1.92 0.0 0.52
23S 93 2592 2601 G:C cWW   Weak E 98.6                               1.4 139 GC   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 2.0 1.86 0.01 0.52
23S 95 2652 2668 C:G cWW   Weak E 4.3 0.7 22.3 3.6 3.6 1.4       2.2 22.3       39.6     139 GC,UA,AU,GU,CA,CC,UC AU,CA,UC 7 8 1 0.13 0.1 0.0 0.1 0.31 0.36 0.62 0.72 0.0 0.53
23S 96 2696 2711 U:A cWW   Weak E   12.2 24.5     44.6       7.2   5.0       6.5   139 CG,UA,UG,CA,CU,UU UG,CA 6 10 3 0.38 0.13 0.0 0.13 0.37 0.81 1.2 0.59 0.0 0.53

Advanced export

JSON shape: default, array, newline-delimited

CSV options: 

CREATE VIEW basepair_combined as
select f.molecule, f.helix_number, f.position_1, f.position_2,
       f.reference_base_pair, f.conformation, f.tertiary_type, f.strength, f.group_code,
       f.GC, f.CG, f.UA, f.AU, f.GU, f.UG, f.AA, f.AC, f.AG, f.CA, f.CC, f.CU, f.GA, f.GG, f.UC, f.UU, f.gap, f.Seq as sequences,
       f.predominant_types, f.covarying_types,
       s.Xch, s.Ych, s.PE, s.PES, s.Cov1, s.Cov3, s."C1+C3" as C1_C3,
       s.WC, s.WCGU, s.XCons, s.YCons, s.DfDel, s.PNuc
from basepair_frequency f
left join basepair_collective_score s
  on s.molecule = f.molecule and s.position_1 = f.position_1
 and s.position_2 = f.position_2 and s.group_code = f.group_code;