Base-pair statistics (frequencies and scores together) (view)

predominant_types
Base-pair types shown in bold in the published table (most frequent).
covarying_types
Base-pair types marked * in the published table (involved in a covariation).
sequences
Number of sequences in the group.

61 rows where group_code = 3, molecule = "23S" and strength = "Weak" sorted by position_1

✎ View and edit SQL

This data as json, CSV (advanced)

Suggested facets: reference_base_pair, UA, UG, AA, AC, AG, CA, CC, CU, GA, GG, UC, UU, gap, covarying_types, Xch, Ych, PE, PES, Cov3, WCGU, DfDel, PNuc

conformation 3

tertiary_type 2

strength 1

  • Weak · 61 ✖

molecule 1

  • 23S · 61 ✖

group_code 1

molecule helix_number position_1 ▼ position_2 reference_base_pair conformation tertiary_type strength group_code GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap sequences predominant_types covarying_types Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1_C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc
23S 1 8 2895 C:G cWW   Weak 3 5.6 27.1 27.5 1.2   19.9         0.4     0.4     18.0 251 GC,CG,UA,UG GC,CG,UA,AU 22 21 5 0.23 0.62 0.75 1.37 0.75 0.99 -0.14 -0.16 0.01 0.33
23S 6.1 66 88 C:G cWW 3°: pseudoknot Weak 3   67.4 1.5     1.5 0.2   0.2 0.2       0.5     28.5 411 CG CG,UA 10 2 1 0.17 0.35 0.96 1.32 0.96 0.98 0.75 0.43 0.19 0.47
23S 10 158 168 U:G cWW   Weak 3 1.2 2.1 20.9 0.2   55.6 0.5   0.5 0.5     0.7 0.2   0.2 17.4 426 CG,UA,UG GC,AU,UG,CA 11 10 5 0.48 0.06 0.0 0.06 0.29 0.97 0.62 0.08 0.0 0.56
23S 16 274 363 C:G cWW   Weak 3 2.9 6.0 7.5 0.4 0.4 3.5 1.7 3.1 1.0 1.2 2.1 0.8 1.4 0.2 1.2 3.9 62.9 518 GC,CG,UA,UG,AC,CC,UU CG,UA,GU,AC 27 14 4 0.2 0.32 0.46 0.78 0.45 0.56 -0.9 -0.96 0.22 0.3
23S 18 281 359 C:G cWW   Weak 3 9.7 8.5 3.5 8.5 7.4 4.1 1.9 12.4 1.4 0.6 1.6 3.1 0.6 2.3 0.6 2.5 31.4 516 GC,CG,UA,AU,GU,UG,AC,CU,GG,UU CG,UA,GU,AC 26 44 9 0.26 0.34 0.46 0.81 0.44 0.61 -0.79 -0.35 0.14 0.56
23S 18 284 356 U:G cWW   Weak 3 9.5 24.2 5.0 8.3 5.4 4.3 1.9 6.2 2.1 2.1 2.9 1.4 0.8 1.7 5.2 4.8 14.2 517 GC,CG,UA,AU,GU,UG,AC,AG,CA,CC,UC,UU GC,CG,UA,AU 49 44 17 0.37 0.37 0.55 0.92 0.55 0.66 -0.39 -0.3 0.01 0.7
23S 18 293 347 U:A cWW   Weak 3 10.1 1.9 50.7 1.5 1.1 3.7 2.8 1.3 2.2 1.9 0.9 1.5 2.2 2.2 3.6 1.7 10.6 534 GC,UA,UG,AA,AG,GA,GG,UC GC,UA,AG,CU 31 34 14 0.43 0.36 0.72 1.08 0.72 0.77 0.12 0.24 0.04 0.76
23S 20 327 335 G:C cWW   Weak 3 96.1 0.4   2.6       0.2             0.2   0.6 537 GC,AU GC,CG,AU 2 1 1 0.67 0.89 1.0 1.89 1.0 1.0 1.72 1.75 0.0 0.85
23S 21 378 396 C:G cWW   Weak 3 2.0 59.9 1.1 0.4 1.3 35.1                 0.2     538 GC,CG,UG GC,CG,UA,AU 14 8 4 0.36 0.09 0.0 0.09 0.63 1.0 0.83 1.64 0.0 0.85
23S 21 382 392 A:U cWW   Weak 3 4.3 1.9   29.3 7.1 0.2   11.1       0.4     0.2 45.5 0.2 539 GC,AU,GU,AC,UU CG,AC,UU 14 14 5 0.36 0.24 0.59 0.82 0.35 0.43 0.48 1.21 0.0 0.85
23S 25 538 555 A:G cWW 3°: base pair Weak 3 20.0 1.0   4.0 10.3 5.1 0.6   52.2         0.4   2.3 4.2 525 GC,AU,GU,UG,AG,UU GC,AG,UU 14 17 3 0.19 0.51 0.78 1.29 0.26 0.42 0.42 0.46 0.01 0.8
