Base-pair statistics (frequencies and scores together) (view)

predominant_types
Base-pair types shown in bold in the published table (most frequent).
covarying_types
Base-pair types marked * in the published table (involved in a covariation).
sequences
Number of sequences in the group.

47 rows where group_code = "E", molecule = "16S" and strength = "Weak" sorted by position_1

✎ View and edit SQL

This data as json, CSV (advanced)

Suggested facets: helix_number, reference_base_pair, GC, CG, UA, AU, UG, AA, AC, AG, CA, CC, CU, GA, GG, UC, UU, gap, predominant_types, covarying_types, Xch, Ych, PE, PES, Cov1, Cov3, C1_C3, WC, WCGU, XCons, DfDel, PNuc

conformation 4

tertiary_type 2

strength 1

  • Weak · 47 ✖

molecule 1

  • 16S · 47 ✖

group_code 1

molecule helix_number position_1 ▼ position_2 reference_base_pair conformation tertiary_type strength group_code GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap sequences predominant_types covarying_types Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1_C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc
16S 1 13 21 U:G No BP   Weak E   0.1 0.1     98.9                     0.8 815 UG   0 1 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.9 1.97 0.01 0.77
16S 3 35 549 G:C cWW   Weak E 90.8     0.1 7.1           0.1   0.2   0.3 0.2 1.1 904 GC,GU GC,UU 2 5 1 0.29 0.03 0.0 0.03 0.92 0.99 1.84 1.58 0.01 0.85
16S 3 37 547 U:A tWS   Weak E     98.0     0.8       0.1         0.1 0.1 0.9 912 UA   0 4 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.99 1.0 1.9 1.91 0.01 0.86
16S 4 39 403 G:C cWW   Weak E 2.4   4.0   1.5   0.8 0.4   0.1 0.1   89.7       1.0 919 GC,UA,GA AC,GA 6 10 1 0.12 0.05 0.0 0.05 0.07 0.08 1.54 1.69 0.01 0.86
16S 5 54 357 C:G cWW   Weak E   99.6       0.2           0.1         0.1 946 CG   1 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 1.96 1.98 0.0 0.9
16S 5 56 356 U:A cWW   Weak E     99.5       0.2           0.1   0.1   0.1 958 UA   1 1 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 1.95 1.99 0.0 0.91
16S 5 58 354 C:G cWW   Weak E   99.6       0.1     0.1         0.1     0.1 960 CG   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 1.95 1.99 0.0 0.91
16S 6 62 105 U:G cWW   Weak E                                 100.0 965     5 6 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.72 -0.01 0.0 0.0
16S 6 68 101 G:A cWW 3°: base pair Weak E   1.5 93.1 2.6   0.3 0.2   0.2 0.2   0.1 0.2 0.1   1.3 0.1 973 UA,AU CG,UA,AU 8 6 3 0.43 0.61 0.97 1.58 0.97 0.98 1.63 1.6 0.0 0.92
16S 12 292 308 G:C cWW   Weak E 0.3     43.2 51.6   0.1 1.3 0.1     0.1 1.5     1.8 0.1 1025 AU,GU GU,AC 15 8 1 0.09 0.03 0.0 0.03 0.44 0.95 0.87 1.76 0.0 0.97
16S 14 342 347 C:G cWW   Weak E   100.0                               1018 CG   1 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 1.99 2.0 0.0 0.97
16S 15 375 388 U:G No BP   Weak E 0.1 0.2 0.1     98.0             0.1 0.2   0.1 1.3 1026 UG GC,UG 1 1 1 1.0 0.12 0.0 0.12 0.0 1.0 1.93 1.84 0.01 0.96
16S 16 406 436 G:C cWW   Weak E                                 100.0 1030     0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 -0.02 0.0 0.0 0.0
