Base-pair statistics (frequencies and scores together) (view)

predominant_types
Base-pair types shown in bold in the published table (most frequent).
covarying_types
Base-pair types marked * in the published table (involved in a covariation).
sequences
Number of sequences in the group.

782 rows where group_code = "B", molecule = "23S" and strength = "Strong" sorted by position_1

✎ View and edit SQL

This data as json, CSV (advanced)

Suggested facets: reference_base_pair, AC, CA, CC, CU, GG, UC, PE, DfDel

conformation 9

strength 1

  • Strong · 782 ✖

molecule 1

  • 23S · 782 ✖

group_code 1

molecule helix_number position_1 ▼ position_2 reference_base_pair conformation tertiary_type strength group_code GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap sequences predominant_types covarying_types Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1_C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc
23S 1 1 2902 G:C cWW   Strong B 69.9 1.2 3.5 10.4 4.0   2.3         0.6       0.6 7.5 173 GC,UA,AU,GU,AA GC,CG,UA,AU 11 10 3 0.29 0.67 0.92 1.58 0.92 0.96 0.63 0.73 0.05 0.49
23S 1 2 2901 G:C cWW   Strong B 63.6 0.6 5.2 23.1 2.9   1.2 0.6       0.6     1.2   1.2 173 GC,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU 10 11 4 0.38 0.82 0.94 1.75 0.94 0.96 0.52 0.8 0.01 0.53
23S 1 3 2900 U:A cWW   Strong B 6.9 4.6 69.9 4.0 1.2 1.7       1.7   5.2       2.9 1.8 173 GC,CG,UA,AU,CU,UU GC,UA,CU 7 10 5 0.59 0.43 0.83 1.26 0.87 0.9 0.38 0.63 0.01 0.52
23S 1 4 2899 U:A cWW   Strong B 1.2 42.8 49.1 2.3   1.2 1.2   0.6 0.6             1.2 173 CG,UA,AU GC,CG,UA,AU 12 15 10 0.74 0.93 0.96 1.9 0.96 0.98 0.61 0.77 0.01 0.53
23S 1 5 2898 A:U cWW   Strong B   0.6   98.9                         0.6 174 AU CG,AU 3 1 0 0.0 1.0 1.0 2.0 1.0 1.0 1.66 1.95 0.01 0.53
23S 1 6 2897 A:U cWW   Strong B 0.6     98.9 0.6                         174 AU GC,AU 2 2 1 0.5 0.5 0.99 1.49 0.99 1.0 1.85 1.91 0.01 0.53
23S 1 7 2896 G:C cWW   Strong B 95.5   0.6 3.4             0.6             177 GC,AU GC,UA,AU 5 4 4 0.89 0.88 0.99 1.87 0.99 0.99 1.64 1.66 0.01 0.54
23S 2 15 525 G:U cWW   Strong B 1.6   0.8   97.6                         247 GU UA,GU 1 4 1 0.4 0.33 0.98 1.32 0.02 1.0 1.93 1.83 0.0 0.76
23S 2 16 524 C:G cWW   Strong B 42.3 14.6 8.5 28.0 6.5                         246 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU 11 16 9 0.67 0.89 0.94 1.82 0.94 1.0 0.28 0.27 0.0 0.76
23S 2 17 523 G:C cWW   Strong B 96.8       3.2                         250 GC,GU   0 4 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.97 1.0 2.0 1.81 0.0 0.77
