Base-pair statistics (frequencies and scores together) (view)

predominant_types
Base-pair types shown in bold in the published table (most frequent).
covarying_types
Base-pair types marked * in the published table (involved in a covariation).
sequences
Number of sequences in the group.

1,292 rows where conformation = "cWW" and group_code = "C" sorted by position_1

✎ View and edit SQL

This data as json, CSV (advanced)

Suggested facets: reference_base_pair, CC, CU, GG, UC, Xch, Ych, PE, DfDel

strength 5

molecule 2

group_code 1

  • C · 1,292 ✖

conformation 1

  • cWW · 1,292 ✖
molecule helix_number position_1 ▼ position_2 reference_base_pair conformation tertiary_type strength group_code GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap sequences predominant_types covarying_types Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1_C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc
23S 1 1 2902 G:C cWW   Strong C 12.8   2.1 12.8 6.4   2.1                   63.8 47 GC,UA,AU,GU,AA GC,UA,AU 2 3 1 0.4 0.64 0.77 1.4 0.77 0.94 -0.53 0.68 0.78 0.17
23S 1 2 2901 G:C cWW   Strong C 2.2   21.7 17.4 2.2               2.2   4.3 4.3 45.7 46 GC,UA,AU,GU,GA,UC,UU GC,UA,AU 3 3 0 0.0 0.6 0.76 1.36 0.76 0.8 -0.68 0.51 0.61 0.24
23S 1 3 2900 U:A cWW   Strong C     40.9 6.8   45.5                   2.3 4.5 44 UA,AU,UG,UU AU,UG 1 2 0 0.0 0.14 0.0 0.14 0.5 0.98 1.65 0.4 0.02 0.41
23S 1 4 2899 U:A cWW   Strong C   36.4 6.8 9.1 2.3             45.5           44 CG,UA,AU,GU,CU UA,CU 5 4 1 0.22 0.12 0.0 0.12 0.52 0.55 1.09 0.76 0.0 0.43
23S 1 5 2898 A:U cWW   Strong C   2.3 2.3 95.5                           44 CG,UA,AU CG,UA,AU 2 2 1 0.5 1.0 1.0 2.0 1.0 1.0 1.7 1.72 0.0 0.43
23S 1 6 2897 A:U cWW   Strong C     4.5 95.5                           44 UA,AU UA,AU 1 1 1 1.0 1.0 1.0 2.0 1.0 1.0 1.74 1.76 0.0 0.43
23S 1 7 2896 G:C cWW   Strong C 15.9   4.5 68.2       11.4                   44 GC,UA,AU,AC GC,UA,AU 2 4 1 0.33 0.64 0.89 1.53 0.89 0.89 1.14 0.82 0.0 0.43
23S 1 8 2895 C:G cWW   Weak C 2.3 6.8 56.8 2.3   2.3 9.1     20.5               44 GC,CG,UA,AU,UG,AA,CA GC,CG,UA,AU 4 4 1 0.25 0.26 0.68 0.94 0.68 0.7 0.57 1.32 0.0 0.43
16S 1 9 25 G:C cWW   Strong C 97.6             1.6     0.8             123 GC   2 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.98 0.98 1.81 2.0 0.0 0.68
16S 1 10 24 A:U cWW   Strong C       100.0                           124 AU   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 2.0 2.0 0.0 0.68
16S 1 11 23 G:C cWW   Strong C 99.2             0.8                   125 GC   1 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.99 0.99 1.93 2.0 0.0 0.69
16S 1 12 22 U:G cWW   Strong C           99.2               0.8       126 UG   1 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.99 1.93 2.0 0.0 0.69
23S 2 15 525 G:U cWW   Strong C 4.3   6.5 4.3 21.7   2.2 19.6 41.3                 46 GC,UA,AU,GU,AA,AC,AG UA,GU,AG 3 9 0 0.0 0.48 0.7 1.18 0.15 0.37 0.85 0.43 0.0 0.45
23S 2 16 524 C:G cWW   Strong C 2.2     28.3 67.4   2.2                     46 GC,AU,GU,AA GU,AA 2 3 1 0.4 0.07 0.0 0.07 0.3 0.98 1.11 1.78 0.0 0.45
16S 2 17 918 U:A cWW 3°: pseudoknot Strong C     100.0                             117 UA   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 2.0 1.93 0.01 0.64