16S 16 416 427 G:U cWW   Weak E                                 100.0 1030     0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
16S 16 419 424 C:G cWW   Weak E                                 100.0 1030     0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
16S 19.1 571 865 U:A cWW 3°: pseudoknot Weak E     99.6     0.3       0.1               1015 UA   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 1.99 1.97 0.0 0.96
16S 20 584 757 G:U cWW   Weak E 0.2       97.7               2.1         1033 GU,GA   0 3 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.98 2.0 1.83 0.0 0.98
16S 21 594 645 U:G cWW   Weak E                                 100.0 1042     0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
16S 21 597 643 G:C cWW   Weak E                                 100.0 1042     0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
16S 21 605 633 U:G cWW   Weak E                                 100.0 1042     0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
16S 21 606 632 G:U No BP   Weak E                                 100.0 1042     0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
16S 22 658 748 C:G cWW   Weak E 0.5 0.8 0.1 82.3 4.8   0.8 2.1 0.6 1.8 0.1 0.8 1.8 0.3 2.8 0.4 0.1 1028 AU,GU,AC,UC CG,AU,GA,UC 10 15 1 0.08 0.28 0.87 1.16 0.84 0.89 1.21 1.3 0.0 0.97
16S 22 666 740 G:U cWW   Weak E 1.1   0.1 0.3 6.9   0.1   0.8       90.6 0.1     0.1 1028 GU,GA AG,GA 1 7 0 0.0 0.08 0.0 0.08 0.01 0.08 1.9 1.46 0.0 0.97
16S 23 677 713 U:G cWW   Weak E     84.4     8.0 0.4     5.6   0.9     0.7 0.1   1029 UA,UG,CA UA,CU 10 8 3 0.33 0.06 0.0 0.06 0.84 0.92 1.62 1.47 0.0 0.98
16S 23 684 706 U:A cWW   Weak E 29.8 0.1 0.1 1.1 68.6             0.1     0.2   0.1 1028 GC,GU CG,GU,UC 5 7 3 0.5 0.01 0.0 0.01 0.31 1.0 1.85 1.09 0.0 0.97
16S 23 690 697 G:U tSH   Weak E 0.6     0.4 98.4               0.5 0.1       1032 GU   2 3 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.99 1.96 1.89 0.0 0.98
16S 26 832 854 G:U cWW   Weak E 0.9 0.7 0.3 0.5 4.3 0.2 61.3 23.8 2.6 0.1     0.6 0.1 0.7 3.7 0.4 1040 GU,AA,AC,AG,UU CG,GU,AA,UC 14 16 7 0.47 0.15 0.0 0.15 0.02 0.07 1.34 0.56 0.0 0.98
16S 26.1 861 868 G:C cWW   Weak E 95.3 0.6   0.6 1.7           0.1       0.1 1.7   1019 GC GC,CG,UU 5 5 1 0.2 0.48 0.97 1.46 0.96 0.98 1.76 1.71 0.0 0.97
16S 28 925 1391 G:U cWW   Weak E         99.7                 0.1   0.1 0.1 974 GU   0 1 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.99 1.98 0.0 0.92
16S 28 935 1380 A:U cWW   Weak E       99.5       0.1 0.1     0.2         0.1 973 AU   1 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 1.97 1.96 0.0 0.92
16S 29 942 1341 G:U cWW   Weak E 0.3     0.1 99.4                     0.1 0.1 975 GU   1 1 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.98 1.96 0.0 0.92
16S 30 950 1231 U:G cWW   Weak E   0.2 0.1     97.6               0.9   0.1 1.0 974 UG   3 1 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.99 1.83 1.94 0.0 0.92
16S 31 960 975 U:A No BP   Weak E     0.7     99.0     0.1         0.2       1006 UG   0 4 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 1.0 1.97 1.94 0.0 0.95
