Base-pair statistics (frequencies and scores together) (view)

predominant_types
Base-pair types shown in bold in the published table (most frequent).
covarying_types
Base-pair types marked * in the published table (involved in a covariation).
sequences
Number of sequences in the group.

89 rows where conformation = "cWW", group_code = "C" and strength = "Weak" sorted by position_1

✎ View and edit SQL

This data as json, CSV (advanced)

Suggested facets: reference_base_pair, GC, CG, GU, UG, AA, AC, AG, CA, CC, CU, GA, GG, UC, UU, gap, sequences, covarying_types, Xch, Ych, PE, PES, Cov3, WCGU, DfDel

tertiary_type 2

molecule 2

strength 1

  • Weak · 89 ✖

group_code 1

conformation 1

  • cWW · 89 ✖
molecule helix_number position_1 ▼ position_2 reference_base_pair conformation tertiary_type strength group_code GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap sequences predominant_types covarying_types Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1_C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc
23S 1 8 2895 C:G cWW   Weak C 2.3 6.8 56.8 2.3   2.3 9.1     20.5               44 GC,CG,UA,AU,UG,AA,CA GC,CG,UA,AU 4 4 1 0.25 0.26 0.68 0.94 0.68 0.7 0.57 1.32 0.0 0.43
16S 3 35 549 G:C cWW   Weak C 86.8       13.2                         136 GC,GU   0 6 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.87 1.0 2.0 1.43 0.0 0.75
16S 4 39 403 G:C cWW   Weak C 98.1     0.6 0.6                   0.6     154 GC GC,AU 1 3 1 0.5 0.33 0.99 1.32 0.99 0.99 1.89 1.81 0.0 0.85
16S 5 54 357 C:G cWW   Weak C   100.0                               158 CG   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 2.0 2.0 0.0 0.87
16S 5 56 356 U:A cWW   Weak C     100.0                             158 UA   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 2.0 2.0 0.0 0.87
16S 5 58 354 C:G cWW   Weak C   100.0                               158 CG   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 2.0 2.0 0.0 0.87
16S 6 62 105 U:G cWW   Weak C           99.4                     0.6 162 UG   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 2.0 1.94 0.01 0.89
23S 6.1 66 88 C:G cWW 3°: pseudoknot Weak C   92.7 3.1               1.0       2.1   1.0 96 CG,UA,UC CG,UA 2 2 1 0.5 0.5 0.97 1.47 0.97 0.97 1.66 1.51 0.01 0.92
16S 6 68 101 G:A cWW 3°: base pair Weak C 1.8   2.4 0.6 0.6               92.7 1.8       164 UA,GA AU,GA 4 5 1 0.22 0.08 0.0 0.08 0.05 0.06 1.78 1.65 0.0 0.9
23S 10 158 168 U:G cWW   Weak C 1.0   11.1 4.0   41.4 7.1 2.0 14.1 5.1         2.0 1.0 11.1 99 UA,AU,UG,AA,AC,AG,CA,UC GC,UG,AA 6 13 3 0.32 0.17 0.0 0.17 0.18 0.65 0.17 0.32 0.07 0.85
23S 16 274 363 C:G cWW   Weak C 1.0 1.0 2.0       2.0 1.0   1.0           1.0 91.0 100 UA,AA GC,CG,UA 5 2 0 0.0 0.43 0.56 0.98 0.44 0.44 -0.85 -0.64 0.32 0.09
23S 18 281 359 C:G cWW   Weak C 4.0 1.0 6.1 17.2 1.0 2.0 2.0 1.0   2.0     3.0 1.0 2.0 9.1 48.3 99 GC,UA,AU,UG,AA,CA,GA,UC,UU GC,CG,UA,AU 14 9 3 0.26 0.32 0.55 0.87 0.55 0.61 -0.8 -0.62 0.05 0.49
23S 18 284 356 U:G cWW   Weak C 1.0 4.0 9.1 11.1 2.0 10.1 12.1 5.1 2.0 3.0 2.0   2.0 2.0 4.0 7.1 23.2 99 CG,UA,AU,GU,UG,AA,AC,AG,CA,CC,GA,GG,UC,UU GU,UG,AA,CC 22 16 4 0.21 0.22 0.34 0.56 0.33 0.49 -0.48 -0.68 0.01 0.74
