Base-pair statistics (frequencies and scores together) (view)

predominant_types
Base-pair types shown in bold in the published table (most frequent).
covarying_types
Base-pair types marked * in the published table (involved in a covariation).
sequences
Number of sequences in the group.

47 rows where group_code = "B", molecule = "16S" and strength = "Weak" sorted by position_1

✎ View and edit SQL

This data as json, CSV (advanced)

Suggested facets: helix_number, reference_base_pair, GC, CG, UA, AU, GU, UG, AA, AC, AG, CA, CC, CU, GA, GG, UC, UU, gap, predominant_types, covarying_types, Xch, Ych, PE, PES, Cov1, Cov3, C1_C3, WC, WCGU, XCons, YCons, DfDel, PNuc

conformation 4

tertiary_type 2

strength 1

  • Weak · 47 ✖

molecule 1

  • 16S · 47 ✖

group_code 1

molecule helix_number position_1 ▼ position_2 reference_base_pair conformation tertiary_type strength group_code GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap sequences predominant_types covarying_types Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1_C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc
16S 1 13 21 U:G No BP   Weak B     0.2     98.9     0.2         0.1   0.1 0.1 2128 UG   4 6 1 0.2 0.05 0.0 0.05 0.0 0.99 1.94 1.89 0.0 0.36
16S 3 35 549 G:C cWW   Weak B 98.8 0.1     0.1     0.2     0.4       0.1   0.2 3467 GC GC,CG 10 2 2 0.33 0.11 0.0 0.11 0.99 0.99 1.91 1.94 0.0 0.59
16S 3 37 547 U:A tWS   Weak B     98.7     0.7 0.1     0.2     0.1     0.1 0.1 3570 UA   4 5 0 0.0 0.02 0.0 0.02 0.99 0.99 1.94 1.91 0.0 0.61
16S 4 39 403 G:C cWW   Weak B 96.4   1.0 0.5 1.0     0.2     0.2   0.1 0.1 0.3   0.1 3830 GC GC,UA,AU 18 24 5 0.24 0.44 0.98 1.42 0.98 0.99 1.8 1.75 0.0 0.65
16S 5 54 357 C:G cWW   Weak B   99.3 0.4     0.1     0.1                 4138 CG CG,UA 5 2 1 0.29 0.52 1.0 1.51 1.0 1.0 1.94 1.94 0.0 0.71
16S 5 56 356 U:A cWW   Weak B     99.8                   0.1     0.1   4124 UA   1 1 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 1.98 1.99 0.0 0.7
16S 5 58 354 C:G cWW   Weak B   99.3       0.1     0.1 0.1 0.2     0.1     0.1 4221 CG   5 3 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.99 0.99 1.96 1.94 0.0 0.72
16S 6 62 105 U:G cWW   Weak B   0.4 0.2     98.6                 0.4 0.2 0.1 4404 UG   4 12 1 0.12 0.02 0.0 0.02 0.01 0.99 1.95 1.9 0.0 0.75
16S 6 68 101 G:A cWW 3°: base pair Weak B 0.7   0.1   0.2 0.3 0.2     0.3     97.0 0.5     0.6 4427 GA UG,GA 15 18 1 0.06 0.13 0.0 0.13 0.01 0.01 1.86 1.76 0.0 0.75
16S 12 292 308 G:C cWW   Weak B 99.2     0.2 0.1     0.1     0.1       0.2     4920 GC GC,AU 4 4 1 0.25 0.33 0.99 1.33 0.99 1.0 1.93 1.95 0.0 0.84
16S 14 342 347 C:G cWW   Weak B   98.1       0.4               0.1     1.4 4889 CG   8 0 0 0.0 0.04 0.0 0.04 0.99 1.0 1.82 1.97 0.01 0.82
16S 15 375 388 U:G No BP   Weak B     0.3     98.8     0.1           0.2 0.5   4613 UG   2 17 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.99 1.97 1.89 0.0 0.79
16S 16 406 436 G:C cWW   Weak B 99.1       0.5                 0.1 0.1   0.1 4861 GC   3 9 1 0.17 0.05 0.0 0.05 0.99 1.0 1.97 1.93 0.0 0.83
