Base-pair statistics (frequencies and scores together) (view)

predominant_types
Base-pair types shown in bold in the published table (most frequent).
covarying_types
Base-pair types marked * in the published table (involved in a covariation).
sequences
Number of sequences in the group.

40 rows where group_code = "B", molecule = "5S" and strength = "Strong" sorted by position_1

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Suggested facets: helix_number, reference_base_pair, GC, CG, UA, AU, GU, UG, AA, AC, AG, CA, CC, CU, GA, GG, UC, UU, gap, sequences, covarying_types

tertiary_type 1

strength 1

  • Strong · 40 ✖

molecule 1

group_code 1

conformation 1

molecule helix_number position_1 ▼ position_2 reference_base_pair conformation tertiary_type strength group_code GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap sequences predominant_types covarying_types Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1_C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc
5S 1 1 119 U:A cWW   Strong B 18.8   35.4 9.7 0.7 5.6 1.4 2.1 1.4 1.4 0.7 0.7     1.4 11.8 9.0 144 GC,UA,AU,UG,AC,UU GC,UA,AU                          
5S 1 2 118 G:C cWW   Strong B 54.8 2.7 10.5 10.0 1.4 4.1 1.4 5.5     0.5 0.5 0.9   1.8 1.8 4.1 219 GC,CG,UA,AU,UG,AC GC,CG,UA,AU                          
5S 1 3 117 C:G cWW   Strong B 2.1 50.9 18.6 1.1   20.7   0.4     0.4 0.7 0.4 0.7 1.4 1.4 1.4 285 GC,CG,UA,UG GC,CG,UA,AU                          
5S 1 4 116 C:G cWW   Strong B 2.3 60.9 14.7 1.7 1.0 15.7       0.3 0.7 0.3 0.7   0.3 0.3 1.0 299 GC,CG,UA,UG GC,CG,UA,AU                          
5S 1 5 115 U:A cWW   Strong B 3.3 18.4 70.6 0.3   3.0 0.3   2.3 0.3             1.3 299 GC,CG,UA,UG,AG GC,CG,UA,AU                          
5S 1 6 114 G:C cWW   Strong B 89.7 1.3 0.3 4.7 1.7 1.0         0.3 0.3         0.7 300 GC,AU GC,CG,UA,AU                          
5S 1 7 113 G:C cWW   Strong B 89.4   0.3 7.6 1.3     0.3             0.3   0.7 301 GC,AU GC,UA,AU                          
5S 1 8 112 C:G cWW   Strong B 2.0 39.5 1.3 1.3   55.1               0.3     0.3 301 CG,UG GC,AU,UG                          
5S 1 9 111 G:U cWW   Strong B 63.6 0.7 0.7 3.6 28.8 0.7                     2.0 302 GC,AU,GU GC,CG,UA,AU                          
5S 1 10 110 G:C cWW   Strong B 39.4 4.3 6.6 43.7 2.6 0.7 1.3 0.7 0.3               0.3 302 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU                          
5S 2 16 68 G:C cWW   Strong B 86.4 3.3 5.3 1.0 1.7 1.3   0.3     0.3   0.3         302 GC,CG,UA GC,CG,UA,AU                          
5S 2 17 67 C:G cWW   Strong B 2.0 75.5 3.0 5.3   5.6 0.3     6.6             1.7 302 CG,UA,AU,UG,CA GC,CG,UA,AU                          
5S 2 18 65 G:U cWW   Strong B 54.6 2.0 4.0 16.9 20.2   0.3 1.0     0.3 0.3 0.3         302 GC,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU                          
5S 2 19 64 C:G cWW   Strong B 22.8 14.9 26.2 31.1 2.0 0.7 0.3 0.3   0.3     0.3 0.3 0.3 0.3   302 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU                          
5S 2 20 63 G:C cWW   Strong B 30.1 8.9 23.8 29.8 3.3 0.7                 0.7 2.6   302 GC,CG,UA,AU,GU,UU GC,CG,UA,AU                          
5S 2 21 62 G:C cWW   Strong B 57.6 4.3 14.6 15.9 3.6 1.7   0.3 0.3       0.3     1.3   302 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU                          
5S 2 22 61 U:G cWW   Strong B 29.1 5.3 11.6 22.5 1.0 29.8                   0.7   302 GC,CG,UA,AU,UG GC,AU,UG                          
5S 2 23 60 G:C cWW   Strong B 82.1 1.7   3.0 0.3 0.3   0.3         4.3 1.0 4.7 2.0 0.3 301 GC,AU,GA,UC GC,CG,AU                          
