Base-pair statistics (frequencies and scores together) (view)

predominant_types
Base-pair types shown in bold in the published table (most frequent).
covarying_types
Base-pair types marked * in the published table (involved in a covariation).
sequences
Number of sequences in the group.

460 rows where conformation = "cWW", group_code = "M" and molecule = "16S" sorted by position_1

✎ View and edit SQL

This data as json, CSV (advanced)

Suggested facets: reference_base_pair, AG, GA, GG, DfDel

strength 4

tertiary_type 2

molecule 1

  • 16S · 460 ✖

group_code 1

conformation 1

  • cWW · 460 ✖
molecule helix_number position_1 ▼ position_2 reference_base_pair conformation tertiary_type strength group_code GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap sequences predominant_types covarying_types Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1_C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc
16S 1 9 25 G:C cWW   Strong M 9.5 0.5 1.1 83.8 1.4   0.3 2.3 0.3   0.6           0.3 662 GC,AU,AC GC,CG,UA,AU 14 18 9 0.56 0.69 0.95 1.65 0.95 0.96 1.3 1.28 0.0 0.57
16S 1 10 24 A:U cWW   Strong M 82.5 0.8 0.2 12.5 2.1     0.9     0.2       0.2 0.5 0.3 663 GC,AU,GU GC,CG,UA,AU 13 10 3 0.26 0.78 0.96 1.74 0.96 0.98 1.26 1.26 0.0 0.57
16S 1 11 23 G:C cWW   Strong M 68.9 0.5 2.1 5.4 0.5   0.2 21.3     0.2   0.2   0.5 0.2 0.3 666 GC,UA,AU,AC GC,CG,UA,AU 15 12 9 0.67 0.26 0.77 1.03 0.77 0.78 0.91 1.45 0.0 0.57
16S 1 12 22 U:G cWW   Strong M   1.9 5.1     62.0 1.0   0.3 28.4   0.1   0.1   0.6 0.3 669 UA,UG,CA UG,CA 23 18 3 0.15 0.75 0.91 1.66 0.07 0.69 0.97 0.99 0.0 0.57
16S 2 17 918 U:A cWW 3°: pseudoknot Strong M   0.4 97.3 0.4   0.1 0.3     0.1     0.1 0.1 0.3 0.3 0.3 672 UA CG,UA,AU 10 10 6 0.6 0.38 0.98 1.36 0.98 0.99 1.82 1.83 0.0 0.58
16S 2 18 917 C:G cWW 3°: pseudoknot Strong M 3.4 90.1 4.7 0.1   0.1 0.1   0.6 0.1     0.1     0.1 0.3 675 GC,CG,UA GC,CG,UA,AU 16 17 10 0.61 0.86 0.99 1.85 0.99 0.99 1.39 1.35 0.0 0.58
16S 2 19 916 A:U cWW 3°: pseudoknot Strong M 0.4 90.7 4.4 1.9   0.1 0.3   0.4 0.9   0.1   0.3     0.3 676 CG,UA GC,CG,UA,AU 12 13 5 0.4 0.75 0.98 1.73 0.98 0.98 1.46 1.52 0.0 0.58
16S 3 27 556 G:C cWW   Strong M 26.1 9.0 14.5 29.0 0.8 0.4 12.1 3.2 1.3 0.1 0.3 0.3 0.1 0.1 0.1 0.8 1.4 708 GC,CG,UA,AU,AA,AC GC,CG,UA,AU 34 66 18 0.36 0.71 0.8 1.51 0.8 0.81 0.2 0.04 0.01 0.6
