Base-pair statistics (frequencies and scores together) (view)

predominant_types
Base-pair types shown in bold in the published table (most frequent).
covarying_types
Base-pair types marked * in the published table (involved in a covariation).
sequences
Number of sequences in the group.

61 rows where group_code = "B", molecule = "23S" and strength = "Weak" sorted by position_1

✎ View and edit SQL

This data as json, CSV (advanced)

Suggested facets: reference_base_pair, GC, CG, UA, AU, GU, UG, AA, AC, AG, CA, CC, CU, GA, GG, UC, UU, gap, sequences, covarying_types, Xch, Ych, PE, PES, Cov1, Cov3, C1_C3, WC, WCGU, DfDel, PNuc

conformation 3

tertiary_type 2

strength 1

  • Weak · 61 ✖

molecule 1

  • 23S · 61 ✖

group_code 1

molecule helix_number position_1 ▼ position_2 reference_base_pair conformation tertiary_type strength group_code GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap sequences predominant_types covarying_types Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1_C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc
23S 1 8 2895 C:G cWW   Weak B 3.4 33.3 33.9 1.1   27.7               0.6       177 GC,CG,UA,UG GC,CG,UA,AU 11 13 3 0.25 0.57 0.72 1.29 0.72 0.99 0.77 0.73 0.0 0.54
23S 6.1 66 88 C:G cWW 3°: pseudoknot Weak B   94.6 1.6     2.3 0.4   0.4         0.8       257 CG,UG CG,UA 2 1 0 0.0 0.29 0.96 1.25 0.96 0.98 1.63 1.86 0.0 0.79
23S 10 158 168 U:G cWW   Weak B   2.2 0.4     87.0       0.4       0.4     9.7 270 CG,UG UG,CA 5 3 1 0.25 0.11 0.0 0.11 0.03 0.99 1.15 1.28 0.0 0.75
23S 16 274 363 C:G cWW   Weak B 6.9 26.1 26.8 18.8 0.4 5.1 0.7           0.7     0.4 14.2 276 GC,CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU 8 2 1 0.2 0.88 0.92 1.79 0.92 0.98 -0.36 -0.38 0.01 0.73
23S 18 281 359 C:G cWW   Weak B 9.1 9.4 3.3 15.2 12.3 7.6 3.6 22.8 2.5   1.4 1.4 1.1 2.9 0.4 5.1 1.9 276 GC,CG,UA,AU,GU,UG,AA,AC,AG,GG,UU CG,UA,GU,AC 15 22 5 0.27 0.33 0.49 0.82 0.38 0.58 0.08 0.03 0.01 0.83
23S 18 284 356 U:G cWW   Weak B 14.4 32.1 8.7 5.4 1.1 5.8 2.5 9.4 1.8 2.9 0.4 2.5 0.4   2.9 6.5 3.3 277 GC,CG,UA,AU,UG,AA,AC,CA,CU,UC,UU GC,CG,UA,AU 29 23 11 0.42 0.44 0.63 1.07 0.63 0.7 0.04 -0.07 0.02 0.82
23S 18 293 347 U:A cWW   Weak B   1.4 83.5   0.4 4.3 2.2   1.4 0.7     2.9 1.4     1.8 278 UA,UG,AA,GA UA,GU,AG 11 9 2 0.2 0.12 0.0 0.12 0.86 0.91 1.2 1.53 0.01 0.84
23S 20 327 335 G:C cWW   Weak B 99.3                               0.8 281 GC   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 1.96 1.96 0.0 0.86
23S 21 378 396 C:G cWW   Weak B 3.2 96.1       0.7                       280 GC,CG GC,CG 3 1 1 0.5 0.82 0.99 1.81 0.99 1.0 1.74 1.79 0.0 0.86
23S 21 382 392 A:U cWW   Weak B 8.2 0.7   56.2 13.5     21.4                   281 GC,AU,GU,AC GC,CG,AU 12 11 4 0.35 0.2 0.65 0.85 0.65 0.79 1.19 1.07 0.0 0.86
23S 25 538 555 A:G cWW 3°: base pair Weak B         0.7   1.1   97.5         0.4     0.4 281 AG GU,AG 1 3 0 0.0 0.33 0.99 1.32 0.0 0.01 1.87 1.85 0.0 0.86
