Base-pair statistics (frequencies and scores together) (view)

predominant_types
Base-pair types shown in bold in the published table (most frequent).
covarying_types
Base-pair types marked * in the published table (involved in a covariation).
sequences
Number of sequences in the group.

40 rows where group_code = "A", molecule = "5S" and strength = "Strong" sorted by position_1

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Suggested facets: helix_number, reference_base_pair, GC, CG, UA, AU, GU, UG, UC, UU, gap, sequences, covarying_types

tertiary_type 1

strength 1

  • Strong · 40 ✖

molecule 1

group_code 1

conformation 1

molecule helix_number position_1 ▼ position_2 reference_base_pair conformation tertiary_type strength group_code GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap sequences predominant_types covarying_types Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1_C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc
5S 1 1 119 U:A cWW   Strong A 11.4 6.8 13.6 4.5 4.5               2.3     2.3 54.5 44 GC,CG,UA,AU,GU,GA,UU GC,CG,UA,AU                          
5S 1 2 118 G:C cWW   Strong A 27.9 16.3   4.7 2.3       2.3               46.5 43 GC,CG,AU,GU,AG GC,CG,AU                          
5S 1 3 117 C:G cWW   Strong A 36.4 15.9 4.5 15.9                         27.3 44 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU                          
5S 1 4 116 C:G cWW   Strong A 9.1 20.5 20.5 11.4   20.5                   2.3 15.9 44 GC,CG,UA,AU,UG,UU GC,CG,UA,AU                          
5S 1 5 115 U:A cWW   Strong A 2.3 13.6 38.6 31.8   6.8       2.3             4.5 44 GC,CG,UA,AU,UG,CA GC,CG,UA,AU                          
5S 1 6 114 G:C cWW   Strong A 65.9 15.9   15.9 2.3                         44 GC,CG,AU,GU GC,CG,AU                          
5S 1 7 113 G:C cWW   Strong A 72.7 15.9   9.1 2.3                         44 GC,CG,AU,GU GC,CG,AU                          
5S 1 8 112 C:G cWW   Strong A   97.7       2.3                       44 CG,UG                            
5S 1 9 111 G:U cWW   Strong A 38.6     2.3 59.1                         44 GC,AU,GU                            
5S 1 10 110 G:C cWW   Strong A 93.2     2.3                         4.5 44 GC,AU GC,AU                          
5S 2 16 68 G:C cWW   Strong A 97.7     2.3                           44 GC,AU GC,AU                          
5S 2 17 67 C:G cWW   Strong A 2.3 81.8 13.6             2.3               44 GC,CG,UA,CA GC,CG,UA                          
5S 2 18 65 G:U cWW   Strong A 90.9     4.5 4.5                         44 GC,AU,GU GC,AU                          
5S 2 19 64 C:G cWW   Strong A 77.3 4.5   9.1   6.8   2.3                   44 GC,CG,AU,UG,AC GC,AU,UG                          
5S 2 20 63 G:C cWW   Strong A 18.2 45.5 6.8 13.6 9.1 4.5                   2.3   44 GC,CG,UA,AU,GU,UG,UU GC,CG,UA,AU                          
5S 2 21 62 G:C cWW   Strong A 63.6 11.4 2.3 18.2 2.3           2.3             44 GC,CG,UA,AU,GU,CC GC,CG,UA,AU                          
5S 2 22 61 U:G cWW   Strong A 93.2     4.5 2.3                         44 GC,AU,GU GC,AU                          
5S 2 23 60 G:C cWW   Strong A 65.9   2.3   15.9 2.3   2.3             11.4     44 GC,UA,GU,UG,AC,UC GC,UA                          
5S 2 28 56 C:G cWW   Strong A       2.3   2.3       2.3   77.3   2.3   13.6   44 AU,UG,CA,CU,GG,UU CU,GG                          
5S 2 29 55 A:U cWW   Strong A 2.3   34.1 63.6                           44 GC,UA,AU GC,UA,AU                          