16S 12 292 308 G:C cWW   Weak C 99.4             0.6                   167 GC   1 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.99 0.99 1.95 2.0 0.0 0.92
23S 18 293 347 U:A cWW   Weak C   1.0 40.0 8.0     9.0 2.0 1.0 11.0   1.0 3.0 1.0   3.0 20.0 100 UA,AU,AA,AC,CA,GA,UU UA,AU,GG 17 10 5 0.37 0.23 0.61 0.84 0.61 0.61 0.12 0.16 0.14 0.78
23S 20 327 335 G:C cWW   Weak C 96.0     1.0                         3.0 100 GC GC,AU 0 0 0 0.0 1.0 1.0 2.0 1.0 1.0 1.74 1.67 0.01 0.94
16S 14 342 347 C:G cWW   Weak C   93.3 1.2     4.2     0.6             0.6   165 CG,UG CG,UA 7 3 1 0.2 0.18 0.0 0.18 0.94 0.99 1.62 1.85 0.0 0.91
23S 21 378 396 C:G cWW   Weak C   4.0   3.0   91.0     2.0                 100 CG,AU,UG,AG AU,UG 3 1 1 0.5 0.33 0.94 1.27 0.07 0.98 1.47 1.81 0.0 0.97
23S 21 382 392 A:U cWW   Weak C       40.0 57.0     2.0                 1.0 100 AU,GU,AC GU,AC 10 0 0 0.0 0.05 0.0 0.05 0.4 0.98 0.93 1.76 0.0 0.96
16S 16 406 436 G:C cWW   Weak C 98.1   0.6                   0.6     0.6   162 GC GC,UA 2 3 1 0.4 0.33 0.99 1.32 0.99 0.99 1.91 1.85 0.0 0.89
16S 16 416 427 G:U cWW   Weak C 41.1     6.7 44.2 0.6   1.8               4.9 0.6 163 GC,AU,GU,UU GU,UG,AC 11 7 3 0.33 0.04 0.0 0.04 0.48 0.93 1.2 0.96 0.01 0.89
16S 16 419 424 C:G cWW   Weak C   84.8 2.4 0.6   10.3       0.6 0.6           0.6 165 CG,UA,UG CG,UA,AU 10 7 4 0.47 0.21 0.88 1.09 0.88 0.99 1.33 1.63 0.0 0.9
23S 25 538 555 A:G cWW 3°: base pair Weak C       1.0     5.0   94.0                 100 AA,AG   0 2 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.01 2.0 1.63 0.0 0.97
23S 25.1 564 577 C:G cWW   Weak C   100.0                               100 CG   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 2.0 2.0 0.0 0.97
16S 19.1 571 865 U:A cWW 3°: pseudoknot Weak C     98.8                         0.6 0.6 162 UA   0 1 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.99 0.99 1.94 1.89 0.01 0.89
16S 20 584 757 G:U cWW   Weak C 0.6     0.6 98.8                         165 GU   1 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 1.0 1.95 1.95 0.0 0.91
16S 21 594 645 U:G cWW   Weak C 0.6 7.1 49.7 9.5   14.8 3.0 4.1   9.5         0.6 1.2   169 CG,UA,AU,UG,AA,AC,CA GC,CG,UA,AU 15 15 3 0.2 0.34 0.67 1.01 0.67 0.82 0.71 0.53 0.0 0.93
16S 21 597 643 G:C cWW   Weak C 91.8   1.8 3.5     0.6 1.8             0.6     170 GC,AU GC,UA,AU 3 4 2 0.57 0.64 0.97 1.61 0.97 0.97 1.52 1.62 0.0 0.93
23S 27 600 657 G:U cWW   Weak C       2.0 98.0                         100 AU,GU   1 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.02 1.0 1.86 2.0 0.0 0.97
16S 21 605 633 U:G cWW   Weak C     2.9 2.4   90.6 1.2   0.6 0.6           0.6 1.2 170 UA,AU,UG AU,UG,CA 2 3 0 0.0 0.36 0.95 1.3 0.05 0.97 1.64 1.42 0.01 0.92
23S 31 641 647 U:G cWW   Weak C   2.0 8.0     86.0           2.0       2.0   100 CG,UA,UG,CU,UU UG,CU 2 7 1 0.22 0.14 0.0 0.14 0.1 0.96 1.76 1.36 0.0 0.97
16S 22 658 748 C:G cWW   Weak C 2.4 0.6 6.0 25.6 2.4 0.6 9.5 31.0 1.2     3.0 7.7 3.0   7.1   168 GC,UA,AU,GU,AA,AC,CU,GA,GG,UU CG,AC,GA,UU 14 19 4 0.24 0.22 0.46 0.69 0.34 0.38 0.64 0.23 0.0 0.92
16S 22 666 740 G:U cWW   Weak C       5.4 94.0                       0.6 167 AU,GU   3 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.05 1.0 1.65 1.94 0.01 0.91
23S 32 671 809 C:G cWW   Weak C   98.0                             2.0 100 CG   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 2.0 1.82 0.02 0.95
