Base-pair statistics (frequencies and scores together) (view)

predominant_types
Base-pair types shown in bold in the published table (most frequent).
covarying_types
Base-pair types marked * in the published table (involved in a covariation).
sequences
Number of sequences in the group.

1,292 rows where conformation = "cWW" and group_code = "M" sorted by position_1

✎ View and edit SQL

This data as json, CSV (advanced)

Suggested facets: reference_base_pair, GG

strength 5

molecule 2

group_code 1

  • M · 1,292 ✖

conformation 1

  • cWW · 1,292 ✖
molecule helix_number position_1 ▼ position_2 reference_base_pair conformation tertiary_type strength group_code GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap sequences predominant_types covarying_types Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1_C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc
23S 1 1 2902 G:C cWW   Strong M 5.9   26.5 26.5 5.9 5.9 2.9 2.9             2.9 2.9 17.6 34 GC,UA,AU,GU,UG,AA,AC,UC,UU GC,UA,AU 6 9 5 0.67 0.58 0.71 1.29 0.71 0.86 -0.64 -0.71 0.02 0.09
23S 1 2 2901 G:C cWW   Strong M 14.7 2.9 17.6 23.5 5.9       2.9   2.9   5.9     5.9 17.6 34 GC,CG,UA,AU,GU,AG,CC,GA,UU GC,CG,UA,AU 9 7 4 0.5 0.6 0.71 1.31 0.71 0.79 -0.88 -0.77 0.02 0.09
23S 1 3 2900 U:A cWW   Strong M   2.9 23.5 47.1       2.9       2.9     2.9   17.6 34 CG,UA,AU,AC,CU,UC CG,UA,AU 4 6 7 1.0 0.75 0.89 1.64 0.89 0.89 -0.52 -0.49 0.02 0.09
23S 1 4 2899 U:A cWW   Strong M 8.8 2.9 29.4 23.5 2.9 2.9 5.9           2.9     2.9 17.6 34 GC,CG,UA,AU,GU,UG,AA,GA,UU GC,CG,UA,AU 7 5 4 0.67 0.67 0.79 1.45 0.79 0.86 -0.78 -0.68 0.02 0.09
23S 1 5 2898 A:U cWW   Strong M 8.8 5.9 11.8 35.3 2.9 5.9                 2.9 5.9 20.5 34 GC,CG,UA,AU,GU,UG,UC,UU GC,CG,UA,AU 8 7 5 0.67 0.6 0.78 1.38 0.78 0.89 -0.8 -0.71 0.01 0.09
23S 1 6 2897 A:U cWW   Strong M 5.9   29.4 26.5     5.9           5.9     5.9 20.5 34 GC,UA,AU,AA,GA,UU GC,UA,AU 8 6 7 1.0 0.65 0.78 1.43 0.78 0.78 -0.64 -0.47 0.01 0.09
23S 1 7 2896 G:C cWW   Strong M 5.9 5.9 14.7 38.2 5.9   2.9           5.9       20.5 34 GC,CG,UA,AU,GU,AA,GA GC,CG,UA,AU 8 5 5 0.77 0.64 0.81 1.46 0.81 0.89 -0.78 -0.62 0.01 0.09
23S 1 8 2895 C:G cWW   Weak M 2.9   29.4 20.6 5.9   5.9 5.9   2.9           5.9 20.6 34 GC,UA,AU,GU,AA,AC,CA,UU GC,UA,AU 5 4 1 0.22 0.47 0.67 1.14 0.67 0.74 -0.74 -0.53 0.02 0.09
