Base-pair statistics (frequencies and scores together) (view)

predominant_types
Base-pair types shown in bold in the published table (most frequent).
covarying_types
Base-pair types marked * in the published table (involved in a covariation).
sequences
Number of sequences in the group.

425 rows where group_code = 3, molecule = "16S" and strength = "Strong" sorted by position_1

✎ View and edit SQL

This data as json, CSV (advanced)

Suggested facets: reference_base_pair, AA, AC, CA, CC, CU, GG, UC, DfDel

conformation 6

tertiary_type 2

strength 1

  • Strong · 425 ✖

molecule 1

  • 16S · 425 ✖

group_code 1

molecule helix_number position_1 ▼ position_2 reference_base_pair conformation tertiary_type strength group_code GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap sequences predominant_types covarying_types Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1_C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc
16S 1 9 25 G:C cWW   Strong 3 65.7 31.5     0.8 0.1   0.8           0.1 0.2   0.6 2878 GC,CG GC,CG 16 9 3 0.24 0.94 0.98 1.92 0.98 0.99 0.93 1.03 0.0 0.4
16S 1 10 24 A:U cWW   Strong 3   3.9 26.1 66.9 1.9       0.1 0.1   0.5       0.1 0.3 2956 CG,UA,AU CG,UA,AU 20 12 5 0.31 0.92 0.97 1.89 0.97 0.99 0.76 0.96 0.0 0.41
16S 1 11 23 G:C cWW   Strong 3 99.1     0.1       0.3             0.1   0.3 3010 GC GC,AU 7 4 1 0.18 0.23 1.0 1.23 1.0 1.0 1.91 1.95 0.0 0.42
16S 1 12 22 U:G cWW   Strong 3 29.1 0.3 0.1 0.2   68.3   1.3 0.1   0.1     0.2 0.1 0.1 0.3 3095 GC,UG GC,AU,UG 11 13 6 0.5 0.93 0.98 1.91 0.3 0.98 0.95 1.07 0.0 0.43
16S 2 17 918 U:A cWW 3°: pseudoknot Strong 3     98.5     0.5       0.1     0.1   0.2 0.2 0.3 3123 UA   3 6 1 0.22 0.05 0.0 0.05 0.99 0.99 1.94 1.92 0.0 0.43
16S 2 18 917 C:G cWW 3°: pseudoknot Strong 3   92.8 3.9     0.7     0.2 2.1   0.1         0.2 3137 CG,UA,CA CG,UA 27 23 11 0.44 0.56 0.97 1.53 0.97 0.98 1.68 1.66 0.0 0.44
16S 2 19 916 A:U cWW 3°: pseudoknot Strong 3   85.3 0.9 9.6   0.3     1.2 0.3 0.1 2.2   0.1     0.2 3166 CG,AU,CU CG,UA,AU 32 16 1 0.04 0.72 0.96 1.68 0.96 0.96 1.39 1.41 0.0 0.44
16S 3 27 556 G:C cWW   Strong 3 78.8 2.4 0.1 17.2 0.1   0.1 0.3     0.1       0.1 0.4 0.2 3638 GC,CG,AU GC,CG,UA,AU 16 13 8 0.55 0.94 0.99 1.93 0.99 0.99 1.09 1.28 0.0 0.51
16S 3 28 555 A:U cWW   Strong 3 45.4 1.4   35.5 16.8     0.1     0.1 0.2       0.1 0.2 4137 GC,AU,GU GC,CG,AU 25 29 8 0.3 0.68 0.82 1.5 0.82 0.99 0.89 0.9 0.0 0.57
