Base-pair statistics (frequencies and scores together) (view)

predominant_types
Base-pair types shown in bold in the published table (most frequent).
covarying_types
Base-pair types marked * in the published table (involved in a covariation).
sequences
Number of sequences in the group.

623 rows where conformation = "cWW" and strength = "Weak" sorted by position_1

✎ View and edit SQL

This data as json, CSV (advanced)

Suggested facets: reference_base_pair, DfDel

group_code 7

  • 3 89
  • A 89
  • B 89
  • C 89
  • E 89
  • M 89
  • T 89

tertiary_type 2

molecule 2

strength 1

  • Weak · 623 ✖

conformation 1

  • cWW · 623 ✖
molecule helix_number position_1 ▼ position_2 reference_base_pair conformation tertiary_type strength group_code GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap sequences predominant_types covarying_types Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1_C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc
23S 1 8 2895 C:G cWW   Weak T 4.9 21.6 31.6 3.3 0.6 15.5 1.8 0.6   3.0 0.3     0.3   0.6 15.7 329 GC,CG,UA,AU,UG,CA GC,CG,UA,AU 31 29 7 0.23 0.57 0.73 1.3 0.73 0.92 -0.23 -0.26 0.0 0.27
23S 1 8 2895 C:G cWW   Weak 3 5.6 27.1 27.5 1.2   19.9         0.4     0.4     18.0 251 GC,CG,UA,UG GC,CG,UA,AU 22 21 5 0.23 0.62 0.75 1.37 0.75 0.99 -0.14 -0.16 0.01 0.33
23S 1 8 2895 C:G cWW   Weak B 3.4 33.3 33.9 1.1   27.7               0.6       177 GC,CG,UA,UG GC,CG,UA,AU 11 13 3 0.25 0.57 0.72 1.29 0.72 0.99 0.77 0.73 0.0 0.54
23S 1 8 2895 C:G cWW   Weak A 24.2 24.2 27.3 3.0   3.0         3.0           15.1 33 GC,CG,UA,AU,UG,CC GC,CG,UA,AU 5 8 2 0.31 0.9 0.93 1.82 0.93 0.96 0.1 -0.3 0.07 0.68
23S 1 8 2895 C:G cWW   Weak C 2.3 6.8 56.8 2.3   2.3 9.1     20.5               44 GC,CG,UA,AU,UG,AA,CA GC,CG,UA,AU 4 4 1 0.25 0.26 0.68 0.94 0.68 0.7 0.57 1.32 0.0 0.43
23S 1 8 2895 C:G cWW   Weak E   2.4                             97.4 41 CG   6 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 -0.91 -0.43 0.01 0.0
23S 1 8 2895 C:G cWW   Weak M 2.9   29.4 20.6 5.9   5.9 5.9   2.9           5.9 20.6 34 GC,UA,AU,GU,AA,AC,CA,UU GC,UA,AU 5 4 1 0.22 0.47 0.67 1.14 0.67 0.74 -0.74 -0.53 0.02 0.09
16S 3 35 549 G:C cWW   Weak T 82.3 0.1 0.3 4.1 10.8     1.2   0.1 0.3   0.1   0.2 0.1 0.3 5420 GC,AU,GU GC,CG,UA,AU 75 71 20 0.27 0.26 0.87 1.13 0.87 0.98 1.57 1.35 0.0 0.63
16S 3 35 549 G:C cWW   Weak 3 93.4 0.1     5.3     0.2     0.3   0.1   0.2   0.4 4555 GC,GU GC,CG 14 10 4 0.33 0.03 0.0 0.03 0.94 0.99 1.89 1.68 0.0 0.63
16S 3 35 549 G:C cWW   Weak B 98.8 0.1     0.1     0.2     0.4       0.1   0.2 3467 GC GC,CG 10 2 2 0.33 0.11 0.0 0.11 0.99 0.99 1.91 1.94 0.0 0.59