16S 23 677 713 U:G cWW   Weak C   1.8 75.7     18.9     0.6 1.8           0.6 0.6 169 UA,UG CG,UA 4 14 2 0.22 0.07 0.0 0.07 0.78 0.97 1.73 1.14 0.01 0.92
16S 23 684 706 U:A cWW   Weak C     86.9 1.8 0.6   7.1         3.6           168 UA,AA,CU UA,CU 3 3 2 0.67 0.27 0.91 1.18 0.89 0.89 1.3 1.67 0.0 0.92
23S 33 695 767 G:U cWW   Weak C     2.0 1.0 96.0                     1.0   100 UA,GU UA,GU 3 1 1 0.5 0.5 0.98 1.48 0.03 0.99 1.73 1.86 0.0 0.97
23S 34 707 724 G:U cWW   Weak C 4.0     7.0 87.0     1.0               1.0   100 GC,AU,GU GU,AC 5 1 0 0.0 0.08 0.0 0.08 0.11 0.98 1.52 1.71 0.0 0.97
23S 37 826 831 U:G cWW   Weak C     1.0     96.0               1.0     2.0 100 UG   1 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.99 1.92 1.74 0.02 0.95
16S 26 832 854 G:U cWW   Weak C 1.8 0.6   14.6 80.5 0.6           0.6       0.6 0.6 164 AU,GU CG,GU 9 3 2 0.33 0.03 0.0 0.03 0.17 0.99 1.17 1.72 0.01 0.9
16S 26.1 861 868 G:C cWW   Weak C 89.6     1.8       1.2     4.9       0.6   1.8 164 GC,CC GC,AU 8 2 2 0.4 0.21 0.93 1.15 0.93 0.93 1.3 1.87 0.02 0.89
16S 28 925 1391 G:U cWW   Weak C 0.6       99.4                         154 GU   0 1 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 1.0 2.0 1.95 0.0 0.85
16S 28 935 1380 A:U cWW   Weak C       97.4 0.6   0.6   0.6               0.6 154 AU   1 2 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.98 0.99 1.95 1.82 0.01 0.84
16S 29 942 1341 G:U cWW   Weak C       1.9 91.2     1.9               1.2 3.8 160 GU GU,AC 5 1 1 0.33 0.38 0.97 1.34 0.02 0.97 1.38 1.87 0.03 0.85
16S 30 950 1231 U:G cWW   Weak C   1.9 1.9     95.0                     1.2 160 UG   2 3 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.04 1.0 1.87 1.75 0.01 0.87
23S 42 1051 1108 G:U cWW   Weak C       83.0 14.0       1.0               2.0 100 AU,GU   2 1 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.85 0.99 1.37 1.74 0.02 0.95
16S 34 1052 1206 U:G cWW   Weak C           100.0                       163 UG   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 2.0 1.95 0.0 0.9
16S 34 1058 1199 G:U cWW   Weak C         99.4                       0.6 161 GU   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.93 2.0 0.01 0.88
23S 46 1215 1234 G:U cWW   Weak C       2.0 96.0                     2.0   100 AU,GU,UU   3 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.02 0.98 1.72 2.0 0.0 0.97
16S 41 1255 1282 G:C cWW   Weak C 81.5   4.2 5.4 4.8   3.0               0.6   0.6 168 GC,UA,AU,GU,AA GC,UA,AU 6 5 2 0.36 0.53 0.92 1.45 0.92 0.96 1.25 1.11 0.0 0.92
16S 44 1401 1501 G:C cWW   Weak C 100.0                                 142 GC   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 2.0 2.0 0.0 0.78
23S 54 1415 1587 U:G cWW   Weak C 29.0 1.0 45.0 13.0   2.0 1.0     1.0     1.0   2.0 2.0 3.0 100 GC,UA,AU,UG,UC,UU GC,CG,UA,AU 12 4 1 0.12 0.83 0.91 1.73 0.91 0.93 0.37 0.24 0.01 0.94
16S 44 1425 1475 U:G cWW   Weak C   50.7 26.0 2.0 0.7 15.3 0.7   0.7 2.0     0.7     0.7 0.7 150 CG,UA,AU,UG,CA CG,UA,AU 13 16 4 0.28 0.57 0.79 1.37 0.79 0.95 0.69 0.91 0.01 0.82
16S 44 1435 1466 G:C cWW   Weak C 74.3   3.3 6.6     5.9 6.6 0.7     0.7 1.3       0.7 152 GC,UA,AU,AA,AC GC,UA,AU 9 9 2 0.22 0.4 0.85 1.24 0.85 0.85 0.97 1.1 0.01 0.83