16S 3 29 554 U:A cWW   Strong 3 7.7 2.4 36.3 51.0 0.2 0.5   0.1       0.1   0.1   0.3 1.2 4239 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU 43 48 27 0.59 0.97 0.98 1.95 0.98 0.99 0.43 0.55 0.01 0.58
16S 3 30 553 U:A cWW   Strong 3 1.4 40.1 35.8 20.0 0.3 1.4 0.2     0.2   0.1 0.1       0.1 4314 CG,UA,AU GC,CG,UA,AU 55 60 37 0.64 0.96 0.97 1.93 0.97 0.99 0.35 0.41 0.0 0.6
16S 3 32 552 A:U cWW   Strong 3 0.6   19.1 78.7 0.3   0.1         0.1   0.5   0.2 0.3 4408 UA,AU GC,UA,AU 13 14 5 0.37 0.94 0.99 1.92 0.99 0.99 1.15 1.25 0.0 0.61
16S 3 33 551 A:U cWW   Strong 3   3.0 1.1 95.2 0.2                       0.2 4439 CG,AU CG,UA,AU 11 10 5 0.48 0.92 1.0 1.92 1.0 1.0 1.65 1.72 0.0 0.62
16S 3 34 550 C:G cWW   Strong 3   78.2 0.6     20.0     0.2   0.1 0.1   0.4     0.3 4520 CG,UG CG,UA 22 12 5 0.29 0.03 0.0 0.03 0.79 0.99 1.18 1.9 0.0 0.63
16S 3 36 548 C:G cWW   Strong 3   96.8 1.8     0.2     0.1 0.2 0.2 0.1   0.2     0.4 4632 CG CG,UA 13 15 6 0.43 0.67 0.99 1.66 0.99 0.99 1.78 1.82 0.0 0.64
16S 4 40 402 C:G cWW   Strong 3 0.4 79.3 18.9 0.2   0.3     0.1 0.1 0.1   0.1 0.1 0.1   0.2 5027 CG,UA GC,CG,UA,AU 30 26 20 0.71 0.95 0.99 1.94 0.99 0.99 1.19 1.24 0.0 0.7
16S 4 41 401 G:C cWW   Strong 3 77.2 7.6 1.9 2.0 0.3 0.6   0.1   4.1 0.1 5.5     0.1   0.2 5009 GC,CG,AU,CA,CU GC,CG,UA,AU 30 44 19 0.51 0.52 0.89 1.41 0.89 0.9 1.0 0.93 0.0 0.69
16S 4 42 400 G:C cWW   Strong 3 79.1 0.4 17.5 1.9 0.3 0.1   0.1   0.1 0.2       0.1   0.4 5078 GC,UA GC,CG,UA,AU 22 21 10 0.47 0.96 0.99 1.96 0.99 1.0 1.11 1.17 0.0 0.7
16S 4 43 399 C:G cWW   Strong 3 3.3 72.2 7.3 1.8   1.1 0.6   0.1 12.4 0.5 0.1   0.2   0.1 0.3 5063 GC,CG,UA,CA GC,CG,UA,AU 68 73 42 0.6 0.45 0.85 1.29 0.85 0.86 1.18 0.93 0.0 0.7
16S 4 44 398 A:U cWW   Strong 3 44.3 0.2 0.2 35.3 0.3 0.1 1.3 16.7     0.2   0.1   0.3 0.8 0.4 5134 GC,AU,AC GC,CG,UA,AU 56 56 41 0.73 0.64 0.8 1.45 0.8 0.81 0.86 0.91 0.0 0.71
16S 4 45 396 G:C cWW   Strong 3 21.5 5.4 29.8 1.7 0.7 20.2 0.1   16.9 0.1     0.2 0.4 2.8   0.2 5092 GC,CG,UA,UG,AG,UC GC,UA,AG 59 79 28 0.41 0.55 0.68 1.23 0.58 0.79 0.33 0.32 0.0 0.71
16S 4 46 395 G:C cWW   Strong 3 78.5 2.5 0.1 14.7 3.6     0.1     0.1     0.1 0.1   0.2 5159 GC,CG,AU,GU GC,CG,UA,AU 26 17 10 0.47 0.81 0.96 1.77 0.96 1.0 1.19 1.17 0.0 0.72
16S 5 47 361 C:G cWW 3°: base pair Strong 3 21.2 72.3 3.5     0.4         0.1   1.2 0.6     0.4 5173 GC,CG,UA GC,CG,UA 12 9 9 0.86 0.91 0.97 1.89 0.97 0.98 0.97 1.0 0.0 0.72
16S 5 52 359 C:G cWW   Strong 3 22.4 57.7 15.0 2.8 0.8 0.2   0.1 0.2 0.1 0.2 0.1   0.1     0.1 5252 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU 43 39 31 0.76 0.95 0.98 1.94 0.98 0.99 0.5 0.48 0.0 0.73