16S 3 35 549 G:C cWW   Weak A 3.8 1.1     94.0             0.5         0.5 184 GC,GU CG,GU 2 3 1 0.4 0.2 0.0 0.2 0.05 0.99 1.89 1.65 0.0 0.69
16S 3 35 549 G:C cWW   Weak C 86.8       13.2                         136 GC,GU   0 6 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.87 1.0 2.0 1.43 0.0 0.75
16S 3 35 549 G:C cWW   Weak E 90.8     0.1 7.1           0.1   0.2   0.3 0.2 1.1 904 GC,GU GC,UU 2 5 1 0.29 0.03 0.0 0.03 0.92 0.99 1.84 1.58 0.01 0.85
16S 3 35 549 G:C cWW   Weak M 12.1 0.4 1.8 31.0 44.2   0.3 8.2   0.4 0.1     0.1 0.5 0.5 0.3 733 GC,AU,GU,AC CG,UA,GU,AC 61 55 16 0.28 0.19 0.0 0.19 0.45 0.9 0.77 1.11 0.0 0.63
16S 4 39 403 G:C cWW   Weak T 67.3 0.2 13.1 1.2 1.0 0.2 0.3 0.3   0.6 0.3 0.1 14.2 0.1 0.3 0.6 0.5 5839 GC,UA,GA GC,CG,UA,AU 95 98 28 0.29 0.45 0.82 1.27 0.82 0.83 1.17 0.93 0.0 0.68
16S 4 39 403 G:C cWW   Weak 3 75.2   5.4 0.4 1.1   0.1 0.2     0.2   16.7 0.1 0.3   0.3 4942 GC,UA,GA GC,UA,AU 24 35 6 0.2 0.24 0.81 1.05 0.81 0.82 1.57 1.12 0.0 0.69
16S 4 39 403 G:C cWW   Weak B 96.4   1.0 0.5 1.0     0.2     0.2   0.1 0.1 0.3   0.1 3830 GC GC,UA,AU 18 24 5 0.24 0.44 0.98 1.42 0.98 0.99 1.8 1.75 0.0 0.65
16S 4 39 403 G:C cWW   Weak A     99.0     1.0                       193 UA   0 1 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.99 1.0 2.0 1.93 0.0 0.73
16S 4 39 403 G:C cWW   Weak C 98.1     0.6 0.6                   0.6     154 GC GC,AU 1 3 1 0.5 0.33 0.99 1.32 0.99 0.99 1.89 1.81 0.0 0.85
16S 4 39 403 G:C cWW   Weak E 2.4   4.0   1.5   0.8 0.4   0.1 0.1   89.7       1.0 919 GC,UA,GA AC,GA 6 10 1 0.12 0.05 0.0 0.05 0.07 0.08 1.54 1.69 0.01 0.86
16S 4 39 403 G:C cWW   Weak M 8.0 1.3 67.2 6.3 0.8 1.1 1.1 0.4 0.1 4.6 0.8 0.8 0.1 0.1 0.7 5.5 1.1 747 GC,UA,AU,CA,UU GC,CG,UA,AU 70 60 21 0.32 0.49 0.84 1.33 0.84 0.86 0.76 0.62 0.0 0.64
16S 5 54 357 C:G cWW   Weak T   99.0 0.3     0.3     0.1 0.1               6225 CG CG,UA 12 6 2 0.22 0.29 0.99 1.28 0.99 1.0 1.92 1.94 0.0 0.73
16S 5 54 357 C:G cWW   Weak 3   99.3 0.3     0.1     0.1 0.1               5285 CG CG,UA 6 2 1 0.25 0.41 1.0 1.4 1.0 1.0 1.94 1.94 0.0 0.74
16S 5 54 357 C:G cWW   Weak B   99.3 0.4     0.1     0.1                 4138 CG CG,UA 5 2 1 0.29 0.52 1.0 1.51 1.0 1.0 1.94 1.94 0.0 0.71
16S 5 54 357 C:G cWW   Weak A   97.5               2.5               201 CG,CA   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.97 0.97 2.0 1.85 0.0 0.76
16S 5 54 357 C:G cWW   Weak C   100.0                               158 CG   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 2.0 2.0 0.0 0.87
16S 5 54 357 C:G cWW   Weak E   99.6       0.2           0.1         0.1 946 CG   1 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 1.96 1.98 0.0 0.9