16S 3 28 555 A:U cWW   Strong M 1.6 44.3 14.5 17.5 1.0 3.5 0.8 7.9   3.1 0.1 2.1 0.1   0.4 2.7 0.3 709 CG,UA,AU,UG,AC,CA,CU,UU GC,CG,UA,AU 39 68 23 0.43 0.61 0.78 1.39 0.78 0.83 0.36 0.21 0.0 0.61
16S 3 29 554 U:A cWW   Strong M 7.8 3.4 45.9 13.6 1.4 4.9 1.0 7.8 0.1 2.3 2.8 4.2 0.3   1.4 2.7 0.4 708 GC,CG,UA,AU,UG,AC,CA,CC,CU,UU GC,CG,UA,AU 57 76 20 0.3 0.46 0.71 1.17 0.71 0.77 0.32 0.25 0.0 0.61
16S 3 30 553 U:A cWW   Strong M 44.6 0.3 11.5 39.2 2.1 0.1 0.1 1.0   0.3   0.1   0.1   0.1 0.3 711 GC,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU 39 45 27 0.64 0.93 0.96 1.89 0.96 0.98 0.52 0.58 0.0 0.61
16S 3 32 552 A:U cWW   Strong M   1.1 84.3 12.5 0.1   0.3   0.3 0.3     0.1   0.1 0.4 0.4 712 UA,AU CG,UA,AU 10 14 7 0.58 0.89 0.98 1.87 0.98 0.98 1.27 1.33 0.0 0.61
16S 3 33 551 A:U cWW   Strong M 0.4 22.2 62.2 11.5 1.4   0.3     0.1     0.1     0.3 1.3 712 CG,UA,AU GC,CG,UA,AU 8 12 6 0.6 0.94 0.98 1.92 0.98 0.99 0.55 0.62 0.0 0.6
16S 3 34 550 C:G cWW   Strong M 6.7 11.3 2.9 71.0 3.2 0.6 0.3 2.4       0.1 0.1     0.7 0.6 714 GC,CG,UA,AU,GU,AC GC,CG,UA,AU 45 42 23 0.53 0.74 0.93 1.66 0.93 0.96 0.76 0.91 0.0 0.61
16S 3 35 549 G:C cWW   Weak M 12.1 0.4 1.8 31.0 44.2   0.3 8.2   0.4 0.1     0.1 0.5 0.5 0.3 733 GC,AU,GU,AC CG,UA,GU,AC 61 55 16 0.28 0.19 0.0 0.19 0.45 0.9 0.77 1.11 0.0 0.63
16S 3 36 548 C:G cWW   Strong M   35.6 57.1 0.4 0.1 4.6 0.4 0.1 0.1 1.0         0.1 0.1 0.3 736 CG,UA,UG CG,UA,AU 41 44 24 0.56 0.84 0.93 1.78 0.93 0.98 0.94 0.91 0.0 0.63
16S 4 39 403 G:C cWW   Weak M 8.0 1.3 67.2 6.3 0.8 1.1 1.1 0.4 0.1 4.6 0.8 0.8 0.1 0.1 0.7 5.5 1.1 747 GC,UA,AU,CA,UU GC,CG,UA,AU 70 60 21 0.32 0.49 0.84 1.33 0.84 0.86 0.76 0.62 0.0 0.64
16S 4 40 402 C:G cWW   Strong M 1.3 13.6 56.3 21.1 0.4 1.1 2.3 0.5 0.3 1.6   0.1 0.1     0.9 0.3 749 CG,UA,AU,AA GC,CG,UA,AU 54 53 31 0.58 0.83 0.93 1.76 0.93 0.94 0.5 0.51 0.0 0.64
16S 4 41 401 G:C cWW   Strong M 26.0 5.9 5.9 56.4 1.3 0.5 1.1 0.4 0.1 0.1     0.3 0.1 1.3 0.3 0.3 750 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU 48 48 35 0.73 0.87 0.94 1.81 0.94 0.96 0.47 0.45 0.0 0.65
16S 4 42 400 G:C cWW   Strong M 21.4 43.1 12.5 19.1 1.1 1.5 0.1     0.1 0.1 0.1 0.3       0.5 758 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU 37 42 30 0.76 0.94 0.97 1.91 0.97 0.99 0.1 0.1 0.0 0.65
16S 4 43 399 C:G cWW   Strong M 2.1 21.5 61.8 7.5 0.5 2.9 0.4 0.3   1.1 0.1   0.3   0.3 0.9 0.4 759 GC,CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU 58 64 43 0.7 0.82 0.93 1.75 0.93 0.97 0.65 0.59 0.0 0.65