23S 2 17 523 G:C cWW   Strong C 91.3     2.2 2.2           4.3             46 GC,AU,GU,CC GC,AU 2 2 1 0.5 0.25 0.94 1.19 0.94 0.96 1.59 1.81 0.0 0.45
16S 2 18 917 C:G cWW 3°: pseudoknot Strong C   99.2             0.8                 118 CG   1 1 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.99 0.99 1.94 1.93 0.01 0.65
23S 2 18 522 U:A cWW   Strong C 4.3 84.8 4.3 2.2                   4.3       46 GC,CG,UA,AU,GG GC,CG,UA,AU 4 6 2 0.4 0.71 0.96 1.67 0.96 0.96 1.18 1.38 0.0 0.45
16S 2 19 916 A:U cWW 3°: pseudoknot Strong C   91.5             8.5                 117 CG,AG   5 2 1 0.29 0.0 0.0 0.0 0.92 0.92 1.4 1.93 0.0 0.64
23S 2 19 521 A:U cWW   Strong C 8.7   63.0 10.9 15.2                     2.2   46 GC,UA,AU,GU,UU UA,GU 4 9 0 0.0 0.41 0.78 1.19 0.83 0.98 0.76 0.62 0.0 0.45
23S 2 20 520 C:G cWW   Strong C     84.8     10.9 4.3                     46 UA,UG,AA   1 8 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.85 0.96 1.74 1.08 0.0 0.45
23S 2 21 519 A:U cWW   Strong C       91.3 6.5                     2.2   46 AU,GU,UU   2 1 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.91 0.98 1.5 1.84 0.0 0.45
23S 2 22 518 C:G cWW   Strong C 4.3 63.0 13.0 10.9   6.5                     2.2 46 GC,CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU 5 6 0 0.0 0.81 0.93 1.75 0.93 1.0 0.52 0.87 0.01 0.44
23S 2 23 517 G:C cWW   Strong C 93.5     6.5                           46 GC,AU GC,AU 1 1 0 0.0 1.0 1.0 2.0 1.0 1.0 1.65 1.81 0.0 0.45
23S 2 24 516 G:C cWW   Strong C 80.4 2.2 4.3 8.7   4.3                       46 GC,CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU 3 8 2 0.36 0.78 0.96 1.73 0.96 1.0 1.01 1.2 0.0 0.45
16S 3 27 556 G:C cWW   Strong C 97.7     1.5 0.8                         132 GC GC,AU 0 1 0 0.0 0.67 0.99 1.66 0.99 1.0 1.89 1.87 0.0 0.72
16S 3 28 555 A:U cWW   Strong C 94.0     3.8 1.5     0.8                   133 GC,AU GC,AU 5 6 2 0.36 0.62 0.98 1.6 0.98 0.99 1.68 1.61 0.0 0.73
16S 3 29 554 U:A cWW   Strong C 1.5     93.3 3.7                     1.5   134 AU,GU GC,AU 3 1 1 0.5 0.22 0.95 1.17 0.95 0.98 1.61 1.91 0.0 0.74
16S 3 30 553 U:A cWW   Strong C   2.2 92.5 1.5   0.7             3.0         134 CG,UA,GA CG,UA,AU 4 3 1 0.29 0.5 0.96 1.46 0.96 0.97 1.49 1.68 0.0 0.74
23S 2 30 510 G:C cWW 3°: base pair Strong C 6.5   6.5       80.4   6.5                 46 GC,UA,AA,AG GC,AA 1 2 0 0.0 0.33 0.87 1.2 0.13 0.13 1.31 1.56 0.0 0.45
23S 3 31 474 C:G cWW   Strong C 6.5 87.0 6.5                             46 GC,CG,UA GC,CG,UA 1 4 0 0.0 1.0 1.0 2.0 1.0 1.0 1.31 1.43 0.0 0.45
16S 3 32 552 A:U cWW   Strong C       100.0                           135 AU   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 2.0 2.0 0.0 0.74
23S 3 32 473 C:G cWW   Strong C   100.0                               46 CG   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 2.0 2.0 0.0 0.45
16S 3 33 551 A:U cWW   Strong C     1.5 97.8               0.7           135 AU UA,AU 1 0 0 0.0 0.67 0.99 1.66 0.99 0.99 1.83 1.91 0.0 0.74
16S 3 34 550 C:G cWW   Strong C   98.5       0.7       0.7               136 CG   1 1 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.98 0.99 1.94 1.95 0.0 0.75
