Base-pair statistics (frequencies and scores together) (view)

predominant_types
Base-pair types shown in bold in the published table (most frequent).
covarying_types
Base-pair types marked * in the published table (involved in a covariation).
sequences
Number of sequences in the group.

782 rows where group_code = 3, molecule = "23S" and strength = "Strong" sorted by position_1

✎ View and edit SQL

This data as json, CSV (advanced)

Suggested facets: reference_base_pair, CC, DfDel

conformation 9

strength 1

  • Strong · 782 ✖

molecule 1

  • 23S · 782 ✖

group_code 1

molecule helix_number position_1 ▼ position_2 reference_base_pair conformation tertiary_type strength group_code GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap sequences predominant_types covarying_types Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1_C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc
23S 1 1 2902 G:C cWW   Strong 3 50.8 1.2 2.4 7.7 3.7   1.6     0.8   0.8       0.4 30.4 246 GC,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU 14 10 3 0.25 0.61 0.9 1.5 0.9 0.95 -0.19 -0.23 0.04 0.27
23S 1 2 2901 G:C cWW   Strong 3 45.9 3.3 3.7 16.3 2.0   0.8 0.4   0.4   0.8     0.8 0.4 25.1 246 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU 13 13 4 0.31 0.8 0.92 1.73 0.92 0.95 -0.43 -0.33 0.03 0.29
23S 1 3 2900 U:A cWW   Strong 3 5.3 7.3 49.0 2.8 0.8 1.2       1.2   3.6     0.4 3.6 24.6 247 GC,CG,UA,AU,CU,UU GC,CG,UA,AU 11 12 6 0.52 0.58 0.85 1.44 0.85 0.88 -0.4 -0.38 0.02 0.29
23S 1 4 2899 U:A cWW   Strong 3 3.2 30.8 36.4 4.5   0.8 1.2   0.4 0.4         0.4   21.8 247 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU 18 19 13 0.7 0.92 0.96 1.88 0.96 0.97 -0.36 -0.37 0.02 0.31
23S 1 5 2898 A:U cWW   Strong 3 6.9 2.0 0.8 70.2 0.4   0.4         0.4         18.9 248 GC,CG,AU GC,CG,UA,AU 10 6 3 0.38 0.89 0.98 1.87 0.98 0.99 0.26 0.3 0.03 0.32
23S 1 6 2897 A:U cWW   Strong 3 8.9 0.4 1.2 69.8 0.4   0.4             0.8     18.1 248 GC,AU GC,CG,UA,AU 7 6 3 0.46 0.87 0.98 1.85 0.98 0.98 0.36 0.28 0.03 0.32
23S 1 7 2896 G:C cWW   Strong 3 72.5 4.8 0.8 2.8 0.8   0.4     0.4 0.4           17.2 251 GC,CG,AU GC,CG,UA,AU 10 7 4 0.47 0.81 0.98 1.78 0.98 0.99 0.33 0.33 0.01 0.33
23S 2 15 525 G:U cWW   Strong 3 1.3 20.8 1.8 2.0 63.4 4.0   0.5 2.0 1.3   1.8 0.3   0.3 0.3 0.6 399 CG,AU,GU,UG,AG CG,UA,GU,AC 14 19 4 0.24 0.64 0.87 1.51 0.26 0.94 0.63 0.68 0.0 0.63