16S 5 54 357 C:G cWW   Weak M   96.6 0.1     2.1 0.1   0.3     0.1         0.6 791 CG,UG CG,AA 6 4 1 0.2 0.04 0.0 0.04 0.97 0.99 1.74 1.91 0.0 0.68
16S 5 56 356 U:A cWW   Weak T     99.5             0.1     0.1       0.2 6225 UA   4 4 1 0.25 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 1.96 1.97 0.0 0.73
16S 5 56 356 U:A cWW   Weak 3     99.6                   0.1     0.1 0.1 5283 UA   2 2 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 1.98 1.98 0.0 0.73
16S 5 56 356 U:A cWW   Weak B     99.8                   0.1     0.1   4124 UA   1 1 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 1.98 1.99 0.0 0.7
16S 5 56 356 U:A cWW   Weak A     97.5                           2.5 201 UA   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 2.0 1.8 0.02 0.74
16S 5 56 356 U:A cWW   Weak C     100.0                             158 UA   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 2.0 2.0 0.0 0.87
16S 5 56 356 U:A cWW   Weak E     99.5       0.2           0.1   0.1   0.1 958 UA   1 1 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 1.95 1.99 0.0 0.91
16S 5 56 356 U:A cWW   Weak M     98.6     0.3       0.5             0.6 793 UA   2 2 1 0.5 0.0 0.0 0.0 0.99 0.99 1.89 1.91 0.0 0.68
16S 5 58 354 C:G cWW   Weak T 0.6 98.2       0.3     0.1 0.1 0.2     0.1     0.3 6357 CG GC,CG 16 11 3 0.22 0.46 0.99 1.45 0.99 0.99 1.87 1.88 0.0 0.74
16S 5 58 354 C:G cWW   Weak 3 0.7 98.5       0.1     0.1 0.1 0.2     0.1     0.2 5381 CG GC,CG 9 6 2 0.27 0.54 0.99 1.54 0.99 0.99 1.9 1.89 0.0 0.75
16S 5 58 354 C:G cWW   Weak B   99.3       0.1     0.1 0.1 0.2     0.1     0.1 4221 CG   5 3 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.99 0.99 1.96 1.94 0.0 0.72
16S 5 58 354 C:G cWW   Weak A 19.0 76.5       0.5         1.5           2.5 200 GC,CG GC,CG 4 3 2 0.57 0.91 0.98 1.88 0.98 0.98 1.24 1.11 0.02 0.74
16S 5 58 354 C:G cWW   Weak C   100.0                               158 CG   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 2.0 2.0 0.0 0.87
16S 5 58 354 C:G cWW   Weak E   99.6       0.1     0.1         0.1     0.1 960 CG   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 1.95 1.99 0.0 0.91
16S 5 58 354 C:G cWW   Weak M 0.4 96.1 0.2 0.2   1.6 0.1   0.4         0.1   0.2 0.6 827 CG GC,CG,UA,AU 7 5 1 0.17 0.26 0.98 1.24 0.98 0.99 1.69 1.82 0.0 0.71
16S 6 62 105 U:G cWW   Weak T 0.1 1.4 1.1 0.2   94.0 0.1 0.2 0.1 0.9 0.5     0.1 0.4 0.2 0.6 6551 UG UG,AC,CA 65 65 17 0.26 0.21 0.96 1.16 0.03 0.97 1.64 1.66 0.0 0.76
16S 6 62 105 U:G cWW   Weak 3   1.0 0.7     97.6               0.1 0.3 0.1 0.1 5571 UG   9 18 1 0.07 0.01 0.0 0.01 0.02 0.99 1.9 1.87 0.0 0.78
