Base-pair statistics (frequencies and scores together) (view)

predominant_types
Base-pair types shown in bold in the published table (most frequent).
covarying_types
Base-pair types marked * in the published table (involved in a covariation).
sequences
Number of sequences in the group.

108 rows where group_code = "B" and strength = "Weak" sorted by position_1

✎ View and edit SQL

This data as json, CSV (advanced)

Suggested facets: reference_base_pair, AU, AA, AC, AG, CA, CC, CU, GA, GG, UC, UU, gap, covarying_types, PE, Cov3, WCGU, DfDel, PNuc

conformation 5

tertiary_type 2

molecule 2

strength 1

  • Weak · 108 ✖

group_code 1

molecule helix_number position_1 ▼ position_2 reference_base_pair conformation tertiary_type strength group_code GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap sequences predominant_types covarying_types Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1_C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc
23S 1 8 2895 C:G cWW   Weak B 3.4 33.3 33.9 1.1   27.7               0.6       177 GC,CG,UA,UG GC,CG,UA,AU 11 13 3 0.25 0.57 0.72 1.29 0.72 0.99 0.77 0.73 0.0 0.54
16S 1 13 21 U:G No BP   Weak B     0.2     98.9     0.2         0.1   0.1 0.1 2128 UG   4 6 1 0.2 0.05 0.0 0.05 0.0 0.99 1.94 1.89 0.0 0.36
16S 3 35 549 G:C cWW   Weak B 98.8 0.1     0.1     0.2     0.4       0.1   0.2 3467 GC GC,CG 10 2 2 0.33 0.11 0.0 0.11 0.99 0.99 1.91 1.94 0.0 0.59
16S 3 37 547 U:A tWS   Weak B     98.7     0.7 0.1     0.2     0.1     0.1 0.1 3570 UA   4 5 0 0.0 0.02 0.0 0.02 0.99 0.99 1.94 1.91 0.0 0.61
16S 4 39 403 G:C cWW   Weak B 96.4   1.0 0.5 1.0     0.2     0.2   0.1 0.1 0.3   0.1 3830 GC GC,UA,AU 18 24 5 0.24 0.44 0.98 1.42 0.98 0.99 1.8 1.75 0.0 0.65
16S 5 54 357 C:G cWW   Weak B   99.3 0.4     0.1     0.1                 4138 CG CG,UA 5 2 1 0.29 0.52 1.0 1.51 1.0 1.0 1.94 1.94 0.0 0.71
16S 5 56 356 U:A cWW   Weak B     99.8                   0.1     0.1   4124 UA   1 1 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 1.98 1.99 0.0 0.7
16S 5 58 354 C:G cWW   Weak B   99.3       0.1     0.1 0.1 0.2     0.1     0.1 4221 CG   5 3 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.99 0.99 1.96 1.94 0.0 0.72
16S 6 62 105 U:G cWW   Weak B   0.4 0.2     98.6                 0.4 0.2 0.1 4404 UG   4 12 1 0.12 0.02 0.0 0.02 0.01 0.99 1.95 1.9 0.0 0.75
23S 6.1 66 88 C:G cWW 3°: pseudoknot Weak B   94.6 1.6     2.3 0.4   0.4         0.8       257 CG,UG CG,UA 2 1 0 0.0 0.29 0.96 1.25 0.96 0.98 1.63 1.86 0.0 0.79
16S 6 68 101 G:A cWW 3°: base pair Weak B 0.7   0.1   0.2 0.3 0.2     0.3     97.0 0.5     0.6 4427 GA UG,GA 15 18 1 0.06 0.13 0.0 0.13 0.01 0.01 1.86 1.76 0.0 0.75
23S 10 158 168 U:G cWW   Weak B   2.2 0.4     87.0       0.4       0.4     9.7 270 CG,UG UG,CA 5 3 1 0.25 0.11 0.0 0.11 0.03 0.99 1.15 1.28 0.0 0.75
23S 16 274 363 C:G cWW   Weak B 6.9 26.1 26.8 18.8 0.4 5.1 0.7           0.7     0.4 14.2 276 GC,CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU 8 2 1 0.2 0.88 0.92 1.79 0.92 0.98 -0.36 -0.38 0.01 0.73