23S 25.1 564 577 C:G cWW   Weak B   99.3                 0.4 0.4           282 CG   0 2 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.99 0.99 2.0 1.93 0.0 0.86
23S 27 600 657 G:U cWW   Weak B         100.0                         282 GU   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 2.0 2.0 0.0 0.86
23S 31 641 647 U:G cWW   Weak B   14.2 0.4     85.4                       281 CG,UG   8 1 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.15 1.0 1.41 1.97 0.0 0.86
23S 32 671 809 C:G cWW   Weak B   99.6                             0.4 242 CG   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 2.0 1.95 0.0 0.74
23S 33 687 775 C:G No BP   Weak B   99.3               0.4 0.4             282 CG   0 1 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.99 0.99 2.0 1.93 0.0 0.86
23S 33 695 767 G:U cWW   Weak B         100.0                         282 GU   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 2.0 2.0 0.0 0.86
23S 34 703 729 U:G No BP   Weak B   1.8       98.2                       282 UG   1 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.02 1.0 1.87 2.0 0.0 0.86
23S 34 707 724 G:U cWW   Weak B       5.3 94.3     0.4                   282 AU,GU GU,AC 4 1 0 0.0 0.06 0.0 0.06 0.05 1.0 1.69 1.97 0.0 0.86
23S 37 826 831 U:G cWW   Weak B           99.6                     0.4 243 UG   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.95 2.0 0.0 0.74
23S 42 1051 1108 G:U cWW   Weak B 0.8     58.1 40.2               0.4     0.4   241 AU,GU GC,AU 12 2 1 0.14 0.02 0.0 0.02 0.59 0.99 0.98 1.9 0.0 0.74
23S 46 1215 1234 G:U cWW   Weak B       0.4 99.2                     0.4   266 GU   1 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.93 2.0 0.0 0.82
23S 54 1415 1587 U:G cWW   Weak B   15.2 9.9 0.8 2.7 31.2 0.4   1.5 2.7     12.2 8.4     15.3 263 CG,UA,GU,UG,CA,GA,GG AU,UG,GA 16 10 4 0.31 0.24 0.52 0.76 0.3 0.7 -0.07 0.15 0.0 0.68
23S 56 1436 1556 G:C cWW   Weak B 65.9 1.9 3.0 0.4 20.8   0.4   1.1       5.7 0.4   0.4   264 GC,UA,GU,GA GC,CG,UA,AU 8 17 4 0.32 0.16 0.0 0.16 0.71 0.92 1.52 0.65 0.0 0.81
23S 56 1440 1551 U:A cWW   Weak B 5.7 3.4 7.6 19.7 48.9   1.1 1.9 0.4 0.4 1.1       3.8 1.9 4.2 264 GC,CG,UA,AU,GU,UC CG,UA,GU,AC 22 21 6 0.28 0.27 0.64 0.92 0.38 0.89 0.16 0.67 0.03 0.78
23S 57 1445 1466 G:U cWW   Weak B 1.5 9.5   0.8 56.4 9.5   1.1     1.9 1.9 0.4     9.5 7.6 264 CG,GU,UG,UU CG,GU,AC 15 11 7 0.54 0.29 0.72 1.02 0.13 0.84 0.23 0.7 0.02 0.75
23S 58 1468 1524 U:G cWW   Weak B 5.7 29.9 10.2 1.5 0.8 27.7 3.4 0.4 2.7 0.4   1.1 3.0 1.9 0.4 2.3 8.7 264 GC,CG,UA,UG,AA,AG,GA,UU GC,CG,UA,AU 23 16 5 0.26 0.28 0.52 0.8 0.52 0.83 -0.17 0.17 0.0 0.74
23S 58 1478 1513 G:U cWW   Weak B 26.6 2.7   1.5 50.2   3.0 2.3 0.4 0.4 0.4   2.7 0.4     9.5 263 GC,CG,GU,AA,AC,GA CG,GU,AA 6 16 4 0.36 0.14 0.0 0.14 0.34 0.9 0.85 0.06 0.01 0.73
23S 58 1481 1510 U:G cWW   Weak B 19.7 9.5 7.2 9.1 1.5 34.5 0.8 0.4   0.8             16.6 264 GC,CG,UA,AU,UG GC,AU,UG,CA 8 13 3 0.29 0.6 0.77 1.37 0.55 0.98 -0.44 -0.32 0.03 0.68