16S 4 44 398 A:U cWW   Strong M 8.4 7.2 17.8 59.9   0.1 1.6 1.6 0.1 0.5 0.3 0.1 0.8 0.3 0.3 0.8 0.3 760 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU 45 53 27 0.55 0.84 0.94 1.77 0.94 0.94 0.48 0.47 0.0 0.65
16S 4 45 396 G:C cWW   Strong M 24.8 1.3 10.9 48.6 6.2 0.3 0.7 6.2           0.1 0.1 0.5 0.4 763 GC,UA,AU,GU,AC GC,CG,UA,AU 73 84 48 0.61 0.72 0.86 1.58 0.86 0.92 0.52 0.52 0.0 0.66
16S 4 46 395 G:C cWW   Strong M 21.6 0.4 0.9 63.8 4.7 0.3 0.1 5.7 0.3   0.3 0.7 0.3   0.1 0.5 0.4 768 GC,AU,GU,AC GC,CG,UA,AU 58 69 38 0.6 0.64 0.87 1.51 0.87 0.92 0.92 0.96 0.0 0.66
16S 5 47 361 C:G cWW 3°: base pair Strong M   10.2 1.4 19.9 1.3 0.1 0.1 5.6   0.3 10.6 26.0 0.5   0.9 22.4 0.7 773 CG,AU,AC,CC,CU,UU UA,AC,CU 72 41 13 0.23 0.1 0.0 0.1 0.32 0.33 0.35 0.71 0.0 0.66
16S 5 52 359 C:G cWW   Strong M 0.4 70.8 26.0 0.4   0.9       0.6 0.1     0.1     0.7 789 CG,UA GC,CG,UA,AU 28 31 22 0.75 0.94 0.98 1.92 0.98 0.99 1.02 1.04 0.0 0.68
16S 5 53 358 A:U cWW   Strong M   0.1   97.7 0.9 0.1 0.1 0.1               0.3 0.7 792 AU AU,UG 3 4 1 0.29 0.08 0.0 0.08 0.98 0.99 1.81 1.89 0.0 0.68
16S 5 54 357 C:G cWW   Weak M   96.6 0.1     2.1 0.1   0.3     0.1         0.6 791 CG,UG CG,AA 6 4 1 0.2 0.04 0.0 0.04 0.97 0.99 1.74 1.91 0.0 0.68
16S 5 56 356 U:A cWW   Weak M     98.6     0.3       0.5             0.6 793 UA   2 2 1 0.5 0.0 0.0 0.0 0.99 0.99 1.89 1.91 0.0 0.68
16S 5 57 355 G:C cWW   Strong M 97.5     0.5       0.7         0.5 0.1     0.7 824 GC GC,AU 3 5 2 0.5 0.27 0.99 1.25 0.99 0.99 1.83 1.84 0.0 0.7
16S 5 58 354 C:G cWW   Weak M 0.4 96.1 0.2 0.2   1.6 0.1   0.4         0.1   0.2 0.6 827 CG GC,CG,UA,AU 7 5 1 0.17 0.26 0.98 1.24 0.98 0.99 1.69 1.82 0.0 0.71
16S 6 61 106 G:C cWW   Strong M 81.9     13.8 1.4 0.1 0.2 0.6   0.1     0.1 0.2     1.3 828 GC,AU GC,AU,UG,CA 12 17 9 0.62 0.84 0.97 1.81 0.97 0.99 1.27 1.18 0.01 0.7
16S 6 62 105 U:G cWW   Weak M 1.0 4.7 4.0 1.3   68.2 0.5 1.8 1.0 6.8 3.9 0.1     0.8 1.0 4.7 827 CG,UA,UG,CA,CC UG,AC,CA 56 47 16 0.31 0.32 0.81 1.13 0.12 0.83 0.51 0.67 0.04 0.68
16S 6 63 104 C:G cWW   Strong M   8.9 1.7 0.7   0.1             0.1       88.4 867 CG CG,UA,AU 14 12 10 0.77 0.03 0.0 0.03 0.11 0.11 -0.4 -0.51 0.0 0.0
16S 6 66 103 A:U cWW   Strong M 0.1 0.2 0.7 10.2   0.2       0.2           0.1 88.0 830 AU GC,CG,UA,AU 9 7 7 0.88 0.01 0.0 0.01 0.11 0.12 -0.37 -0.38 0.0 0.0