16S 16 416 427 G:U cWW   Weak B 16.8     0.5 79.5     1.0       0.1       1.8 0.1 4982 GC,GU GU,AC 26 58 3 0.07 0.05 0.0 0.05 0.17 0.97 1.73 1.3 0.0 0.85
16S 16 419 424 C:G cWW   Weak B 0.4 78.2 0.4 0.2   17.3               0.1     3.2 4957 CG,UG GC,CG,UA,AU 86 23 10 0.18 0.06 0.0 0.06 0.82 1.0 1.0 1.89 0.03 0.82
16S 19.1 571 865 U:A cWW 3°: pseudoknot Weak B     99.7                             4553 UA   2 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 1.98 1.98 0.0 0.78
16S 20 584 757 G:U cWW   Weak B       0.1 99.6             0.1 0.1       0.1 4742 GU   1 4 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.96 1.98 0.0 0.81
16S 21 594 645 U:G cWW   Weak B 0.5 29.2 6.8 1.5   57.9 1.3 0.6 0.5 1.1   0.1 0.1 0.1 0.2 0.1 0.1 4747 CG,UA,UG GC,AU,UG,CA 110 74 21 0.23 0.07 0.0 0.07 0.38 0.96 0.84 1.32 0.0 0.81
16S 21 597 643 G:C cWW   Weak B 99.2       0.1           0.1   0.1 0.3 0.1   0.1 4778 GC   1 7 0 0.0 0.03 0.0 0.03 0.99 0.99 1.96 1.94 0.0 0.81
16S 21 605 633 U:G cWW   Weak B 0.1 0.1 1.5     88.4     0.1           1.5 7.1 1.1 4799 UG,UU GC,UG 2 38 3 0.15 0.01 0.0 0.01 0.02 0.91 1.95 1.3 0.01 0.81
16S 21 606 632 G:U No BP   Weak B 2.2 1.0 1.0 2.3 69.1 1.9 0.4 0.1 0.5   0.5 0.4 2.9 12.1 1.8 2.0 1.7 4794 GC,AU,GU,GA,GG,UU GU,UG,AA,CC 64 114 12 0.14 0.1 0.0 0.1 0.07 0.79 1.25 0.72 0.01 0.8
16S 22 658 748 C:G cWW   Weak B 7.8 7.7 5.7 20.6 8.5 0.8 9.6 0.5 0.4 1.5 0.3 5.1 21.3 1.0 0.8 8.4   4701 GC,CG,UA,AU,GU,AA,CU,GA,UU CG,AU,GA,UC 184 178 50 0.28 0.37 0.5 0.88 0.42 0.51 0.12 0.28 0.0 0.8
16S 22 666 740 G:U cWW   Weak B 0.8 0.5 0.1 2.9 95.5                     0.1 0.1 4805 AU,GU CG,UA,GU 23 19 2 0.1 0.14 0.0 0.14 0.04 1.0 1.74 1.87 0.0 0.82
16S 23 677 713 U:G cWW   Weak B   2.4 19.5     72.3       5.6         0.1     4843 CG,UA,UG,CA UG,CA 22 64 11 0.26 0.2 0.78 0.98 0.22 0.94 1.59 1.17 0.0 0.83
16S 23 684 706 U:A cWW   Weak B     98.0       1.7               0.1     4857 UA   13 5 2 0.22 0.01 0.0 0.01 0.98 0.98 1.86 1.97 0.0 0.83
16S 23 690 697 G:U tSH   Weak B       8.0 91.6             0.1       0.1 0.1 4853 AU,GU   18 2 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.08 1.0 1.56 1.99 0.0 0.83
16S 26 832 854 G:U cWW   Weak B 8.3 0.9 0.5 3.2 83.9 0.3           0.1 0.1 2.5   0.1   4735 GC,AU,GU,GG CG,UA,GU 33 57 7 0.16 0.09 0.0 0.09 0.13 0.97 1.63 1.3 0.0 0.81
16S 26.1 861 868 G:C cWW   Weak B 80.3 2.6     7.5     0.7     5.5   0.1 0.1 0.1   3.0 4493 GC,CG,GU,CC GC,CG 60 35 6 0.13 0.15 0.0 0.15 0.85 0.93 1.27 1.42 0.02 0.74
16S 28 925 1391 G:U cWW   Weak B         99.4             0.1 0.2 0.1   0.1 0.2 3712 GU   5 5 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.96 1.96 0.0 0.63
16S 28 935 1380 A:U cWW   Weak B       99.5 0.1   0.1   0.1     0.2       0.1 0.1 3978 AU   3 3 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 1.94 1.97 0.0 0.68
16S 29 942 1341 G:U cWW   Weak B       0.1 97.9                     0.2 1.8 4157 GU   6 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.8 1.98 0.01 0.7
16S 30 950 1231 U:G cWW   Weak B   0.2 19.1     80.2       0.1           0.1 0.2 4184 UA,UG UG,CA 5 11 1 0.12 0.01 0.0 0.01 0.19 1.0 1.95 1.3 0.0 0.71