5S 2 28 56 C:G cWW   Strong B   46.0   4.3 0.3           1.0 46.0     1.3 1.0   302 CG,AU,CU CG,AU,UC                          
5S 2 29 55 A:U cWW   Strong B 9.6   0.3 89.7 0.3                         302 GC,AU GC,UA,AU                          
5S 2 30 54 C:G cWW   Strong B   99.3       0.3         0.3             302 CG                            
5S 2 31 51 C:G cWW   Strong B   88.1 5.0     0.7 1.0     3.6     0.3   1.3     302 CG,UA,CA CG,UA                          
5S 2 32 50 U:A cWW   Strong B 0.3 57.6 40.1     1.3       0.3 0.3             302 CG,UA GC,CG,UA                          
5S 2 33 49 G:C cWW   Strong B 81.1 10.6 0.7 6.6 0.3 0.3               0.3       302 GC,CG,AU GC,CG,UA,AU                          
5S 2 34 48 A:U cWW   Strong B 13.2   32.8 53.6 0.3                         302 GC,UA,AU GC,UA,AU                          
5S 3 70 106 C:G cWW   Strong B 9.6 84.1 3.3 1.3   0.3     0.3 0.3         0.3   0.3 302 GC,CG,UA GC,CG,UA,AU                          
5S 3 71 105 C:G cWW   Strong B   85.8 3.0 1.0   9.3       0.3           0.3 0.3 302 CG,UA,UG CG,UA,AU                          
5S 3 72 104 G:A cWW   Strong B 0.3   1.0 1.3 0.3   15.3 0.7   0.7 1.3   76.7   1.0   1.3 301 AA,GA AU,CC,GA                          
5S 3 73 103 A:U cWW   Strong B 0.3   1.3 95.7 0.3 1.0 0.3 0.3         0.3       0.3 302 AU GC,UA,AU                          
5S 3 74 102 U:G cWW   Strong B   0.3 0.7 1.0   80.5 7.3 1.3 0.7 6.3     0.3 0.7 0.7   0.3 302 UG,AA,CA UG,AA                          
5S 3 75 101     3°: base pair Strong B     2.6 0.3     3.0 0.3 5.0   0.3   88.1 0.3       302 UA,AA,AG,GA AG,CC,GA                          
5S 3 76 100     3°: base pair Strong B         0.3   29.8 0.3 0.7 0.3     1.0 67.5       302 AA,GG AA,GG                          
5S 3 77 99     3°: base pair Strong B     98.7     0.3 0.3                   0.7 302 UA                            
5S 3 79 97 G:C cWW   Strong B 15.9 48.2 1.3 1.0 33.2                     0.3   301 GC,CG,GU CG,UA,GU                          
5S 3 81 95 G:U cWW   Strong B 10.0 1.0 2.0 9.0 51.2 0.3     0.7   2.0 1.3     8.6 13.0 1.0 301 GC,AU,GU,UC,UU CG,GU,UC                          
5S 3 82 94 U:A cWW   Strong B 19.0 35.3 32.7 4.0 0.7 2.7     0.3   0.3 0.3 0.3   2.7 0.3 1.3 300 GC,CG,UA,AU,UG,UC GC,CG,UA,AU                          
5S 3 83 93 G:C cWW   Strong B 64.2 4.3 1.7 18.5 2.3 0.3     0.3 1.7     1.0   0.3 0.7 4.6 302 GC,CG,AU,GU GC,CG,UA,AU                          
5S 3 84 92 G:C cWW   Strong B 43.0 14.2 10.3 10.3 1.3 7.3 0.7 0.3   0.3     0.3   0.3 1.0 10.6 302 GC,CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU                          
5S 3 85 91 G:C cWW   Strong B 42.7 27.5 0.3 1.7 3.6 3.3   2.6   0.3         1.3 0.3 16.2 302 GC,CG,GU,UG,AC GC,CG,UA,AU                          
5S 3 86 90 G:C cWW   Strong B 44.0 7.3   0.7 2.0 1.3           0.3     0.3 0.7 43.4 302 GC,CG GC,CG,AU                          

Advanced export

JSON shape: default, array, newline-delimited

CSV options: 

CREATE VIEW basepair_combined as
select f.molecule, f.helix_number, f.position_1, f.position_2,
       f.reference_base_pair, f.conformation, f.tertiary_type, f.strength, f.group_code,
       f.GC, f.CG, f.UA, f.AU, f.GU, f.UG, f.AA, f.AC, f.AG, f.CA, f.CC, f.CU, f.GA, f.GG, f.UC, f.UU, f.gap, f.Seq as sequences,
       f.predominant_types, f.covarying_types,
       s.Xch, s.Ych, s.PE, s.PES, s.Cov1, s.Cov3, s."C1+C3" as C1_C3,
       s.WC, s.WCGU, s.XCons, s.YCons, s.DfDel, s.PNuc
from basepair_frequency f
left join basepair_collective_score s
  on s.molecule = f.molecule and s.position_1 = f.position_1
 and s.position_2 = f.position_2 and s.group_code = f.group_code;