Base-pair statistics (frequencies and scores together) (view)

predominant_types
Base-pair types shown in bold in the published table (most frequent).
covarying_types
Base-pair types marked * in the published table (involved in a covariation).
sequences
Number of sequences in the group.

42 rows where group_code = 3 and molecule = "5S" sorted by position_1

✎ View and edit SQL

This data as json, CSV (advanced)

Suggested facets: helix_number, reference_base_pair, GU, UG, AA, AC, AG, CA, CC, CU, GA, GG, UC, UU, gap, sequences, predominant_types, covarying_types

strength 2

tertiary_type 1

molecule 1

group_code 1

conformation 1

molecule helix_number position_1 ▼ position_2 reference_base_pair conformation tertiary_type strength group_code GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap sequences predominant_types covarying_types Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1_C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc
5S 1 1 119 U:A cWW   Strong 3 5.2 0.7 8.7 2.6 0.5 1.3 0.3 0.5 0.3 0.2 0.2 0.2 0.2   0.3 2.3 76.6 611 GC,UA,AU,UU GC,CG,UA,AU                          
5S 1 2 118 G:C cWW   Strong 3 20.0 1.8 3.8 3.8 0.5 1.3 0.5 1.8 0.2   0.2 0.2 0.3   0.7 0.7 64.4 610 GC,UA,AU GC,CG,UA,AU                          
5S 1 3 117 C:G cWW   Strong 3 27.2 23.4 9.0 23.3 0.7 9.6 0.3 0.7 0.2   0.2 0.2 0.2 0.2 0.7 0.7 3.7 602 GC,CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU                          
5S 1 4 116 C:G cWW   Strong 3 9.1 46.2 13.0 2.5 5.6 13.4   0.2 0.2 0.2 0.3 0.2 0.3 0.3 0.2 6.9 1.5 606 GC,CG,UA,AU,GU,UG,UU GC,CG,UA,AU                          
5S 1 5 115 U:A cWW   Strong 3 8.6 31.1 41.8 11.0 0.3 3.8 0.2   1.2 0.7           0.2 1.3 608 GC,CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU                          
5S 1 6 114 G:C cWW   Strong 3 47.8 7.1 33.2 9.4 1.0 0.7 0.2 0.3       0.2         0.3 609 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU                          
5S 1 7 113 G:C cWW   Strong 3 59.0 1.3 4.4 33.9 0.8 0.2   0.2         0.2         610 GC,UA,AU GC,CG,UA,AU                          
5S 1 8 112 C:G cWW   Strong 3 2.5 70.0 0.5 0.7 0.3 25.9         0.2             611 GC,CG,UG GC,CG,UA,AU                          
5S 1 9 111 G:U cWW   Strong 3 42.5 0.7 0.3 2.5 52.5 0.2   0.2         0.5       0.8 610 GC,AU,GU CG,UA,GU,AC                          
5S 1 10 110 G:C cWW   Strong 3 51.1 2.5 5.6 32.6 5.2 0.3 0.7 1.1 0.2 0.2         0.2 0.2 0.3 611 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU                          
5S 2 16 68 G:C cWW   Strong 3 57.5 32.5 7.9 0.7 0.7 0.7   0.2                   610 GC,CG,UA GC,CG,UA,AU                          
5S 2 17 67 C:G cWW   Strong 3 9.0 69.9 7.7 5.7   3.1 0.2     3.9     0.2 0.3       611 GC,CG,UA,AU,UG,CA GC,CG,UA,AU                          
5S 2 18 65 G:U cWW   Strong 3 36.0 3.9 5.4 42.7 9.7 0.2 0.5 0.8   0.2 0.2 0.2 0.3         611 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU                          
5S 2 19 64 C:G cWW   Strong 3 23.0 30.2 18.9 23.0 1.3 0.8 0.2 0.5 0.3 0.7 0.5     0.3 0.2 0.2   609 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU                          
5S 2 20 63 G:C cWW   Strong 3 36.1 23.6 14.9 18.4 3.0 0.7   0.8     0.2       0.8 1.5   609 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU                          
5S 2 21 62 G:C cWW   Strong 3 37.2 17.5 19.0 16.9 2.6 3.6   1.1 0.3 0.3 0.2 0.2 0.2 0.2   0.7   610 GC,CG,UA,AU,GU,UG GC,CG,UA,AU                          
5S 2 22 61 U:G cWW   Strong 3 25.7 10.2 29.2 16.2 0.7 15.2   0.2 0.3   0.2     1.6 0.2 0.3   610 GC,CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU                          
5S 2 23 60 G:C cWW   Strong 3 79.5 0.8 0.2 1.1 1.6 0.5   1.6 0.2   0.3 1.0 2.1 0.5 8.9 1.5 0.2 609 GC,GA,UC GC,CG,UU                          
5S 2 28 56 C:G cWW   Strong 3 0.2 20.9   2.3 0.5 0.7   0.3   0.3 2.8 62.2   0.2 7.7 2.0   611 CG,AU,CC,CU,UC CU,GG,UC                          
5S 2 29 55 A:U cWW   Strong 3 10.5   5.9 83.3 0.2     0.2                   611 GC,UA,AU GC,UA,AU                          