16S 6 62 105 U:G cWW   Weak B   0.4 0.2     98.6                 0.4 0.2 0.1 4404 UG   4 12 1 0.12 0.02 0.0 0.02 0.01 0.99 1.95 1.9 0.0 0.75
16S 6 62 105 U:G cWW   Weak A           100.0                       202 UG   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 2.0 2.0 0.0 0.77
16S 6 62 105 U:G cWW   Weak C           99.4                     0.6 162 UG   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 2.0 1.94 0.01 0.89
16S 6 62 105 U:G cWW   Weak E                                 100.0 965     5 6 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.72 -0.01 0.0 0.0
16S 6 62 105 U:G cWW   Weak M 1.0 4.7 4.0 1.3   68.2 0.5 1.8 1.0 6.8 3.9 0.1     0.8 1.0 4.7 827 CG,UA,UG,CA,CC UG,AC,CA 56 47 16 0.31 0.32 0.81 1.13 0.12 0.83 0.51 0.67 0.04 0.68
23S 6.1 66 88 C:G cWW 3°: pseudoknot Weak T 0.1 49.5 1.5 0.5 0.1 0.8 0.1   0.9 0.1 0.3   0.3 0.3 0.3 0.3 44.8 740 CG GC,CG,UA,AU 15 8 3 0.26 0.38 0.94 1.32 0.94 0.95 -0.29 -0.15 0.12 0.39
23S 6.1 66 88 C:G cWW 3°: pseudoknot Weak 3   67.4 1.5     1.5 0.2   0.2 0.2       0.5     28.5 411 CG CG,UA 10 2 1 0.17 0.35 0.96 1.32 0.96 0.98 0.75 0.43 0.19 0.47
23S 6.1 66 88 C:G cWW 3°: pseudoknot Weak B   94.6 1.6     2.3 0.4   0.4         0.8       257 CG,UG CG,UA 2 1 0 0.0 0.29 0.96 1.25 0.96 0.98 1.63 1.86 0.0 0.79
23S 6.1 66 88 C:G cWW 3°: pseudoknot Weak A   94.4 5.6                             36 CG,UA CG,UA 1 1 1 1.0 1.0 1.0 2.0 1.0 1.0 1.69 1.69 0.0 0.88
23S 6.1 66 88 C:G cWW 3°: pseudoknot Weak C   92.7 3.1               1.0       2.1   1.0 96 CG,UA,UC CG,UA 2 2 1 0.5 0.5 0.97 1.47 0.97 0.97 1.66 1.51 0.01 0.92
23S 6.1 66 88 C:G cWW 3°: pseudoknot Weak E                   0.8             99.1 118     7 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.25 -0.05 0.45 0.0
23S 6.1 66 88 C:G cWW 3°: pseudoknot Weak M 0.4   0.9 1.7 0.4       2.6   0.4   0.9     0.9 91.7 233 AG UA,GU,AG,CC 3 4 1 0.29 0.39 0.58 0.96 0.37 0.42 -0.48 -0.47 0.02 0.06
16S 6 68 101 G:A cWW 3°: base pair Weak T 3.1 0.3 13.9 0.7 0.3 0.3 0.2   0.1 0.2     68.8 0.4   0.2 11.6 6584 GC,UA,GA AU,UG,GA 39 50 15 0.34 0.05 0.0 0.05 0.2 0.21 0.52 0.9 0.01 0.68
16S 6 68 101 G:A cWW 3°: base pair Weak 3 3.4 0.3 16.3 0.7 0.2 0.3 0.2   0.1 0.3     77.1 0.4   0.2 0.6 5599 GC,UA,GA CG,AU,GA 27 32 7 0.24 0.04 0.0 0.04 0.21 0.21 1.18 1.55 0.0 0.78
16S 6 68 101 G:A cWW 3°: base pair Weak B 0.7   0.1   0.2 0.3 0.2     0.3     97.0 0.5     0.6 4427 GA UG,GA 15 18 1 0.06 0.13 0.0 0.13 0.01 0.01 1.86 1.76 0.0 0.75
16S 6 68 101 G:A cWW 3°: base pair Weak A 78.9     6.0 0.5 1.0             11.6 0.5     1.5 199 GC,AU,GA GC,AU,UG 4 8 3 0.5 0.36 0.87 1.23 0.86 0.88 1.45 0.91 0.0 0.74