23S 2 18 522 U:A cWW   Strong B   81.2 17.2     1.2 0.4                     250 CG,UA CG,UA 5 4 3 0.67 0.92 0.98 1.9 0.98 1.0 1.27 1.37 0.0 0.77
23S 2 19 521 A:U cWW   Strong B 8.8 3.2 22.7 33.1 30.3                     2.0   251 GC,CG,UA,AU,GU,UU GC,CG,UA,AU 11 11 3 0.27 0.52 0.68 1.2 0.68 0.98 0.29 0.68 0.0 0.77
23S 2 20 520 C:G cWW   Strong B 2.0 45.0 25.9 22.7   2.0       1.2           0.8 0.4 251 GC,CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU 13 14 9 0.67 0.93 0.96 1.89 0.96 0.98 0.33 0.4 0.0 0.77
23S 2 21 519 A:U cWW   Strong B 8.8 2.0 6.4 58.6 1.2 21.5     0.8             0.8   251 GC,CG,UA,AU,UG GC,AU,UG 13 14 7 0.52 0.73 0.89 1.62 0.76 0.98 0.59 0.53 0.0 0.77
23S 2 22 518 C:G cWW   Strong B 0.8 43.6 32.4 3.2   18.8         0.8           0.4 250 CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU 12 13 4 0.32 0.65 0.8 1.45 0.8 0.99 0.73 0.75 0.0 0.76
23S 2 23 517 G:C cWW   Strong B 99.6     0.4                           251 GC GC,AU 1 1 1 1.0 1.0 1.0 2.0 1.0 1.0 1.96 1.97 0.0 0.77
23S 2 24 516 G:C cWW   Strong B 98.4     1.6                           250 GC GC,AU 3 5 3 0.75 1.0 1.0 2.0 1.0 1.0 1.88 1.87 0.0 0.77
23S 2 30 510 G:C cWW 3°: base pair Strong B 97.6       1.2   1.2                     250 GC GC,AA 1 3 0 0.0 0.5 0.99 1.49 0.98 0.99 1.91 1.81 0.0 0.77
23S 3 31 474 C:G cWW   Strong B   98.4 1.2                 0.4           249 CG CG,UA 2 3 2 0.8 0.75 1.0 1.75 1.0 1.0 1.91 1.88 0.0 0.76
23S 3 32 473 C:G cWW   Strong B   99.6                 0.4             251 CG   0 1 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 2.0 1.97 0.0 0.77
23S 4 35 445 G:C cWW   Strong B 100.0                                 251 GC   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 2.0 2.0 0.0 0.77
23S 4 36 444 G:C cWW   Strong B 94.8 1.2   2.4       1.2     0.4             251 GC,AU GC,CG,AU 3 2 1 0.4 0.69 0.98 1.68 0.98 0.98 1.66 1.71 0.0 0.77
23S 4 37 442 C:G cWW   Strong B 1.2 94.8 0.4 2.4   0.8               0.4       250 CG,AU GC,CG,UA,AU 5 4 3 0.67 0.77 0.99 1.76 0.99 1.0 1.63 1.73 0.0 0.77
23S 4 38 441 A:U cWW   Strong B 16.0   4.4 79.6                           250 GC,UA,AU GC,UA,AU 12 13 11 0.88 1.0 1.0 2.0 1.0 1.0 1.12 1.13 0.0 0.77
23S 4 39 440 G:C cWW   Strong B 16.8 40.8 28.4 13.2   0.4   0.4                   250 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU 12 13 8 0.64 0.99 0.99 1.98 0.99 1.0 0.13 0.19 0.0 0.77
23S 4 40 439 U:A cWW   Strong B 3.2 22.2 70.2 4.0                   0.4       248 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU 14 15 14 0.97 0.99 1.0 1.98 1.0 1.0 0.81 0.79 0.0 0.76
23S 4 41 438 C:G cWW   Strong B 30.8 25.2 4.4 39.2                         0.4 250 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU 17 15 14 0.88 1.0 1.0 2.0 1.0 1.0 0.24 0.22 0.0 0.76
