Base-pair statistics (frequencies and scores together) (view)

predominant_types
Base-pair types shown in bold in the published table (most frequent).
covarying_types
Base-pair types marked * in the published table (involved in a covariation).
sequences
Number of sequences in the group.

38 rows where conformation = "cWW", group_code = "E" and molecule = "5S" sorted by position_1

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Suggested facets: helix_number, reference_base_pair, CG, UA, AU, GU, UG, AA, AC, AG, CA, CC, CU, GA, GG, UC, UU, gap, sequences, predominant_types, covarying_types

strength 2

molecule 1

group_code 1

conformation 1

  • cWW · 38 ✖

tertiary_type 0

molecule helix_number position_1 ▼ position_2 reference_base_pair conformation tertiary_type strength group_code GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap sequences predominant_types covarying_types Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1_C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc
5S 1 1 119 U:A cWW   Strong E                                 100.0 1                              
5S 1 2 118 G:C cWW   Strong E                                 100.0 1                              
5S 1 3 117 C:G cWW   Strong E 49.7 0.3 0.7 46.2 1.7   0.3 1.0                   292 GC,AU GC,CG,UA,AU                          
5S 1 4 116 C:G cWW   Strong E 15.1 35.4 10.0 1.7 10.7 9.6   0.3 0.3         1.7   14.4 0.7 291 GC,CG,UA,GU,UG,UU GC,CG,UU                          
5S 1 5 115 U:A cWW   Strong E 14.3 46.8 13.3 18.1 0.7 4.4 0.3     0.7       0.3   0.3 0.7 293 GC,CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU                          
5S 1 6 114 G:C cWW   Strong E 4.1 11.9 69.0 12.6   0.3 0.3 0.7             0.3 0.3 0.3 294 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU                          
5S 1 7 113 G:C cWW   Strong E 25.9 0.3 8.8 63.9           0.3     0.3       0.3 294 GC,UA,AU GC,CG,UA,AU                          
5S 1 8 112 C:G cWW   Strong E 3.4 94.9     0.3 0.7         0.3     0.3       295 GC,CG GC,CG                          
5S 1 9 111 G:U cWW   Strong E 24.1 0.7 0.3 1.0 72.1     0.3         1.0   0.3     294 GC,GU CG,UA,GU,AC                          
5S 1 10 110 G:C cWW   Strong E 55.3 1.0 5.4 26.8 8.5     2.0   0.3         0.3 0.3   295 GC,UA,AU,GU,AC GC,CG,UA,AU                          
5S 2 16 68 G:C cWW   Strong E 22.8 65.3 11.9                             294 GC,CG,UA GC,CG,UA                          
5S 2 17 67 C:G cWW   Strong E 16.6 61.0 13.2 6.8   1.0       0.7       0.7       295 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU                          
5S 2 18 65 G:U cWW   Strong E 9.8 7.1 7.5 73.2 0.3 0.3 0.7 0.7     0.3             295 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU                          
5S 2 19 64 C:G cWW   Strong E 15.0 49.8 14.7 16.4 1.0     0.3 0.3 1.0 1.0     0.3       293 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU                          
5S 2 20 63 G:C cWW   Strong E 45.1 34.8 8.9 7.2 1.7 0.3   1.7             0.3     293 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU                          
5S 2 21 62 G:C cWW   Strong E 15.0 32.3 25.9 17.3 1.7 6.1     0.3 0.7   0.3   0.3       294 GC,CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU                          
5S 2 22 61 U:G cWW   Strong E 12.6 18.7 50.7 11.9 0.7 3.7   0.3 0.7   0.3       0.3     294 GC,CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU                          
5S 2 23 60 G:C cWW   Strong E 78.0 0.3   1.7 0.7 0.3   2.7 0.3   0.7 0.3 0.3   13.5 0.3 0.7 296 GC,AC,UC GC,CG,AU                          