16S 1 9 25 G:C cWW   Strong M 9.5 0.5 1.1 83.8 1.4   0.3 2.3 0.3   0.6           0.3 662 GC,AU,AC GC,CG,UA,AU 14 18 9 0.56 0.69 0.95 1.65 0.95 0.96 1.3 1.28 0.0 0.57
16S 1 10 24 A:U cWW   Strong M 82.5 0.8 0.2 12.5 2.1     0.9     0.2       0.2 0.5 0.3 663 GC,AU,GU GC,CG,UA,AU 13 10 3 0.26 0.78 0.96 1.74 0.96 0.98 1.26 1.26 0.0 0.57
16S 1 11 23 G:C cWW   Strong M 68.9 0.5 2.1 5.4 0.5   0.2 21.3     0.2   0.2   0.5 0.2 0.3 666 GC,UA,AU,AC GC,CG,UA,AU 15 12 9 0.67 0.26 0.77 1.03 0.77 0.78 0.91 1.45 0.0 0.57
16S 1 12 22 U:G cWW   Strong M   1.9 5.1     62.0 1.0   0.3 28.4   0.1   0.1   0.6 0.3 669 UA,UG,CA UG,CA 23 18 3 0.15 0.75 0.91 1.66 0.07 0.69 0.97 0.99 0.0 0.57
23S 2 15 525 G:U cWW   Strong M 44.2 0.4 2.7 32.3 8.0 0.4 4.0 0.4 2.2       0.4   0.4   4.4 226 GC,UA,AU,GU,AA,AG GC,CG,UA,AU 17 24 14 0.68 0.69 0.83 1.52 0.83 0.92 0.49 -0.03 0.05 0.69
23S 2 16 524 C:G cWW   Strong M 3.5 69.7 8.8 8.8 1.3 1.8 1.3 0.4                 4.4 228 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU 12 14 9 0.69 0.81 0.95 1.76 0.95 0.98 0.46 0.22 0.05 0.7
16S 2 17 918 U:A cWW 3°: pseudoknot Strong M   0.4 97.3 0.4   0.1 0.3     0.1     0.1 0.1 0.3 0.3 0.3 672 UA CG,UA,AU 10 10 6 0.6 0.38 0.98 1.36 0.98 0.99 1.82 1.83 0.0 0.58
23S 2 17 523 G:C cWW   Strong M 7.9 0.4 0.9 5.3 4.8     0.4   0.4     0.4     0.4 79.0 228 GC,AU,GU GC,CG,UA,AU 8 13 4 0.38 0.5 0.69 1.19 0.69 0.92 -0.61 0.35 0.49 0.15
16S 2 18 917 C:G cWW 3°: pseudoknot Strong M 3.4 90.1 4.7 0.1   0.1 0.1   0.6 0.1     0.1     0.1 0.3 675 GC,CG,UA GC,CG,UA,AU 16 17 10 0.61 0.86 0.99 1.85 0.99 0.99 1.39 1.35 0.0 0.58
23S 2 18 522 U:A cWW   Strong M 1.3 7.9 5.3 4.4     0.4             0.4     80.2 228 CG,UA,AU GC,CG,UA,AU 8 20 8 0.57 0.93 0.96 1.88 0.96 0.96 -0.69 0.21 0.5 0.14
16S 2 19 916 A:U cWW 3°: pseudoknot Strong M 0.4 90.7 4.4 1.9   0.1 0.3   0.4 0.9   0.1   0.3     0.3 676 CG,UA GC,CG,UA,AU 12 13 5 0.4 0.75 0.98 1.73 0.98 0.98 1.46 1.52 0.0 0.58
23S 2 19 521 A:U cWW   Strong M 0.4 3.5 3.9 10.1 0.4                     0.9 80.7 228 CG,UA,AU GC,CG,UA,AU 5 15 6 0.6 0.86 0.93 1.79 0.93 0.95 -0.64 -0.2 0.48 0.14
23S 2 20 520 C:G cWW   Strong M   2.2 11.0 5.3 0.4                       81.1 228 CG,UA,AU CG,UA,AU 9 11 10 1.0 0.94 0.98 1.92 0.98 1.0 -0.6 -0.61 0.05 0.14
23S 2 21 519 A:U cWW   Strong M 0.4 1.3 5.7 6.1   3.1     0.4             0.9 82.1 228 UA,AU,UG GC,CG,UA,AU 9 10 9 0.95 0.63 0.76 1.39 0.76 0.93 -0.58 -0.67 0.05 0.13