23S 4 42 437 A:U cWW   Strong B 34.0   2.4 63.2 0.4                         250 GC,UA,AU GC,UA,AU 10 11 8 0.76 0.99 1.0 1.99 1.0 1.0 0.92 0.9 0.0 0.77
23S 4 43 436 G:C cWW   Strong B 58.0 27.2 1.6 4.4     6.4   1.6               0.8 250 GC,CG,AU,AA GC,CG,AA 13 13 11 0.85 0.82 0.92 1.74 0.92 0.92 0.49 0.41 0.0 0.76
23S 4 44 434 A:U cWW   Strong B 0.4     99.6                           249 AU GC,AU 1 2 1 0.67 1.0 1.0 2.0 1.0 1.0 1.96 1.93 0.0 0.76
23S 4 45 433 G:C cWW   Strong B 97.2 0.4   2.4                           249 GC,AU GC,CG,AU 2 2 2 1.0 1.0 1.0 2.0 1.0 1.0 1.8 1.82 0.0 0.76
23S 4.1 46 179 G:C cWW   Strong B 63.6 32.4 2.8                     0.8     0.4 250 GC,CG,UA GC,CG,UA 5 4 5 1.0 0.98 0.99 1.97 0.99 0.99 0.92 0.8 0.01 0.76
23S 4.1 47 178 C:G cWW   Strong B   98.8       1.2                       249 CG   1 1 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.99 1.0 1.91 1.97 0.0 0.76
23S 5 54 116 G:C cWW   Strong B 95.7     4.0 0.4                         253 GC,AU GC,AU 2 3 2 0.8 0.91 1.0 1.91 1.0 1.0 1.76 1.75 0.0 0.78
23S 5 55 115 G:C cWW   Strong B 99.6       0.4                         252 GC   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 2.0 1.96 0.0 0.77
23S 5 56 114 A:U cWW   Strong B 3.2   2.4 93.7 0.4     0.4                   253 GC,UA,AU GC,UA,AU 4 6 2 0.4 0.88 0.99 1.87 0.99 1.0 1.62 1.6 0.0 0.78
23S 6 57 70 C:G cWW   Strong B   86.9 12.7     0.4                       252 CG,UA CG,UA 2 1 1 0.67 0.97 1.0 1.97 1.0 1.0 1.44 1.46 0.0 0.77
23S 6 58 69 G:C cWW   Strong B 100.0                                 252 GC   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 2.0 2.0 0.0 0.77
23S 6 59 68 U:G cWW   Strong B 13.4 27.2 11.0     48.4                       254 GC,CG,UA,UG GC,UG 8 6 3 0.43 0.26 0.62 0.88 0.52 1.0 0.66 0.95 0.0 0.78
23S 6.1 61 93 C:G cWW 3°: pseudoknot Strong B 32.7 18.5 14.2 25.2   0.4   9.1                   254 GC,CG,UA,AU,AC GC,CG,UA,AU 16 17 12 0.73 0.86 0.91 1.76 0.91 0.91 0.09 0.12 0.0 0.78
23S 6.1 62 92   cWW 3°: pseudoknot Strong B 8.9 26.8 31.1 1.6 0.4 0.8 6.6   1.9 0.4     1.6     19.5 0.4 257 GC,CG,UA,AA,UU GC,CG,UA,AU 15 12 9 0.67 0.55 0.69 1.23 0.69 0.7 0.3 0.12 0.0 0.79
23S 6.1 65 89 U:A cWW 3°: pseudoknot Strong B 15.6 39.7 11.3 24.1 8.2                 0.8   0.4   257 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU 15 17 14 0.88 0.84 0.91 1.75 0.91 0.99 0.12 0.17 0.0 0.79
23S 6.2 67 74 U:A cWH 3°: pseudoknot Strong B 2.7 2.7 71.9 10.5 6.6         0.4     0.4   0.4 3.9 0.4 256 GC,CG,UA,AU,GU,UU GC,CG,UA,AU 8 10 3 0.33 0.58 0.88 1.46 0.88 0.95 0.84 0.9 0.0 0.78
