Base-pair statistics (frequencies and scores together) (view)

predominant_types
Base-pair types shown in bold in the published table (most frequent).
covarying_types
Base-pair types marked * in the published table (involved in a covariation).
sequences
Number of sequences in the group.

47 rows where group_code = 3, molecule = "16S" and strength = "Weak" sorted by position_1

✎ View and edit SQL

This data as json, CSV (advanced)

Suggested facets: helix_number, reference_base_pair, GC, CG, UA, AU, GU, UG, AA, AC, AG, CA, CC, CU, GA, GG, UC, UU, gap, predominant_types, covarying_types, Xch, PE, PES, Cov1, Cov3, C1_C3, WC, WCGU, DfDel, PNuc

conformation 4

tertiary_type 2

strength 1

  • Weak · 47 ✖

molecule 1

  • 16S · 47 ✖

group_code 1

molecule helix_number position_1 ▼ position_2 reference_base_pair conformation tertiary_type strength group_code GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap sequences predominant_types covarying_types Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1_C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc
16S 1 13 21 U:G No BP   Weak 3   0.1 0.2     99.0     0.1         0.1   0.1 0.4 3097 UG   4 7 1 0.18 0.05 0.0 0.05 0.0 1.0 1.93 1.91 0.0 0.43
16S 3 35 549 G:C cWW   Weak 3 93.4 0.1     5.3     0.2     0.3   0.1   0.2   0.4 4555 GC,GU GC,CG 14 10 4 0.33 0.03 0.0 0.03 0.94 0.99 1.89 1.68 0.0 0.63
16S 3 37 547 U:A tWS   Weak 3     98.6     0.7 0.1     0.2     0.1     0.1 0.2 4665 UA   4 9 0 0.0 0.02 0.0 0.02 0.99 1.0 1.93 1.92 0.0 0.65
16S 4 39 403 G:C cWW   Weak 3 75.2   5.4 0.4 1.1   0.1 0.2     0.2   16.7 0.1 0.3   0.3 4942 GC,UA,GA GC,UA,AU 24 35 6 0.2 0.24 0.81 1.05 0.81 0.82 1.57 1.12 0.0 0.69
16S 5 54 357 C:G cWW   Weak 3   99.3 0.3     0.1     0.1 0.1               5285 CG CG,UA 6 2 1 0.25 0.41 1.0 1.4 1.0 1.0 1.94 1.94 0.0 0.74
16S 5 56 356 U:A cWW   Weak 3     99.6                   0.1     0.1 0.1 5283 UA   2 2 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 1.98 1.98 0.0 0.73
16S 5 58 354 C:G cWW   Weak 3 0.7 98.5       0.1     0.1 0.1 0.2     0.1     0.2 5381 CG GC,CG 9 6 2 0.27 0.54 0.99 1.54 0.99 0.99 1.9 1.89 0.0 0.75
16S 6 62 105 U:G cWW   Weak 3   1.0 0.7     97.6               0.1 0.3 0.1 0.1 5571 UG   9 18 1 0.07 0.01 0.0 0.01 0.02 0.99 1.9 1.87 0.0 0.78
16S 6 68 101 G:A cWW 3°: base pair Weak 3 3.4 0.3 16.3 0.7 0.2 0.3 0.2   0.1 0.3     77.1 0.4   0.2 0.6 5599 GC,UA,GA CG,AU,GA 27 32 7 0.24 0.04 0.0 0.04 0.21 0.21 1.18 1.55 0.0 0.78
16S 12 292 308 G:C cWW   Weak 3 82.8     7.4 8.6     0.3         0.3   0.1 0.3   6174 GC,AU,GU GC,AU 19 12 2 0.13 0.43 0.9 1.33 0.9 0.99 1.55 1.33 0.0 0.86
16S 14 342 347 C:G cWW   Weak 3 0.1 98.2       0.3               0.1     1.3 6131 CG GC,CG 10 0 0 0.0 0.19 0.0 0.19 1.0 1.0 1.83 1.97 0.01 0.84
16S 15 375 388 U:G No BP   Weak 3   0.1 0.4     98.5     0.1           0.1 0.4 0.3 5867 UG   3 21 1 0.08 0.01 0.0 0.01 0.0 0.99 1.96 1.88 0.0 0.81
16S 16 406 436 G:C cWW   Weak 3 82.4       0.4                 0.1 0.1   16.9 6109 GC   5 9 1 0.14 0.05 0.0 0.05 0.99 1.0 1.0 0.96 0.0 0.71
16S 16 416 427 G:U cWW   Weak 3 13.4     0.4 63.4     0.8       0.1       1.5 20.4 6249 GC,GU GU,AC 26 58 3 0.07 0.05 0.0 0.05 0.17 0.97 0.66 0.32 0.0 0.69