16S 5 53 358 A:U cWW   Strong 3 3.0 21.7   73.5 1.3     0.1     0.1 0.1       0.1 0.1 5240 GC,CG,AU GC,CG,AU 19 12 8 0.52 0.93 0.98 1.92 0.98 0.99 1.0 1.08 0.0 0.73
16S 5 57 355 G:C cWW   Strong 3 98.8       0.1     0.2     0.3   0.1 0.1 0.2   0.2 5351 GC   11 4 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.99 0.99 1.92 1.96 0.0 0.74
16S 6 61 106 G:C cWW   Strong 3 98.1     0.3 0.6     0.1     0.2   0.1 0.3 0.1   0.2 5558 GC GC,AU 10 21 3 0.19 0.21 0.99 1.19 0.99 0.99 1.92 1.87 0.0 0.77
16S 6 63 104 C:G cWW   Strong 3 0.1 80.3 1.0 0.2   0.3       0.1 0.1     0.1     17.7 5580 CG GC,CG,UA,AU 34 21 13 0.47 0.07 0.0 0.07 0.82 0.82 1.5 0.85 0.0 0.0
16S 6 66 103 A:U cWW   Strong 3 35.7 0.1 0.8 58.9 0.9 0.3 0.1 2.4 0.1   0.1 0.1 0.1 0.2 0.1 0.1 0.2 5579 GC,AU,AC GC,CG,UA,AU 102 100 69 0.68 0.9 0.96 1.85 0.96 0.97 0.92 0.9 0.0 0.78
16S 6 67 102 C:G cWW   Strong 3 19.5 76.6 1.4 0.7 0.2   0.1 0.1 0.1 0.4 0.1 0.1   0.3 0.1   0.3 5613 GC,CG GC,CG,UA,AU 46 54 32 0.64 0.93 0.98 1.92 0.98 0.99 1.07 1.05 0.0 0.78
16S 6 69 99 G:C cWW   Strong 3 34.0 7.2 0.4 14.8 10.6 0.2 0.3 0.2 1.2 0.1 0.1 0.5 0.4 0.7     29.4 5600 GC,CG,AU,GU GC,CG,UA,AU 99 116 40 0.37 0.61 0.8 1.41 0.8 0.95 -0.37 -0.53 0.01 0.55
16S 6 70 98 U:A cWW   Strong 3 6.4 12.5 17.9 24.0 5.4 1.0 0.2 0.2 0.2 0.1 0.2   0.6 0.2   0.3 30.7 5626 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU 158 157 96 0.61 0.81 0.88 1.69 0.88 0.97 -0.83 -0.76 0.01 0.54
16S 6 73 97 C:G cWW   Strong 3 9.2 22.7 1.0 0.8 0.3 0.8 0.1 0.1 0.3     0.1 0.1 0.1   0.1 64.3 5657 GC,CG GC,CG,UA,AU 54 46 23 0.46 0.85 0.95 1.8 0.95 0.98 -0.7 -0.67 0.01 0.28
16S 6 74 96 A:U cWW   Strong 3 6.0 1.6 2.3 12.8 0.5 0.3             0.4 0.1   0.1 75.7 5649 GC,UA,AU GC,CG,UA,AU 65 69 36 0.54 0.87 0.94 1.8 0.94 0.97 -0.71 -0.84 0.05 0.19
16S 6 75 95 G:C cWW   Strong 3 9.7 5.9 3.6 1.1 5.7 0.4 0.1   1.6   0.1 0.3 0.4 0.1   0.1 70.9 5650 GC,CG,UA,GU GC,CG,UA,AU 87 83 54 0.64 0.55 0.7 1.25 0.7 0.91 -0.78 -0.86 0.01 0.23
16S 6 76 93 G:U cWW   Strong 3 2.9 3.5 3.9 6.0 4.7 0.8 0.4 0.2 3.9       0.7 0.6 0.1 0.5 71.9 5677 GC,CG,UA,AU,GU,AG GC,CG,UA,AU 114 119 41 0.35 0.47 0.58 1.04 0.58 0.77 -0.83 -0.82 0.0 0.22
16S 6 77 92 A:U cWW   Strong 3 5.3 3.9 5.8 9.3 5.3 2.6 0.2 0.1 2.8 0.1   0.1 0.7 0.1 0.5 0.5 62.7 5641 GC,CG,UA,AU,GU,UG,AG GC,CG,UA,AU 149 152 47 0.31 0.54 0.65 1.19 0.65 0.86 -0.93 -0.92 0.01 0.29