23S 25.1 564 577 C:G cWW   Weak 3   99.6                 0.2 0.2           526 CG   0 2 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 2.0 1.96 0.0 0.83
23S 27 600 657 G:U cWW   Weak 3 33.8   0.2 0.8 65.0                       0.2 520 GC,GU UA,GU 2 6 1 0.25 0.01 0.0 0.01 0.35 1.0 1.89 1.05 0.0 0.82
23S 31 641 647 U:G cWW   Weak 3   9.4 0.2     50.9                     39.5 521 CG,UG   12 1 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.16 1.0 -0.14 0.22 0.0 0.5
23S 32 671 809 C:G cWW   Weak 3   99.8                             0.2 483 CG   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 2.0 1.97 0.0 0.77
23S 33 687 775 C:G No BP   Weak 3   99.0               0.2 0.2     0.4     0.2 524 CG   2 1 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.99 0.99 1.96 1.94 0.0 0.83
23S 33 695 767 G:U cWW   Weak 3 5.3   0.2   94.1 0.2   0.2                   524 GC,GU UA,GU,AC 2 11 1 0.15 0.07 0.0 0.07 0.06 1.0 1.94 1.65 0.0 0.83
23S 34 703 729 U:G No BP   Weak 3   22.5       77.3       0.2               524 CG,UG UG,CA 20 0 0 0.0 0.01 0.0 0.01 0.23 1.0 1.23 1.98 0.0 0.83
23S 34 707 724 G:U cWW   Weak 3 0.2     2.9 96.2     0.2       0.2         0.4 524 AU,GU GU,AC 5 2 0 0.0 0.06 0.0 0.06 0.03 1.0 1.74 1.96 0.0 0.83
23S 37 826 831 U:G cWW   Weak 3   34.1       65.3                 0.2   0.4 493 CG,UG   7 1 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.34 1.0 1.03 1.95 0.0 0.78
23S 42 1051 1108 G:U cWW   Weak 3 47.7     30.1 21.2     0.4         0.2     0.2 0.2 482 GC,AU,GU GC,AU 15 4 2 0.21 0.58 0.78 1.36 0.78 0.99 1.05 0.96 0.0 0.76
23S 46 1215 1234 G:U cWW   Weak 3 0.6     0.2 92.1     5.7               1.2 0.2 495 GU,AC GU,AC 3 1 0 0.0 0.74 0.98 1.72 0.01 0.93 1.56 1.64 0.0 0.78
23S 54 1415 1587 U:G cWW   Weak 3 12.7 11.2 6.4 1.9 6.4 17.5 3.3   1.2 1.9 0.2 0.4 7.7 6.9 0.2 9.4 12.6 481 GC,CG,UA,GU,UG,AA,GA,GG,UU GC,UG,AA,CU 26 17 6 0.28 0.23 0.39 0.62 0.37 0.64 -0.18 -0.35 0.0 0.67
23S 56 1436 1556 G:C cWW   Weak 3 63.0 1.0 2.9 2.9 13.0 0.2 4.3 3.1 0.6 0.2   1.0 3.5 0.4 2.5 1.2   484 GC,UA,AU,GU,AA,AC,GA,UC GC,CG,AA,UU 19 29 8 0.33 0.18 0.0 0.18 0.7 0.83 1.0 0.71 0.0 0.77
23S 56 1440 1551 U:A cWW   Weak 3 8.9 21.1 4.3 12.4 30.8 5.2 0.6 1.2 0.6 0.2 0.8 3.3 0.2 1.0 2.3 1.2 5.6 483 GC,CG,UA,AU,GU,UG,CU,UC CG,UA,GU,AC 42 34 8 0.21 0.42 0.61 1.03 0.5 0.88 -0.03 0.12 0.01 0.72
23S 57 1445 1466 G:U cWW   Weak 3 2.1 5.6   2.1 57.7 5.2 0.2 5.8 0.8 1.9 1.6 1.0 0.4 5.4 0.6 5.4 4.2 485 GC,CG,AU,GU,UG,AC,GG,UU CG,GU,AC 25 20 11 0.49 0.3 0.72 1.02 0.1 0.76 0.38 0.55 0.01 0.74
23S 58 1468 1524 U:G cWW   Weak 3 3.1 18.8 6.0 4.1 1.0 18.6 8.0 0.6 14.6 0.2   1.0 6.4 5.2 0.2 4.7 7.3 485 GC,CG,UA,AU,UG,AA,AG,GA,GG,UU GC,CG,AA,UU 40 27 7 0.21 0.21 0.37 0.59 0.34 0.56 -0.28 0.13 0.01 0.71
23S 58 1478 1513 G:U cWW   Weak 3 27.5 3.5 0.8 5.4 30.4 1.4 2.9 0.2 0.6 8.5 1.9   1.9 1.7 0.2   13.2 484 GC,CG,AU,GU,AA,CA GU,UG,AC,CA 13 30 6 0.28 0.18 0.0 0.18 0.43 0.8 0.09 -0.33 0.02 0.67
23S 58 1481 1510 U:G cWW   Weak 3 4.7 5.6 0.6 1.0 2.9 6.6 0.2 0.4 0.2 1.6 1.4 21.9 0.4 0.4   0.8 51.1 485 GC,CG,GU,UG,CU GC,UG,AA,CU 14 22 4 0.22 0.43 0.68 1.11 0.24 0.44 -0.64 -0.53 0.0 0.0