23S 58 1483 1506 G:U cWW   Weak B 52.3 2.3 4.5 6.8 8.3 0.8   0.4     0.4   4.5 1.5   1.5 16.6 264 GC,CG,UA,AU,GU,GA GC,CG,UA,AU 17 24 8 0.39 0.44 0.79 1.23 0.79 0.9 0.23 -0.09 0.04 0.68
23S 63 1707 1751 G:U cWW   Weak B 44.4 4.2   10.4 38.6           1.9           0.4 259 GC,CG,AU,GU GC,CG,AU 9 13 4 0.36 0.27 0.59 0.86 0.59 0.98 1.12 0.79 0.01 0.79
23S 64 1770 1982 G:U cWW   Weak B 24.2 5.5   2.5 64.8             2.1 0.4       0.4 236 GC,CG,AU,GU,CU CG,GU 4 13 0 0.0 0.16 0.0 0.16 0.32 0.97 1.18 0.86 0.0 0.72
23S 65 1775 1789 U:A tHS   Weak B     99.6       0.4                     261 UA   1 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 1.96 2.0 0.0 0.8
23S 66 1799 1820 G:U No BP   Weak B         100.0                         262 GU   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 2.0 2.0 0.0 0.8
23S 66 1803 1814 A:G tHS 3°: base pair Weak B       0.4     0.4 0.4 98.5               0.4 259 AG   0 3 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 2.0 1.85 0.0 0.79
23S 68 1835 1905 G:C cWW   Weak B 100.0                                 243 GC   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 1.96 2.0 0.0 0.74
23S 68 1841 1901 U:A cWW   Weak B     100.0                             244 UA   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 2.0 2.0 0.0 0.75
23S 68 1842 1898 G:U cWW   Weak B         100.0                         244 GU   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.96 2.0 0.0 0.75
23S 68 1851 1891 U:G cWW   Weak B           100.0                       259 UG   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.96 2.0 0.0 0.79
23S 69 1907 1923 G:U cWW   Weak B 0.4       99.2               0.4         242 GU   0 2 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 2.0 1.92 0.0 0.74
23S 69 1911 1919 U:A No BP   Weak B     98.0             1.6             0.4 244 UA   2 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.98 0.98 1.83 1.95 0.0 0.74
23S 71 1945 1961 G:C cWW   Weak B 98.8     0.4             0.8             240 GC GC,AU 2 1 1 0.67 0.33 0.99 1.32 0.99 0.99 1.84 1.96 0.0 0.74
23S 71 1947 1959 C:G cWW   Weak B   99.6                             0.4 240 CG   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 2.0 1.95 0.0 0.73
23S 73 2056 2612 G:C cWW   Weak B 97.5           1.7 0.8                   236 GC GC,AA 2 2 0 0.0 0.67 0.99 1.66 0.97 0.97 1.83 1.88 0.0 0.72
23S 74 2065 2445 C:G cWW   Weak B   99.6                             0.4 239 CG   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 2.0 1.95 0.0 0.73
23S 74 2075 2434 U:A No BP   Weak B     100.0                             241 UA   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 2.0 2.0 0.0 0.74
23S 75 2077 2243 A:U cWW   Weak B       100.0                           240 AU   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 2.0 2.0 0.0 0.74