16S 6 78 91 A:U cWW   Strong 3 8.6 7.4 7.5 12.5 3.9 2.4 0.1 0.2 1.9   0.1 0.1 1.3 0.2 0.1 0.2 53.6 5652 GC,CG,UA,AU,GU,UG GC,CG,UA,AU 188 175 83 0.46 0.69 0.78 1.47 0.78 0.91 -0.98 -0.97 0.0 0.37
16S 6 79 90 G:C cWW   Strong 3 16.5 13.8 7.4 9.7 8.2 2.4 0.6 0.2 0.9 0.1 0.1 0.1 0.2 0.1   0.3 39.5 5662 GC,CG,UA,AU,GU,UG GC,CG,UA,AU 226 225 120 0.53 0.7 0.78 1.48 0.78 0.96 -0.9 -0.93 0.01 0.48
16S 6 80 89 A:U cWW   Strong 3 26.0 16.0 14.5 10.0 4.1 1.0 0.1 0.2 1.0 0.1   0.1   0.2   0.2 26.5 5625 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU 263 272 179 0.67 0.85 0.91 1.76 0.91 0.97 -0.74 -0.78 0.0 0.58
16S 6 81 88 A:U cWW   Strong 3 8.1 20.9 19.2 27.7 2.5 0.9   0.1 0.1 0.1 0.1   0.1 0.1   0.1 19.9 5658 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU 242 244 192 0.79 0.92 0.95 1.87 0.95 0.99 -0.65 -0.6 0.0 0.63
16S 6 82 87 G:C cWW   Strong 3 33.6 30.5 2.4 10.0 0.2 3.4 0.1   0.1 0.1 0.1   0.2     0.1 19.1 5690 GC,CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU 209 173 136 0.71 0.91 0.95 1.85 0.95 0.99 -0.46 -0.36 0.0 0.64
16S 6.1 113 314 G:C cWW   Strong 3 78.8 20.9                   0.1   0.1     0.1 5931 GC,CG GC,CG 9 6 6 0.8 0.99 1.0 1.99 1.0 1.0 1.23 1.26 0.0 0.82
16S 6.1 114 313 U:A cWW   Strong 3 0.5 0.1 98.6 0.3   0.1       0.1           0.1 0.1 5921 UA GC,CG,UA,AU 6 6 6 1.0 0.74 1.0 1.74 1.0 1.0 1.88 1.9 0.0 0.82
16S 6.1 115 312 G:C cWW   Strong 3 78.5 20.1 0.8   0.1 0.1   0.1   0.1             0.1 5871 GC,CG GC,CG,UA 16 17 12 0.73 0.98 0.99 1.97 0.99 1.0 1.18 1.19 0.0 0.82
16S 7 122 239 G:U cWW   Strong 3 0.3   0.3 9.3 39.0   5.4 5.2 30.1 0.1 0.5 0.2 0.2 0.2 8.9   0.2 5935 AU,GU,AA,AC,AG,UC GU,AG,CA,UC 105 89 20 0.21 0.64 0.78 1.43 0.1 0.49 0.57 0.32 0.0 0.82
16S 7 123 238 U:A cWW   Strong 3 0.1 93.0 5.7 0.1 0.2 0.2 0.1       0.1 0.1   0.3     0.2 5989 CG,UA CG,UA,GU 35 38 32 0.88 0.86 0.99 1.85 0.99 0.99 1.58 1.62 0.0 0.83
16S 7 124 237 C:G cWW   Strong 3 63.8 5.8 3.4 26.2 0.2 0.1   0.1       0.1 0.1     0.1 0.2 5987 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU 40 44 37 0.88 0.98 0.99 1.98 0.99 1.0 0.64 0.66 0.0 0.83
16S 7 125 236 U:A cWW   Strong 3 16.4 0.5 20.5 0.3   61.6       0.1         0.1 0.1 0.3 5909 GC,UA,UG GC,AU,UG,CA 15 51 8 0.24 0.44 0.79 1.23 0.38 1.0 1.25 0.63 0.0 0.82
16S 7 126 235 G:C cWW   Strong 3 48.8 5.9 0.2 22.8 5.6 0.1 0.3         3.5 0.1 0.1 0.1 12.1 0.4 5980 GC,CG,AU,GU,CU,UU GC,CG,UA,AU 93 84 58 0.66 0.57 0.78 1.35 0.78 0.84 0.32 0.68 0.0 0.83