23S 2 16 524 C:G cWW   Strong 3 32.7 13.1 24.4 17.6 8.5 2.3     0.3 0.5 0.5           0.3 398 GC,CG,UA,AU,GU,UG GC,CG,UA,AU 19 36 12 0.44 0.82 0.88 1.7 0.88 0.99 0.1 0.05 0.0 0.63
23S 2 17 523 G:C cWW   Strong 3 60.7 19.2 15.7 0.5 2.2 0.2           1.0         0.4 402 GC,CG,UA,GU GC,CG,UA,AU 7 12 5 0.53 0.91 0.96 1.88 0.96 0.99 0.62 0.38 0.0 0.64
23S 2 18 522 U:A cWW   Strong 3 2.7 60.7 30.1 0.5   3.7 0.2   0.2     0.2 0.2 0.2   0.7 0.2 402 GC,CG,UA,UG GC,CG,UA,AU 13 19 6 0.38 0.85 0.94 1.8 0.94 0.98 0.77 0.68 0.0 0.64
23S 2 19 521 A:U cWW   Strong 3 9.2 15.6 23.3 28.0 19.6 0.2 1.0       0.2     0.5   2.0 0.2 403 GC,CG,UA,AU,GU,UU GC,CG,UA,AU 25 31 12 0.43 0.67 0.76 1.44 0.76 0.96 0.01 0.19 0.0 0.64
23S 2 20 520 C:G cWW   Strong 3 6.9 36.2 17.4 32.8 1.5 2.5   0.2   0.7         0.2 1.0 0.4 403 GC,CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU 28 29 17 0.6 0.9 0.94 1.84 0.94 0.98 0.11 0.18 0.0 0.64
23S 2 21 519 A:U cWW   Strong 3 14.6 9.9 5.7 46.4 7.9 13.4     0.5     0.5       0.7 0.2 403 GC,CG,UA,AU,GU,UG GC,AU,UG 26 32 16 0.55 0.53 0.75 1.27 0.77 0.98 0.17 0.46 0.0 0.64
23S 2 22 518 C:G cWW   Strong 3 0.5 59.2 24.4 2.5   11.9       0.5 0.5           0.4 402 CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU 17 20 8 0.43 0.68 0.87 1.55 0.87 0.99 0.81 1.0 0.0 0.64
23S 2 23 517 G:C cWW   Strong 3 80.1   0.2 15.6 2.5   0.2   1.0               0.2 403 GC,AU,GU GC,UA,AU 10 11 5 0.48 0.81 0.96 1.77 0.96 0.99 1.29 1.1 0.0 0.64
23S 2 24 516 G:C cWW   Strong 3 75.1   2.0 19.2 2.2 0.2   0.2   0.7             0.2 402 GC,UA,AU,GU GC,UA,AU 9 16 6 0.48 0.86 0.96 1.82 0.96 0.99 1.06 0.89 0.0 0.64
23S 2 30 510 G:C cWW 3°: base pair Strong 3 76.2 13.2 1.7 5.7 0.7 1.2 0.7                   0.4 403 GC,CG,AU GC,CG,UA,AU 10 13 7 0.61 0.88 0.97 1.86 0.97 0.99 0.88 0.75 0.0 0.64
23S 3 31 474 C:G cWW   Strong 3 9.7 62.3 16.7 8.2 0.2 0.7     0.2     0.2         1.4 401 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU 6 9 4 0.53 0.96 0.98 1.94 0.98 0.99 0.46 0.16 0.02 0.63
23S 3 32 473 C:G cWW   Strong 3   96.0 0.2 2.5   0.2         0.2     0.2     0.4 403 CG,AU CG,UA,AU 3 3 2 0.67 0.79 0.99 1.78 0.99 0.99 1.72 1.61 0.02 0.64
23S 4 35 445 G:C cWW   Strong 3 99.0     0.2                         0.7 402 GC GC,AU 1 2 1 0.67 1.0 1.0 2.0 1.0 1.0 1.9 1.97 0.01 0.63
23S 4 36 444 G:C cWW   Strong 3 95.8 1.0   1.7       0.7     0.2           0.5 403 GC GC,CG,AU 4 4 1 0.25 0.73 0.99 1.72 0.99 0.99 1.68 1.78 0.0 0.64