23S 76 2100 2189 G:U cWW   Weak B 8.3     1.7 79.3 10.8                       241 GC,GU,UG GU,UG 4 8 1 0.17 0.52 0.9 1.42 0.1 1.0 1.39 1.1 0.0 0.74
23S 76 2109 2180 U:U cWW 3°: base pair Weak B                       0.4       99.6   241 UU   1 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.96 2.0 0.0 0.74
23S 77 2120 2178 G:C cWW   Weak B 80.5     0.4 18.7                       0.4 241 GC,GU GC,AU 0 4 0 0.0 0.02 0.0 0.02 0.81 1.0 1.96 1.25 0.0 0.74
23S 78 2136 2155 G:U cWW   Weak B 2.9 7.5 3.7 32.0 46.5   3.3 1.7   1.7   0.4         0.4 241 GC,CG,UA,AU,GU,AA CG,UA,GU,AC 24 21 7 0.31 0.24 0.6 0.84 0.46 0.93 0.42 0.93 0.0 0.74
23S 78 2143 2148 C:G cWW   Weak B   95.5       2.9       0.4             1.2 242 CG,UG   4 1 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.97 1.0 1.81 1.81 0.01 0.73
23S 80 2249 2255 U:G No BP   Weak B           99.6                     0.4 238 UG   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 2.0 1.95 0.0 0.73
23S 83 2291 2341 U:G cWW   Weak B     0.8     97.9                 0.4   0.8 241 UG   0 1 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 1.0 2.0 1.81 0.01 0.73
23S 85.1 2328 2387 A:U cWW 3°: pseudoknot Weak B       100.0                           241 AU   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 2.0 2.0 0.0 0.74
23S 86 2351 2366 G:A cWW 3°: base pair Weak B 0.8       0.8   12.8   0.4       84.3 0.4     0.4 242 AA,GA AG,GA 7 4 1 0.18 0.03 0.0 0.03 0.01 0.02 1.44 1.75 0.0 0.74
23S 89 2455 2496 G:C cWW   Weak B 98.8       0.8     0.4                   241 GC   0 1 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.99 1.0 1.91 1.93 0.0 0.74
23S 89 2460 2490 U:G cWW   Weak B           100.0                       241 UG   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 2.0 2.0 0.0 0.74
23S 93 2592 2601 G:C cWW   Weak B 99.6       0.4                         237 GC   0 1 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 1.95 1.96 0.0 0.73
23S 95 2652 2668 C:G cWW   Weak B   58.6 0.4     38.0       2.5           0.4   237 CG,UG,CA CG,UA 12 4 2 0.25 0.01 0.0 0.01 0.59 0.97 1.04 1.72 0.0 0.73
23S 96 2696 2711 U:A cWW   Weak B   0.8 99.2                             237 UA CG,UA 1 1 1 1.0 1.0 1.0 2.0 1.0 1.0 1.88 1.93 0.0 0.73

Advanced export

JSON shape: default, array, newline-delimited

CSV options: 

CREATE VIEW basepair_combined as
select f.molecule, f.helix_number, f.position_1, f.position_2,
       f.reference_base_pair, f.conformation, f.tertiary_type, f.strength, f.group_code,
       f.GC, f.CG, f.UA, f.AU, f.GU, f.UG, f.AA, f.AC, f.AG, f.CA, f.CC, f.CU, f.GA, f.GG, f.UC, f.UU, f.gap, f.Seq as sequences,
       f.predominant_types, f.covarying_types,
       s.Xch, s.Ych, s.PE, s.PES, s.Cov1, s.Cov3, s."C1+C3" as C1_C3,
       s.WC, s.WCGU, s.XCons, s.YCons, s.DfDel, s.PNuc
from basepair_frequency f
left join basepair_collective_score s
  on s.molecule = f.molecule and s.position_1 = f.position_1
 and s.position_2 = f.position_2 and s.group_code = f.group_code;