Base-pair statistics (frequencies and scores together) (view)

predominant_types
Base-pair types shown in bold in the published table (most frequent).
covarying_types
Base-pair types marked * in the published table (involved in a covariation).
sequences
Number of sequences in the group.

425 rows where group_code = "E", molecule = "16S" and strength = "Strong" sorted by position_1

✎ View and edit SQL

This data as json, CSV (advanced)

Suggested facets: reference_base_pair, AA, AG, CC, GA, GG, UC, PE, DfDel, PNuc

conformation 6

tertiary_type 2

strength 1

  • Strong · 425 ✖

molecule 1

  • 16S · 425 ✖

group_code 1

molecule helix_number position_1 ▼ position_2 reference_base_pair conformation tertiary_type strength group_code GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap sequences predominant_types covarying_types Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1_C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc
16S 1 9 25 G:C cWW   Strong E   97.1 0.1     0.3     0.1 0.1 0.1     0.1     2.0 784 CG CG,UA 3 2 2 0.8 0.14 0.0 0.14 0.99 0.99 1.73 1.95 0.02 0.73
16S 1 10 24 A:U cWW   Strong E   0.8 92.6 5.0           0.4   0.1 0.1       1.0 793 UA,AU CG,UA,AU 3 2 2 0.8 0.9 0.99 1.9 0.99 0.99 1.5 1.63 0.01 0.74
16S 1 11 23 G:C cWW   Strong E 99.0                   0.1       0.1   0.7 806 GC   1 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 1.89 1.99 0.01 0.76
16S 1 12 22 U:G cWW   Strong E 93.9     0.6 0.1     4.8     0.1           0.4 815 GC,AC GC,AU 3 4 3 0.86 0.11 0.0 0.11 0.95 0.95 1.63 1.91 0.0 0.77
16S 2 17 918 U:A cWW 3°: pseudoknot Strong E     96.8 0.1   1.4       0.4         0.7 0.1 0.5 812 UA UA,AU 2 2 1 0.5 0.04 0.0 0.04 0.97 0.99 1.91 1.81 0.0 0.77
16S 2 18 917 C:G cWW 3°: pseudoknot Strong E   85.5 7.2     0.6       6.5             0.2 825 CG,UA,CA CG,UA 2 5 1 0.29 0.5 0.93 1.43 0.93 0.93 1.58 1.34 0.0 0.78
16S 2 19 916 A:U cWW 3°: pseudoknot Strong E   97.0 2.4             0.5             0.1 826 CG,UA CG,UA 0 3 0 0.0 0.83 0.99 1.83 0.99 0.99 1.82 1.79 0.0 0.78
16S 3 27 556 G:C cWW   Strong E 21.0 4.9 0.2 70.8 0.5   0.6 0.1       0.1       1.8 0.1 883 GC,CG,AU GC,CG,UA,AU 8 9 5 0.59 0.9 0.97 1.86 0.97 0.97 0.83 0.98 0.0 0.84
16S 3 28 555 A:U cWW   Strong E 22.4 0.4 0.1 2.5 72.6 0.1   0.1       0.9 0.1     0.6 0.2 889 GC,AU,GU CG,UA,GU,AC 9 12 1 0.1 0.03 0.0 0.03 0.26 0.98 1.63 1.19 0.0 0.84
16S 3 29 554 U:A cWW   Strong E 0.5   92.7 0.2 0.2 0.6       0.1 0.1         0.2 5.3 880 UA GC,UA,AU 2 6 2 0.5 0.35 0.99 1.34 0.99 0.99 1.5 1.82 0.04 0.79