23S 2 22 518 C:G cWW   Strong M 3.1 3.1 0.9 4.4   5.7 0.4           0.4       81.9 228 GC,CG,AU,UG GC,AU,UG 6 8 3 0.43 0.61 0.73 1.34 0.63 0.95 -0.67 -0.72 0.05 0.13
23S 2 23 517 G:C cWW   Strong M 4.8 1.3 3.9 7.5     0.4                   82.0 228 GC,UA,AU GC,CG,UA,AU 6 7 6 0.92 0.96 0.98 1.93 0.98 0.98 -0.64 -0.68 0.06 0.13
23S 2 24 516 G:C cWW   Strong M 3.5     14.0                         82.4 228 GC,AU GC,AU 3 5 2 0.5 1.0 1.0 2.0 1.0 1.0 -0.45 -0.57 0.06 0.13
16S 3 27 556 G:C cWW   Strong M 26.1 9.0 14.5 29.0 0.8 0.4 12.1 3.2 1.3 0.1 0.3 0.3 0.1 0.1 0.1 0.8 1.4 708 GC,CG,UA,AU,AA,AC GC,CG,UA,AU 34 66 18 0.36 0.71 0.8 1.51 0.8 0.81 0.2 0.04 0.01 0.6
16S 3 28 555 A:U cWW   Strong M 1.6 44.3 14.5 17.5 1.0 3.5 0.8 7.9   3.1 0.1 2.1 0.1   0.4 2.7 0.3 709 CG,UA,AU,UG,AC,CA,CU,UU GC,CG,UA,AU 39 68 23 0.43 0.61 0.78 1.39 0.78 0.83 0.36 0.21 0.0 0.61
16S 3 29 554 U:A cWW   Strong M 7.8 3.4 45.9 13.6 1.4 4.9 1.0 7.8 0.1 2.3 2.8 4.2 0.3   1.4 2.7 0.4 708 GC,CG,UA,AU,UG,AC,CA,CC,CU,UU GC,CG,UA,AU 57 76 20 0.3 0.46 0.71 1.17 0.71 0.77 0.32 0.25 0.0 0.61
16S 3 30 553 U:A cWW   Strong M 44.6 0.3 11.5 39.2 2.1 0.1 0.1 1.0   0.3   0.1   0.1   0.1 0.3 711 GC,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU 39 45 27 0.64 0.93 0.96 1.89 0.96 0.98 0.52 0.58 0.0 0.61
23S 2 30 510 G:C cWW 3°: base pair Strong M 10.0 0.4 2.2 4.8 0.4                     0.4 81.6 229 GC,UA,AU GC,CG,UA,AU 26 8 5 0.29 0.9 0.95 1.85 0.95 0.98 0.02 -0.6 0.64 0.14
23S 3 31 474 C:G cWW   Strong M 26.0 8.2 21.2 7.4   0.4 2.6 1.3 0.9 16.5 0.9   6.9 0.4 0.4 1.3 5.6 231 GC,CG,UA,AU,AA,CA,GA GC,CG,UA,AU 37 20 14 0.49 0.54 0.67 1.2 0.67 0.67 -0.18 -0.1 0.02 0.7
16S 3 32 552 A:U cWW   Strong M   1.1 84.3 12.5 0.1   0.3   0.3 0.3     0.1   0.1 0.4 0.4 712 UA,AU CG,UA,AU 10 14 7 0.58 0.89 0.98 1.87 0.98 0.98 1.27 1.33 0.0 0.61
23S 3 32 473 C:G cWW   Strong M   79.3 3.9 2.6 0.4 1.7 0.4     4.3 0.4 0.4     0.4 0.4 5.6 232 CG,UA,AU,CA CG,UA,AU 13 13 7 0.54 0.43 0.91 1.34 0.91 0.93 1.07 0.63 0.02 0.7
16S 3 33 551 A:U cWW   Strong M 0.4 22.2 62.2 11.5 1.4   0.3     0.1     0.1     0.3 1.3 712 CG,UA,AU GC,CG,UA,AU 8 12 6 0.6 0.94 0.98 1.92 0.98 0.99 0.55 0.62 0.0 0.6
16S 3 34 550 C:G cWW   Strong M 6.7 11.3 2.9 71.0 3.2 0.6 0.3 2.4       0.1 0.1     0.7 0.6 714 GC,CG,UA,AU,GU,AC GC,CG,UA,AU 45 42 23 0.53 0.74 0.93 1.66 0.93 0.96 0.76 0.91 0.0 0.61