16S 7 127 234 G:C cWW   Strong 3 64.4 1.7 4.3 12.1 2.0 3.2   0.1   0.3   0.1   0.2 0.1 11.0 0.3 6006 GC,UA,AU,GU,UG,UU GC,CG,UA,AU 68 88 47 0.6 0.52 0.83 1.34 0.83 0.88 0.65 0.64 0.0 0.83
16S 7 128 233 G:C cWW   Strong 3 68.3 4.7 1.6 22.2 0.6 0.5 0.1 0.2   0.1 0.3   0.1 0.4   0.4 0.4 5997 GC,CG,AU GC,CG,UA,AU 87 81 61 0.73 0.91 0.97 1.88 0.97 0.98 0.77 0.8 0.0 0.83
16S 7 129 232 A:G cWW 3°: base pair Strong 3 1.2 15.7 21.8 0.8 0.3 26.1 0.1 0.1 30.3 0.2 0.1   1.9 0.2 0.1   1.0 5974 CG,UA,UG,AG GC,UA,AG 130 111 47 0.39 0.34 0.54 0.88 0.4 0.67 0.33 0.94 0.0 0.82
16S 7 131 231 A:U cWW   Strong 3 0.2 43.0 48.4 3.4 0.1 4.0       0.1 0.1 0.1       0.2 0.3 6012 CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU 108 114 92 0.83 0.91 0.95 1.86 0.95 0.99 0.77 0.75 0.0 0.83
16S 7 132 230 C:G cWW   Strong 3 11.4 65.3 17.9 3.6 0.1 0.8     0.1 0.1   0.1   0.1     0.4 5986 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU 80 86 70 0.84 0.96 0.99 1.95 0.99 1.0 0.6 0.6 0.0 0.83
16S 7 136 227 C:G cWW   Strong 3 0.1 82.0 1.9 0.2   0.2       0.2   0.1   0.1 0.1 14.7 0.6 5943 CG,UU GC,CG,UU 12 16 7 0.5 0.85 0.97 1.82 0.85 0.85 1.29 1.19 0.0 0.82
16S 7 137 226 U:G cWW   Strong 3 2.1 49.9 40.1 2.5 1.1 2.7 0.1   0.1 0.4   0.1       0.4 0.6 5944 GC,CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU 172 170 127 0.74 0.9 0.95 1.85 0.95 0.99 0.64 0.66 0.0 0.82
16S 7 138 225 G:C cWW   Strong 3 23.9 13.8 33.0 14.3 0.4 8.8 0.1   0.2 0.2 0.2 0.3 0.1 0.1 0.2 4.2 0.3 5949 GC,CG,UA,AU,UG,UU GC,CG,UA,AU 228 252 121 0.5 0.78 0.85 1.63 0.85 0.94 0.17 0.01 0.0 0.82
16S 7 139 224 A:U cWW   Strong 3 11.4 7.1 25.7 30.9 13.9 5.3 1.3 0.2 0.3 0.3 0.1 0.3 0.2 0.2 0.1 2.7 0.2 5995 GC,CG,UA,AU,GU,UG,UU GC,CG,UA,AU 281 277 143 0.51 0.64 0.75 1.39 0.75 0.94 0.12 0.23 0.0 0.83
16S 7 140 223 U:A cWW   Strong 3 9.0 15.7 37.8 19.7 5.8 4.7 0.5 0.1 0.1 0.4 0.1 0.2 0.3 0.3 0.5 4.4 0.4 5987 GC,CG,UA,AU,GU,UG,UU GC,CG,UA,AU 270 283 168 0.61 0.72 0.82 1.54 0.82 0.93 0.15 0.13 0.0 0.83
16S 7 141 222 G:C cWW   Strong 3 25.2 4.8 3.9 52.4 1.9 2.4 0.9 1.1 2.3 0.5 1.6 0.5 0.7 0.8 0.1 0.8 0.3 6012 GC,CG,UA,AU,UG,AG GC,CG,UA,AU 151 156 113 0.74 0.72 0.86 1.58 0.86 0.91 0.44 0.42 0.0 0.83
16S 7 142 221 G:C cWW   Strong 3 54.3 25.7 0.7 2.5 0.7 1.5 1.2 0.4 1.0 0.1 0.1 0.1 0.7 10.1 0.1 0.1 0.6 6043 GC,CG,AU,GG GC,CG,UA,AU 107 109 69 0.64 0.64 0.84 1.48 0.84 0.86 0.72 0.65 0.0 0.84
16S 8 144 178 G:C cWW   Strong 3 33.5 34.9 7.4 8.9 0.2 12.4 0.1 0.1 0.4 0.2 0.1 0.1 0.1 0.3 0.1 0.1 1.5 5980 GC,CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU 193 169 107 0.59 0.78 0.86 1.64 0.86 0.98 0.11 0.27 0.01 0.82