23S 4 37 442 C:G cWW   Strong 3 1.7 88.8 1.7 2.5   4.7               0.2     0.2 401 CG,AU,UG GC,CG,UA,AU 13 12 5 0.4 0.55 0.95 1.5 0.95 1.0 1.32 1.53 0.0 0.64
23S 4 38 441 A:U cWW   Strong 3 10.2 0.5 37.7 51.4                         0.2 401 GC,UA,AU GC,CG,UA,AU 15 16 14 0.9 1.0 1.0 2.0 1.0 1.0 0.55 0.66 0.0 0.64
23S 4 39 440 G:C cWW   Strong 3 10.5 54.9 24.2 9.7   0.2   0.2                 0.2 401 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU 19 24 14 0.65 0.99 0.99 1.98 0.99 1.0 0.34 0.47 0.0 0.64
23S 4 40 439 U:A cWW   Strong 3 16.3 23.1 52.1 6.5 0.3 1.0           0.3   0.3     0.3 399 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU 25 33 20 0.69 0.96 0.98 1.95 0.98 0.99 0.3 0.3 0.0 0.63
23S 4 41 438 C:G cWW   Strong 3 27.4 33.7 9.7 28.4               0.2         0.4 401 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU 29 35 23 0.72 1.0 1.0 1.99 1.0 1.0 0.09 0.09 0.0 0.63
23S 4 42 437 A:U cWW   Strong 3 47.1 0.2 4.5 47.1 0.5     0.2                 0.2 401 GC,UA,AU GC,CG,UA,AU 22 29 17 0.67 0.99 0.99 1.98 0.99 1.0 0.73 0.63 0.0 0.64
23S 4 43 436 G:C cWW   Strong 3 38.1 36.6 4.5 5.5 1.0   4.0   1.0   0.2       0.2 0.7 8.1 402 GC,CG,UA,AU,AA GC,CG,UA,AU 21 27 17 0.71 0.87 0.92 1.79 0.92 0.93 -0.09 -0.07 0.01 0.59
23S 4 44 434 A:U cWW   Strong 3 3.5 6.5 3.0 73.5 1.8 0.5 2.2 1.8 3.5 0.8 0.2   1.5 0.5   0.5 0.2 400 GC,CG,UA,AU,AA,AG GC,CG,UA,AU 11 26 4 0.22 0.49 0.87 1.36 0.87 0.89 0.98 0.61 0.01 0.63
23S 4 45 433 G:C cWW   Strong 3 68.1 0.5 1.0 5.7 2.2 2.0 0.2 2.7     0.2       5.5 8.7 2.8 401 GC,AU,GU,UG,AC,UC,UU GC,CG,AA,UU 10 21 6 0.39 0.33 0.8 1.13 0.78 0.82 0.76 0.52 0.03 0.62
23S 4.1 46 179 G:C cWW   Strong 3 40.0 28.6 4.2                     0.5     26.5 402 GC,CG,UA GC,CG,UA 6 23 6 0.41 0.98 0.99 1.98 0.99 0.99 -0.28 0.28 0.17 0.47
23S 4.1 47 178 C:G cWW   Strong 3   95.7 1.0 0.5   2.3                     0.6 399 CG,UG CG,UA,AU 5 4 2 0.44 0.4 0.98 1.38 0.98 1.0 1.72 1.79 0.0 0.63
23S 5 54 116 G:C cWW   Strong 3 75.6     2.5 21.4               0.2       0.2 406 GC,AU,GU GC,AU 2 7 2 0.44 0.1 0.0 0.1 0.78 1.0 1.8 1.14 0.0 0.64
23S 5 55 115 G:C cWW   Strong 3 77.0 0.2   21.2 1.2                       0.2 405 GC,AU GC,CG,AU 7 4 2 0.36 0.95 0.99 1.93 0.99 1.0 1.2 1.16 0.0 0.64
23S 5 56 114 A:U cWW   Strong 3 8.9 3.7 3.0 83.7 0.2     0.2                 0.2 406 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU 12 17 12 0.83 0.97 0.99 1.96 0.99 1.0 1.1 1.12 0.0 0.64
23S 6 57 70 C:G cWW   Strong 3   91.4 7.9     0.2                     0.4 406 CG,UA CG,UA 2 1 1 0.67 0.97 1.0 1.97 1.0 1.0 1.56 1.53 0.0 0.64