23S 18 281 359 C:G cWW   Weak B 9.1 9.4 3.3 15.2 12.3 7.6 3.6 22.8 2.5   1.4 1.4 1.1 2.9 0.4 5.1 1.9 276 GC,CG,UA,AU,GU,UG,AA,AC,AG,GG,UU CG,UA,GU,AC 15 22 5 0.27 0.33 0.49 0.82 0.38 0.58 0.08 0.03 0.01 0.83
23S 18 284 356 U:G cWW   Weak B 14.4 32.1 8.7 5.4 1.1 5.8 2.5 9.4 1.8 2.9 0.4 2.5 0.4   2.9 6.5 3.3 277 GC,CG,UA,AU,UG,AA,AC,CA,CU,UC,UU GC,CG,UA,AU 29 23 11 0.42 0.44 0.63 1.07 0.63 0.7 0.04 -0.07 0.02 0.82
16S 12 292 308 G:C cWW   Weak B 99.2     0.2 0.1     0.1     0.1       0.2     4920 GC GC,AU 4 4 1 0.25 0.33 0.99 1.33 0.99 1.0 1.93 1.95 0.0 0.84
23S 18 293 347 U:A cWW   Weak B   1.4 83.5   0.4 4.3 2.2   1.4 0.7     2.9 1.4     1.8 278 UA,UG,AA,GA UA,GU,AG 11 9 2 0.2 0.12 0.0 0.12 0.86 0.91 1.2 1.53 0.01 0.84
23S 20 327 335 G:C cWW   Weak B 99.3                               0.8 281 GC   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 1.96 1.96 0.0 0.86
16S 14 342 347 C:G cWW   Weak B   98.1       0.4               0.1     1.4 4889 CG   8 0 0 0.0 0.04 0.0 0.04 0.99 1.0 1.82 1.97 0.01 0.82
16S 15 375 388 U:G No BP   Weak B     0.3     98.8     0.1           0.2 0.5   4613 UG   2 17 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.99 1.97 1.89 0.0 0.79
23S 21 378 396 C:G cWW   Weak B 3.2 96.1       0.7                       280 GC,CG GC,CG 3 1 1 0.5 0.82 0.99 1.81 0.99 1.0 1.74 1.79 0.0 0.86
23S 21 382 392 A:U cWW   Weak B 8.2 0.7   56.2 13.5     21.4                   281 GC,AU,GU,AC GC,CG,AU 12 11 4 0.35 0.2 0.65 0.85 0.65 0.79 1.19 1.07 0.0 0.86
16S 16 406 436 G:C cWW   Weak B 99.1       0.5                 0.1 0.1   0.1 4861 GC   3 9 1 0.17 0.05 0.0 0.05 0.99 1.0 1.97 1.93 0.0 0.83
16S 16 416 427 G:U cWW   Weak B 16.8     0.5 79.5     1.0       0.1       1.8 0.1 4982 GC,GU GU,AC 26 58 3 0.07 0.05 0.0 0.05 0.17 0.97 1.73 1.3 0.0 0.85
16S 16 419 424 C:G cWW   Weak B 0.4 78.2 0.4 0.2   17.3               0.1     3.2 4957 CG,UG GC,CG,UA,AU 86 23 10 0.18 0.06 0.0 0.06 0.82 1.0 1.0 1.89 0.03 0.82
23S 25 538 555 A:G cWW 3°: base pair Weak B         0.7   1.1   97.5         0.4     0.4 281 AG GU,AG 1 3 0 0.0 0.33 0.99 1.32 0.0 0.01 1.87 1.85 0.0 0.86
23S 25.1 564 577 C:G cWW   Weak B   99.3                 0.4 0.4           282 CG   0 2 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.99 0.99 2.0 1.93 0.0 0.86
16S 19.1 571 865 U:A cWW 3°: pseudoknot Weak B     99.7                             4553 UA   2 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 1.98 1.98 0.0 0.78
16S 20 584 757 G:U cWW   Weak B       0.1 99.6             0.1 0.1       0.1 4742 GU   1 4 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.96 1.98 0.0 0.81
16S 21 594 645 U:G cWW   Weak B 0.5 29.2 6.8 1.5   57.9 1.3 0.6 0.5 1.1   0.1 0.1 0.1 0.2 0.1 0.1 4747 CG,UA,UG GC,AU,UG,CA 110 74 21 0.23 0.07 0.0 0.07 0.38 0.96 0.84 1.32 0.0 0.81
16S 21 597 643 G:C cWW   Weak B 99.2       0.1           0.1   0.1 0.3 0.1   0.1 4778 GC   1 7 0 0.0 0.03 0.0 0.03 0.99 0.99 1.96 1.94 0.0 0.81