16S 16 419 424 C:G cWW   Weak 3 0.3 62.3 0.4 0.2   13.8                     23.0 6225 CG,UG GC,CG,UA,AU 86 23 10 0.18 0.06 0.0 0.06 0.82 1.0 0.19 0.79 0.02 0.67
16S 19.1 571 865 U:A cWW 3°: pseudoknot Weak 3     99.7     0.1                       5788 UA   2 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 1.98 1.98 0.0 0.81
16S 20 584 757 G:U cWW   Weak 3 0.1     0.1 99.2             0.1 0.4       0.1 5994 GU   2 8 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.99 1.97 1.93 0.0 0.83
16S 21 594 645 U:G cWW   Weak 3 0.4 24.0 5.9 1.3   47.7 1.1 0.4 0.4 0.9   0.1   0.1 0.1 0.1 17.3 6020 CG,UA,UG GC,AU,UG,CA 121 84 24 0.23 0.07 0.0 0.07 0.38 0.96 0.04 0.42 0.0 0.69
16S 21 597 643 G:C cWW   Weak 3 82.0       0.1     0.2     0.1   0.1 0.2     17.3 6053 GC   4 7 0 0.0 0.02 0.0 0.02 0.99 0.99 0.96 0.96 0.0 0.7
16S 21 605 633 U:G cWW   Weak 3 1.2 0.5 1.2 0.1 0.3 71.7                 1.2 5.6 18.0 6071 UG,UU GC,AU,UG 12 46 5 0.17 0.13 0.0 0.13 0.04 0.92 0.82 0.41 0.01 0.69
16S 21 606 632 G:U No BP   Weak 3 2.0 0.8 0.8 1.9 56.4 1.6 0.3 0.1 0.4   0.4 0.3 2.4 9.7 1.5 2.8 18.4 6068 GC,GU,GA,GG,UU GU,UG,AA,CC 67 128 12 0.12 0.1 0.0 0.1 0.07 0.78 0.34 0.02 0.01 0.69
16S 22 658 748 C:G cWW   Weak 3 6.2 7.2 4.8 30.5 7.5 0.6 7.8 0.8 0.4 2.4 0.5 4.1 17.1 2.1 1.2 6.7   5948 GC,CG,UA,AU,GU,AA,CA,CU,GA,GG,UU CG,AU,GA,UC 197 200 53 0.27 0.37 0.56 0.93 0.49 0.57 0.15 0.31 0.0 0.83
16S 22 666 740 G:U cWW   Weak 3 2.0 1.0 0.1 2.4 78.8       0.1       15.4         6055 GC,AU,GU,GA CG,UA,GU 26 32 3 0.1 0.05 0.0 0.05 0.06 0.84 1.73 1.15 0.0 0.84
16S 23 677 713 U:G cWW   Weak 3   5.2 29.7     58.8 0.1     5.4   0.5     0.2     6104 CG,UA,UG,CA UG,CA 34 76 14 0.26 0.13 0.0 0.13 0.35 0.94 1.48 1.0 0.0 0.85
16S 23 684 706 U:A cWW   Weak 3 8.2   77.9 0.2 11.6   1.5 0.4             0.1     6115 GC,UA,GU UA,GU,AC 21 15 5 0.28 0.54 0.9 1.44 0.86 0.98 1.14 1.05 0.0 0.85
16S 23 690 697 G:U tSH   Weak 3 0.1     7.7 91.8             0.1 0.1     0.1 0.1 6118 AU,GU   22 5 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.08 1.0 1.58 1.97 0.0 0.85
16S 26 832 854 G:U cWW   Weak 3 6.8 0.8 0.4 2.7 70.5 0.3 13.1 1.1 0.7       0.6 2.0 0.2 0.7   6004 GC,AU,GU,AA,GG CG,GU,AA,UC 49 75 15 0.24 0.48 0.85 1.33 0.11 0.82 1.14 0.8 0.0 0.84
16S 26.1 861 868 G:C cWW   Weak 3 83.1 2.1   0.1 6.8     0.6     4.3   0.1 0.1 0.1 0.3 2.3 5743 GC,CG,GU,CC GC,CG,UU 65 45 7 0.13 0.17 0.0 0.17 0.87 0.94 1.35 1.46 0.02 0.78
16S 28 925 1391 G:U cWW   Weak 3         99.5             0.1 0.1 0.1   0.1 0.1 4863 GU   5 6 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.96 1.96 0.0 0.68
16S 28 935 1380 A:U cWW   Weak 3       99.5 0.1       0.1     0.2       0.1 0.1 5140 AU   7 4 1 0.18 0.09 0.0 0.09 1.0 1.0 1.93 1.97 0.0 0.71
16S 29 942 1341 G:U cWW   Weak 3 0.1     0.1 98.2                     0.2 1.4 5323 GU   7 1 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.84 1.98 0.01 0.73
16S 30 950 1231 U:G cWW   Weak 3   0.2 15.0     84.1       0.1       0.2   0.1 0.3 5342 UA,UG UG,CA 8 12 1 0.1 0.01 0.0 0.01 0.15 1.0 1.92 1.38 0.0 0.74
16S 31 960 975 U:A No BP   Weak 3     72.2     27.5                     0.1 5561 UA,UG   1 14 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.72 1.0 1.97 1.14 0.0 0.77