16S 8 145 177 G:G cWW 3°: base pair Strong 3 7.4 20.3 2.1 6.6 0.3 17.5 0.3 0.3 0.3 0.1   0.4 0.1 32.5   11.0 0.9 6040 GC,CG,UA,AU,UG,GG,UU AA,GG,UU 193 120 48 0.31 0.17 0.0 0.17 0.37 0.55 0.15 0.7 0.0 0.83
16S 8 146 176 G:C cWW   Strong 3 75.7 5.0 11.4 3.3 3.1 0.4     0.1       0.1 0.1   0.1 0.4 6065 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU 58 82 42 0.6 0.83 0.96 1.79 0.96 0.99 0.95 0.8 0.0 0.84
16S 8 147 175 G:C cWW   Strong 3 97.6 0.6 0.1 0.7 0.3       0.1               0.3 6079 GC GC,CG,UA,AU 19 21 9 0.45 0.69 0.99 1.69 0.99 1.0 1.82 1.8 0.0 0.84
16S 8 152 169 A:C tHW 3°: base pair Strong 3 0.2     0.4 8.4 0.3 2.8 78.7 0.4 0.2 2.5 0.5 0.8 4.3 0.3 0.1 0.3 6105 GU,AA,AC,CC,GG GU,UG,AC,CA 95 103 47 0.47 0.42 0.88 1.3 0.01 0.09 1.15 1.02 0.0 0.85
16S 8 153 168 C:G cWW   Strong 3   75.3 1.2   10.5 0.5 0.1     11.2 0.2 0.3   0.1   0.1 0.3 6079 CG,GU,CA CG,UA,GU 45 78 21 0.34 0.48 0.87 1.35 0.77 0.88 1.35 0.92 0.0 0.84
16S 8 154 167 U:A cWW   Strong 3 6.2 36.0 23.5 14.7 3.0 3.8 0.1 0.1   10.4   0.1 0.1 0.1   1.5 0.1 6038 GC,CG,UA,AU,GU,UG,CA GC,CG,UA,AU 203 204 122 0.6 0.69 0.81 1.5 0.81 0.87 0.22 0.21 0.0 0.84
16S 8 155 166 A:U cWW   Strong 3 10.5 34.6 15.6 16.0 2.0 5.2 0.1 0.1 0.1 0.5 0.1 0.1   14.5   0.3 0.1 6041 GC,CG,UA,AU,GU,UG,GG GC,CG,UA,AU 215 205 123 0.59 0.65 0.77 1.41 0.77 0.84 0.04 0.28 0.0 0.84
16S 8 156 165 C:G cWW   Strong 3 7.3 29.9 30.8 12.8 2.3 15.3 0.1   0.1 0.2   0.1   0.1 0.1 0.1 0.7 6040 GC,CG,UA,AU,GU,UG GC,CG,UA,AU 233 201 117 0.54 0.73 0.81 1.54 0.81 0.99 0.19 0.23 0.0 0.83
16S 8 157 164 U:G cWW   Strong 3 11.0 8.2 8.9 10.1 37.8 23.2   0.1   0.1       0.2   0.1 0.3 6087 GC,CG,UA,AU,GU,UG GU,UG,AC,CA 181 184 83 0.46 0.38 0.61 0.99 0.38 0.99 0.31 0.27 0.0 0.84
16S 8 158 163 G:C cWW   Strong 3 74.3 14.8 0.6 8.4 0.2 0.9         0.2 0.1       0.1 0.3 6087 GC,CG,AU GC,CG,UA,AU 110 111 88 0.8 0.93 0.98 1.92 0.98 0.99 0.85 0.88 0.0 0.84
16S 9 184 193 G:C cWW   Strong 3 11.8 23.1 10.7 22.6 5.8 2.3 0.1 0.3 1.6 0.2 0.3 0.3 0.1 0.2 0.5 1.6 18.4 6041 GC,CG,UA,AU,GU,UG GC,CG,UA,AU 292 277 142 0.5 0.77 0.84 1.61 0.84 0.94 -0.66 -0.56 0.0 0.69
16S 9 185 192 U:A cWW   Strong 3 4.3 35.5 23.1 9.6 1.3 5.6 0.1   0.1 0.5 0.1 0.1 0.1 0.2   1.3 17.8 6072 GC,CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU 260 244 139 0.55 0.79 0.88 1.68 0.88 0.97 -0.42 -0.37 0.01 0.69
16S 9 186 191 C:G cWW   Strong 3 8.7 62.1 1.8 1.7 0.3 5.9     0.1   0.1 0.1   0.2   0.4 18.2 6048 GC,CG,UG GC,CG,UA,AU 159 118 70 0.51 0.62 0.91 1.53 0.91 0.98 0.04 0.3 0.01 0.69