23S 27 600 657 G:U cWW   Weak B         100.0                         282 GU   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 2.0 2.0 0.0 0.86
16S 21 605 633 U:G cWW   Weak B 0.1 0.1 1.5     88.4     0.1           1.5 7.1 1.1 4799 UG,UU GC,UG 2 38 3 0.15 0.01 0.0 0.01 0.02 0.91 1.95 1.3 0.01 0.81
16S 21 606 632 G:U No BP   Weak B 2.2 1.0 1.0 2.3 69.1 1.9 0.4 0.1 0.5   0.5 0.4 2.9 12.1 1.8 2.0 1.7 4794 GC,AU,GU,GA,GG,UU GU,UG,AA,CC 64 114 12 0.14 0.1 0.0 0.1 0.07 0.79 1.25 0.72 0.01 0.8
23S 31 641 647 U:G cWW   Weak B   14.2 0.4     85.4                       281 CG,UG   8 1 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.15 1.0 1.41 1.97 0.0 0.86
16S 22 658 748 C:G cWW   Weak B 7.8 7.7 5.7 20.6 8.5 0.8 9.6 0.5 0.4 1.5 0.3 5.1 21.3 1.0 0.8 8.4   4701 GC,CG,UA,AU,GU,AA,CU,GA,UU CG,AU,GA,UC 184 178 50 0.28 0.37 0.5 0.88 0.42 0.51 0.12 0.28 0.0 0.8
16S 22 666 740 G:U cWW   Weak B 0.8 0.5 0.1 2.9 95.5                     0.1 0.1 4805 AU,GU CG,UA,GU 23 19 2 0.1 0.14 0.0 0.14 0.04 1.0 1.74 1.87 0.0 0.82
23S 32 671 809 C:G cWW   Weak B   99.6                             0.4 242 CG   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 2.0 1.95 0.0 0.74
16S 23 677 713 U:G cWW   Weak B   2.4 19.5     72.3       5.6         0.1     4843 CG,UA,UG,CA UG,CA 22 64 11 0.26 0.2 0.78 0.98 0.22 0.94 1.59 1.17 0.0 0.83
16S 23 684 706 U:A cWW   Weak B     98.0       1.7               0.1     4857 UA   13 5 2 0.22 0.01 0.0 0.01 0.98 0.98 1.86 1.97 0.0 0.83
23S 33 687 775 C:G No BP   Weak B   99.3               0.4 0.4             282 CG   0 1 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.99 0.99 2.0 1.93 0.0 0.86
16S 23 690 697 G:U tSH   Weak B       8.0 91.6             0.1       0.1 0.1 4853 AU,GU   18 2 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.08 1.0 1.56 1.99 0.0 0.83
23S 33 695 767 G:U cWW   Weak B         100.0                         282 GU   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 2.0 2.0 0.0 0.86
23S 34 703 729 U:G No BP   Weak B   1.8       98.2                       282 UG   1 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.02 1.0 1.87 2.0 0.0 0.86
23S 34 707 724 G:U cWW   Weak B       5.3 94.3     0.4                   282 AU,GU GU,AC 4 1 0 0.0 0.06 0.0 0.06 0.05 1.0 1.69 1.97 0.0 0.86
23S 37 826 831 U:G cWW   Weak B           99.6                     0.4 243 UG   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.95 2.0 0.0 0.74
16S 26 832 854 G:U cWW   Weak B 8.3 0.9 0.5 3.2 83.9 0.3           0.1 0.1 2.5   0.1   4735 GC,AU,GU,GG CG,UA,GU 33 57 7 0.16 0.09 0.0 0.09 0.13 0.97 1.63 1.3 0.0 0.81
16S 26.1 861 868 G:C cWW   Weak B 80.3 2.6     7.5     0.7     5.5   0.1 0.1 0.1   3.0 4493 GC,CG,GU,CC GC,CG 60 35 6 0.13 0.15 0.0 0.15 0.85 0.93 1.27 1.42 0.02 0.74
16S 28 925 1391 G:U cWW   Weak B         99.4             0.1 0.2 0.1   0.1 0.2 3712 GU   5 5 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.96 1.96 0.0 0.63
16S 28 935 1380 A:U cWW   Weak B       99.5 0.1   0.1   0.1     0.2       0.1 0.1 3978 AU   3 3 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 1.94 1.97 0.0 0.68