23S 56 1436 1556 G:C cWW   Weak C 19.0 1.0 1.0 13.0 61.0 1.0             2.0       2.0 100 GC,AU,GU,GA CG,UA,GU 7 7 2 0.29 0.05 0.0 0.05 0.35 0.98 1.05 0.81 0.0 0.95
23S 56 1440 1551 U:A cWW   Weak C 9.0   2.0 32.0 5.0   9.0 5.0 2.0 3.0 1.0 4.0   1.0   2.0 25.0 100 GC,UA,AU,GU,AA,AC,AG,CA,CU,UU GC,AU,CA 10 13 5 0.43 0.28 0.59 0.87 0.57 0.64 0.21 -0.32 0.09 0.73
16S 44 1442 1460 G:C cWW   Weak C 8.4 58.4 14.3   0.6 1.9     0.6 1.3 0.6   2.6 0.6   1.9 8.3 154 GC,CG,UA,GA GC,CG,UA 0 14 0 0.0 0.69 0.89 1.57 0.89 0.92 0.32 0.23 0.01 0.78
23S 57 1445 1466 G:U cWW   Weak C 2.0 9.0   3.0 27.0                       59.0 100 GC,CG,AU,GU CG,GU 8 2 2 0.4 0.64 0.88 1.52 0.34 1.0 -0.29 -0.58 0.38 0.4
23S 58 1468 1524 U:G cWW   Weak C 46.0   3.0 2.0 3.0 3.0   1.0 1.0 1.0 2.0 6.0 7.0   1.0 12.0 12.0 100 GC,UA,AU,GU,UG,CC,CU,GA,UU GC,AG,CA,UU 6 8 1 0.14 0.33 0.68 1.01 0.58 0.65 0.04 -0.09 0.0 0.85
23S 58 1478 1513 G:U cWW   Weak C 21.0   4.0 4.0 41.0   2.0 1.0 1.0       5.0 8.0     13.0 100 GC,UA,AU,GU,AA,GA,GG UA,GU,AC 8 11 2 0.21 0.11 0.0 0.11 0.33 0.81 0.59 -0.18 0.02 0.84
23S 58 1481 1510 U:G cWW   Weak C     7.0       1.0     1.0       2.0     89.0 100 UA,GG UA,GG 7 0 0 0.0 0.5 0.82 1.32 0.64 0.64 -0.21 -0.46 0.0 0.0
23S 58 1483 1506 G:U cWW   Weak C   1.0 1.0   3.0 3.0 1.0 1.0   2.0     42.0 3.0   1.0 42.0 100 GU,UG,CA,GA,GG UG,AC,GA 12 3 1 0.13 0.25 0.79 1.04 0.03 0.14 -0.17 -0.37 0.15 0.56
16S 45 1511 1524 G:C cWW   Weak C 75.7 1.9     20.4             1.9           103 GC,GU GC,CG 2 7 1 0.22 0.08 0.0 0.08 0.78 0.98 1.76 1.06 0.0 0.57
16S 45 1512 1523 U:G cWW   Weak C           100.0                       114 UG   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 2.0 2.0 0.0 0.63
23S 63 1707 1751 G:U cWW   Weak C 27.7     21.8 49.5     1.0                   101 GC,AU,GU GU,AC 8 16 5 0.42 0.02 0.0 0.02 0.49 0.99 1.23 1.14 0.0 0.98
23S 64 1770 1982 G:U cWW   Weak C 3.0     1.0 93.1               1.0       2.0 101 GC,GU   1 2 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.04 0.99 1.74 1.73 0.02 0.96
23S 68 1835 1905 G:C cWW   Weak C 100.0                                 101 GC   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 2.0 2.0 0.0 0.98
23S 68 1841 1901 U:A cWW   Weak C     100.0                             101 UA   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 2.0 2.0 0.0 0.98
23S 68 1842 1898 G:U cWW   Weak C 1.0       99.0                         101 GU   0 1 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 1.0 2.0 1.92 0.0 0.98
23S 68 1851 1891 U:G cWW   Weak C           100.0                       101 UG   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 2.0 2.0 0.0 0.98
23S 69 1907 1923 G:U cWW   Weak C         100.0                         101 GU   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 2.0 2.0 0.0 0.98
23S 71 1945 1961 G:C cWW   Weak C 100.0                                 101 GC   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 2.0 2.0 0.0 0.98
23S 71 1947 1959 C:G cWW   Weak C 1.0 99.0                               101 CG GC,CG 0 0 0 0.0 1.0 1.0 2.0 1.0 1.0 1.92 1.92 0.0 0.98
23S 73 2056 2612 G:C cWW   Weak C             96.2   3.8                 52 AA,AG   0 1 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 2.0 1.77 0.0 0.51