5S 2 28 56 C:G cWW   Strong E 0.3       0.7 1.0   0.7   0.3 4.7 75.5     14.8 1.7 0.3 298 CC,CU,UC CU,UC                          
5S 2 29 55 A:U cWW   Strong E 12.1   6.7 80.2 0.3     0.3                 0.3 298 GC,UA,AU GC,UA,AU                          
5S 2 30 54 C:G cWW   Strong E 5.7 91.9 1.7 0.3                   0.3       298 GC,CG GC,CG,UA,AU                          
5S 2 31 51 C:G cWW   Strong E 10.7 81.5 4.0 0.7 0.3 0.3 0.3       0.3 1.7           298 GC,CG,UA GC,CG,UA,AU                          
5S 2 32 50 U:A cWW   Strong E 70.4 16.5 2.7 10.1   0.3                       297 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU                          
5S 2 33 49 G:C cWW   Strong E 56.7 33.6 5.0 2.3   2.0               0.3       298 GC,CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU                          
5S 2 34 48 A:U cWW   Strong E 4.4   31.5 63.4                     0.3   0.3 298 GC,UA,AU GC,UA,AU                          
5S 3 70 106 C:G cWW   Strong E 9.4 84.5 3.4 2.0   0.7                       297 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU                          
5S 3 71 105 C:G cWW   Strong E 17.9 56.4 13.5 3.7 2.0 6.4                       296 GC,CG,UA,AU,GU,UG GC,CG,UA,AU                          
5S 3 72 104 G:A cWW   Strong E 12.1 27.2 30.2 18.5 1.7 9.7         0.3         0.3   298 GC,CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU                          
5S 3 73 103 A:U cWW   Strong E 63.0 5.7 2.0 26.9 2.0 0.3                       297 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU                          
5S 3 74 102 U:G cWW   Strong E 72.5 4.0 0.3 3.0 0.7 0.3   17.4       1.0       0.7   298 GC,CG,AU,AC GC,CG,UA,AU                          
5S 3 79 97 G:C cWW   Strong E 16.1 80.9 2.7         0.3                   298 GC,CG,UA GC,CG,UA                          
5S 3 80 96 U:G cWW   Significant E 0.7 14.8     0.3 80.9           0.3     0.3 2.7   298 CG,UG,UU GC,UG,CU                          
5S 3 81 95 G:U cWW   Strong E 22.1 3.0 6.4 26.8 4.4     6.0               31.2   298 GC,CG,UA,AU,GU,AC,UU GC,CG,UU                          
5S 3 82 94 U:A cWW   Strong E 47.1 21.5 15.2 12.5 2.4 0.7     0.3   0.3             297 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU                          
5S 3 83 93 G:C cWW   Strong E 86.6 5.0 0.3 6.0 1.0           0.3     0.3     0.3 298 GC,CG,AU GC,CG,UA,AU                          
5S 3 84 92 G:C cWW   Strong E   0.3 1.3 10.1 0.7   0.7 1.7 29.9     0.3 51.0 4.0       298 AU,AG,GA,GG AG,CU,GA                          
5S 3 85 91 G:C cWW   Strong E 88.9 6.4 0.7 1.0 2.0 0.3   0.3             0.3     298 GC,CG,GU GC,CG,UA,AU                          
5S 3 86 90 G:C cWW   Strong E 94.0 1.0   5.0                           298 GC,AU GC,CG,AU                          

Advanced export

JSON shape: default, array, newline-delimited

CSV options: 

CREATE VIEW basepair_combined as
select f.molecule, f.helix_number, f.position_1, f.position_2,
       f.reference_base_pair, f.conformation, f.tertiary_type, f.strength, f.group_code,
       f.GC, f.CG, f.UA, f.AU, f.GU, f.UG, f.AA, f.AC, f.AG, f.CA, f.CC, f.CU, f.GA, f.GG, f.UC, f.UU, f.gap, f.Seq as sequences,
       f.predominant_types, f.covarying_types,
       s.Xch, s.Ych, s.PE, s.PES, s.Cov1, s.Cov3, s."C1+C3" as C1_C3,
       s.WC, s.WCGU, s.XCons, s.YCons, s.DfDel, s.PNuc
from basepair_frequency f
left join basepair_collective_score s
  on s.molecule = f.molecule and s.position_1 = f.position_1
 and s.position_2 = f.position_2 and s.group_code = f.group_code;