16S 29 942 1341 G:U cWW   Weak B       0.1 97.9                     0.2 1.8 4157 GU   6 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.8 1.98 0.01 0.7
16S 30 950 1231 U:G cWW   Weak B   0.2 19.1     80.2       0.1           0.1 0.2 4184 UA,UG UG,CA 5 11 1 0.12 0.01 0.0 0.01 0.19 1.0 1.95 1.3 0.0 0.71
16S 31 960 975 U:A No BP   Weak B     92.1     7.5                     0.2 4347 UA,UG   1 10 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.92 1.0 1.97 1.59 0.0 0.74
16S 31 961 974 U:A No BP   Weak B 0.1   86.4     0.3         0.1       11.3 1.2 0.4 4330 UA,UC GC,UA 1 28 0 0.0 0.01 0.0 0.01 0.87 0.87 1.95 1.32 0.0 0.74
23S 42 1051 1108 G:U cWW   Weak B 0.8     58.1 40.2               0.4     0.4   241 AU,GU GC,AU 12 2 1 0.14 0.02 0.0 0.02 0.59 0.99 0.98 1.9 0.0 0.74
16S 34 1052 1206 U:G cWW   Weak B   0.1 0.2     99.3     0.1               0.2 4234 UG   5 6 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.96 1.95 0.0 0.72
16S 34 1053 1205 G:U No BP   Weak B 3.8       95.6             0.2         0.2 4383 GC,GU   2 12 0 0.0 0.01 0.0 0.01 0.04 1.0 1.95 1.75 0.0 0.75
16S 34 1058 1199 G:U cWW   Weak B 0.1       99.3             0.2       0.1 0.2 4395 GU   1 2 0 0.0 0.04 0.0 0.04 0.0 1.0 1.94 1.98 0.0 0.75
16S 40 1158 1178 C:G No BP   Weak B   99.8                               4605 CG   1 1 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 1.98 1.99 0.0 0.79
16S 40 1159 1177 U:G No BP   Weak B   5.7 0.1     93.5     0.5               0.1 4600 CG,UG   43 2 1 0.04 0.0 0.0 0.0 0.06 0.99 1.63 1.97 0.0 0.78
23S 46 1215 1234 G:U cWW   Weak B       0.4 99.2                     0.4   266 GU   1 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.93 2.0 0.0 0.82
16S 41 1255 1282 G:C cWW   Weak B 99.0       0.6     0.1     0.1   0.1 0.1     0.1 4668 GC   2 9 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.99 1.0 1.97 1.92 0.0 0.8
16S 44 1401 1501 G:C cWW   Weak B 99.3                   0.1   0.3   0.1   0.2 1817 GC   6 2 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.99 0.99 1.94 1.96 0.0 0.31
23S 54 1415 1587 U:G cWW   Weak B   15.2 9.9 0.8 2.7 31.2 0.4   1.5 2.7     12.2 8.4     15.3 263 CG,UA,GU,UG,CA,GA,GG AU,UG,GA 16 10 4 0.31 0.24 0.52 0.76 0.3 0.7 -0.07 0.15 0.0 0.68
16S 44 1425 1475 U:G cWW   Weak B 0.1 2.9 5.6 0.4 0.1 36.1 2.0 0.4 42.6 0.2     5.4 3.6 0.2 0.1 0.3 3285 CG,UA,UG,AA,AG,GA,GG GC,UA,AG 59 42 5 0.1 0.1 0.0 0.1 0.09 0.45 0.51 1.29 0.0 0.56
16S 44 1435 1466 G:C cWW   Weak B 89.8     1.1 4.8     2.6     0.2   0.1 0.2   0.1 1.0 3404 GC,GU,AC GC,AU 29 44 10 0.27 0.12 0.0 0.12 0.92 0.97 1.62 1.6 0.0 0.58
23S 56 1436 1556 G:C cWW   Weak B 65.9 1.9 3.0 0.4 20.8   0.4   1.1       5.7 0.4   0.4   264 GC,UA,GU,GA GC,CG,UA,AU 8 17 4 0.32 0.16 0.0 0.16 0.71 0.92 1.52 0.65 0.0 0.81
23S 56 1440 1551 U:A cWW   Weak B 5.7 3.4 7.6 19.7 48.9   1.1 1.9 0.4 0.4 1.1       3.8 1.9 4.2 264 GC,CG,UA,AU,GU,UC CG,UA,GU,AC 22 21 6 0.28 0.27 0.64 0.92 0.38 0.89 0.16 0.67 0.03 0.78