23S 6 58 69 G:C cWW   Strong 3 98.5     0.2 0.7     0.2                 0.2 406 GC GC,AU 2 3 1 0.4 0.2 0.0 0.2 0.99 1.0 1.93 1.84 0.0 0.64
23S 6 59 68 U:G cWW   Strong 3 8.3 40.7 9.8     40.9                     0.2 408 GC,CG,UA,UG GC,UG 14 9 5 0.43 0.14 0.0 0.14 0.59 1.0 0.68 1.06 0.0 0.65
23S 6.1 61 93 C:G cWW 3°: pseudoknot Strong 3 26.0 14.3 8.8 15.7   0.5   5.7         0.2 0.2     28.5 407 GC,CG,UA,AU,AC GC,CG,UA,AU 22 20 13 0.62 0.85 0.91 1.76 0.91 0.91 0.29 -0.76 0.19 0.46
23S 6.1 62 92   cWW 3°: pseudoknot Strong 3 5.6 25.1 19.8 1.0 0.2 0.5 4.1   1.2 0.2 0.2   1.0 0.2   12.2 28.5 410 GC,CG,UA,AA,UU GC,CG,UA,AU 23 14 10 0.54 0.57 0.72 1.29 0.72 0.73 0.41 -0.73 0.19 0.47
23S 6.1 65 89 U:A cWW 3°: pseudoknot Strong 3 18.5 24.8 7.1 15.1 5.1                 0.5 0.2 0.2 28.5 411 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU 15 17 14 0.88 0.87 0.92 1.78 0.92 0.99 0.14 -0.78 0.19 0.47
23S 6.2 67 74 U:A cWH 3°: pseudoknot Strong 3 2.2 2.2 60.3 8.5 6.3 1.5       0.7 1.0   0.2   13.1 2.7 1.1 411 GC,CG,UA,AU,GU,UC,UU GC,CG,UA,AU 17 20 6 0.32 0.34 0.74 1.08 0.74 0.82 0.84 0.45 0.0 0.64
23S 7 76 110 C:G cWW   Strong 3 0.5 69.7 2.4 0.2   14.5       4.1 1.2 0.2   1.0 2.4 0.5 3.1 413 CG,UA,UG,CA,UC GC,CG,UA,AU 14 7 4 0.38 0.12 0.0 0.12 0.75 0.9 0.98 1.09 0.0 0.64
23S 7 77 109 G:C cWW   Strong 3 12.1 21.8 42.9 1.2 0.5   0.2 15.5     1.2 0.5     0.2   3.8 413 GC,CG,UA,AC CG,UA,GU,AC 25 24 19 0.78 0.71 0.84 1.55 0.81 0.82 -0.09 0.24 0.02 0.63
23S 7 78 108 U:G cWW   Strong 3 6.5 17.7 13.6 12.1 1.7 23.5 0.2     0.5 0.5 0.2 1.5 0.5 0.2   21.3 413 GC,CG,UA,AU,UG GC,AU,UG,CA 34 34 18 0.53 0.35 0.54 0.89 0.63 0.95 -0.6 0.18 0.14 0.52
23S 7 79 107 C:G cWW   Strong 3 10.9 47.0 14.0 2.4   3.9 11.9   0.2     0.2 4.8 1.0 1.2 0.2 2.2 413 GC,CG,UA,AU,UG,AA,GA GC,CG,UA,AU 32 24 16 0.57 0.54 0.76 1.3 0.76 0.8 0.04 0.35 0.01 0.64
23S 7 80 106 G:C cWW   Strong 3 72.6   0.7 2.9 0.5         0.2   0.2 0.5 1.0 17.7 1.7 2.0 413 GC,AU,UC GC,UA,AU 5 7 2 0.33 0.14 0.0 0.14 0.78 0.78 0.88 1.35 0.0 0.64
23S 7 81 105 G:C cWW   Strong 3 65.0 1.0 1.2 2.7 0.5 0.2   0.7         0.2       28.4 412 GC,AU GC,CG,UA,AU 12 7 4 0.42 0.74 0.98 1.72 0.98 0.99 1.04 0.19 0.17 0.47
23S 7 82 104 U:A tSH   Strong 3   0.2 5.1   40.2 1.9   0.2   0.7 10.7   6.3 1.2 4.6   28.8 413 UA,GU,CC,GA,UC UA,GU,CC 16 21 5 0.27 0.51 0.79 1.29 0.07 0.67 -0.04 -0.57 0.12 0.47