23S 7 76 110 C:G cWW   Strong B 0.8 96.5 0.4 0.4   0.8       0.4       0.4 0.4     258 CG GC,CG,UA,AU 6 5 4 0.73 0.44 0.98 1.43 0.98 0.99 1.76 1.81 0.0 0.79
23S 7 77 109 G:C cWW   Strong B 9.7 24.0 65.1 0.8     0.4                     258 GC,CG,UA GC,CG,UA,AU 17 17 16 0.94 0.99 1.0 1.99 1.0 1.0 0.7 0.73 0.0 0.79
23S 7 78 108 U:G cWW   Strong B 6.6 17.8 19.4 15.5 2.3 37.6       0.4   0.4           258 GC,CG,UA,AU,GU,UG GC,AU,UG,CA 29 24 13 0.49 0.36 0.6 0.96 0.59 0.99 0.36 0.37 0.0 0.79
23S 7 79 107 C:G cWW   Strong B 9.3 72.1 12.4 1.9   3.9               0.4       258 GC,CG,UA,UG GC,CG,UA,AU 18 16 11 0.65 0.85 0.96 1.8 0.96 1.0 0.8 0.91 0.0 0.79
23S 7 80 106 G:C cWW   Strong B 99.6       0.4                         258 GC   0 1 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 2.0 1.96 0.0 0.79
23S 7 81 105 G:C cWW   Strong B 90.3 1.6 1.9 4.3 0.4 0.4   1.2                   257 GC,AU GC,CG,UA,AU 6 7 4 0.61 0.8 0.98 1.78 0.98 0.99 1.41 1.46 0.0 0.79
23S 7 82 104 U:A tSH   Strong B   0.4 8.1   60.9 2.7   0.4     17.1   2.3 1.9 5.8   0.4 258 UA,GU,UG,CC,GA,UC UA,GU,CC 7 16 3 0.26 0.65 0.86 1.51 0.09 0.72 0.66 0.52 0.0 0.79
23S 7 85 97 G:C cWW   Strong B 96.5   0.8 1.2 1.6                         257 GC GC,UA,AU 4 5 4 0.89 0.56 0.98 1.54 0.98 1.0 1.84 1.76 0.0 0.79
23S 7 86 96 G:C cWW   Strong B 12.1 72.8 7.0 3.9 0.4 3.9                       257 GC,CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU 22 22 20 0.91 0.84 0.96 1.8 0.96 1.0 0.75 0.88 0.0 0.79
23S 7 87 95 U:A cWW   Strong B 2.7 16.3 74.3 2.7   0.8   1.2   0.4 0.4 0.4     0.4   0.4 257 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU 16 19 14 0.8 0.86 0.96 1.83 0.96 0.97 0.89 0.89 0.0 0.79
23S 8 121 130 G:C cWW   Strong B 94.7     0.4 3.0     0.8                 1.2 264 GC,GU GC,AU 2 3 1 0.4 0.09 0.0 0.09 0.96 0.99 1.87 1.66 0.01 0.8
23S 8 122 129 G:C cWW   Strong B 97.4     1.9 0.4                       0.4 265 GC GC,AU 1 1 1 1.0 0.83 1.0 1.83 1.0 1.0 1.82 1.8 0.0 0.81
23S 8 123 128 G:C cWW   Strong B 97.0     2.3 0.4                       0.4 264 GC,AU GC,AU 2 2 2 1.0 0.86 1.0 1.85 1.0 1.0 1.8 1.75 0.0 0.81
23S 9 131 148 A:U cWW   Strong B 33.0 1.1 0.7 62.9 0.4                       1.9 267 GC,AU GC,CG,UA,AU 12 12 11 0.92 0.99 1.0 1.99 1.0 1.0 0.81 0.79 0.0 0.8
23S 9 132 147 G:C cWW   Strong B 25.5 33.7 0.7 17.2 21.0               0.4       1.5 267 GC,CG,AU,GU GC,CG,UA,AU 21 22 15 0.7 0.67 0.78 1.45 0.78 1.0 0.35 0.25 0.0 0.81
23S 9 133 146 U:A cWW   Strong B 0.4 50.9 41.6 2.6   1.1     0.4       0.4 1.1     1.5 267 CG,UA,AU GC,CG,UA,AU 19 17 15 0.83 0.94 0.97 1.91 0.97 0.98 0.6 0.7 0.0 0.81