16S 44 1442 1460 G:C cWW   Weak B 25.9 1.7 5.1 0.6 0.3 1.0 16.7 0.3 0.6 9.2   0.1 28.9 0.5 0.4 3.4 5.5 3464 GC,UA,AA,CA,GA,UU CG,AC,GA,UU 87 59 10 0.14 0.08 0.0 0.08 0.35 0.36 0.1 0.34 0.0 0.56
23S 57 1445 1466 G:U cWW   Weak B 1.5 9.5   0.8 56.4 9.5   1.1     1.9 1.9 0.4     9.5 7.6 264 CG,GU,UG,UU CG,GU,AC 15 11 7 0.54 0.29 0.72 1.02 0.13 0.84 0.23 0.7 0.02 0.75
23S 58 1468 1524 U:G cWW   Weak B 5.7 29.9 10.2 1.5 0.8 27.7 3.4 0.4 2.7 0.4   1.1 3.0 1.9 0.4 2.3 8.7 264 GC,CG,UA,UG,AA,AG,GA,UU GC,CG,UA,AU 23 16 5 0.26 0.28 0.52 0.8 0.52 0.83 -0.17 0.17 0.0 0.74
23S 58 1478 1513 G:U cWW   Weak B 26.6 2.7   1.5 50.2   3.0 2.3 0.4 0.4 0.4   2.7 0.4     9.5 263 GC,CG,GU,AA,AC,GA CG,GU,AA 6 16 4 0.36 0.14 0.0 0.14 0.34 0.9 0.85 0.06 0.01 0.73
23S 58 1481 1510 U:G cWW   Weak B 19.7 9.5 7.2 9.1 1.5 34.5 0.8 0.4   0.8             16.6 264 GC,CG,UA,AU,UG GC,AU,UG,CA 8 13 3 0.29 0.6 0.77 1.37 0.55 0.98 -0.44 -0.32 0.03 0.68
23S 58 1483 1506 G:U cWW   Weak B 52.3 2.3 4.5 6.8 8.3 0.8   0.4     0.4   4.5 1.5   1.5 16.6 264 GC,CG,UA,AU,GU,GA GC,CG,UA,AU 17 24 8 0.39 0.44 0.79 1.23 0.79 0.9 0.23 -0.09 0.04 0.68
16S 45 1506 1529 U:G No BP   Weak B     0.3     98.1         0.1     0.4 0.7 0.3 0.1 718 UG UG,CC 3 5 0 0.0 0.08 0.0 0.08 0.0 0.98 1.92 1.86 0.0 0.12
16S 45 1511 1524 G:C cWW   Weak B 83.6 1.1 0.3 0.1 5.7     0.1     0.5   0.2 1.0     7.3 917 GC,GU GC,CG,UA,AU 6 17 1 0.09 0.17 0.0 0.17 0.92 0.98 1.39 1.19 0.01 0.14
16S 45 1512 1523 U:G cWW   Weak B   0.2 0.2     96.9   0.1 0.1       0.1   1.3 0.5 0.5 948 UG UG,AC,GA 6 9 2 0.27 0.08 0.0 0.08 0.0 0.98 1.89 1.78 0.0 0.16
23S 63 1707 1751 G:U cWW   Weak B 44.4 4.2   10.4 38.6           1.9           0.4 259 GC,CG,AU,GU GC,CG,AU 9 13 4 0.36 0.27 0.59 0.86 0.59 0.98 1.12 0.79 0.01 0.79
23S 64 1770 1982 G:U cWW   Weak B 24.2 5.5   2.5 64.8             2.1 0.4       0.4 236 GC,CG,AU,GU,CU CG,GU 4 13 0 0.0 0.16 0.0 0.16 0.32 0.97 1.18 0.86 0.0 0.72
23S 65 1775 1789 U:A tHS   Weak B     99.6       0.4                     261 UA   1 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 1.96 2.0 0.0 0.8
23S 66 1799 1820 G:U No BP   Weak B         100.0                         262 GU   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 2.0 2.0 0.0 0.8
23S 66 1803 1814 A:G tHS 3°: base pair Weak B       0.4     0.4 0.4 98.5               0.4 259 AG   0 3 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 2.0 1.85 0.0 0.79
23S 68 1835 1905 G:C cWW   Weak B 100.0                                 243 GC   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 1.96 2.0 0.0 0.74
23S 68 1841 1901 U:A cWW   Weak B     100.0                             244 UA   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 2.0 2.0 0.0 0.75
23S 68 1842 1898 G:U cWW   Weak B         100.0                         244 GU   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.96 2.0 0.0 0.75
23S 68 1851 1891 U:G cWW   Weak B           100.0                       259 UG   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.96 2.0 0.0 0.79