16S 3 30 553 U:A cWW   Strong E 0.7 0.7   95.8 1.7   0.4 0.1           0.1     0.6 898 AU GC,CG,AU 6 5 4 0.73 0.36 0.98 1.34 0.98 0.99 1.72 1.85 0.01 0.85
16S 3 32 552 A:U cWW   Strong E 2.6 0.1 93.1       0.1     0.1   0.1   2.7 0.1 0.1 1.0 897 GC,UA,GG UA,CU,GG 6 6 3 0.5 0.47 0.97 1.44 0.97 0.97 1.56 1.61 0.01 0.84
16S 3 33 551 A:U cWW   Strong E 0.2     98.3 0.1     0.1 0.1               1.1 895 AU GC,AU 2 3 2 0.8 0.4 1.0 1.4 1.0 1.0 1.87 1.94 0.01 0.84
16S 3 34 550 C:G cWW   Strong E   9.6 1.8 0.2 0.1 86.5           0.2   0.7     0.9 893 CG,UG UG,CU 10 4 2 0.29 0.02 0.0 0.02 0.12 0.99 1.36 1.78 0.01 0.84
16S 3 36 548 C:G cWW   Strong E   98.3       0.1       0.1 0.2           1.2 909 CG   0 1 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 1.89 1.95 0.01 0.85
16S 4 40 402 C:G cWW   Strong E 0.2 0.9 95.3 0.4   0.7 0.1     0.2   0.1 0.7   0.4 0.1 0.9 917 UA GC,CG,UA,AU 8 9 6 0.71 0.4 0.98 1.38 0.98 0.98 1.7 1.75 0.01 0.86
16S 4 41 401 G:C cWW   Strong E 0.9 41.2 0.7 0.4 0.1 3.2 0.2     22.5   29.7 0.1       1.1 920 CG,UG,CA,CU GC,CG,UA,AU 9 21 2 0.13 0.03 0.0 0.03 0.44 0.47 1.53 0.37 0.01 0.86
16S 4 42 400 G:C cWW   Strong E   2.3 96.3     0.4       0.3             0.7 922 CG,UA CG,UA 5 6 3 0.55 0.75 0.99 1.74 0.99 1.0 1.76 1.81 0.01 0.87
16S 4 43 399 C:G cWW   Strong E   19.4 7.4 0.1   2.2 3.4     66.4 0.1         0.4 0.6 922 CG,UA,UG,AA,CA AU,UG,CA 13 9 4 0.36 0.07 0.0 0.07 0.27 0.29 1.25 1.14 0.01 0.87
16S 4 44 398 A:U cWW   Strong E       0.5     1.8 90.2 0.2   0.8       1.3 4.3 0.9 933 AC,UU AC,UU 7 2 0 0.0 0.48 0.95 1.44 0.01 0.01 1.55 1.57 0.01 0.88
16S 4 45 396 G:C cWW   Strong E 0.2 0.3 0.3 2.5 1.7   0.4   92.3         2.1     0.1 935 AU,AG,GG UA,GU,AG 9 5 4 0.57 0.27 0.94 1.21 0.03 0.05 1.68 1.67 0.0 0.89
16S 4 46 395 G:C cWW   Strong E 2.9     78.9 17.9                       0.3 938 GC,AU,GU GC,AU 10 4 3 0.43 0.14 0.0 0.14 0.82 1.0 1.23 1.82 0.0 0.89
16S 5 47 361 C:G cWW 3°: base pair Strong E 97.6   1.7 0.1       0.1         0.1   0.1   0.2 936 GC GC,UA,AU 2 2 2 1.0 0.85 1.0 1.85 1.0 1.0 1.83 1.85 0.0 0.89
16S 5 52 359 C:G cWW   Strong E 95.6 3.7 0.1   0.1           0.1     0.2     0.1 940 GC,CG GC,CG,UA 5 6 5 0.91 0.9 1.0 1.9 1.0 1.0 1.74 1.75 0.0 0.89
16S 5 53 358 A:U cWW   Strong E   99.6   0.1   0.1     0.1               0.1 944 CG CG,AU 3 2 2 0.8 0.33 1.0 1.33 1.0 1.0 1.95 1.99 0.0 0.9
16S 5 57 355 G:C cWW   Strong E 99.7                         0.1 0.1   0.1 957 GC   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 1.97 1.99 0.0 0.91