23S 7 85 97 G:C cWW   Strong 3 68.3 0.5 0.5 0.7 1.0               0.2       28.8 413 GC GC,CG,UA,AU 5 6 5 0.91 0.58 0.98 1.57 0.98 1.0 0.42 0.35 0.0 0.47
23S 7 86 96 G:C cWW   Strong 3 14.0 47.5 4.4 2.7 0.2 2.4                     28.8 413 GC,CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU 24 24 22 0.92 0.89 0.96 1.85 0.96 1.0 -0.41 -0.33 0.0 0.47
23S 7 87 95 U:A cWW   Strong 3 1.9 17.4 46.2 2.4   0.5   0.7   0.2 0.5 0.2     0.7   29.0 413 CG,UA,AU GC,CG,UA,AU 18 22 16 0.8 0.88 0.96 1.84 0.96 0.97 -0.33 -0.37 0.0 0.47
23S 8 121 130 G:C cWW   Strong 3 85.7     0.7 7.9   0.2 1.4 0.2               3.8 420 GC,GU GC,AU 4 8 3 0.5 0.07 0.0 0.07 0.9 0.98 1.56 1.21 0.01 0.64
23S 8 122 129 G:C cWW   Strong 3 69.4 21.6 2.1 2.1 0.2 0.7         0.2           3.5 421 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU 5 3 3 0.75 0.96 0.99 1.94 0.99 1.0 0.65 0.67 0.0 0.64
23S 8 123 128 G:C cWW   Strong 3 69.8 0.2 0.2 1.4 0.2 0.2                     27.8 420 GC GC,CG,UA,AU 2 2 2 1.0 0.8 0.99 1.79 0.99 1.0 0.41 0.39 0.0 0.48
23S 9 131 148 A:U cWW   Strong 3 41.7 1.4 0.5 44.6 2.6                       9.2 424 GC,AU,GU GC,CG,UA,AU 18 19 16 0.86 0.94 0.97 1.92 0.97 1.0 0.35 0.46 0.02 0.61
23S 9 132 147 G:C cWW   Strong 3 20.5 42.2 1.4 11.6 14.4 0.5             0.2       9.2 424 GC,CG,AU,GU GC,CG,UA,AU 27 27 20 0.74 0.69 0.83 1.52 0.83 1.0 0.0 0.04 0.02 0.61
23S 9 133 146 U:A cWW   Strong 3 0.9 47.1 33.4 5.2   0.9     3.8       0.5 0.7   0.2 7.3 425 CG,UA,AU,AG GC,CG,UA,AU 30 29 27 0.92 0.87 0.93 1.8 0.93 0.94 0.11 0.27 0.0 0.62
23S 9 134 145 G:C cWW   Strong 3 13.1 23.2 14.1 32.2 0.2 3.1   0.2 0.2   1.2 3.1         9.5 426 GC,CG,UA,AU,UG,CU GC,CG,UA,AU 35 36 34 0.96 0.86 0.91 1.77 0.91 0.95 -0.32 -0.33 0.01 0.61
23S 9 135 144 U:A cWW   Strong 3 27.1 30.1 16.5 7.1 0.9 1.9 0.2 0.2   1.6   1.2 1.2     0.5 11.4 425 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU 29 38 27 0.81 0.87 0.91 1.78 0.91 0.94 -0.32 -0.39 0.01 0.6
23S 9 136 143 G:C cWW   Strong 3 22.8 10.6 11.7 20.2 0.7 2.8 3.1 0.5 2.3     0.2   0.2   0.2 24.7 426 GC,CG,UA,AU,UG,AA,AG GC,CG,UA,AU 21 19 16 0.8 0.81 0.87 1.67 0.87 0.91 -0.71 -0.78 0.01 0.51
23S 9 137 142 U:A cWW   Strong 3 12.9 15.5 14.8 9.2 1.2 9.2 0.7 1.4 0.5       0.9 3.8   0.5 29.4 426 GC,CG,UA,AU,UG,GG GC,CG,UA,AU 22 25 18 0.77 0.67 0.74 1.41 0.74 0.89 -0.8 -0.8 0.02 0.48
23S 10 150 176 U:A cWW   Strong 3   32.2 61.0 2.1   0.7 0.2     0.2     0.2       3.3 426 CG,UA,AU CG,UA,AU 21 24 19 0.84 0.96 0.98 1.95 0.98 0.99 0.67 0.64 0.0 0.65