23S 69 1907 1923 G:U cWW   Weak B 0.4       99.2               0.4         242 GU   0 2 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 2.0 1.92 0.0 0.74
23S 69 1911 1919 U:A No BP   Weak B     98.0             1.6             0.4 244 UA   2 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.98 0.98 1.83 1.95 0.0 0.74
23S 71 1945 1961 G:C cWW   Weak B 98.8     0.4             0.8             240 GC GC,AU 2 1 1 0.67 0.33 0.99 1.32 0.99 0.99 1.84 1.96 0.0 0.74
23S 71 1947 1959 C:G cWW   Weak B   99.6                             0.4 240 CG   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 2.0 1.95 0.0 0.73
23S 73 2056 2612 G:C cWW   Weak B 97.5           1.7 0.8                   236 GC GC,AA 2 2 0 0.0 0.67 0.99 1.66 0.97 0.97 1.83 1.88 0.0 0.72
23S 74 2065 2445 C:G cWW   Weak B   99.6                             0.4 239 CG   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 2.0 1.95 0.0 0.73
23S 74 2075 2434 U:A No BP   Weak B     100.0                             241 UA   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 2.0 2.0 0.0 0.74
23S 75 2077 2243 A:U cWW   Weak B       100.0                           240 AU   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 2.0 2.0 0.0 0.74
23S 76 2100 2189 G:U cWW   Weak B 8.3     1.7 79.3 10.8                       241 GC,GU,UG GU,UG 4 8 1 0.17 0.52 0.9 1.42 0.1 1.0 1.39 1.1 0.0 0.74
23S 76 2109 2180 U:U cWW 3°: base pair Weak B                       0.4       99.6   241 UU   1 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.96 2.0 0.0 0.74
23S 77 2120 2178 G:C cWW   Weak B 80.5     0.4 18.7                       0.4 241 GC,GU GC,AU 0 4 0 0.0 0.02 0.0 0.02 0.81 1.0 1.96 1.25 0.0 0.74
23S 78 2136 2155 G:U cWW   Weak B 2.9 7.5 3.7 32.0 46.5   3.3 1.7   1.7   0.4         0.4 241 GC,CG,UA,AU,GU,AA CG,UA,GU,AC 24 21 7 0.31 0.24 0.6 0.84 0.46 0.93 0.42 0.93 0.0 0.74
23S 78 2143 2148 C:G cWW   Weak B   95.5       2.9       0.4             1.2 242 CG,UG   4 1 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.97 1.0 1.81 1.81 0.01 0.73
23S 80 2249 2255 U:G No BP   Weak B           99.6                     0.4 238 UG   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 2.0 1.95 0.0 0.73

Next page

Advanced export

JSON shape: default, array, newline-delimited

CSV options: 

CREATE VIEW basepair_combined as
select f.molecule, f.helix_number, f.position_1, f.position_2,
       f.reference_base_pair, f.conformation, f.tertiary_type, f.strength, f.group_code,
       f.GC, f.CG, f.UA, f.AU, f.GU, f.UG, f.AA, f.AC, f.AG, f.CA, f.CC, f.CU, f.GA, f.GG, f.UC, f.UU, f.gap, f.Seq as sequences,
       f.predominant_types, f.covarying_types,
       s.Xch, s.Ych, s.PE, s.PES, s.Cov1, s.Cov3, s."C1+C3" as C1_C3,
       s.WC, s.WCGU, s.XCons, s.YCons, s.DfDel, s.PNuc
from basepair_frequency f
left join basepair_collective_score s
  on s.molecule = f.molecule and s.position_1 = f.position_1
 and s.position_2 = f.position_2 and s.group_code = f.group_code;