16S 6 68 101 G:A cWW 3°: base pair Weak C 1.8   2.4 0.6 0.6               92.7 1.8       164 UA,GA AU,GA 4 5 1 0.22 0.08 0.0 0.08 0.05 0.06 1.78 1.65 0.0 0.9
16S 6 68 101 G:A cWW 3°: base pair Weak E   1.5 93.1 2.6   0.3 0.2   0.2 0.2   0.1 0.2 0.1   1.3 0.1 973 UA,AU CG,UA,AU 8 6 3 0.43 0.61 0.97 1.58 0.97 0.98 1.63 1.6 0.0 0.92
16S 6 68 101 G:A cWW 3°: base pair Weak M 1.2   0.4 0.7 1.2       0.1       6.9 0.1   0.1 89.2 830 GA AU,GA 8 13 7 0.67 0.01 0.0 0.01 0.02 0.04 -0.33 -0.42 0.0 0.0
23S 10 158 168 U:G cWW   Weak T 0.9 1.2 13.2 0.8   36.6 1.2 0.3 2.1 0.9 0.5   0.4 0.1 0.3 0.3 41.1 759 UA,UG,AG GC,UG,AA 18 23 8 0.39 0.1 0.0 0.1 0.27 0.9 -0.27 -0.52 0.01 0.43
23S 10 158 168 U:G cWW   Weak 3 1.2 2.1 20.9 0.2   55.6 0.5   0.5 0.5     0.7 0.2   0.2 17.4 426 CG,UA,UG GC,AU,UG,CA 11 10 5 0.48 0.06 0.0 0.06 0.29 0.97 0.62 0.08 0.0 0.56
23S 10 158 168 U:G cWW   Weak B   2.2 0.4     87.0       0.4       0.4     9.7 270 CG,UG UG,CA 5 3 1 0.25 0.11 0.0 0.11 0.03 0.99 1.15 1.28 0.0 0.75
23S 10 158 168 U:G cWW   Weak A           2.8     5.6 2.8             88.9 36 UG,AG,CA AG,CA 1 1 1 1.0 0.5 0.75 1.25 0.0 0.25 -0.59 -0.37 0.07 0.1
23S 10 158 168 U:G cWW   Weak C 1.0   11.1 4.0   41.4 7.1 2.0 14.1 5.1         2.0 1.0 11.1 99 UA,AU,UG,AA,AC,AG,CA,UC GC,UG,AA 6 13 3 0.32 0.17 0.0 0.17 0.18 0.65 0.17 0.32 0.07 0.85
23S 10 158 168 U:G cWW   Weak E 4.2 2.5 73.3 0.8   0.8 1.7           2.5     0.8 13.3 120 GC,CG,UA,GA GC,CG,UA,AU 5 6 3 0.55 0.56 0.93 1.5 0.93 0.94 0.53 0.68 0.0 0.4
23S 10 158 168 U:G cWW   Weak M 0.4     0.4             1.7           97.4 234   AU,CC 1 0 0 0.0 0.5 0.83 1.33 0.33 0.33 -0.15 -0.17 0.0 0.02
23S 16 274 363 C:G cWW   Weak T 2.3 3.7 4.7 0.2 0.3 2.2 1.3 1.9 0.6 0.8 1.3 0.5 0.8 0.1 0.7 2.6 76.1 872 GC,CG,UA,UG,UU GC,CG,UA,AU 32 17 4 0.16 0.32 0.46 0.78 0.46 0.56 -0.97 -0.85 0.16 0.2
23S 16 274 363 C:G cWW   Weak 3 2.9 6.0 7.5 0.4 0.4 3.5 1.7 3.1 1.0 1.2 2.1 0.8 1.4 0.2 1.2 3.9 62.9 518 GC,CG,UA,UG,AC,CC,UU CG,UA,GU,AC 27 14 4 0.2 0.32 0.46 0.78 0.45 0.56 -0.9 -0.96 0.22 0.3
23S 16 274 363 C:G cWW   Weak B 6.9 26.1 26.8 18.8 0.4 5.1 0.7           0.7     0.4 14.2 276 GC,CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU 8 2 1 0.2 0.88 0.92 1.79 0.92 0.98 -0.36 -0.38 0.01 0.73
23S 16 274 363 C:G cWW   Weak A 33.3 30.6 8.3     2.8         5.6   5.6   13.9     36 GC,CG,UA,UG,CC,GA,UC GC,CG,UA 4 4 1 0.25 0.58 0.72 1.31 0.72 0.75 0.44 0.59 0.0 0.88
23S 16 274 363 C:G cWW   Weak C 1.0 1.0 2.0       2.0 1.0   1.0           1.0 91.0 100 UA,AA GC,CG,UA 5 2 0 0.0 0.43 0.56 0.98 0.44 0.44 -0.85 -0.64 0.32 0.09