23S 10 151 175 C:G cWW   Strong 3 15.7 43.4 25.6 3.5 5.9 1.2       0.2   0.2       0.9 3.3 426 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU 29 31 25 0.83 0.84 0.91 1.75 0.91 0.98 0.09 -0.03 0.0 0.65
23S 10 152 174 A:U cWW   Strong 3 8.7 43.0 9.6 17.4 4.0 6.1 0.5     3.1   0.2 0.2 0.5   2.6 4.2 426 GC,CG,UA,AU,GU,UG,CA,UU GC,CG,UA,AU 37 40 26 0.68 0.68 0.82 1.5 0.82 0.93 -0.06 0.14 0.0 0.65
23S 10 153 173 U:A cWW   Strong 3 5.4 35.7 27.9 17.1 3.5 0.5 0.5     0.2 0.5 0.2       1.4 6.9 426 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU 31 34 27 0.83 0.88 0.93 1.81 0.93 0.97 -0.2 -0.12 0.0 0.63
23S 10 154 172 U:A cWW   Strong 3 4.5 18.5 41.1 20.7 1.4 2.8           0.5   0.2 0.5 0.9 8.9 426 GC,CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU 32 32 26 0.81 0.87 0.93 1.8 0.93 0.98 -0.17 -0.12 0.0 0.62
23S 10 155 171 A:U cWW   Strong 3 26.3 12.0 16.0 26.3 1.9 2.8   0.2 0.2   0.2   0.5   0.2 0.5 12.8 426 GC,CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU 38 39 28 0.73 0.89 0.93 1.82 0.93 0.98 -0.48 -0.44 0.0 0.59
23S 10 156 170 A:U cWW   Strong 3 17.1 12.0 24.9 19.7 2.8 5.4 0.2   1.2 0.2   0.2 0.9   0.2 0.5 14.5 426 GC,CG,UA,AU,GU,UG GC,CG,UA,AU 36 40 24 0.63 0.81 0.86 1.67 0.86 0.96 -0.52 -0.53 0.0 0.58
23S 10 157 169 C:G cWW   Strong 3 10.6 46.5 13.6 3.3 0.5 7.3 0.5   0.5 0.2 0.5           16.6 426 GC,CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU 23 25 17 0.71 0.74 0.89 1.63 0.89 0.98 -0.28 -0.1 0.01 0.56
23S 11 183 214 C:G cWW   Strong 3   97.5 1.9           0.2       0.2 0.2       484 CG CG,UA 3 2 2 0.8 0.75 0.99 1.74 0.99 0.99 1.78 1.79 0.0 0.77
23S 11 184 212 C:G cWW   Strong 3 17.8 77.7 1.7   2.3 0.6                       484 GC,CG,GU GC,CG,UA 17 19 15 0.83 0.87 0.97 1.84 0.97 1.0 1.13 1.07 0.0 0.77
23S 11 185 211 G:C cWW   Strong 3 10.7 69.3 14.2 4.1 0.6 0.6       0.2         0.2     485 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU 27 26 23 0.87 0.95 0.98 1.93 0.98 1.0 0.68 0.7 0.0 0.77
23S 11 186 210 G:C cWW   Strong 3 72.6 6.8 5.8 12.4 2.3     0.2                   485 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU 24 26 21 0.84 0.91 0.97 1.89 0.97 1.0 0.81 0.77 0.0 0.77
23S 11 187 209 G:C cWW   Strong 3 47.4 48.0 3.7   0.2 0.4     0.2                 483 GC,CG,UA GC,CG,UA 7 5 4 0.67 0.98 0.99 1.98 0.99 1.0 0.77 0.79 0.0 0.77
23S 11 188 208 G:C cWW   Strong 3 31.1 5.8 41.4 1.0   8.2   4.9   6.4 0.4   0.2       0.6 486 GC,CG,UA,UG,AC,CA GC,CG,UA,AU 27 19 7 0.3 0.65 0.8 1.45 0.8 0.88 0.32 0.46 0.0 0.77