16S 3 35 549 G:C cWW   Weak M 12.1 0.4 1.8 31.0 44.2   0.3 8.2   0.4 0.1     0.1 0.5 0.5 0.3 733 GC,AU,GU,AC CG,UA,GU,AC 61 55 16 0.28 0.19 0.0 0.19 0.45 0.9 0.77 1.11 0.0 0.63
23S 4 35 445 G:C cWW   Strong M 85.0     3.9   0.9 0.9                 0.9 8.5 233 GC,AU GC,AU,UG 11 9 7 0.7 0.73 0.98 1.72 0.97 0.98 1.12 0.68 0.08 0.68
16S 3 36 548 C:G cWW   Strong M   35.6 57.1 0.4 0.1 4.6 0.4 0.1 0.1 1.0         0.1 0.1 0.3 736 CG,UA,UG CG,UA,AU 41 44 24 0.56 0.84 0.93 1.78 0.93 0.98 0.94 0.91 0.0 0.63
23S 4 36 444 G:C cWW   Strong M 7.7 73.0 1.7 6.0 0.9   0.4     0.4     0.9       9.0 233 GC,CG,AU GC,CG,UA,AU 10 10 7 0.7 0.86 0.97 1.83 0.97 0.98 0.57 0.2 0.08 0.68
23S 4 37 442 C:G cWW   Strong M 1.3 48.5 31.3 4.3   3.4 0.4     0.4             10.3 233 CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU 20 16 14 0.78 0.9 0.95 1.85 0.95 0.99 0.27 -0.06 0.09 0.67
23S 4 38 441 A:U cWW   Strong M 0.4 42.9 26.6 14.2 1.3 2.1 0.9     0.9   0.4         10.2 233 CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU 17 19 15 0.83 0.88 0.94 1.82 0.94 0.98 0.03 -0.24 0.09 0.67
16S 4 39 403 G:C cWW   Weak M 8.0 1.3 67.2 6.3 0.8 1.1 1.1 0.4 0.1 4.6 0.8 0.8 0.1 0.1 0.7 5.5 1.1 747 GC,UA,AU,CA,UU GC,CG,UA,AU 70 60 21 0.32 0.49 0.84 1.33 0.84 0.86 0.76 0.62 0.0 0.64
23S 4 39 440 G:C cWW   Strong M 3.4 1.3 18.5 28.3     5.2 6.0   0.9 3.4 2.6 1.3     1.7 27.5 233 GC,UA,AU,AA,AC,CC,CU GC,CG,UA,AU 24 33 20 0.7 0.49 0.69 1.19 0.71 0.71 -0.48 -0.62 0.08 0.54
16S 4 40 402 C:G cWW   Strong M 1.3 13.6 56.3 21.1 0.4 1.1 2.3 0.5 0.3 1.6   0.1 0.1     0.9 0.3 749 CG,UA,AU,AA GC,CG,UA,AU 54 53 31 0.58 0.83 0.93 1.76 0.93 0.94 0.5 0.51 0.0 0.64
23S 4 40 439 U:A cWW   Strong M 1.3 0.4 10.7 7.7 0.4                       79.3 233 UA,AU GC,CG,UA,AU 6 7 6 0.92 0.96 0.98 1.94 0.98 1.0 -0.64 -0.64 0.04 0.15
16S 4 41 401 G:C cWW   Strong M 26.0 5.9 5.9 56.4 1.3 0.5 1.1 0.4 0.1 0.1     0.3 0.1 1.3 0.3 0.3 750 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU 48 48 35 0.73 0.87 0.94 1.81 0.94 0.96 0.47 0.45 0.0 0.65
23S 4 41 438 C:G cWW   Strong M 2.1 0.9 6.4 7.7 0.4 0.4                     82.0 233 GC,UA,AU GC,CG,UA,AU 7 5 5 0.83 0.92 0.95 1.87 0.95 1.0 -0.66 -0.62 0.07 0.14
16S 4 42 400 G:C cWW   Strong M 21.4 43.1 12.5 19.1 1.1 1.5 0.1     0.1 0.1 0.1 0.3       0.5 758 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU 37 42 30 0.76 0.94 0.97 1.91 0.97 0.99 0.1 0.1 0.0 0.65