16S 10 198 219 G:U cWW   Strong 3 67.7 0.5 0.5 3.7 9.7 0.1   0.1     0.1   0.1 0.3 0.1   17.1 6144 GC,AU,GU GC,CG,UA,AU 57 126 30 0.33 0.31 0.87 1.19 0.87 0.99 0.67 0.36 0.0 0.71
16S 10 199 218 A:U cWW   Strong 3 12.0 20.8 4.8 29.5 6.2 1.4   0.1     0.1 0.2 1.0 0.1   0.1 23.6 6124 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU 215 179 112 0.57 0.8 0.88 1.68 0.88 0.98 -0.66 -0.58 0.0 0.65
16S 10 200 217 G:C cWW   Strong 3 12.5 5.9 6.8 12.9 1.0 1.5   0.1 0.1 0.1   0.1 0.5 0.2   0.2 58.0 6101 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU 121 126 86 0.7 0.87 0.91 1.78 0.91 0.97 -0.96 -0.96 0.0 0.36
16S 10 201 216 G:U cWW   Strong 3 4.5 3.3 2.0 0.7 24.4 0.5   0.1   0.1   0.1 0.1 0.2   0.3 63.5 6151 GC,CG,UA,GU CG,UA,GU,AC 42 42 18 0.43 0.45 0.82 1.27 0.29 0.97 -0.58 -0.7 0.0 0.31
16S 10 202 215 G:C cWW   Strong 3 26.5 6.5 0.3 0.8 0.3 0.1               0.1     65.4 6159 GC,CG GC,CG,UA,AU 27 23 17 0.68 0.92 0.98 1.9 0.98 0.99 -0.57 -0.59 0.0 0.3
16S 10 203 214 G:C cWW   Strong 3 17.6 6.6 1.2 0.8 0.1 2.8         0.2     0.1     70.3 6175 GC,CG,UG GC,CG,UA,AU 47 30 17 0.44 0.72 0.89 1.6 0.89 0.98 -0.72 -0.68 0.0 0.25
16S 10 206 213 C:G cWW   Strong 3 0.6 11.8 8.0 0.5 0.1 0.3       0.1 0.1 0.1         78.5 6184 CG,UA GC,CG,UA,AU 42 40 34 0.83 0.93 0.97 1.9 0.97 0.99 -0.6 -0.61 0.0 0.19
16S 10 207 212 C:G cWW   Strong 3 1.4 16.5 1.2 1.0 0.6 0.9                     78.4 6186 CG GC,CG,UA,AU 37 31 20 0.59 0.7 0.93 1.62 0.93 1.0 -0.57 -0.55 0.0 0.19
16S 11 240 286 G:C cWW   Strong 3 8.1 74.9 11.9 4.0   0.6 0.1     0.1       0.1     0.1 6203 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU 106 111 96 0.89 0.96 0.99 1.95 0.99 1.0 0.81 0.82 0.0 0.86
16S 11 241 285 G:C cWW   Strong 3 26.5 47.0 11.8 9.5 2.2 2.4         0.1     0.2       6240 GC,CG,UA,AU,GU,UG GC,CG,UA,AU 144 130 121 0.88 0.9 0.95 1.85 0.95 1.0 0.23 0.25 0.0 0.87
16S 11 242 284 G:C cWW   Strong 3 40.6 17.8 5.7 0.1   35.2     0.1   0.2       0.1     6225 GC,CG,UA,UG GC,AU,UG 83 62 48 0.66 0.6 0.76 1.36 0.64 0.99 0.47 0.73 0.0 0.87
16S 11 245 283 U:U cWW 3°: base pair Strong 3                     38.0 0.1     0.1 61.5   6230 CC,UU CC,UU 29 31 26 0.87 0.99 1.0 1.99 0.0 0.0 1.03 1.02 0.0 0.87
16S 11 247 277 G:C cWW   Strong 3 87.3 0.1 0.1 11.9 0.3           0.1             6257 GC,AU GC,CG,UA,AU 11 14 10 0.8 0.96 0.99 1.96 0.99 1.0 1.44 1.43 0.0 0.87
16S 11 248 276 C:G cWW   Strong 3 11.3 81.5 4.2 1.2   0.8       0.1 0.4     0.1       6253 GC,CG,UA GC,CG,UA,AU 111 104 82 0.76 0.91 0.98 1.9 0.98 0.99 1.1 1.12 0.0 0.87