16S 6 61 106 G:C cWW   Strong E 96.3     0.3 2.6           0.1   0.2 0.1 0.2 0.1 0.1 963 GC,GU GC,AU 1 10 1 0.18 0.09 0.0 0.09 0.97 0.99 1.91 1.77 0.0 0.91
16S 6 63 104 C:G cWW   Strong E 0.1 69.3     0.1 0.6     0.6   0.1     24.3     4.8 971 CG,GG CG,GU 10 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.73 0.74 0.72 1.74 0.05 0.88
16S 6 66 103 A:U cWW   Strong E   0.7 1.8 81.2 0.8 1.8 0.1 11.9 0.6   0.1 0.1 0.1 0.5   0.2 0.1 971 AU,AC AU,UG,CC,GA 7 9 0 0.0 0.13 0.0 0.13 0.84 0.86 1.57 1.06 0.0 0.92
16S 6 67 102 C:G cWW   Strong E 94.6 0.2 1.4 1.0 0.5   0.4 0.4 0.3         0.1 0.8 0.1 0.1 974 GC GC,CG,UA,AU 7 8 3 0.4 0.5 0.97 1.47 0.97 0.98 1.66 1.68 0.0 0.92
16S 6 69 99 G:C cWW   Strong E                                 100.0 1020     0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 -0.02 -0.02 0.0 0.0
16S 6 70 98 U:A cWW   Strong E                                 100.0 1020     0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 -0.01 0.0 0.0 0.0
16S 6 73 97 C:G cWW   Strong E                                 100.0 1020     0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 -0.01 0.0 0.0 0.0
16S 6 74 96 A:U cWW   Strong E                                 100.0 1020     0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 -0.01 0.0 0.0 0.0
16S 6 75 95 G:C cWW   Strong E                                 100.0 1020     0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 -0.01 0.0 0.0 0.0
16S 6 76 93 G:U cWW   Strong E                                 100.0 1020     0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 -0.01 0.0 0.0 0.0
16S 6 77 92 A:U cWW   Strong E                                 100.0 1020     0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 -0.01 0.0 0.0 0.0
16S 6 78 91 A:U cWW   Strong E                                 100.0 1020     0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 -0.01 0.0 0.0 0.0
16S 6 79 90 G:C cWW   Strong E                                 100.0 1020     0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 -0.01 0.0 0.0 0.0
16S 6 80 89 A:U cWW   Strong E                                 100.0 1020     0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 -0.01 0.0 0.0 0.0
16S 6 81 88 A:U cWW   Strong E                                 100.0 1020     0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 -0.01 0.0 0.0 0.0
16S 6 82 87 G:C cWW   Strong E                                 100.0 1020     0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 -0.01 0.0 0.0 0.0