23S 16 274 363 C:G cWW   Weak E 0.5 2.9 15.7 0.5 1.0   3.4 7.8 1.0 2.9 4.4 2.0 0.5 0.5 0.5 9.8 46.6 204 CG,UA,AA,AC,CA,CC,CU,UU CG,UA,GU,AC 15 8 2 0.17 0.31 0.51 0.82 0.37 0.39 -0.64 -0.88 0.13 0.41
23S 16 274 363 C:G cWW   Weak M 1.6       0.4 0.4                   0.8 96.9 254   GC,UU 0 1 0 0.0 0.5 0.75 1.25 0.5 0.75 -0.23 -0.3 0.01 0.03
23S 18 281 359 C:G cWW   Weak T 6.2 5.6 3.1 7.4 4.5 2.8 1.6 7.5 0.8 0.6 0.9 2.0 0.7 1.5 0.7 2.5 51.7 869 GC,CG,UA,AU,GU,UG,AC,CU,UU CG,UA,GU,AC 41 56 13 0.27 0.32 0.43 0.75 0.46 0.61 -0.97 -0.87 0.09 0.4
23S 18 281 359 C:G cWW   Weak 3 9.7 8.5 3.5 8.5 7.4 4.1 1.9 12.4 1.4 0.6 1.6 3.1 0.6 2.3 0.6 2.5 31.4 516 GC,CG,UA,AU,GU,UG,AC,CU,GG,UU CG,UA,GU,AC 26 44 9 0.26 0.34 0.46 0.81 0.44 0.61 -0.79 -0.35 0.14 0.56
23S 18 281 359 C:G cWW   Weak B 9.1 9.4 3.3 15.2 12.3 7.6 3.6 22.8 2.5   1.4 1.4 1.1 2.9 0.4 5.1 1.9 276 GC,CG,UA,AU,GU,UG,AA,AC,AG,GG,UU CG,UA,GU,AC 15 22 5 0.27 0.33 0.49 0.82 0.38 0.58 0.08 0.03 0.01 0.83
23S 18 281 359 C:G cWW   Weak A 19.4 33.3 25.0 8.3 5.6           2.8       5.6     36 GC,CG,UA,AU,GU,CC,UC GC,CG,UA,AU 5 5 3 0.6 0.79 0.86 1.65 0.86 0.92 0.15 0.06 0.0 0.88
23S 18 281 359 C:G cWW   Weak C 4.0 1.0 6.1 17.2 1.0 2.0 2.0 1.0   2.0     3.0 1.0 2.0 9.1 48.3 99 GC,UA,AU,UG,AA,CA,GA,UC,UU GC,CG,UA,AU 14 9 3 0.26 0.32 0.55 0.87 0.55 0.61 -0.8 -0.62 0.05 0.49
23S 18 281 359 C:G cWW   Weak E 8.8 3.4   1.0 1.0         1.5 1.5 5.9   2.5   0.5 74.0 204 GC,CG,CU,GG GC,CU 6 17 1 0.09 0.34 0.57 0.91 0.51 0.55 -0.73 -0.56 0.35 0.2
23S 18 281 359 C:G cWW   Weak M   1.6 1.2 1.2   0.4 0.8         0.4     0.4   94.1 254   CG,UA,AU 1 3 1 0.5 0.55 0.67 1.21 0.67 0.73 -0.35 -0.35 0.0 0.05
23S 18 284 356 U:G cWW   Weak T 5.7 15.1 4.4 6.3 3.4 3.8 2.8 4.3 1.5 1.6 2.1 0.8 0.7 1.4 3.7 4.1 38.3 870 GC,CG,UA,AU,GU,UG,AA,AC,CC,UC,UU GC,CG,UA,AU 73 65 23 0.33 0.35 0.51 0.86 0.51 0.63 -0.91 -0.88 0.0 0.51
23S 18 284 356 U:G cWW   Weak 3 9.5 24.2 5.0 8.3 5.4 4.3 1.9 6.2 2.1 2.1 2.9 1.4 0.8 1.7 5.2 4.8 14.2 517 GC,CG,UA,AU,GU,UG,AC,AG,CA,CC,UC,UU GC,CG,UA,AU 49 44 17 0.37 0.37 0.55 0.92 0.55 0.66 -0.39 -0.3 0.01 0.7
23S 18 284 356 U:G cWW   Weak B 14.4 32.1 8.7 5.4 1.1 5.8 2.5 9.4 1.8 2.9 0.4 2.5 0.4   2.9 6.5 3.3 277 GC,CG,UA,AU,UG,AA,AC,CA,CU,UC,UU GC,CG,UA,AU 29 23 11 0.42 0.44 0.63 1.07 0.63 0.7 0.04 -0.07 0.02 0.82
23S 18 284 356 U:G cWW   Weak A   72.2 2.8 5.6 2.8 11.1       5.6               36 CG,UA,AU,GU,UG,CA CG,UA,AU 3 2 0 0.0 0.3 0.81 1.11 0.81 0.94 0.95 1.18 0.0 0.88
23S 18 284 356 U:G cWW   Weak C 1.0 4.0 9.1 11.1 2.0 10.1 12.1 5.1 2.0 3.0 2.0   2.0 2.0 4.0 7.1 23.2 99 CG,UA,AU,GU,UG,AA,AC,AG,CA,CC,GA,GG,UC,UU GU,UG,AA,CC 22 16 4 0.21 0.22 0.34 0.56 0.33 0.49 -0.48 -0.68 0.01 0.74