23S 9 134 145 G:C cWW   Strong B 14.6 12.3 18.7 50.0   0.4   0.4 0.4   0.4           3.0 268 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU 25 24 23 0.94 0.97 0.98 1.95 0.98 0.99 0.07 0.1 0.01 0.8
23S 9 135 144 U:A cWW   Strong B 35.4 25.4 22.4 9.3 1.5 1.1   0.4                 4.5 268 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU 18 25 19 0.88 0.95 0.97 1.92 0.97 1.0 -0.13 -0.09 0.01 0.79
23S 9 136 143 G:C cWW   Strong B 28.0 8.2 9.7 29.5 0.7 2.6 3.4                   17.9 268 GC,CG,UA,AU,UG,AA GC,CG,UA,AU 12 11 11 0.96 0.87 0.92 1.79 0.92 0.96 -0.51 -0.57 0.0 0.68
23S 9 137 142 U:A cWW   Strong B 6.0 22.4 19.8 13.8 0.7 8.2               6.0     23.2 268 GC,CG,UA,AU,UG,GG GC,CG,UA,AU 15 15 11 0.73 0.73 0.81 1.53 0.81 0.92 -0.72 -0.58 0.0 0.63
23S 10 150 176 U:A cWW   Strong B   21.9 75.6 0.4   1.1 0.4           0.4       0.4 270 CG,UA CG,UA,AU 13 14 11 0.81 0.92 0.98 1.9 0.98 0.99 1.11 1.15 0.0 0.82
23S 10 151 175 C:G cWW   Strong B 4.4 64.1 27.8 1.1   1.9       0.4             0.4 270 GC,CG,UA GC,CG,UA,AU 21 19 18 0.9 0.94 0.98 1.92 0.98 1.0 0.76 0.82 0.0 0.82
23S 10 152 174 A:U cWW   Strong B 12.6 37.0 10.4 27.0 6.3 0.4 0.7         0.4 0.4 0.4   3.0 1.5 270 GC,CG,UA,AU,GU,UU GC,CG,UA,AU 28 29 22 0.77 0.81 0.88 1.7 0.88 0.95 0.01 0.11 0.0 0.82
23S 10 153 173 U:A cWW   Strong B 4.4 15.9 39.6 24.8 5.2 0.7 0.7         0.4       1.9 6.3 270 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU 23 22 19 0.84 0.84 0.91 1.74 0.91 0.97 -0.14 -0.06 0.0 0.78
23S 10 154 172 U:A cWW   Strong B 3.7 15.2 35.2 29.3 1.9 4.4           0.7     0.4 1.1 8.2 270 GC,CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU 23 21 18 0.82 0.85 0.91 1.76 0.91 0.98 -0.14 -0.17 0.0 0.76
23S 10 155 171 A:U cWW   Strong B 10.7 14.4 23.0 39.3 0.7 3.3                   0.4 8.2 270 GC,CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU 30 30 23 0.77 0.92 0.95 1.87 0.95 1.0 -0.24 -0.25 0.0 0.76
23S 10 156 170 A:U cWW   Strong B 22.6 13.3 16.3 27.0 4.1 7.4 0.4   0.4             0.4 8.2 270 GC,CG,UA,AU,GU,UG GC,CG,UA,AU 26 26 18 0.69 0.81 0.86 1.67 0.86 0.99 -0.36 -0.36 0.0 0.76
23S 10 157 169 C:G cWW   Strong B 15.6 61.9 3.7 3.0 0.4 7.4         0.4           7.8 270 GC,CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU 17 15 12 0.75 0.73 0.91 1.64 0.91 1.0 0.21 0.43 0.0 0.76
23S 11 183 214 C:G cWW   Strong B   99.3                     0.4 0.4       270 CG CG,GA 1 1 1 1.0 0.5 1.0 1.5 0.99 0.99 1.94 1.92 0.0 0.83
23S 11 184 212 C:G cWW   Strong B 22.6 71.5 0.7   4.1 1.1                       270 GC,CG,GU GC,CG,UA 10 12 8 0.73 0.82 0.95 1.77 0.95 1.0 1.04 0.94 0.0 0.83