23S 4 42 437 A:U cWW   Strong M 3.0 0.9 2.1 11.6                         82.5 233 GC,UA,AU GC,CG,UA,AU 6 5 5 0.91 1.0 1.0 2.0 1.0 1.0 -0.61 -0.55 0.08 0.13
16S 4 43 399 C:G cWW   Strong M 2.1 21.5 61.8 7.5 0.5 2.9 0.4 0.3   1.1 0.1   0.3   0.3 0.9 0.4 759 GC,CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU 58 64 43 0.7 0.82 0.93 1.75 0.93 0.97 0.65 0.59 0.0 0.65
23S 4 43 436 G:C cWW   Strong M 4.7   4.7 8.2           0.4             82.0 233 GC,UA,AU GC,UA,AU 7 6 6 0.92 0.96 0.98 1.93 0.98 0.98 -0.64 -0.58 0.08 0.14
16S 4 44 398 A:U cWW   Strong M 8.4 7.2 17.8 59.9   0.1 1.6 1.6 0.1 0.5 0.3 0.1 0.8 0.3 0.3 0.8 0.3 760 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU 45 53 27 0.55 0.84 0.94 1.77 0.94 0.94 0.48 0.47 0.0 0.65
23S 4 44 434 A:U cWW   Strong M 2.1   7.3 6.0   0.4               0.9   1.3 81.9 233 GC,UA,AU GC,UA,AU 10 9 7 0.74 0.76 0.86 1.62 0.86 0.88 -0.62 -0.61 0.07 0.14
16S 4 45 396 G:C cWW   Strong M 24.8 1.3 10.9 48.6 6.2 0.3 0.7 6.2           0.1 0.1 0.5 0.4 763 GC,UA,AU,GU,AC GC,CG,UA,AU 73 84 48 0.61 0.72 0.86 1.58 0.86 0.92 0.52 0.52 0.0 0.66
23S 4 45 433 G:C cWW   Strong M 0.9 0.4 6.0 8.6   0.9   0.4             0.4 0.4 81.9 233 UA,AU GC,CG,UA,AU 9 9 7 0.78 0.77 0.88 1.65 0.88 0.93 -0.57 -0.59 0.07 0.14
16S 4 46 395 G:C cWW   Strong M 21.6 0.4 0.9 63.8 4.7 0.3 0.1 5.7 0.3   0.3 0.7 0.3   0.1 0.5 0.4 768 GC,AU,GU,AC GC,CG,UA,AU 58 69 38 0.6 0.64 0.87 1.51 0.87 0.92 0.92 0.96 0.0 0.66
23S 4.1 46 179 G:C cWW   Strong M 1.7   0.4 1.7     1.3   0.4 1.3     2.1   0.4 2.1 88.3 233 GA,UU AG,GA,UU 9 6 5 0.67 0.27 0.41 0.68 0.33 0.33 -0.63 -0.49 0.08 0.09
16S 5 47 361 C:G cWW 3°: base pair Strong M   10.2 1.4 19.9 1.3 0.1 0.1 5.6   0.3 10.6 26.0 0.5   0.9 22.4 0.7 773 CG,AU,AC,CC,CU,UU UA,AC,CU 72 41 13 0.23 0.1 0.0 0.1 0.32 0.33 0.35 0.71 0.0 0.66
23S 4.1 47 178 C:G cWW   Strong M 0.4   0.4 0.9 2.1                       96.1 233 GU UA,GU 5 1 1 0.33 0.25 0.67 0.92 0.44 1.0 -0.51 -0.26 0.08 0.03
16S 5 52 359 C:G cWW   Strong M 0.4 70.8 26.0 0.4   0.9       0.6 0.1     0.1     0.7 789 CG,UA GC,CG,UA,AU 28 31 22 0.75 0.94 0.98 1.92 0.98 0.99 1.02 1.04 0.0 0.68
16S 5 53 358 A:U cWW   Strong M   0.1   97.7 0.9 0.1 0.1 0.1               0.3 0.7 792 AU AU,UG 3 4 1 0.29 0.08 0.0 0.08 0.98 0.99 1.81 1.89 0.0 0.68