16S 6.1 113 314 G:C cWW   Strong E   99.6                       0.3     0.1 1008 CG   4 2 2 0.67 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 1.96 2.0 0.0 0.95
16S 6.1 114 313 U:A cWW   Strong E     99.6       0.1     0.1     0.1       0.1 1013 UA   1 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 1.95 2.0 0.0 0.96
16S 6.1 115 312 G:C cWW   Strong E   99.3       0.3           0.2   0.1     0.1 1009 CG   5 3 2 0.5 0.0 0.0 0.0 0.99 1.0 1.95 1.98 0.0 0.96
16S 7 122 239 G:U cWW   Strong E 0.8   1.9   0.2   28.0 10.6 2.2 0.7 3.2   0.6 0.1 51.8   0.1 1014 AA,AC,AG,CC,UC GU,AA,UC 19 9 4 0.29 0.59 0.8 1.39 0.03 0.03 0.7 0.94 0.0 0.96
16S 7 123 238 U:A cWW   Strong E 0.2 96.6 0.3 0.5     0.3         0.4 0.2 1.3     0.2 1014 CG GC,CG,UA,AU 6 5 5 0.91 0.31 0.98 1.29 0.98 0.98 1.76 1.83 0.0 0.96
16S 7 124 237 C:G cWW   Strong E 1.3 0.5 3.3 94.1 0.5     0.2       0.1         0.1 1014 UA,AU GC,CG,UA,AU 7 5 4 0.67 0.86 0.99 1.86 0.99 1.0 1.6 1.64 0.0 0.96
16S 7 125 236 U:A cWW   Strong E 96.0 1.6 0.5 1.3 0.2           0.2       0.1   0.2 1013 GC GC,CG,UA,AU 7 6 5 0.77 0.87 0.99 1.87 0.99 1.0 1.71 1.72 0.0 0.96
16S 7 126 235 G:C cWW   Strong E 0.1 2.3 0.5 2.9 0.1   1.7         20.4   0.2 0.5 71.1 0.3 1012 CG,AU,CU,UU GC,CG,AA,UU 13 6 2 0.21 0.14 0.0 0.14 0.06 0.06 0.92 1.61 0.0 0.96
16S 7 127 234 G:C cWW   Strong E 1.1 2.6 4.3 6.6 1.3 15.7 0.2   0.1 1.9   0.5   0.1 0.3 65.2 0.2 1013 CG,UA,AU,UG,UU GC,CG,AA,UU 18 15 3 0.18 0.11 0.0 0.11 0.15 0.32 1.17 0.88 0.0 0.96
16S 7 128 233 G:C cWW   Strong E 2.6 0.2 2.0 89.6 1.4 0.1 0.7 0.9 0.1     0.2 0.1 0.2   1.9 0.1 1014 GC,UA,AU GC,CG,UA,AU 15 6 3 0.29 0.46 0.94 1.41 0.94 0.96 1.46 1.55 0.0 0.96
16S 7 129 232 A:G cWW 3°: base pair Strong E 0.1 0.8 72.3   0.1 25.7 0.1   0.4       0.1 0.1   0.2 0.1 1015 UA,UG CG,UA,GU 6 17 3 0.26 0.03 0.0 0.03 0.73 0.99 1.84 1.12 0.0 0.96
16S 7 131 231 A:U cWW   Strong E   0.9 97.2 0.8   0.6       0.1   0.1 0.2       0.1 1014 UA CG,UA,AU 5 4 4 0.89 0.63 0.99 1.62 0.99 1.0 1.81 1.82 0.0 0.96
16S 7 132 230 C:G cWW   Strong E 0.3 7.0 89.2 0.2   2.7 0.1   0.2 0.2         0.1   0.1 1015 CG,UA,UG GC,CG,UA,AU 9 13 6 0.55 0.7 0.97 1.67 0.97 0.99 1.54 1.47 0.0 0.96
16S 7 136 227 C:G cWW   Strong E 0.7 2.4 8.3 0.9   0.1           0.1   0.3 0.3 86.3 0.7 1013 CG,UA,UU GC,CG,UU 6 9 2 0.27 0.23 0.9 1.13 0.12 0.12 1.63 1.28 0.0 0.95
16S 7 137 226 U:G cWW   Strong E 3.6 21.2 56.4 12.9 3.6 0.4       0.3 0.1 0.2 0.1     0.6 0.6 1005 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU 16 16 11 0.69 0.88 0.95 1.82 0.95 0.99 0.36 0.43 0.0 0.95