16S 6 67 102 C:G cWW   Strong M 0.2 8.6 1.9 0.6   0.2 0.1                 0.1 88.1 830 CG GC,CG,UA,AU 10 8 7 0.78 0.03 0.0 0.03 0.11 0.12 -0.42 -0.42 0.0 0.0
16S 6 68 101 G:A cWW 3°: base pair Weak M 1.2   0.4 0.7 1.2       0.1       6.9 0.1   0.1 89.2 830 GA AU,GA 8 13 7 0.67 0.01 0.0 0.01 0.02 0.04 -0.33 -0.42 0.0 0.0
16S 6 69 99 G:C cWW   Strong M   0.2 4.6 0.5     0.5   3.3 0.1 0.1   0.1     0.4 90.3 830 UA,AG UA,AG,CC 13 3 3 0.38 0.04 0.0 0.04 0.05 0.05 -0.41 -0.4 0.0 0.0
16S 6 70 98 U:A cWW   Strong M 0.1 0.1 2.7 0.6 0.2       0.1 3.1         2.3 0.4 90.3 830 UA,CA,UC AU,CA,UC 10 6 4 0.5 0.03 0.0 0.03 0.04 0.04 -0.4 -0.41 0.0 0.0
16S 6 73 97 C:G cWW   Strong M   0.1 4.2 3.6     0.7   0.1     0.1       0.5 90.5 830 UA,AU CG,UA,AU 4 5 0 0.0 0.04 0.0 0.04 0.08 0.08 -0.36 -0.39 0.0 0.0
16S 6 74 96 A:U cWW   Strong M   0.6 2.9 0.4   3.1 0.2     0.1           1.9 90.7 830 UA,UG AU,UG,CA 6 4 2 0.4 0.01 0.0 0.01 0.04 0.07 -0.32 -0.41 0.0 0.0
16S 6 75 95 G:C cWW   Strong M   0.1 4.1 0.1   2.0 1.4 0.1 0.1       0.1     0.5 91.2 830 UA,UG CG,UA,AU 2 7 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.04 0.06 -0.32 -0.39 0.0 0.0
16S 6 76 93 G:U cWW   Strong M   2.3 0.2 3.0 0.1   0.2 0.5       0.1       1.2 92.3 830 CG,AU CG,UA,AU 1 2 1 0.67 0.03 0.0 0.03 0.06 0.06 -0.36 -0.37 0.0 0.0
16S 6 77 92 A:U cWW   Strong M 2.8   1.1 0.6 2.8   0.4             0.1     92.2 830 GC,GU GC,UA,AU 1 2 0 0.0 0.02 0.0 0.02 0.04 0.07 -0.31 -0.37 0.0 0.0
16S 6 78 91 A:U cWW   Strong M     3.1 0.8 1.8   0.5             0.1   0.1 93.4 830 UA UA,GU 2 1 0 0.0 0.02 0.0 0.02 0.04 0.06 -0.31 -0.35 0.0 0.0
16S 6 79 90 G:C cWW   Strong M   0.1 3.0 0.4         0.4       0.1 1.8   0.1 94.1 830 UA UA,AU,GG 2 1 1 0.67 0.02 0.0 0.02 0.04 0.04 -0.29 -0.31 0.0 0.0
16S 6 80 89 A:U cWW   Strong M 0.1   0.4 0.1     0.2 0.1   0.4 0.1   1.8     0.4 96.4 830   CC,GA,UU 1 1 0 0.0 0.01 0.0 0.01 0.01 0.01 -0.25 -0.21 0.0 0.0
16S 6 81 88 A:U cWW   Strong M 0.1   0.1 1.1 0.1   0.4 0.6 0.5 0.4           0.4 96.4 830   GC,AU,CA 2 2 0 0.0 0.01 0.0 0.01 0.01 0.01 -0.21 -0.23 0.0 0.0
16S 6 82 87 G:C cWW   Strong M   0.1 0.5 0.6   0.1     0.1 0.1     1.7 0.1   0.4 96.2 830   CG,AU,GA 3 2 1 0.4 0.01 0.0 0.01 0.01 0.01 -0.22 -0.21 0.0 0.0