5S 2 30 54 C:G cWW   Strong A   88.6 11.4                             44 CG,UA CG,UA                          
5S 2 31 51 C:G cWW   Strong A   97.7               2.3               44 CG,CA                            
5S 2 32 50 U:A cWW   Strong A   63.6 34.1           2.3                 44 CG,UA,AG CG,UA                          
5S 2 33 49 G:C cWW   Strong A 100.0                                 44 GC                            
5S 2 34 48 A:U cWW   Strong A 25.0   47.7 27.3                           44 GC,UA,AU GC,UA,AU                          
5S 3 70 106 C:G cWW   Strong A   2.3 25.0       18.2               2.3 52.3   44 CG,UA,AA,UC,UU CG,AA,UU                          
5S 3 71 105 C:G cWW   Strong A 4.5 2.3 29.5 11.4   20.5     2.3     2.3       27.3   44 GC,CG,UA,AU,UG,AG,CU,UU GC,CG,UA,AU                          
5S 3 72 104 G:A cWW   Strong A 27.3 31.8 13.6 9.1 2.3         2.3           13.6   44 GC,CG,UA,AU,GU,CA,UU GC,CG,UA,AU                          
5S 3 73 103 A:U cWW   Strong A 15.9 40.9 27.3 2.3   11.4                     2.3 44 GC,CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU                          
5S 3 74 102 U:G cWW   Strong A 34.1 18.2 11.4 15.9 6.8 2.3   2.3               9.1   44 GC,CG,UA,AU,GU,UG,AC,UU GC,CG,UA,AU                          
5S 3 75 101     3°: base pair Strong A 52.3 6.8 18.2 4.5 2.3 2.3                 9.1 4.5   44 GC,CG,UA,AU,GU,UG,UC,UU GC,CG,UA,AU                          
5S 3 76 100     3°: base pair Strong A 31.8 11.4 11.4 20.5 4.5 6.8       2.3         2.3 9.1   44 GC,CG,UA,AU,GU,UG,CA,UC,UU GC,CG,UA,AU                          
5S 3 77 99     3°: base pair Strong A   13.6 86.4                             44 CG,UA CG,UA                          
5S 3 79 97 G:C cWW   Strong A 13.6 86.4                               44 GC,CG GC,CG                          
5S 3 81 95 G:U cWW   Strong A 36.4     11.4 52.3                         44 GC,AU,GU                            
5S 3 82 94 U:A cWW   Strong A 40.9 29.5 6.8 22.7                           44 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU                          
5S 3 83 93 G:C cWW   Strong A 13.6 13.6 4.5 54.5 13.6                         44 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU                          
5S 3 84 92 G:C cWW   Strong A 68.2 4.5 6.8 2.3   2.3     2.3               13.6 44 GC,CG,UA,AU,UG,AG GC,CG,UA,AU                          
5S 3 85 91 G:C cWW   Strong A 36.4 25.0   11.4 2.3 9.1                     15.9 44 GC,CG,AU,GU,UG GC,CG,AU                          
5S 3 86 90 G:C cWW   Strong A 11.4 40.9 2.3 6.8   13.6                   9.1 15.9 44 GC,CG,UA,AU,UG,UU GC,CG,UU                          

Advanced export

JSON shape: default, array, newline-delimited

CSV options: 

CREATE VIEW basepair_combined as
select f.molecule, f.helix_number, f.position_1, f.position_2,
       f.reference_base_pair, f.conformation, f.tertiary_type, f.strength, f.group_code,
       f.GC, f.CG, f.UA, f.AU, f.GU, f.UG, f.AA, f.AC, f.AG, f.CA, f.CC, f.CU, f.GA, f.GG, f.UC, f.UU, f.gap, f.Seq as sequences,
       f.predominant_types, f.covarying_types,
       s.Xch, s.Ych, s.PE, s.PES, s.Cov1, s.Cov3, s."C1+C3" as C1_C3,
       s.WC, s.WCGU, s.XCons, s.YCons, s.DfDel, s.PNuc
from basepair_frequency f
left join basepair_collective_score s
  on s.molecule = f.molecule and s.position_1 = f.position_1
 and s.position_2 = f.position_2 and s.group_code = f.group_code;