16S 5 54 357 C:G cWW   Weak M   96.6 0.1     2.1 0.1   0.3     0.1         0.6 791 CG,UG CG,AA 6 4 1 0.2 0.04 0.0 0.04 0.97 0.99 1.74 1.91 0.0 0.68
23S 5 54 116 G:C cWW   Strong M 7.3 0.4 1.7 4.3                         86.3 233 GC,AU GC,CG,UA,AU 9 7 7 0.88 1.0 1.0 2.0 1.0 1.0 -0.58 -0.54 0.02 0.1
23S 5 55 115 G:C cWW   Strong M 9.9 0.9   1.7 0.9       0.4       0.4       85.8 233 GC GC,CG,AU 6 3 2 0.44 0.6 0.88 1.48 0.88 0.94 -0.5 -0.48 0.03 0.11
16S 5 56 356 U:A cWW   Weak M     98.6     0.3       0.5             0.6 793 UA   2 2 1 0.5 0.0 0.0 0.0 0.99 0.99 1.89 1.91 0.0 0.68
23S 5 56 114 A:U cWW   Strong M 1.3   1.7 7.7   1.3 0.9 0.4 0.4             0.4 85.9 233 AU GC,UA,AU 7 6 6 0.92 0.47 0.76 1.22 0.76 0.85 -0.55 -0.54 0.02 0.11
16S 5 57 355 G:C cWW   Strong M 97.5     0.5       0.7         0.5 0.1     0.7 824 GC GC,AU 3 5 2 0.5 0.27 0.99 1.25 0.99 0.99 1.83 1.84 0.0 0.7
23S 6 57 70 C:G cWW   Strong M 0.9 9.0 1.3 4.7     0.4     0.4             83.3 233 CG,AU GC,CG,UA,AU 6 5 6 1.0 0.89 0.95 1.84 0.95 0.95 -0.57 -0.58 0.0 0.12
16S 5 58 354 C:G cWW   Weak M 0.4 96.1 0.2 0.2   1.6 0.1   0.4         0.1   0.2 0.6 827 CG GC,CG,UA,AU 7 5 1 0.17 0.26 0.98 1.24 0.98 0.99 1.69 1.82 0.0 0.71
23S 6 58 69 G:C cWW   Strong M 10.3   3.0 1.3 0.4   0.4 1.3                 83.3 233 GC,UA GC,UA,AU 2 4 2 0.67 0.67 0.87 1.54 0.87 0.9 -0.54 -0.51 0.0 0.12
23S 6 59 68 U:G cWW   Strong M   3.9 6.0 4.3   1.7 0.4 0.4                 83.3 233 CG,UA,AU CG,UA,AU 6 6 6 1.0 0.76 0.85 1.61 0.85 0.95 -0.57 -0.6 0.0 0.12
16S 6 61 106 G:C cWW   Strong M 81.9     13.8 1.4 0.1 0.2 0.6   0.1     0.1 0.2     1.3 828 GC,AU GC,AU,UG,CA 12 17 9 0.62 0.84 0.97 1.81 0.97 0.99 1.27 1.18 0.01 0.7
23S 6.1 61 93 C:G cWW 3°: pseudoknot Strong M     0.4 0.9     1.3   0.9   0.4   0.9 0.9 0.4 2.6 91.5 233 UU AA,CC,GG,UU 9 6 5 0.67 0.43 0.6 1.03 0.15 0.15 -0.55 -0.5 0.02 0.06
16S 6 62 105 U:G cWW   Weak M 1.0 4.7 4.0 1.3   68.2 0.5 1.8 1.0 6.8 3.9 0.1     0.8 1.0 4.7 827 CG,UA,UG,CA,CC UG,AC,CA 56 47 16 0.31 0.32 0.81 1.13 0.12 0.83 0.51 0.67 0.04 0.68
23S 6.1 62 92   cWW 3°: pseudoknot Strong M   0.4 0.9 2.1 0.4 1.3 2.1       0.9 0.9 0.4 0.4   2.1 88.0 233 AU,AA,UU AU,UG,CC,GA 9 6 3 0.4 0.35 0.46 0.81 0.29 0.43 -0.59 -0.53 0.02 0.09
16S 6 63 104 C:G cWW   Strong M   8.9 1.7 0.7   0.1             0.1       88.4 867 CG CG,UA,AU 14 12 10 0.77 0.03 0.0 0.03 0.11 0.11 -0.4 -0.51 0.0 0.0