16S 6.1 113 314 G:C cWW   Strong M 95.2 0.1 0.1   0.2   0.1 0.1 0.1       0.1     0.6 3.2 830 GC GC,CG,AA,UU 1 1 0 0.0 0.54 0.99 1.53 0.99 0.99 1.64 1.6 0.01 0.69
16S 6.1 114 313 U:A cWW   Strong M   0.5 94.7 0.2 0.1   0.2     0.1     0.1     1.2 2.7 830 UA CG,UA,AU 4 3 3 0.86 0.29 0.98 1.27 0.98 0.98 1.67 1.6 0.01 0.7
16S 6.1 115 312 G:C cWW   Strong M 94.9   0.4 0.2 0.2 0.1   0.1 0.2       1.0     0.1 2.6 830 GC GC,UA,AG 2 1 0 0.0 0.25 0.98 1.23 0.98 0.98 1.69 1.58 0.01 0.7
16S 7 122 239 G:U cWW   Strong M 71.9   7.4 4.2 7.5 0.4 1.2 2.2 0.5 0.1   0.1   0.1   0.1 4.3 829 GC,UA,AU,GU,AC GC,UA,AU 27 41 14 0.41 0.49 0.87 1.36 0.87 0.95 0.85 0.66 0.0 0.68
16S 7 123 238 U:A cWW   Strong M 0.5 84.0 2.8 4.7 0.5 0.1 0.5 0.1   2.2     0.2     0.1 4.3 830 CG,UA,AU,CA GC,CG,UA,AU 23 23 18 0.78 0.68 0.96 1.64 0.96 0.97 1.08 1.0 0.0 0.68
16S 7 124 237 C:G cWW   Strong M 3.0 82.8 1.6 3.5 0.2 0.4 0.2 0.2 0.1 0.1 0.1   0.4 0.1   2.9 4.3 830 GC,CG,AU,UU GC,CG,UA,AU 18 17 9 0.51 0.63 0.95 1.58 0.95 0.96 0.92 0.95 0.0 0.68
16S 7 125 236 U:A cWW   Strong M 0.8 81.2 4.6 1.7 0.5 2.9 0.4 2.6 0.1 0.2     0.1 0.2   0.1 4.4 831 CG,UA,UG,AC CG,UA,GU,AC 20 23 12 0.56 0.54 0.93 1.47 0.92 0.96 0.88 1.0 0.0 0.68
16S 7 126 235 G:C cWW   Strong M 0.8 3.4 70.0 5.9 2.6 2.2 1.8 0.1   4.9 0.2   0.5   0.5 1.1 5.8 831 CG,UA,AU,GU,UG,CA GC,CG,UA,AU 52 41 10 0.21 0.42 0.85 1.27 0.85 0.9 0.55 0.78 0.01 0.67
16S 7 127 234 G:C cWW   Strong M 4.6 7.9 40.8 2.9 0.8 7.3 6.5 0.6 0.2 14.9 3.4 0.7 0.7 0.1 0.5 0.6 7.4 831 GC,CG,UA,AU,UG,AA,CA,CC GC,CG,UA,AU 83 56 13 0.19 0.3 0.61 0.9 0.61 0.69 0.02 0.28 0.01 0.66
16S 7 128 233 G:C cWW   Strong M 5.8 1.2 22.0 9.7 1.1 1.8 10.5 10.2 2.2 6.4 1.3 1.1 2.6 0.2 7.7 2.2 13.9 831 GC,UA,AU,AA,AC,AG,CA,GA,UC,UU CG,UA,GU,AC 94 65 15 0.19 0.2 0.0 0.2 0.45 0.48 -0.14 -0.28 0.04 0.62
16S 7 129 232 A:G cWW 3°: base pair Strong M 3.1 0.5 3.0 15.6 1.0 0.6 20.6 16.7 7.5 2.6 1.6 0.8 2.2 0.6 3.0 5.3 15.4 832 GC,UA,AU,AA,AC,AG,CA,GA,UC,UU GC,CG,AA,UU 68 101 11 0.13 0.14 0.0 0.14 0.26 0.28 0.3 -0.49 0.04 0.61
16S 7 131 231 A:U cWW   Strong M 9.3 14.4 17.1 21.2 3.9 1.2 5.4 4.2 0.8 4.3 2.7 1.8 2.1 0.4 1.2 1.9 8.0 829 GC,CG,UA,AU,GU,AA,AC,CA,CC,GA GC,CG,UA,AU 99 101 28 0.28 0.58 0.68 1.25 0.68 0.73 -0.33 -0.31 0.0 0.66
16S 7 132 230 C:G cWW   Strong M 1.4 42.2 38.1 1.6 0.1 2.0 1.4 0.1   3.5   0.1 0.2     0.5 8.5 831 CG,UA,UG,CA GC,CG,UA,AU 68 59 35 0.55 0.84 0.91 1.75 0.91 0.94 0.26 0.29 0.0 0.66