23S 74 2065 2445 C:G cWW   Weak C   100.0                               99 CG   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 2.0 2.0 0.0 0.96
23S 75 2077 2243 A:U cWW   Weak C       99.0               1.0           100 AU   1 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.99 0.99 1.92 2.0 0.0 0.97
23S 76 2100 2189 G:U cWW   Weak C     1.0 7.9 90.1             1.0           101 AU,GU UA,GU 6 1 1 0.29 0.1 0.0 0.1 0.09 0.99 1.44 1.92 0.0 0.98
23S 76 2109 2180 U:U cWW 3°: base pair Weak C       1.0               1.0     1.0 97.0   101 UU   2 1 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.01 1.84 1.92 0.0 0.98
23S 77 2120 2178 G:C cWW   Weak C 2.0     7.9 90.1                         101 GC,AU,GU   4 1 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.1 1.0 1.6 1.86 0.0 0.98
23S 78 2136 2155 G:U cWW   Weak C 21.8 4.0 3.0 20.8 36.6 1.0 2.0     2.0     4.0 1.0   2.0 2.0 101 GC,CG,UA,AU,GU,AA,CA,GA,UU CG,UA,GU 9 16 5 0.4 0.11 0.0 0.11 0.51 0.89 0.46 0.33 0.0 0.96
23S 78 2143 2148 C:G cWW   Weak C           95.0                     5.0 101 UG   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.62 1.62 0.0 0.93
23S 83 2291 2341 U:G cWW   Weak C     1.0     97.1             2.0         102 UG,GA UG,GA 1 1 0 0.0 0.67 0.99 1.66 0.01 0.98 1.86 1.81 0.0 0.99
23S 85.1 2328 2387 A:U cWW 3°: pseudoknot Weak C       100.0                           102 AU   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 2.0 2.0 0.0 0.99
23S 86 2351 2366 G:A cWW 3°: base pair Weak C             83.3           16.7         102 AA,GA   8 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.35 2.0 0.0 0.99
23S 89 2455 2496 G:C cWW   Weak C 100.0                                 102 GC   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 2.0 2.0 0.0 0.99
23S 89 2460 2490 U:G cWW   Weak C           100.0                       102 UG   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 2.0 2.0 0.0 0.99
23S 93 2592 2601 G:C cWW   Weak C 94.5                       5.5         55 GC,GA   0 2 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.94 0.94 2.0 1.7 0.0 0.53
23S 95 2652 2668 C:G cWW   Weak C 5.2 27.6 8.6 39.7   19.0                       58 GC,CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU 6 4 2 0.4 0.69 0.81 1.5 0.81 1.0 0.23 0.43 0.0 0.56
23S 96 2696 2711 U:A cWW   Weak C     96.6                         3.4   58 UA,UU   0 1 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.97 0.97 2.0 1.78 0.0 0.56

Advanced export

JSON shape: default, array, newline-delimited

CSV options: 

CREATE VIEW basepair_combined as
select f.molecule, f.helix_number, f.position_1, f.position_2,
       f.reference_base_pair, f.conformation, f.tertiary_type, f.strength, f.group_code,
       f.GC, f.CG, f.UA, f.AU, f.GU, f.UG, f.AA, f.AC, f.AG, f.CA, f.CC, f.CU, f.GA, f.GG, f.UC, f.UU, f.gap, f.Seq as sequences,
       f.predominant_types, f.covarying_types,
       s.Xch, s.Ych, s.PE, s.PES, s.Cov1, s.Cov3, s."C1+C3" as C1_C3,
       s.WC, s.WCGU, s.XCons, s.YCons, s.DfDel, s.PNuc
from basepair_frequency f
left join basepair_collective_score s
  on s.molecule = f.molecule and s.position_1 = f.position_1
 and s.position_2 = f.position_2 and s.group_code = f.group_code;