23S 11 185 211 G:C cWW   Strong B 15.6 50.0 24.8 7.4 1.1 0.7                 0.4     270 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU 22 21 19 0.88 0.96 0.98 1.93 0.98 1.0 0.29 0.28 0.0 0.83
23S 11 186 210 G:C cWW   Strong B 71.1   4.4 21.1 3.3                         270 GC,UA,AU,GU GC,UA,AU 15 17 13 0.81 0.89 0.97 1.85 0.97 1.0 1.01 0.96 0.0 0.83
23S 11 187 209 G:C cWW   Strong B 79.2 19.7     0.4 0.4     0.4                 269 GC,CG GC,CG 3 2 1 0.4 0.95 0.99 1.94 0.99 1.0 1.22 1.24 0.0 0.82
23S 11 188 208 G:C cWW   Strong B 49.4 4.1 17.7 0.4   12.9   8.9   4.8 0.7           1.1 271 GC,CG,UA,UG,AC,CA GC,CG,UA,AU 19 13 4 0.25 0.45 0.72 1.17 0.72 0.85 0.28 0.54 0.0 0.82
23S 11 194 201 G:C cWW   Strong B 99.3     0.7                           271 GC GC,AU 1 1 1 1.0 1.0 1.0 2.0 1.0 1.0 1.94 1.94 0.0 0.83
23S 11 195 200 A:U tSH   Strong B       100.0                           271 AU   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 2.0 2.0 0.0 0.83
23S 12 224 231 U:A cWW   Strong B 27.4   59.9 12.6                           277 GC,UA,AU GC,UA,AU 8 8 6 0.75 1.0 1.0 2.0 1.0 1.0 0.67 0.67 0.0 0.85
23S 12 225 230 C:G cWW   Strong B   85.9 2.2 11.2         0.7                 276 CG,UA,AU CG,UA,AU 8 10 8 0.89 0.95 0.99 1.94 0.99 0.99 1.32 1.34 0.0 0.85
23S 12.1 234 430 U:A tWW   Strong B   8.3 91.3                           0.4 276 CG,UA CG,UA 5 6 5 0.91 1.0 1.0 2.0 1.0 1.0 1.54 1.58 0.0 0.84
23S 13 235 262 U:A cWW   Strong B 0.7   98.9         0.4                   274 UA GC,UA 2 3 1 0.4 0.67 1.0 1.66 1.0 1.0 1.9 1.88 0.0 0.84
23S 13 236 261 C:G cWW   Strong B 4.0 81.2 12.3 0.4             0.4 0.4         1.4 276 GC,CG,UA GC,CG,UA,AU 8 9 6 0.71 0.96 0.99 1.95 0.99 0.99 1.2 1.02 0.01 0.83
23S 13 237 260 C:G cWW   Strong B   94.9       4.7                     0.4 274 CG,UG   4 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.95 1.0 1.73 1.96 0.0 0.84
23S 13 238 259 C:G cWW   Strong B 28.3 67.0     3.3                       1.5 276 GC,CG,GU GC,CG 13 14 14 1.0 0.9 0.97 1.86 0.97 1.0 1.05 0.82 0.01 0.83
23S 13 245 253 G:C cWW   Strong B 98.9             0.4           0.4 0.4     277 GC   1 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.99 0.99 1.93 1.97 0.0 0.85
23S 13 246 252 C:G cWW   Strong B   63.9 0.4 0.4   34.7         0.4           0.4 277 CG,UG CG,UA,AU 9 2 2 0.36 0.02 0.0 0.02 0.65 1.0 1.03 1.85 0.0 0.85
23S 14 265 427 A:U tSS   Strong B       97.5 0.7   1.8                     277 AU   1 1 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.97 0.98 1.94 1.87 0.0 0.85
23S 14 266 426 G:C cWW   Strong B 100.0                                 276 GC   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 2.0 2.0 0.0 0.85