23S 58 1483 1506 G:U cWW   Weak 3 33.2 7.2 21.0 4.5 6.2 5.8   0.2   7.2 0.2 0.2 3.5 3.3 0.2 1.0 6.1 485 GC,CG,UA,AU,GU,UG,CA,GA,GG GC,CG,UA,AU 30 36 13 0.39 0.54 0.7 1.24 0.7 0.83 0.02 -0.21 0.01 0.72
23S 63 1707 1751 G:U cWW   Weak 3 26.2 2.4   6.4 63.5           1.1           0.4 455 GC,CG,AU,GU CG,GU 10 17 4 0.3 0.07 0.0 0.07 0.35 0.99 1.42 0.97 0.0 0.72
23S 64 1770 1982 G:U cWW   Weak 3 13.7 47.2 0.2 1.4 35.4 0.5           1.2 0.2       0.2 432 GC,CG,GU CG,UA,GU 7 15 2 0.18 0.68 0.83 1.51 0.63 0.99 0.84 0.52 0.0 0.68
23S 65 1775 1789 U:A tHS   Weak 3     98.9       0.2               0.9     458 UA   1 2 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.99 0.99 1.98 1.93 0.0 0.73
23S 66 1799 1820 G:U No BP   Weak 3 40.0       58.3     0.2                 1.5 458 GC,GU GU,AC 0 4 0 0.0 0.01 0.0 0.01 0.41 1.0 1.83 0.9 0.0 0.72
23S 66 1803 1814 A:G tHS 3°: base pair Weak 3 0.9 0.7 0.2 0.9 37.3   0.2 2.0 55.9   0.2         0.4 1.3 456 GU,AC,AG UA,GU,AG,CC 6 9 1 0.13 0.88 0.95 1.83 0.03 0.4 0.82 0.69 0.0 0.71
23S 68 1835 1905 G:C cWW   Weak 3 99.8       0.2                         439 GC   0 1 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 1.98 1.98 0.0 0.7
23S 68 1841 1901 U:A cWW   Weak 3     100.0                             440 UA   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 2.0 2.0 0.0 0.7
23S 68 1842 1898 G:U cWW   Weak 3 0.9       98.9             0.2           440 GU   1 2 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 1.0 1.98 1.93 0.0 0.7
23S 68 1851 1891 U:G cWW   Weak 3           100.0                       455 UG   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 2.0 2.0 0.0 0.72
23S 69 1907 1923 G:U cWW   Weak 3 0.2       99.5               0.2         438 GU   0 2 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 2.0 1.95 0.0 0.69
23S 69 1911 1919 U:A No BP   Weak 3     98.6             0.9           0.2 0.2 440 UA   2 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.99 0.99 1.9 1.98 0.0 0.7
23S 71 1945 1961 G:C cWW   Weak 3 99.1     0.2             0.5           0.2 436 GC GC,AU 2 1 1 0.67 0.33 0.99 1.33 0.99 0.99 1.93 1.95 0.0 0.69
23S 71 1947 1959 C:G cWW   Weak 3   99.5                             0.5 436 CG   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 2.0 1.95 0.0 0.69
23S 73 2056 2612 G:C cWW   Weak 3 65.8     32.8     1.0 0.5                   412 GC,AU GC,AU 2 2 0 0.0 0.96 0.98 1.94 0.98 0.98 1.05 1.01 0.0 0.65
23S 74 2065 2445 C:G cWW   Weak 3   99.3                             0.7 424 CG   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 1.97 1.93 0.0 0.67
23S 74 2075 2434 U:A No BP   Weak 3     99.3                         0.7   437 UA   0 1 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.99 0.99 2.0 1.94 0.0 0.69
23S 75 2077 2243 A:U cWW   Weak 3       99.8                         0.2 436 AU   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 1.97 2.0 0.0 0.69