23S 6.1 64 90 A:U cWW 3°: pseudoknot Significant M   0.4 0.4 2.1 0.4   0.4 0.4 1.7   0.9 0.9 1.3     1.3 89.7 233 AU AU,CC,GA 6 6 2 0.33 0.26 0.42 0.68 0.29 0.33 -0.57 -0.5 0.03 0.08
23S 6.1 65 89 U:A cWW 3°: pseudoknot Strong M 0.4 0.4 0.4 1.3     0.4 0.4 1.3 0.4     2.6       92.1 233 GA AG,GA 6 4 2 0.4 0.25 0.5 0.75 0.33 0.33 -0.49 -0.46 0.01 0.06
16S 6 66 103 A:U cWW   Strong M 0.1 0.2 0.7 10.2   0.2       0.2           0.1 88.0 830 AU GC,CG,UA,AU 9 7 7 0.88 0.01 0.0 0.01 0.11 0.12 -0.37 -0.38 0.0 0.0
23S 6.1 66 88 C:G cWW 3°: pseudoknot Weak M 0.4   0.9 1.7 0.4       2.6   0.4   0.9     0.9 91.7 233 AG UA,GU,AG,CC 3 4 1 0.29 0.39 0.58 0.96 0.37 0.42 -0.48 -0.47 0.02 0.06
16S 6 67 102 C:G cWW   Strong M 0.2 8.6 1.9 0.6   0.2 0.1                 0.1 88.1 830 CG GC,CG,UA,AU 10 8 7 0.78 0.03 0.0 0.03 0.11 0.12 -0.42 -0.42 0.0 0.0
16S 6 68 101 G:A cWW 3°: base pair Weak M 1.2   0.4 0.7 1.2       0.1       6.9 0.1   0.1 89.2 830 GA AU,GA 8 13 7 0.67 0.01 0.0 0.01 0.02 0.04 -0.33 -0.42 0.0 0.0
16S 6 69 99 G:C cWW   Strong M   0.2 4.6 0.5     0.5   3.3 0.1 0.1   0.1     0.4 90.3 830 UA,AG UA,AG,CC 13 3 3 0.38 0.04 0.0 0.04 0.05 0.05 -0.41 -0.4 0.0 0.0
16S 6 70 98 U:A cWW   Strong M 0.1 0.1 2.7 0.6 0.2       0.1 3.1         2.3 0.4 90.3 830 UA,CA,UC AU,CA,UC 10 6 4 0.5 0.03 0.0 0.03 0.04 0.04 -0.4 -0.41 0.0 0.0
16S 6 73 97 C:G cWW   Strong M   0.1 4.2 3.6     0.7   0.1     0.1       0.5 90.5 830 UA,AU CG,UA,AU 4 5 0 0.0 0.04 0.0 0.04 0.08 0.08 -0.36 -0.39 0.0 0.0
16S 6 74 96 A:U cWW   Strong M   0.6 2.9 0.4   3.1 0.2     0.1           1.9 90.7 830 UA,UG AU,UG,CA 6 4 2 0.4 0.01 0.0 0.01 0.04 0.07 -0.32 -0.41 0.0 0.0
16S 6 75 95 G:C cWW   Strong M   0.1 4.1 0.1   2.0 1.4 0.1 0.1       0.1     0.5 91.2 830 UA,UG CG,UA,AU 2 7 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.04 0.06 -0.32 -0.39 0.0 0.0
16S 6 76 93 G:U cWW   Strong M   2.3 0.2 3.0 0.1   0.2 0.5       0.1       1.2 92.3 830 CG,AU CG,UA,AU 1 2 1 0.67 0.03 0.0 0.03 0.06 0.06 -0.36 -0.37 0.0 0.0
23S 7 76 110 C:G cWW   Strong M 2.1 3.8 5.1 0.4   0.9 0.9   0.4             0.4 86.0 234 GC,CG,UA GC,CG,UA,AU 8 5 2 0.31 0.71 0.82 1.53 0.82 0.88 -0.61 -0.55 0.02 0.11
16S 6 77 92 A:U cWW   Strong M 2.8   1.1 0.6 2.8   0.4             0.1     92.2 830 GC,GU GC,UA,AU 1 2 0 0.0 0.02 0.0 0.02 0.04 0.07 -0.31 -0.37 0.0 0.0