16S 7 136 227 C:G cWW   Strong M   10.3   0.2           0.1     0.2 0.1     88.9 832 CG CG,AU,GA 3 51 2 0.07 0.01 0.0 0.01 0.11 0.11 -0.33 0.48 0.0 0.0
16S 7 137 226 U:G cWW   Strong M 0.1 1.0 6.9 0.2 2.2     0.1 0.1 0.1       0.2     89.0 832 UA,GU CG,UA,GU,AC 12 64 10 0.26 0.04 0.0 0.04 0.08 0.1 -0.44 -0.83 0.0 0.0
16S 7 138 225 G:C cWW   Strong M 0.4 0.4 5.4 4.8     0.1                   89.0 832 UA,AU GC,CG,UA,AU 9 15 9 0.75 0.06 0.0 0.06 0.11 0.11 -0.43 -0.48 0.0 0.0
16S 7 139 224 A:U cWW   Strong M 0.4 0.1 2.0 7.8 0.2                     0.5 88.9 832 UA,AU GC,CG,UA,AU 10 11 7 0.67 0.03 0.0 0.03 0.1 0.11 -0.41 -0.35 0.0 0.0
16S 7 140 223 U:A cWW   Strong M 0.1 2.6 1.6 5.6 0.5 0.1   0.1   0.1       0.1   0.1 88.9 832 CG,AU GC,CG,UA,AU 11 11 7 0.64 0.05 0.0 0.05 0.1 0.11 -0.47 -0.4 0.0 0.0
16S 7 141 222 G:C cWW   Strong M 1.4 0.2 0.6 8.3 0.2             0.1       0.1 88.9 831 AU GC,CG,UA,AU 10 9 7 0.74 0.03 0.0 0.03 0.11 0.11 -0.41 -0.35 0.0 0.0
16S 7 142 221 G:C cWW   Strong M 7.6 0.1 0.2 2.3 0.2 0.1 0.2   0.1     0.1         88.9 832 GC,AU GC,CG,UA,AU 8 10 8 0.89 0.03 0.0 0.03 0.1 0.11 -0.41 -0.37 0.0 0.0
16S 8 144 178 G:C cWW   Strong M 0.4 0.5 4.4 4.2   0.1 0.2     0.2   0.1 0.1     0.2 89.3 832 UA,AU GC,CG,UA,AU 10 6 3 0.38 0.05 0.0 0.05 0.1 0.1 -0.45 -0.43 0.0 0.0
16S 8 145 177 G:G cWW 3°: base pair Strong M   3.2 1.0 5.5 0.1 0.6           0.1       0.2 89.1 832 CG,AU CG,UA,AU 9 12 6 0.57 0.04 0.0 0.04 0.1 0.1 -0.45 -0.42 0.0 0.0
16S 8 146 176 G:C cWW   Strong M 4.1 0.5 0.6 2.3 2.6 0.2 0.1   0.1       0.2       89.1 832 GC,AU,GU GC,CG,UA,AU 10 11 6 0.57 0.04 0.0 0.04 0.07 0.1 -0.43 -0.46 0.0 0.0
16S 8 147 175 G:C cWW   Strong M 8.2 0.2 0.7 0.5 0.7   0.1                 0.1 89.3 832 GC GC,CG,UA,AU 8 9 3 0.35 0.02 0.0 0.02 0.1 0.1 -0.38 -0.4 0.0 0.0
16S 8 153 168 C:G cWW   Strong M     0.4       0.1                   99.4 832     0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 -0.07 -0.04 0.0 0.0
16S 8 154 167 U:A cWW   Strong M   0.1 0.1 0.1                         99.5 832   CG,UA,AU 0 1 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 -0.06 -0.05 0.0 0.0
16S 8 155 166 A:U cWW   Strong M     0.5 0.2 0.1 0.1                     99.0 832   UA,AU 1 2 1 0.67 0.0 0.0 0.0 0.01 0.01 -0.09 -0.09 0.0 0.0
16S 8 156 165 C:G cWW   Strong M     0.4 0.7   0.1 0.1                   98.6 832   UA,AU 1 2 1 0.67 0.0 0.0 0.0 0.01 0.01 -0.1 -0.11 0.0 0.0