23S 14 267 425 C:G cWW   Strong B 23.2 67.4 2.2 6.9 0.4                         276 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU 7 7 6 0.86 0.99 1.0 1.99 1.0 1.0 0.74 0.74 0.0 0.85
23S 14 268 424 C:G cWW   Strong B 6.9 93.1                               277 GC,CG GC,CG 2 2 2 1.0 1.0 1.0 2.0 1.0 1.0 1.64 1.64 0.0 0.85
23S 16 271 366 G:C cWW   Strong B 27.4 39.7 4.3 3.6 0.4 1.1 0.4           0.7 1.1 0.4   21.1 277 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU 5 1 0 0.0 0.9 0.95 1.85 0.95 0.97 -0.36 -0.15 0.07 0.67
23S 16 272 365 A:U cWW   Strong B 6.1 7.6 18.1 42.2 5.4 1.1     0.4     0.7   0.4 0.7   17.3 277 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU 7 4 0 0.0 0.79 0.9 1.68 0.9 0.97 -0.4 -0.14 0.05 0.7
23S 16 273 364 G:C cWW   Strong B 28.2 19.5 21.7 7.2 4.7   1.1     2.2             15.6 277 GC,CG,UA,AU,GU,CA GC,CG,UA,AU 9 2 1 0.18 0.86 0.91 1.76 0.91 0.96 -0.47 -0.46 0.03 0.72
23S 18 282 358 A:U cWW   Strong B 2.9 2.2 5.1 10.8 0.4 1.1 3.6 51.6 11.9 0.4 2.9 1.4 2.2 0.7 1.1   1.9 277 GC,CG,UA,AU,AA,AC,AG,CC,GA CG,UA,GU,AC 18 21 13 0.67 0.16 0.0 0.16 0.21 0.23 0.81 0.34 0.01 0.83
23S 18 283 357 G:C cWW   Strong B 5.8 2.5 25.7 19.6 15.6 2.2 0.7 3.3 1.4 1.8 2.9 1.1 2.9 2.9 2.2 1.1 8.4 276 GC,CG,UA,AU,GU,UG,AC,CC,GA,GG,UC GC,CG,UA,AU 27 23 13 0.52 0.42 0.58 1.01 0.58 0.78 0.07 -0.22 0.06 0.78
23S 18 290 350 U:G cWW   Strong B 11.9 4.0 30.0 18.4 8.3 16.2 3.2 4.0 0.7       1.1     0.7 1.5 277 GC,CG,UA,AU,GU,UG,AA,AC GC,CG,UA,AU 30 28 10 0.34 0.5 0.65 1.15 0.65 0.9 0.2 0.03 0.01 0.84
23S 18 291 349 G:U cWW   Strong B 19.6 12.0 21.1 9.5 19.3 10.9 2.5   2.2 0.7 0.4 0.4       0.4 1.2 275 GC,CG,UA,AU,GU,UG,AA,AG GC,CG,UA,AU 23 30 11 0.41 0.53 0.63 1.16 0.63 0.93 0.07 -0.02 0.01 0.83
23S 18 292 348 U:A cWW   Strong B 17.3 9.4 39.0 20.9 1.1 6.5 2.9         1.4 0.4 0.4   0.4 0.4 277 GC,CG,UA,AU,UG,AA GC,CG,UA,AU 21 29 13 0.52 0.79 0.87 1.66 0.87 0.95 0.15 0.11 0.0 0.85

Next page

Advanced export

JSON shape: default, array, newline-delimited

CSV options: 

CREATE VIEW basepair_combined as
select f.molecule, f.helix_number, f.position_1, f.position_2,
       f.reference_base_pair, f.conformation, f.tertiary_type, f.strength, f.group_code,
       f.GC, f.CG, f.UA, f.AU, f.GU, f.UG, f.AA, f.AC, f.AG, f.CA, f.CC, f.CU, f.GA, f.GG, f.UC, f.UU, f.gap, f.Seq as sequences,
       f.predominant_types, f.covarying_types,
       s.Xch, s.Ych, s.PE, s.PES, s.Cov1, s.Cov3, s."C1+C3" as C1_C3,
       s.WC, s.WCGU, s.XCons, s.YCons, s.DfDel, s.PNuc
from basepair_frequency f
left join basepair_collective_score s
  on s.molecule = f.molecule and s.position_1 = f.position_1
 and s.position_2 = f.position_2 and s.group_code = f.group_code;