16S 7 138 225 G:C cWW   Strong E 92.2 0.3 3.4 0.5 0.2 0.1   0.1 0.5   0.5 1.5 0.4 0.1 0.1   0.1 1006 GC,UA GC,UA,AG,CU 8 8 4 0.5 0.7 0.98 1.68 0.96 0.97 1.52 1.54 0.0 0.95
16S 7 139 224 A:U cWW   Strong E 12.1 1.3 0.1 80.3 3.1 0.1 0.6 0.4 0.7 0.2 0.7     0.3     0.2 1016 GC,AU,GU GC,CG,UA,AU 19 19 14 0.74 0.69 0.94 1.63 0.94 0.97 1.19 1.21 0.0 0.96
16S 7 140 223 U:A cWW   Strong E 5.9 3.7 50.8 7.0   1.5 0.3     2.1 0.4 0.2 0.5 0.7 2.1 24.2 0.7 1014 GC,CG,UA,AU,CA,UC,UU GC,CG,UA,AU 19 29 13 0.54 0.34 0.68 1.02 0.68 0.69 0.89 0.41 0.0 0.95
16S 7 141 222 G:C cWW   Strong E 26.8 6.9 1.8 6.3 9.7 0.4 5.1 5.7 13.3 2.5 9.6 2.4 3.8 4.3 0.3 1.1 0.1 1015 GC,CG,AU,GU,AA,AC,AG,CA,CC,CU,GA,GG GC,AG,CA,UU 25 33 7 0.24 0.23 0.44 0.67 0.42 0.52 0.3 0.13 0.0 0.96
16S 7 142 221 G:C cWW   Strong E 0.6 2.7 2.4 4.6 1.0 8.4 6.8 2.1 6.2 0.3   0.2 3.2 59.7   0.4 1.6 1014 CG,UA,AU,UG,AA,AC,AG,GA,GG AA,GG,UU 39 32 10 0.28 0.19 0.0 0.19 0.1 0.2 0.55 0.85 0.0 0.95
16S 8 144 178 G:C cWW   Strong E 0.1 85.1 0.4 0.2   4.8     2.4 0.7   0.4   1.3 0.1   4.7 1017 CG,UG,AG GC,CG,UA,AU 15 8 3 0.26 0.07 0.0 0.07 0.9 0.95 1.19 1.47 0.04 0.92
16S 8 145 177 G:G cWW 3°: base pair Strong E 0.3 0.3 0.1 24.8 1.2   1.3 0.9 0.2 0.1   2.0     0.1 64.6 4.3 1018 AU,CU,UU GC,CG,AA,UU 28 7 4 0.23 0.06 0.0 0.06 0.27 0.28 0.74 1.45 0.03 0.93
16S 8 146 176 G:C cWW   Strong E 0.9 27.0 65.2 2.8 0.5 0.1     0.6     0.1 0.2 0.1   0.4 2.2 1015 CG,UA,AU GC,CG,UA,AU 11 10 6 0.57 0.94 0.98 1.92 0.98 0.99 0.76 0.67 0.02 0.94
16S 8 147 175 G:C cWW   Strong E 95.6 1.0 0.2 0.8 0.6       0.5   0.1 0.1       0.1 1.1 1019 GC GC,CG,UA,AU 4 4 1 0.25 0.59 0.99 1.57 0.99 0.99 1.69 1.66 0.01 0.96
16S 8 152 169 A:C tHW 3°: base pair Strong E 0.4     0.1   0.2 1.3 83.6 1.0 0.6 9.8   0.9   1.4 0.2 0.6 1021 AC,CC UG,AC,GA 16 6 0 0.0 0.07 0.0 0.07 0.01 0.01 1.26 1.66 0.0 0.96
16S 8 153 168 C:G cWW   Strong E   98.4 0.3     0.3 0.3     0.1 0.2     0.2   0.2   1019 CG CG,UA 4 4 3 0.75 0.31 0.99 1.3 0.99 0.99 1.88 1.9 0.0 0.97
16S 8 154 167 U:A cWW   Strong E 0.6 8.8 30.4 0.3   0.1   0.3   59.3     0.1       0.1 1020 CG,UA,CA GC,AU,UG,CA 13 10 7 0.61 0.02 0.0 0.02 0.4 0.4 1.0 1.47 0.0 0.97
16S 8 155 166 A:U cWW   Strong E 1.4 2.1 2.7 4.8 3.3       0.1 0.1 0.2     85.3       1020 CG,UA,AU,GU,GG UA,AU,CC,GG 7 7 3 0.43 0.53 0.93 1.46 0.11 0.14 1.38 1.3 0.0 0.97
16S 8 156 165 C:G cWW   Strong E 1.6 7.8 86.8 1.7 0.2 1.3     0.1 0.5   0.1         0.1 1019 CG,UA GC,CG,UA,AU 10 10 8 0.8 0.84 0.98 1.81 0.98 0.99 1.33 1.3 0.0 0.97
16S 8 157 164 U:G cWW   Strong E 2.7     48.8 47.2 0.4 0.1         0.1       0.3 0.4 1019 GC,AU,GU GC,AU,UG 10 4 3 0.43 0.06 0.0 0.06 0.52 0.99 0.93 1.74 0.0 0.96