16S 8 157 164 U:G cWW   Strong M     0.6 1.1     0.2             0.1     97.9 832   UA,AU,GG 3 3 3 1.0 0.01 0.0 0.01 0.02 0.02 -0.14 -0.14 0.0 0.0
16S 8 158 163 G:C cWW   Strong M 0.6 0.2 0.5 0.4 0.2             2.3       0.2 95.5 832 CU GC,UA,CU 5 5 2 0.4 0.01 0.0 0.01 0.02 0.02 -0.25 -0.25 0.0 0.0
16S 9 184 193 G:C cWW   Strong M 5.5 0.1 0.2 2.2 0.1 0.2 0.8 0.1 0.2       0.1       90.2 832 GC,AU GC,AU,UG 5 9 2 0.29 0.03 0.0 0.03 0.08 0.08 -0.45 -0.43 0.0 0.0
16S 9 185 192 U:A cWW   Strong M 3.2 2.4 0.5 2.4   0.4 0.6   0.1       0.1     0.1 90.0 832 GC,CG,AU GC,CG,UA,AU 7 9 5 0.62 0.06 0.0 0.06 0.09 0.09 -0.45 -0.48 0.0 0.0
16S 9 186 191 C:G cWW   Strong M 0.4 0.5 2.9 4.7   0.2 0.6   0.1       0.2 0.1     90.2 832 UA,AU GC,CG,UA,AU 9 9 5 0.56 0.04 0.0 0.04 0.08 0.09 -0.44 -0.46 0.0 0.0
16S 10 198 219 G:U cWW   Strong M 0.2   0.1 1.3 0.2         0.1           0.4 97.4 832   GC,AU,CA 2 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.02 0.02 -0.19 -0.15 0.0 0.0
16S 10 199 218 A:U cWW   Strong M     0.1 0.5 0.1   1.2 0.1     0.2           97.7 832   GU,AA,CC 1 1 1 1.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.01 -0.17 -0.17 0.0 0.0
16S 10 200 217 G:C cWW   Strong M   0.2 0.5 0.4 0.4 1.2                     97.3 832   GU,UG 2 2 2 1.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.03 -0.19 -0.17 0.0 0.0
16S 10 201 216 G:U cWW   Strong M     0.2 0.1 0.1     0.4 1.1 0.2       0.1   0.2 97.4 832   UA,GU,AG 3 2 2 0.8 0.01 0.0 0.01 0.0 0.01 -0.18 -0.17 0.0 0.0
16S 10 202 215 G:C cWW   Strong M     0.2 0.4     0.2           0.1 0.1     98.8 832   UA,AU,GG 1 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.01 -0.15 -0.1 0.0 0.0
16S 10 203 214 G:C cWW   Strong M       0.2 0.1   0.5 0.1   0.1             98.8 832   GU,AA 1 2 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 -0.14 -0.1 0.0 0.0
16S 10 206 213 C:G cWW   Strong M 0.1   0.2 0.2 0.1   0.2     0.2     0.1 0.2   0.2 98.2 832   UA,AU,GG 4 2 2 0.67 0.01 0.0 0.01 0.01 0.01 -0.14 -0.12 0.0 0.0
16S 10 207 212 C:G cWW   Strong M 0.1   0.5 0.6   0.2     0.1     0.1     0.1 0.1 98.0 832   GC,UA,AU 3 4 2 0.57 0.01 0.0 0.01 0.01 0.01 -0.13 -0.14 0.0 0.0
16S 11 240 286 G:C cWW   Strong M 77.5 4.3 1.8 10.8 0.7       0.1   0.1           4.5 832 GC,CG,AU GC,CG,UA,AU 17 16 13 0.79 0.95 0.99 1.94 0.99 1.0 0.78 0.76 0.0 0.68