23S 7 77 109 G:C cWW   Strong M 1.3 4.3 3.8 3.8   0.9                     86.0 234 CG,UA,AU GC,CG,UA,AU 8 7 7 0.93 0.91 0.94 1.85 0.94 1.0 -0.62 -0.57 0.02 0.11
16S 6 78 91 A:U cWW   Strong M     3.1 0.8 1.8   0.5             0.1   0.1 93.4 830 UA UA,GU 2 1 0 0.0 0.02 0.0 0.02 0.04 0.06 -0.31 -0.35 0.0 0.0
23S 7 78 108 U:G cWW   Strong M 1.3   2.6 9.4 0.4   0.4                   85.9 234 UA,AU GC,UA,AU 4 5 4 0.89 0.82 0.94 1.76 0.94 0.97 -0.5 -0.47 0.02 0.11
16S 6 79 90 G:C cWW   Strong M   0.1 3.0 0.4         0.4       0.1 1.8   0.1 94.1 830 UA UA,AU,GG 2 1 1 0.67 0.02 0.0 0.02 0.04 0.04 -0.29 -0.31 0.0 0.0
23S 7 79 107 C:G cWW   Strong M 1.3 0.9 6.8 3.4   1.7                     85.8 234 UA,AU GC,CG,UA,AU 4 5 2 0.44 0.77 0.88 1.64 0.88 1.0 -0.59 -0.55 0.02 0.11
16S 6 80 89 A:U cWW   Strong M 0.1   0.4 0.1     0.2 0.1   0.4 0.1   1.8     0.4 96.4 830   CC,GA,UU 1 1 0 0.0 0.01 0.0 0.01 0.01 0.01 -0.25 -0.21 0.0 0.0
23S 7 80 106 G:C cWW   Strong M 3.8 1.3 1.7 6.4 0.9 0.4                     85.4 234 GC,AU GC,CG,UA,AU 9 7 7 0.88 0.84 0.91 1.75 0.91 1.0 -0.6 -0.56 0.02 0.11
16S 6 81 88 A:U cWW   Strong M 0.1   0.1 1.1 0.1   0.4 0.6 0.5 0.4           0.4 96.4 830   GC,AU,CA 2 2 0 0.0 0.01 0.0 0.01 0.01 0.01 -0.21 -0.23 0.0 0.0
23S 7 81 105 G:C cWW   Strong M 4.3 0.4 2.6 3.0 0.4 0.9 0.4 0.4                 87.6 234 GC,UA,AU GC,CG,UA,AU 6 2 2 0.5 0.74 0.83 1.56 0.83 0.93 -0.56 -0.57 0.0 0.09
16S 6 82 87 G:C cWW   Strong M   0.1 0.5 0.6   0.1     0.1 0.1     1.7 0.1   0.4 96.2 830   CG,AU,GA 3 2 1 0.4 0.01 0.0 0.01 0.01 0.01 -0.22 -0.21 0.0 0.0

Next page

Advanced export

JSON shape: default, array, newline-delimited

CSV options: 

CREATE VIEW basepair_combined as
select f.molecule, f.helix_number, f.position_1, f.position_2,
       f.reference_base_pair, f.conformation, f.tertiary_type, f.strength, f.group_code,
       f.GC, f.CG, f.UA, f.AU, f.GU, f.UG, f.AA, f.AC, f.AG, f.CA, f.CC, f.CU, f.GA, f.GG, f.UC, f.UU, f.gap, f.Seq as sequences,
       f.predominant_types, f.covarying_types,
       s.Xch, s.Ych, s.PE, s.PES, s.Cov1, s.Cov3, s."C1+C3" as C1_C3,
       s.WC, s.WCGU, s.XCons, s.YCons, s.DfDel, s.PNuc
from basepair_frequency f
left join basepair_collective_score s
  on s.molecule = f.molecule and s.position_1 = f.position_1
 and s.position_2 = f.position_2 and s.group_code = f.group_code;