16S 31 961 974 U:A No BP   Weak 3 0.1 0.1 68.1     20.8         0.2       8.9 1.5 0.3 5546 UA,UG,UC UA,CC 4 37 0 0.0 0.01 0.0 0.01 0.69 0.89 1.94 0.72 0.0 0.77
16S 34 1052 1206 U:G cWW   Weak 3   0.2 0.2     99.2     0.1             0.1 0.3 5423 UG   5 7 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.95 1.94 0.0 0.75
16S 34 1053 1205 G:U No BP   Weak 3 3.0     0.1 96.4             0.2         0.3 5581 GC,GU   2 13 0 0.0 0.01 0.0 0.01 0.03 1.0 1.95 1.77 0.0 0.78
16S 34 1058 1199 G:U cWW   Weak 3 0.1       99.2             0.3       0.1 0.2 5594 GU   1 2 0 0.0 0.03 0.0 0.03 0.0 1.0 1.93 1.97 0.0 0.78
16S 40 1158 1178 C:G No BP   Weak 3   96.4       0.5       0.2 2.2 0.1     0.2   0.2 5825 CG,CC CG,UC 7 9 1 0.12 0.06 0.0 0.06 0.97 0.97 1.91 1.77 0.0 0.81
16S 40 1159 1177 U:G No BP   Weak 3   6.6 0.2 0.1   87.0 1.8 0.4 1.8 0.4   0.1 0.1 0.9 0.1 0.4 0.3 5822 CG,UG UG,AA,CU 65 16 5 0.12 0.14 0.0 0.14 0.07 0.94 1.29 1.71 0.0 0.81
16S 41 1255 1282 G:C cWW   Weak 3 81.8       0.5     0.1     0.1   0.1 0.1     17.4 5904 GC   2 9 0 0.0 0.07 0.0 0.07 0.99 1.0 0.97 0.92 0.0 0.68
16S 44 1401 1501 G:C cWW   Weak 3 99.4                   0.1   0.2   0.1   0.2 2784 GC   7 2 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 1.95 1.96 0.0 0.39
16S 44 1425 1475 U:G cWW   Weak 3 2.3 3.1 5.4 6.2 11.1 28.6 1.6 0.8 31.7 0.2     4.1 2.7 1.3 0.1 0.8 4419 GC,CG,UA,AU,GU,UG,AG,GA,GG UA,GU,AG 98 66 15 0.18 0.24 0.49 0.73 0.17 0.57 0.33 0.54 0.0 0.61
16S 44 1435 1466 G:C cWW   Weak 3 75.9 1.0 0.2 6.1 10.4 1.8   2.1 0.1   0.2   0.7 0.2 0.1 0.1 1.0 4557 GC,AU,GU,AC GC,AU,UG 45 63 15 0.28 0.35 0.85 1.2 0.84 0.96 1.26 1.04 0.0 0.63
16S 44 1442 1460 G:C cWW   Weak 3 20.3 1.9 3.9 1.1 0.7 1.4 19.2 0.3 0.5 6.8   0.1 34.9 0.4 0.3 2.5 5.7 4635 GC,UA,AA,CA,GA,UU CG,AC,GA,UU 104 76 14 0.16 0.08 0.0 0.08 0.29 0.31 0.15 0.4 0.0 0.61
16S 45 1506 1529 U:G No BP   Weak 3   0.9 0.3     96.7     0.1   0.1     0.2 0.7 0.1 0.9 1484 UG UG,CC 6 8 0 0.0 0.03 0.0 0.03 0.01 0.99 1.88 1.8 0.0 0.2
16S 45 1511 1524 G:C cWW   Weak 3 88.5 0.6 0.2 0.1 5.0     0.2     0.3   0.2 0.8     4.2 1707 GC,GU GC,CG,UA,AU 7 23 1 0.07 0.11 0.0 0.11 0.93 0.98 1.55 1.35 0.01 0.23
16S 45 1512 1523 U:G cWW   Weak 3   0.2 0.5     95.7   0.1 0.1 0.1     0.1 0.1 0.8 2.0 0.5 1743 UG,UU UG,AC,CA 6 14 2 0.2 0.03 0.0 0.03 0.01 0.97 1.89 1.69 0.0 0.24

Advanced export

JSON shape: default, array, newline-delimited

CSV options: 

CREATE VIEW basepair_combined as
select f.molecule, f.helix_number, f.position_1, f.position_2,
       f.reference_base_pair, f.conformation, f.tertiary_type, f.strength, f.group_code,
       f.GC, f.CG, f.UA, f.AU, f.GU, f.UG, f.AA, f.AC, f.AG, f.CA, f.CC, f.CU, f.GA, f.GG, f.UC, f.UU, f.gap, f.Seq as sequences,
       f.predominant_types, f.covarying_types,
       s.Xch, s.Ych, s.PE, s.PES, s.Cov1, s.Cov3, s."C1+C3" as C1_C3,
       s.WC, s.WCGU, s.XCons, s.YCons, s.DfDel, s.PNuc
from basepair_frequency f
left join basepair_collective_score s
  on s.molecule = f.molecule and s.position_1 = f.position_1
 and s.position_2 = f.position_2 and s.group_code = f.group_code;