23S 11 194 201 G:C cWW   Strong 3 63.2   36.2 0.4                         0.2 486 GC,UA GC,UA,AU 2 1 2 1.0 1.0 1.0 2.0 1.0 1.0 1.0 0.99 0.0 0.77
23S 11 195 200 A:U tSH   Strong 3       99.6 0.2                       0.2 486 AU   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 1.93 1.98 0.0 0.77
23S 12 224 231 U:A cWW   Strong 3 16.6 31.9 35.8 15.5           0.2               511 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU 19 20 17 0.87 1.0 1.0 2.0 1.0 1.0 0.1 0.1 0.0 0.81
23S 12 225 230 C:G cWW   Strong 3 0.2 60.7 31.4 6.1         0.4 0.2   0.2       0.6 0.2 509 CG,UA,AU GC,CG,UA,AU 13 17 13 0.87 0.96 0.99 1.95 0.99 0.99 0.74 0.73 0.0 0.81
23S 12.1 234 430 U:A tWW   Strong 3   4.7 92.6     1.2 0.6   0.2 0.2             0.6 512 CG,UA CG,UA 7 7 5 0.71 0.69 0.98 1.66 0.98 0.99 1.59 1.68 0.01 0.81
23S 13 235 262 U:A cWW   Strong 3 2.4 2.9 90.2 1.4 1.4 0.8   0.2               0.2 0.6 509 GC,CG,UA GC,CG,UA,AU 9 13 8 0.73 0.72 0.97 1.7 0.97 1.0 1.4 1.41 0.01 0.8
23S 13 236 261 C:G cWW   Strong 3 6.7 77.1 12.9 0.8   0.2       0.6 0.2 0.4         1.2 511 GC,CG,UA GC,CG,UA,AU 19 19 14 0.74 0.94 0.99 1.92 0.99 0.99 1.03 0.87 0.01 0.8
23S 13 237 260 C:G cWW   Strong 3   92.0 1.8     4.7         0.4           1.2 510 CG,UG CG,UA 7 4 1 0.18 0.26 0.95 1.21 0.95 1.0 1.66 1.72 0.01 0.8
23S 13 238 259 C:G cWW   Strong 3 19.1 73.7 4.7   1.8                       0.8 513 GC,CG,UA GC,CG,UA 19 20 19 0.97 0.93 0.98 1.91 0.98 1.0 0.97 0.83 0.01 0.81
23S 13 245 253 G:C cWW   Strong 3 63.4 0.4   22.6 5.1     8.2           0.2 0.2     514 GC,AU,GU,AC GC,CG,AU 10 10 4 0.4 0.63 0.86 1.49 0.86 0.91 1.06 1.1 0.0 0.82
23S 13 246 252 C:G cWW   Strong 3 4.5 70.2 4.1 1.6 0.2 19.1         0.2           0.2 514 GC,CG,UA,UG GC,CG,UA,AU 20 15 13 0.74 0.34 0.81 1.15 0.81 1.0 0.83 1.34 0.0 0.81
23S 14 265 427 A:U tSS   Strong 3       96.9 1.0   1.0         0.2     0.2 0.6 0.2 515 AU AU,UC 6 2 0 0.0 0.07 0.0 0.07 0.97 0.98 1.81 1.89 0.0 0.82
23S 14 266 426 G:C cWW   Strong 3 94.7     5.3                           514 GC,AU GC,AU 2 2 2 1.0 1.0 1.0 2.0 1.0 1.0 1.7 1.7 0.0 0.82
23S 14 267 425 C:G cWW   Strong 3 14.0 77.0 4.3 3.9 0.4 0.4                       514 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU 16 15 13 0.84 0.97 0.99 1.96 0.99 1.0 0.92 0.96 0.0 0.82
23S 14 268 424 C:G cWW   Strong 3 4.9 76.7 15.3 0.6   2.1       0.4               515 GC,CG,UA,UG GC,CG,UA,AU 15 17 13 0.81 0.89 0.97 1.87 0.97 1.0 1.02 1.07 0.0 0.82