5S 2 30 54 C:G cWW   Strong 3 2.8 94.9 1.6 0.2   0.2         0.2     0.2       611 GC,CG GC,CG,UA,AU                          
5S 2 31 51 C:G cWW   Strong 3 5.2 85.3 4.1 0.3 0.2 0.5 0.7     2.0 0.2 0.8 0.2   0.7     611 GC,CG,UA GC,CG,UA,AU                          
5S 2 32 50 U:A cWW   Strong 3 33.8 38.4 22.0 4.6   0.8     0.2 0.2 0.2             610 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU                          
5S 2 33 49 G:C cWW   Strong 3 70.7 21.1 2.3 4.3 0.2 1.1               0.3       611 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU                          
5S 2 34 48 A:U cWW   Strong 3 9.8   32.9 57.0 0.2                   0.2     611 GC,UA,AU GC,UA,AU                          
5S 3 70 106 C:G cWW   Strong 3 9.2 78.2 5.1 1.6   0.5 1.1     0.2         0.3 3.8   610 GC,CG,UA,UU GC,CG,UA,AU                          
5S 3 71 105 C:G cWW   Strong 3 8.9 66.7 9.7 3.1 1.0 8.2     0.2     0.2       2.1   609 GC,CG,UA,AU,UG,UU GC,CG,UA,AU                          
5S 3 72 104 G:A cWW   Strong 3 7.7 14.8 15.6 10.0 1.1 4.8 7.4 0.3   0.5 0.8   34.9   0.5 1.1 0.5 610 GC,CG,UA,AU,UG,AA,GA CG,AU,GA,UC                          
5S 3 73 103 A:U cWW   Strong 3 31.0 5.6 3.6 57.0 0.8 1.5   0.2         0.2       0.2 610 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU                          
5S 3 74 102 U:G cWW   Strong 3 36.8 2.8 1.1 2.9 0.8 37.5 3.3 9.2 0.2 3.1   0.5 0.2 0.3 0.3 1.0   611 GC,CG,AU,UG,AA,AC,CA GC,UG,AA,CU                          
5S 3 75 101     3°: base pair Strong 3 1.1   1.6 27.3   1.3 3.9 11.5 11.1   0.2   40.9 0.2 0.5 0.2 0.2 611 AU,AA,AC,AG,GA AU,UG,CC,GA                          
5S 3 76 100     3°: base pair Strong 3 1.0       0.2   13.7 0.2 0.2 0.2     52.5 32.1       611 AA,GA,GG AC,GA                          
5S 3 77 99     3°: base pair Strong 3   1.0 98.7     0.2 0.2                     611 UA CG,UA                          
5S 3 78 98     3°: base pair Significant 3     0.3 0.5     5.2 0.3 92.3 0.7     0.2 0.3     0.2 611 AA,AG AG,CA                          
5S 3 79 97 G:C cWW   Strong 3 15.9 66.2 2.0 0.5 15.1     0.2               0.2   610 GC,CG,GU GC,CG,UA,AU                          
5S 3 80 96 U:G cWW   Significant 3 0.3 8.5 0.2   0.2 89.2           0.2   0.2 0.2 1.1   611 CG,UG GC,UG,CU                          
5S 3 81 95 G:U cWW   Strong 3 17.4 2.0 3.9 17.7 28.7     3.0 0.3   1.0 0.7     3.9 21.1 0.3 610 GC,UA,AU,GU,AC,UC,UU CG,UA,GU,AC                          
5S 3 82 94 U:A cWW   Strong 3 34.7 27.5 22.5 9.5 1.2 1.6     0.3   0.2 0.2 0.2   1.3 0.2 0.7 608 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU                          
5S 3 83 93 G:C cWW   Strong 3 71.5 5.2 1.0 15.5 2.5       0.2 0.7 0.2   0.5 0.2 0.2 0.3 2.1 611 GC,CG,AU,GU GC,CG,UA,AU                          
5S 3 84 92 G:C cWW   Strong 3 24.5 7.5 6.2 9.8 0.8 3.1 0.5 1.0 14.6 0.2   0.2 23.9 2.0 0.2 0.5 5.1 611 GC,CG,UA,AU,UG,AG,GA GC,UA,AG,CU                          
5S 3 85 91 G:C cWW   Strong 3 64.6 17.8 0.3 2.1 2.9 2.3   1.3   0.2         0.8 0.2 7.4 611 GC,CG,AU,GU,UG GC,CG,UA,AU                          
5S 3 86 90 G:C cWW   Strong 3 65.6 7.0 0.2 3.1 1.0 1.6           0.2     0.2 1.0 20.1 611 GC,CG,AU GC,CG,UA,AU                          

Advanced export

JSON shape: default, array, newline-delimited

CSV options: 

CREATE VIEW basepair_combined as
select f.molecule, f.helix_number, f.position_1, f.position_2,
       f.reference_base_pair, f.conformation, f.tertiary_type, f.strength, f.group_code,
       f.GC, f.CG, f.UA, f.AU, f.GU, f.UG, f.AA, f.AC, f.AG, f.CA, f.CC, f.CU, f.GA, f.GG, f.UC, f.UU, f.gap, f.Seq as sequences,
       f.predominant_types, f.covarying_types,
       s.Xch, s.Ych, s.PE, s.PES, s.Cov1, s.Cov3, s."C1+C3" as C1_C3,
       s.WC, s.WCGU, s.XCons, s.YCons, s.DfDel, s.PNuc
from basepair_frequency f
left join basepair_collective_score s
  on s.molecule = f.molecule and s.position_1 = f.position_1
 and s.position_2 = f.position_2 and s.group_code = f.group_code;