16S 11 241 285 G:C cWW   Strong M 84.7   0.6 7.0 2.5 0.2   0.1     0.1         0.1 4.5 832 GC,AU,GU GC,UA,AU 27 33 22 0.73 0.71 0.97 1.68 0.97 1.0 1.19 1.11 0.0 0.68
16S 11 242 284 G:C cWW   Strong M 7.0 24.4 45.6 0.6 0.5 16.3 0.1     0.5   0.1 0.1 0.2     4.5 832 GC,CG,UA,UG GC,CG,UA,AU 64 65 32 0.5 0.64 0.81 1.45 0.81 0.99 0.44 0.33 0.0 0.68
16S 11 245 283 U:U cWW 3°: base pair Strong M 0.1   0.4 0.2 2.0 0.1 0.1 1.0     81.2       1.3 8.1 5.4 830 GU,CC,UU AA,CC,UU 16 8 3 0.25 0.61 0.94 1.56 0.01 0.03 0.91 1.06 0.0 0.68
16S 11 247 277 G:C cWW   Strong M 59.0 0.1 0.4 34.7 0.2   0.2       0.2 0.2         4.8 832 GC,AU GC,CG,UA,AU 10 10 7 0.7 0.97 0.99 1.96 0.99 0.99 0.64 0.66 0.0 0.68
16S 11 248 276 C:G cWW   Strong M 93.4 0.1 0.2 1.0 0.1 0.1                     5.0 832 GC GC,CG,UA,AU 9 10 9 0.95 0.85 1.0 1.84 1.0 1.0 1.48 1.49 0.0 0.68
16S 11 249 275 U:G cWW   Strong M 0.1 76.4 0.1 0.4   16.2 0.1   0.2 0.6 0.1 0.1   0.2     5.3 831 CG,UG GC,CG,UA,AU 28 12 4 0.2 0.03 0.0 0.03 0.81 0.98 0.88 1.48 0.0 0.68
16S 11 252 274 U:A cWW   Strong M 17.8   11.0 56.6 0.6 0.6 1.0 2.3 0.1 0.1 0.2 0.1     0.6 2.4 6.5 831 GC,UA,AU,AC,UU GC,UA,AU 41 44 23 0.54 0.78 0.91 1.7 0.91 0.93 0.3 0.3 0.0 0.67
16S 11 253 273 A:U cWW   Strong M 1.3 53.5 11.0 10.8 0.1   0.2   0.2 0.1 0.4   0.1 0.2 0.1   21.9 840 CG,UA,AU GC,CG,UA,AU 17 15 11 0.69 0.94 0.98 1.92 0.98 0.98 -0.21 -0.21 0.01 0.57
16S 11 254 272 G:C cWW   Strong M 10.2 2.6 16.4 7.0 0.4   0.1 0.4   0.5 0.5 0.1 0.1 0.1 0.1 0.5 61.1 853 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU 27 27 17 0.63 0.88 0.93 1.81 0.93 0.94 -0.9 -0.84 0.14 0.29

Next page

Advanced export

JSON shape: default, array, newline-delimited

CSV options: 

CREATE VIEW basepair_combined as
select f.molecule, f.helix_number, f.position_1, f.position_2,
       f.reference_base_pair, f.conformation, f.tertiary_type, f.strength, f.group_code,
       f.GC, f.CG, f.UA, f.AU, f.GU, f.UG, f.AA, f.AC, f.AG, f.CA, f.CC, f.CU, f.GA, f.GG, f.UC, f.UU, f.gap, f.Seq as sequences,
       f.predominant_types, f.covarying_types,
       s.Xch, s.Ych, s.PE, s.PES, s.Cov1, s.Cov3, s."C1+C3" as C1_C3,
       s.WC, s.WCGU, s.XCons, s.YCons, s.DfDel, s.PNuc
from basepair_frequency f
left join basepair_collective_score s
  on s.molecule = f.molecule and s.position_1 = f.position_1
 and s.position_2 = f.position_2 and s.group_code = f.group_code;