16S 31 960 975 U:A No BP   Weak B     92.1     7.5                     0.2 4347 UA,UG   1 10 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.92 1.0 1.97 1.59 0.0 0.74
16S 31 961 974 U:A No BP   Weak B 0.1   86.4     0.3         0.1       11.3 1.2 0.4 4330 UA,UC GC,UA 1 28 0 0.0 0.01 0.0 0.01 0.87 0.87 1.95 1.32 0.0 0.74
16S 34 1052 1206 U:G cWW   Weak B   0.1 0.2     99.3     0.1               0.2 4234 UG   5 6 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.96 1.95 0.0 0.72
16S 34 1053 1205 G:U No BP   Weak B 3.8       95.6             0.2         0.2 4383 GC,GU   2 12 0 0.0 0.01 0.0 0.01 0.04 1.0 1.95 1.75 0.0 0.75
16S 34 1058 1199 G:U cWW   Weak B 0.1       99.3             0.2       0.1 0.2 4395 GU   1 2 0 0.0 0.04 0.0 0.04 0.0 1.0 1.94 1.98 0.0 0.75
16S 40 1158 1178 C:G No BP   Weak B   99.8                               4605 CG   1 1 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 1.98 1.99 0.0 0.79
16S 40 1159 1177 U:G No BP   Weak B   5.7 0.1     93.5     0.5               0.1 4600 CG,UG   43 2 1 0.04 0.0 0.0 0.0 0.06 0.99 1.63 1.97 0.0 0.78
16S 41 1255 1282 G:C cWW   Weak B 99.0       0.6     0.1     0.1   0.1 0.1     0.1 4668 GC   2 9 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.99 1.0 1.97 1.92 0.0 0.8
16S 44 1401 1501 G:C cWW   Weak B 99.3                   0.1   0.3   0.1   0.2 1817 GC   6 2 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.99 0.99 1.94 1.96 0.0 0.31
16S 44 1425 1475 U:G cWW   Weak B 0.1 2.9 5.6 0.4 0.1 36.1 2.0 0.4 42.6 0.2     5.4 3.6 0.2 0.1 0.3 3285 CG,UA,UG,AA,AG,GA,GG GC,UA,AG 59 42 5 0.1 0.1 0.0 0.1 0.09 0.45 0.51 1.29 0.0 0.56
16S 44 1435 1466 G:C cWW   Weak B 89.8     1.1 4.8     2.6     0.2   0.1 0.2   0.1 1.0 3404 GC,GU,AC GC,AU 29 44 10 0.27 0.12 0.0 0.12 0.92 0.97 1.62 1.6 0.0 0.58
16S 44 1442 1460 G:C cWW   Weak B 25.9 1.7 5.1 0.6 0.3 1.0 16.7 0.3 0.6 9.2   0.1 28.9 0.5 0.4 3.4 5.5 3464 GC,UA,AA,CA,GA,UU CG,AC,GA,UU 87 59 10 0.14 0.08 0.0 0.08 0.35 0.36 0.1 0.34 0.0 0.56
16S 45 1506 1529 U:G No BP   Weak B     0.3     98.1         0.1     0.4 0.7 0.3 0.1 718 UG UG,CC 3 5 0 0.0 0.08 0.0 0.08 0.0 0.98 1.92 1.86 0.0 0.12
16S 45 1511 1524 G:C cWW   Weak B 83.6 1.1 0.3 0.1 5.7     0.1     0.5   0.2 1.0     7.3 917 GC,GU GC,CG,UA,AU 6 17 1 0.09 0.17 0.0 0.17 0.92 0.98 1.39 1.19 0.01 0.14
16S 45 1512 1523 U:G cWW   Weak B   0.2 0.2     96.9   0.1 0.1       0.1   1.3 0.5 0.5 948 UG UG,AC,GA 6 9 2 0.27 0.08 0.0 0.08 0.0 0.98 1.89 1.78 0.0 0.16

Advanced export

JSON shape: default, array, newline-delimited

CSV options: 

CREATE VIEW basepair_combined as
select f.molecule, f.helix_number, f.position_1, f.position_2,
       f.reference_base_pair, f.conformation, f.tertiary_type, f.strength, f.group_code,
       f.GC, f.CG, f.UA, f.AU, f.GU, f.UG, f.AA, f.AC, f.AG, f.CA, f.CC, f.CU, f.GA, f.GG, f.UC, f.UU, f.gap, f.Seq as sequences,
       f.predominant_types, f.covarying_types,
       s.Xch, s.Ych, s.PE, s.PES, s.Cov1, s.Cov3, s."C1+C3" as C1_C3,
       s.WC, s.WCGU, s.XCons, s.YCons, s.DfDel, s.PNuc
from basepair_frequency f
left join basepair_collective_score s
  on s.molecule = f.molecule and s.position_1 = f.position_1
 and s.position_2 = f.position_2 and s.group_code = f.group_code;