16S 31 961 974 U:A No BP   Weak E   0.1 2.4     96.7         0.4     0.1 0.3     1007 UA,UG UG,CC 0 7 0 0.0 0.12 0.0 0.12 0.03 0.99 1.94 1.78 0.0 0.95
16S 34 1052 1206 U:G cWW   Weak E   0.2       99.3                   0.1 0.4 999 UG   0 1 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.97 1.94 0.0 0.94
16S 34 1053 1205 G:U No BP   Weak E         99.8                       0.2 997 GU   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.99 1.98 0.0 0.94
16S 34 1058 1199 G:U cWW   Weak E         99.2             0.5         0.3 1000 GU   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.99 1.93 1.98 0.0 0.95
16S 40 1158 1178 C:G No BP   Weak E   80.9 0.1     2.7   0.1 0.1 0.8 12.7 0.7   0.2 1.2 0.1 0.5 1019 CG,UG,CC CG,UC 5 8 1 0.15 0.06 0.0 0.06 0.81 0.84 1.71 1.23 0.01 0.96
16S 40 1159 1177 U:G No BP   Weak E 0.1 1.6 0.7 0.4   65.6 10.1 2.2 8.0 2.3 0.2 0.2 0.4 5.1 0.3 2.3 0.7 1018 UG,AA,AC,AG,CA,GG,UU UG,AA,CC 15 13 4 0.29 0.31 0.77 1.07 0.03 0.69 0.72 1.0 0.01 0.96
16S 41 1255 1282 G:C cWW   Weak E           0.2 0.1                   99.7 1027   UG,AA 0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 -0.03 -0.05 0.0 0.0
16S 44 1401 1501 G:C cWW   Weak E 99.8             0.1                 0.1 860 GC   1 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 1.98 2.0 0.0 0.81
16S 44 1425 1475 U:G cWW   Weak E 8.4 0.9 4.1 25.9 50.5 0.9 0.5 2.3       0.2 0.4   5.5 0.2 0.1 962 GC,UA,AU,GU,AC,UC CG,GU,AA,UC 28 17 6 0.27 0.14 0.0 0.14 0.39 0.91 0.61 0.95 0.0 0.91
16S 44 1435 1466 G:C cWW   Weak E 24.1 4.8 0.8 24.7 31.7 8.5 0.1 0.4 0.3 0.1 0.1 0.2 2.6   0.3 0.2 1.1 979 GC,CG,AU,GU,UG,GA GU,UG,AC,CA 15 19 5 0.29 0.13 0.0 0.13 0.55 0.96 0.46 0.43 0.0 0.92
16S 44 1442 1460 G:C cWW   Weak E 0.3   0.1       31.0 0.1 0.1       61.3 0.2     6.9 1001 AA,GA AG,GA 6 6 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.71 1.42 0.0 0.88
16S 45 1506 1529 U:G No BP   Weak E   2.0 0.4     95.8     0.1           0.1   1.4 684 CG,UG   3 2 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.03 1.0 1.83 1.8 0.01 0.64
16S 45 1511 1524 G:C cWW   Weak E 93.9       4.4     0.4         0.3 0.6     0.4 708 GC,GU   1 5 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.94 0.99 1.89 1.62 0.0 0.67
16S 45 1512 1523 U:G cWW   Weak E   0.1 0.3     94.4       0.1       0.1 0.3 4.2 0.4 710 UG,UU UG,CA 0 4 0 0.0 0.03 0.0 0.03 0.0 0.95 1.91 1.63 0.0 0.67

Advanced export

JSON shape: default, array, newline-delimited

CSV options: 

CREATE VIEW basepair_combined as
select f.molecule, f.helix_number, f.position_1, f.position_2,
       f.reference_base_pair, f.conformation, f.tertiary_type, f.strength, f.group_code,
       f.GC, f.CG, f.UA, f.AU, f.GU, f.UG, f.AA, f.AC, f.AG, f.CA, f.CC, f.CU, f.GA, f.GG, f.UC, f.UU, f.gap, f.Seq as sequences,
       f.predominant_types, f.covarying_types,
       s.Xch, s.Ych, s.PE, s.PES, s.Cov1, s.Cov3, s."C1+C3" as C1_C3,
       s.WC, s.WCGU, s.XCons, s.YCons, s.DfDel, s.PNuc
from basepair_frequency f
left join basepair_collective_score s
  on s.molecule = f.molecule and s.position_1 = f.position_1
 and s.position_2 = f.position_2 and s.group_code = f.group_code;