23S 16 271 366 G:C cWW   Strong 3 5.4 6.2 1.9 2.7 0.2 2.9 0.2 0.4 1.2   0.2   0.2 1.0 3.9 1.2 72.6 518 GC,CG,AU,UG,UC GC,CG,UA,AU 26 12 8 0.42 0.47 0.59 1.06 0.59 0.7 -0.94 -0.91 0.2 0.23
23S 16 272 365 A:U cWW   Strong 3 0.8 3.7 3.1 6.6 1.0 1.9   1.7 0.4 2.5 0.2 0.4 1.0 1.2 0.4 4.6 70.6 517 CG,UA,AU,CA,UU GC,CG,UA,AU 32 16 7 0.29 0.33 0.48 0.81 0.48 0.58 -0.95 -0.88 0.2 0.24
23S 16 273 364 G:C cWW   Strong 3 9.1 3.5 1.4 1.2 4.1 0.4 0.6 0.4 2.1 0.6 6.4 0.4   0.4 2.1 2.9 64.6 516 GC,CG,GU,AG,CC,UC,UU GC,CG,AA,UU 30 15 9 0.4 0.27 0.45 0.72 0.43 0.55 -0.83 -0.92 0.19 0.29
23S 18 282 358 A:U cWW   Strong 3 4.8 2.9 5.8 7.4 0.8 1.2 2.1 26.9 6.6 0.6 1.9 3.9 1.2 2.3 1.7 0.4 29.7 517 GC,CG,UA,AU,AA,AC,AG,CU,GG UA,AC,CU,GG 29 46 20 0.53 0.28 0.55 0.83 0.3 0.32 -0.56 -0.27 0.16 0.58
23S 18 283 357 G:C cWW   Strong 3 5.2 6.2 16.5 12.0 8.9 1.4 1.0 1.6 1.6 1.4 2.1 1.2 2.1 2.5 2.5 1.2 32.7 515 GC,CG,UA,AU,GU,CC,GA,GG,UC GC,CG,UA,AU 44 48 20 0.43 0.46 0.59 1.05 0.59 0.75 -0.76 -0.47 0.1 0.55
23S 18 290 350 U:G cWW   Strong 3 10.2 7.5 16.9 12.2 4.9 10.2 5.3 3.0 1.7 7.3 0.8 0.8 2.6 0.8   1.7 14.4 532 GC,CG,UA,AU,GU,UG,AA,AC,CA,GA GC,CG,UA,AU 47 54 15 0.3 0.43 0.55 0.98 0.55 0.72 -0.52 -0.06 0.09 0.72
23S 18 291 349 G:U cWW   Strong 3 18.3 20.6 12.3 5.5 10.8 7.7 2.1 1.1 4.0 0.9 1.7 0.8 0.4 2.5 1.5 0.9 9.1 530 GC,CG,UA,AU,GU,UG,AA,AG,GG GC,CG,UA,AU 48 51 19 0.38 0.51 0.62 1.13 0.62 0.83 -0.28 -0.17 0.02 0.77
23S 18 292 348 U:A cWW   Strong 3 14.3 8.6 22.3 12.9 2.1 6.0 3.0 0.4 0.8 1.5 0.6 1.7 2.4 11.3 0.8 3.4 8.1 533 GC,CG,UA,AU,GU,UG,AA,GA,GG,UU GC,CG,UA,AU 42 54 20 0.42 0.52 0.63 1.15 0.63 0.72 -0.17 -0.2 0.01 0.78

Next page

Advanced export

JSON shape: default, array, newline-delimited

CSV options: 

CREATE VIEW basepair_combined as
select f.molecule, f.helix_number, f.position_1, f.position_2,
       f.reference_base_pair, f.conformation, f.tertiary_type, f.strength, f.group_code,
       f.GC, f.CG, f.UA, f.AU, f.GU, f.UG, f.AA, f.AC, f.AG, f.CA, f.CC, f.CU, f.GA, f.GG, f.UC, f.UU, f.gap, f.Seq as sequences,
       f.predominant_types, f.covarying_types,
       s.Xch, s.Ych, s.PE, s.PES, s.Cov1, s.Cov3, s."C1+C3" as C1_C3,
       s.WC, s.WCGU, s.XCons, s.YCons, s.DfDel, s.PNuc
from basepair_frequency f
left join basepair_collective_score s
  on s.molecule = f.molecule and s.position_1 = f.position_1
 and s.position_2 = f.position_2 and s.group_code = f.group_code;