16S 11 249 275 U:G cWW   Strong 3   0.4 0.1     97.9       1.2           0.1   6263 UG UG,CA 18 16 11 0.65 0.63 0.99 1.62 0.01 0.98 1.86 1.86 0.0 0.87
16S 11 252 274 U:A cWW   Strong 3   0.2 82.6 16.4     0.3   0.2             0.1   6251 UA,AU CG,UA,AU 32 34 30 0.91 0.96 0.99 1.95 0.99 0.99 1.32 1.31 0.0 0.87
16S 11 253 273 A:U cWW   Strong 3   2.7 92.9 3.9           0.1         0.1 0.2   6207 CG,UA,AU CG,UA,AU 50 56 46 0.87 0.93 0.99 1.92 0.99 0.99 1.57 1.56 0.0 0.86
16S 11 254 272 G:C cWW   Strong 3 98.9   0.1 0.1 0.6               0.1 0.1       6090 GC GC,UA,AU 4 15 3 0.32 0.22 0.99 1.22 0.99 1.0 1.96 1.91 0.0 0.85
16S 11 255 271 G:C cWW   Strong 3 97.9 0.1 1.6   0.1           0.1   0.1         6269 GC GC,CG,UA 11 15 10 0.77 0.82 1.0 1.82 1.0 1.0 1.85 1.85 0.0 0.87
16S 11 256 270 U:A cWW   Strong 3 0.4 1.1 91.6 0.1 0.4 0.1 0.7 0.4   4.8     0.1   0.1 0.1   6262 UA,CA GC,CG,UA,AU 91 30 20 0.33 0.24 0.94 1.17 0.93 0.94 1.51 1.77 0.0 0.87
16S 11 257 269 G:C cWW   Strong 3 39.9 0.1 0.4 28.4 30.1 0.4 0.1 0.1       0.3       0.1   6215 GC,AU,GU GC,CG,UA,AU 127 179 51 0.33 0.48 0.69 1.17 0.69 0.99 1.03 0.95 0.0 0.86
16S 11 258 268 G:U cWW   Strong 3 58.1 0.2 0.4 32.8 4.4 0.5   2.5     0.8         0.2   6254 GC,AU,GU,AC GC,AU,UG 186 187 124 0.67 0.8 0.91 1.71 0.92 0.96 0.9 0.95 0.0 0.87
16S 11 259 267 G:C cWW   Strong 3 93.6   3.3 1.6       1.0     0.1       0.2 0.1   6276 GC,UA GC,UA,AU 48 42 39 0.87 0.78 0.99 1.76 0.99 0.99 1.59 1.66 0.0 0.87
16S 12 289 311 G:C cWW   Strong 3 73.8 19.4 1.5 3.9 0.8     0.2     0.1       0.1     6254 GC,CG,AU GC,CG,UA,AU 47 49 34 0.71 0.95 0.99 1.94 0.99 0.99 0.94 0.92 0.0 0.87

Next page

Advanced export

JSON shape: default, array, newline-delimited

CSV options: 

CREATE VIEW basepair_combined as
select f.molecule, f.helix_number, f.position_1, f.position_2,
       f.reference_base_pair, f.conformation, f.tertiary_type, f.strength, f.group_code,
       f.GC, f.CG, f.UA, f.AU, f.GU, f.UG, f.AA, f.AC, f.AG, f.CA, f.CC, f.CU, f.GA, f.GG, f.UC, f.UU, f.gap, f.Seq as sequences,
       f.predominant_types, f.covarying_types,
       s.Xch, s.Ych, s.PE, s.PES, s.Cov1, s.Cov3, s."C1+C3" as C1_C3,
       s.WC, s.WCGU, s.XCons, s.YCons, s.DfDel, s.PNuc
from basepair_frequency f
left join basepair_collective_score s
  on s.molecule = f.molecule and s.position_1 = f.position_1
 and s.position_2 = f.position_2 and s.group_code = f.group_code;