23S 76 2100 2189 G:U cWW   Weak 3 13.5   0.9 5.7 72.1 5.9 0.5         0.2   0.9     0.2 437 GC,AU,GU,UG GU,UG,AA 11 19 3 0.2 0.23 0.79 1.02 0.2 0.98 1.26 0.97 0.0 0.69
23S 76 2109 2180 U:U cWW 3°: base pair Weak 3 34.1   5.0 0.2   2.3       0.7   0.2     0.9 56.3 0.2 437 GC,UA,UG,UU GC,CA,UU 3 5 1 0.25 0.8 0.91 1.71 0.39 0.42 0.96 0.65 0.0 0.69
23S 77 2120 2178 G:C cWW   Weak 3 57.0 1.1 0.5 23.3 17.6                       0.4 437 GC,AU,GU GC,CG,UA,AU 9 10 3 0.32 0.59 0.82 1.41 0.82 1.0 1.09 0.86 0.0 0.69
23S 78 2136 2155 G:U cWW   Weak 3 1.6 8.2 2.5 18.3 28.1   1.8 0.9 0.2 0.9   0.2 1.4 0.2     35.6 437 CG,UA,AU,GU CG,UA,GU,AC 30 26 10 0.36 0.32 0.62 0.94 0.47 0.91 -0.69 -0.45 0.01 0.45
23S 78 2143 2148 C:G cWW   Weak 3   60.3     0.2 3.4       0.2             35.9 438 CG,UG CG,GU 7 2 0 0.0 0.06 0.0 0.06 0.94 1.0 0.15 0.26 0.01 0.45
23S 80 2249 2255 U:G No BP   Weak 3           99.1               0.7     0.2 434 UG   1 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.99 1.94 1.97 0.0 0.69
23S 83 2291 2341 U:G cWW   Weak 3 5.0 12.4 5.5 0.2   75.5     0.2 0.5         0.2   0.5 437 GC,CG,UA,UG GC,AU,UG,CA 7 9 4 0.5 0.24 0.82 1.05 0.23 0.99 1.13 1.29 0.01 0.69
23S 85.1 2328 2387 A:U cWW 3°: pseudoknot Weak 3       99.1       0.9                   437 AU   0 1 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.99 0.99 2.0 1.9 0.0 0.69
23S 86 2351 2366 G:A cWW 3°: base pair Weak 3 9.6 1.4 1.8 5.5 2.1 0.5 7.1   0.2       71.5 0.2     0.2 438 GC,AU,GU,AA,GA CG,AU,GA 16 16 7 0.44 0.24 0.79 1.03 0.18 0.21 1.2 0.99 0.0 0.69
23S 89 2455 2496 G:C cWW   Weak 3 56.7     6.0 37.1     0.2                   420 GC,AU,GU GC,AU 4 1 0 0.0 0.14 0.0 0.14 0.63 1.0 1.67 1.01 0.0 0.67
23S 89 2460 2490 U:G cWW   Weak 3           67.1                   32.6 0.2 420 UG,UU   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.67 2.0 1.06 0.0 0.67
23S 93 2592 2601 G:C cWW   Weak 3 99.3       0.2                       0.5 417 GC   0 1 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 2.0 1.9 0.01 0.66
23S 95 2652 2668 C:G cWW   Weak 3 1.4 35.8 8.4 3.4 1.2 24.3       4.6 7.5       13.2 0.2   416 CG,UA,AU,UG,CA,CC,UC CG,AU,UC 24 17 6 0.29 0.26 0.52 0.78 0.49 0.74 0.67 0.48 0.0 0.66
23S 96 2696 2711 U:A cWW   Weak 3   4.6 74.3     14.9       2.4   1.7       2.2   417 CG,UA,UG,CA,UU CG,UA 7 11 4 0.44 0.18 0.0 0.18 0.79 0.94 1.58 1.04 0.0 0.66

Advanced export

JSON shape: default, array, newline-delimited

CSV options: 

CREATE VIEW basepair_combined as
select f.molecule, f.helix_number, f.position_1, f.position_2,
       f.reference_base_pair, f.conformation, f.tertiary_type, f.strength, f.group_code,
       f.GC, f.CG, f.UA, f.AU, f.GU, f.UG, f.AA, f.AC, f.AG, f.CA, f.CC, f.CU, f.GA, f.GG, f.UC, f.UU, f.gap, f.Seq as sequences,
       f.predominant_types, f.covarying_types,
       s.Xch, s.Ych, s.PE, s.PES, s.Cov1, s.Cov3, s."C1+C3" as C1_C3,
       s.WC, s.WCGU, s.XCons, s.YCons, s.DfDel, s.PNuc
from basepair_frequency f
left join basepair_collective_score s
  on s.molecule = f.molecule and s.position_1 = f.position_1
 and s.position_2 = f.position_2 and s.group_code = f.group_code;