23S 18 284 356 U:G cWW   Weak E 4.4 5.4 1.0 12.7 11.8 1.0 1.5 2.9 2.9 0.5 6.4   1.5 4.4 9.3 3.4 30.9 204 GC,CG,AU,GU,AC,AG,CC,GG,UC,UU CG,AU,GA,UC 17 19 6 0.33 0.29 0.42 0.7 0.34 0.53 -0.71 -0.44 0.06 0.54
23S 18 284 356 U:G cWW   Weak M   0.8 1.2 0.4   0.4 0.8       0.4     0.4 0.4 1.6 93.7 254   CG,AA,UU 2 5 2 0.57 0.33 0.5 0.83 0.38 0.44 -0.34 -0.38 0.0 0.05
16S 12 292 308 G:C cWW   Weak T 74.5     6.4 7.4     0.3         0.2   0.1 0.2 10.6 7204 GC,AU,GU GC,AU 24 16 6 0.3 0.43 0.91 1.34 0.91 0.99 0.81 0.72 0.02 0.76
16S 12 292 308 G:C cWW   Weak 3 82.8     7.4 8.6     0.3         0.3   0.1 0.3   6174 GC,AU,GU GC,AU 19 12 2 0.13 0.43 0.9 1.33 0.9 0.99 1.55 1.33 0.0 0.86
16S 12 292 308 G:C cWW   Weak B 99.2     0.2 0.1     0.1     0.1       0.2     4920 GC GC,AU 4 4 1 0.25 0.33 0.99 1.33 0.99 1.0 1.93 1.95 0.0 0.84
16S 12 292 308 G:C cWW   Weak A 100.0                                 229 GC   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 2.0 2.0 0.0 0.87
16S 12 292 308 G:C cWW   Weak C 99.4             0.6                   167 GC   1 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.99 0.99 1.95 2.0 0.0 0.92
16S 12 292 308 G:C cWW   Weak E 0.3     43.2 51.6   0.1 1.3 0.1     0.1 1.5     1.8 0.1 1025 AU,GU GU,AC 15 8 1 0.09 0.03 0.0 0.03 0.44 0.95 0.87 1.76 0.0 0.97
16S 12 292 308 G:C cWW   Weak M 9.6   0.2 0.6   0.2                     89.2 871 GC GC,UA,AU 4 4 4 1.0 0.01 0.0 0.01 0.1 0.11 -0.31 -0.37 0.0 0.0
23S 18 293 347 U:A cWW   Weak T 6.1 1.4 35.2 2.7 1.1 2.4 2.8 1.1 1.5 2.4 0.6 1.0 1.8 1.5 2.1 1.8 34.7 888 GC,UA,AU,UG,AA,CA,UC GC,CG,UA,AU 52 48 20 0.4 0.34 0.69 1.03 0.69 0.75 -0.58 -0.56 0.01 0.56
23S 18 293 347 U:A cWW   Weak 3 10.1 1.9 50.7 1.5 1.1 3.7 2.8 1.3 2.2 1.9 0.9 1.5 2.2 2.2 3.6 1.7 10.6 534 GC,UA,UG,AA,AG,GA,GG,UC GC,UA,AG,CU 31 34 14 0.43 0.36 0.72 1.08 0.72 0.77 0.12 0.24 0.04 0.76

Next page

Advanced export

JSON shape: default, array, newline-delimited

CSV options: 

CREATE VIEW basepair_combined as
select f.molecule, f.helix_number, f.position_1, f.position_2,
       f.reference_base_pair, f.conformation, f.tertiary_type, f.strength, f.group_code,
       f.GC, f.CG, f.UA, f.AU, f.GU, f.UG, f.AA, f.AC, f.AG, f.CA, f.CC, f.CU, f.GA, f.GG, f.UC, f.UU, f.gap, f.Seq as sequences,
       f.predominant_types, f.covarying_types,
       s.Xch, s.Ych, s.PE, s.PES, s.Cov1, s.Cov3, s."C1+C3" as C1_C3,
       s.WC, s.WCGU, s.XCons, s.YCons, s.DfDel, s.PNuc
from basepair_frequency f
left join basepair_collective_score s
  on s.molecule = f.molecule and s.position_1 = f.position_1
 and s.position_2 = f.position_2 and s.group_code = f.group_code;