16S 8 158 163 G:C cWW   Strong E 89.3 5.8 1.1 0.4 0.3 1.9   0.2     0.2   0.2   0.1 0.4 0.2 1021 GC,CG GC,CG,UA,AU 7 9 2 0.25 0.69 0.97 1.66 0.97 0.99 1.41 1.41 0.0 0.97
16S 9 184 193 G:C cWW   Strong E                                 100.0 1028     0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
16S 9 185 192 U:A cWW   Strong E                                 100.0 1028     0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
16S 9 186 191 C:G cWW   Strong E                                 100.0 1028     0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
16S 10 198 219 G:U cWW   Strong E                                 100.0 1028     0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 -0.01 0.0 0.0
16S 10 199 218 A:U cWW   Strong E                                 100.0 1028     0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
16S 10 200 217 G:C cWW   Strong E                                 100.0 1028     0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
16S 10 201 216 G:U cWW   Strong E                                 100.0 1028     0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
16S 10 202 215 G:C cWW   Strong E                                 100.0 1028     0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
16S 10 203 214 G:C cWW   Strong E                                 100.0 1028     0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
16S 10 206 213 C:G cWW   Strong E                                 100.0 1028     0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
16S 10 207 212 C:G cWW   Strong E                                 100.0 1028     0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
16S 11 240 286 G:C cWW   Strong E 0.6 97.3 1.3 0.5   0.2       0.1             0.1 1026 CG GC,CG,UA,AU 5 5 4 0.8 0.89 1.0 1.89 1.0 1.0 1.79 1.79 0.0 0.97
16S 11 241 285 G:C cWW   Strong E 0.8 87.0 0.1     12.0       0.1               1026 CG,UG GC,CG,UA 8 5 2 0.31 0.07 0.0 0.07 0.88 1.0 1.4 1.91 0.0 0.97
16S 11 242 284 G:C cWW   Strong E   3.4 0.3     95.8     0.4           0.1     1026 CG,UG   7 5 2 0.33 0.0 0.0 0.0 0.04 0.99 1.75 1.96 0.0 0.97
16S 11 245 283 U:U cWW 3°: base pair Strong E               0.1   0.1 99.2         0.6   1024 CC CC,UU 3 4 3 0.86 0.75 1.0 1.75 0.0 0.0 1.94 1.94 0.0 0.97
16S 11 247 277 G:C cWW   Strong E 26.7 0.7 0.5 72.0                     0.1     1025 GC,AU GC,CG,UA,AU 6 6 6 1.0 1.0 1.0 2.0 1.0 1.0 1.06 1.06 0.0 0.97
16S 11 248 276 C:G cWW   Strong E 0.3 95.0 2.3 0.4   1.5       0.1           0.1 0.3 1024 CG,UA GC,CG,UA,AU 10 7 7 0.82 0.65 0.98 1.63 0.98 1.0 1.67 1.74 0.0 0.97
16S 11 249 275 U:G cWW   Strong E   1.8   0.2   97.0             0.3 0.1   0.4 0.3 1023 UG AU,UG,GA 5 2 1 0.29 0.18 0.0 0.18 0.02 0.99 1.8 1.9 0.0 0.97
16S 11 252 274 U:A cWW   Strong E   0.1 6.9 89.3 0.2   1.7 0.1 1.2             0.5   1023 UA,AU CG,UA,AU 5 7 4 0.67 0.66 0.96 1.62 0.96 0.97 1.59 1.47 0.0 0.97
16S 11 253 273 A:U cWW   Strong E 0.2 10.1 85.9 2.3     0.1   0.2 0.5         0.3 0.4   1026 CG,UA,AU GC,CG,UA,AU 12 14 11 0.85 0.9 0.98 1.88 0.98 0.98 1.32 1.3 0.0 0.97
16S 11 254 272 G:C cWW   Strong E 97.0 0.1 0.9 0.4 1.4                 0.1 0.1   0.1 1023 GC GC,CG,UA,AU 3 7 3 0.6 0.47 0.98 1.45 0.98 1.0 1.87 1.77 0.0 0.97
16S 11 255 271 G:C cWW   Strong E 92.7 0.4 6.2 0.1 0.3 0.1         0.1   0.1         1026 GC,UA GC,CG,UA,AU 8 9 8 0.94 0.92 0.99 1.91 0.99 1.0 1.6 1.58 0.0 0.97
16S 11 256 270 U:A cWW   Strong E 0.3 3.3 95.2 0.3     0.1 0.1   0.1         0.3 0.3   1025 CG,UA GC,CG,UA,AU 7 6 6 0.92 0.82 0.99 1.81 0.99 0.99 1.71 1.68 0.0 0.97
16S 11 257 269 G:C cWW   Strong E 0.5   2.2 93.8   0.8 0.3 0.1     0.1 1.7 0.2   0.1 0.2 0.1 1025 UA,AU GC,UA,AU 9 6 5 0.67 0.44 0.97 1.41 0.97 0.97 1.59 1.68 0.0 0.97
16S 11 258 268 G:U cWW   Strong E 70.1 0.7 0.1 22.4 0.1 0.3   0.6     4.9 0.1       0.8   1026 GC,AU,CC GC,CG,UA,AU 16 14 11 0.73 0.78 0.93 1.71 0.93 0.94 0.84 1.13 0.0 0.97
16S 11 259 267 G:C cWW   Strong E 76.3   12.1 9.5       0.5   0.1         1.1 0.4 0.1 1025 GC,UA,AU GC,UA,AU 19 17 15 0.83 0.91 0.98 1.89 0.98 0.98 0.97 1.01 0.0 0.97
16S 12 289 311 G:C cWW   Strong E   99.4               0.1 0.4           0.1 1024 CG   2 2 2 1.0 0.0 0.0 0.0 0.99 0.99 1.99 1.95 0.0 0.97

Next page

Advanced export

JSON shape: default, array, newline-delimited

CSV options: 

CREATE VIEW basepair_combined as
select f.molecule, f.helix_number, f.position_1, f.position_2,
       f.reference_base_pair, f.conformation, f.tertiary_type, f.strength, f.group_code,
       f.GC, f.CG, f.UA, f.AU, f.GU, f.UG, f.AA, f.AC, f.AG, f.CA, f.CC, f.CU, f.GA, f.GG, f.UC, f.UU, f.gap, f.Seq as sequences,
       f.predominant_types, f.covarying_types,
       s.Xch, s.Ych, s.PE, s.PES, s.Cov1, s.Cov3, s."C1+C3" as C1_C3,
       s.WC, s.WCGU, s.XCons, s.YCons, s.DfDel, s.PNuc
from basepair_frequency f
left join basepair_collective_score s
  on s.molecule = f.molecule and s.position_1 = f.position_1
 and s.position_2 = f.position_2 and s.group_code = f.group_code;