16S 3 35 549 G:C cWW   Weak C 86.8       13.2                         136 GC,GU   0 6 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.87 1.0 2.0 1.43 0.0 0.75
23S 4 35 445 G:C cWW   Strong C 97.8     2.2                           46 GC,AU GC,AU 1 1 1 1.0 1.0 1.0 2.0 1.0 1.0 1.85 1.92 0.0 0.45
16S 3 36 548 C:G cWW   Strong C   99.3                       0.7       152 CG   1 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.99 0.99 1.95 2.0 0.0 0.83
23S 4 36 444 G:C cWW   Strong C 97.8     2.2                           46 GC,AU GC,AU 1 1 1 1.0 1.0 1.0 2.0 1.0 1.0 1.85 1.92 0.0 0.45
23S 4 37 442 C:G cWW   Strong C   84.8 6.5     4.3       4.3               46 CG,UA,UG,CA CG,UA 3 6 1 0.22 0.43 0.91 1.34 0.91 0.96 1.5 1.48 0.0 0.45
23S 4 38 441 A:U cWW   Strong C 2.2   2.2 95.7                           46 GC,UA,AU GC,UA,AU 2 4 2 0.67 1.0 1.0 2.0 1.0 1.0 1.7 1.73 0.0 0.45
16S 4 39 403 G:C cWW   Weak C 98.1     0.6 0.6                   0.6     154 GC GC,AU 1 3 1 0.5 0.33 0.99 1.32 0.99 0.99 1.89 1.81 0.0 0.85
23S 4 39 440 G:C cWW   Strong C   74.0 22.1     3.9                       77 CG,UA,UG CG,UA 4 6 3 0.6 0.85 0.96 1.81 0.96 1.0 1.17 1.26 0.0 0.75
16S 4 40 402 C:G cWW   Strong C   96.1 1.3 0.6     1.3   0.6                 155 CG CG,UA,AU 3 5 2 0.5 0.33 0.97 1.31 0.98 0.98 1.73 1.74 0.0 0.85
23S 4 40 439 U:A cWW   Strong C   50.6 48.1     1.3                       77 CG,UA CG,UA 7 8 6 0.8 0.97 0.99 1.96 0.99 1.0 1.0 1.0 0.0 0.75
16S 4 41 401 G:C cWW   Strong C 92.9     4.5 0.6     0.6             1.3     154 GC,AU GC,AU 5 5 4 0.8 0.64 0.97 1.61 0.97 0.98 1.61 1.67 0.0 0.85
23S 4 41 438 C:G cWW   Strong C   79.2 20.8                             77 CG,UA CG,UA 6 7 7 1.0 1.0 1.0 2.0 1.0 1.0 1.26 1.26 0.0 0.75
16S 4 42 400 G:C cWW   Strong C 94.8     3.2 0.6     0.6               0.6   155 GC,AU GC,AU 3 4 2 0.57 0.62 0.98 1.61 0.98 0.99 1.71 1.7 0.0 0.85
23S 4 42 437 A:U cWW   Strong C     2.6 97.4                           77 UA,AU UA,AU 1 2 1 0.67 1.0 1.0 2.0 1.0 1.0 1.83 1.78 0.0 0.75
16S 4 43 399 C:G cWW   Strong C   58.3 39.1 0.6   0.6       0.6       0.6       156 CG,UA CG,UA,AU 9 9 7 0.78 0.95 0.98 1.94 0.98 0.99 0.93 0.98 0.0 0.86
23S 4 43 436 G:C cWW   Strong C 88.6   1.3 10.1                           79 GC,AU GC,UA,AU 5 6 4 0.73 1.0 1.0 2.0 1.0 1.0 1.43 1.45 0.0 0.77
16S 4 44 398 A:U cWW   Strong C 7.1     91.0       0.6       0.6       0.6   156 GC,AU GC,AU 5 4 2 0.44 0.79 0.98 1.77 0.98 0.98 1.53 1.58 0.0 0.86
23S 4 44 434 A:U cWW   Strong C     1.3 96.2 2.5                         79 AU,GU UA,AU 2 1 1 0.67 0.33 0.97 1.31 0.97 1.0 1.73 1.92 0.0 0.77
16S 4 45 396 G:C cWW   Strong C 0.6   93.6     5.8                       156 UA,UG GC,UA 2 5 2 0.57 0.1 0.0 0.1 0.94 1.0 1.95 1.62 0.0 0.86
23S 4 45 433 G:C cWW   Strong C 83.5     13.9 2.5                         79 GC,AU,GU GC,AU 3 4 2 0.57 0.85 0.97 1.82 0.97 1.0 1.42 1.39 0.0 0.77
16S 4 46 395 G:C cWW   Strong C 97.4     1.9                   0.6       156 GC GC,AU 2 4 2 0.67 0.75 0.99 1.74 0.99 0.99 1.86 1.78 0.0 0.86
23S 4.1 46 179 G:C cWW   Strong C 10.1   3.8     1.3 44.3   34.2 2.5             3.8 79 GC,UA,AA,AG,CA GC,UG,AA 4 11 0 0.0 0.22 0.58 0.8 0.14 0.16 1.08 0.42 0.03 0.74
16S 5 47 361 C:G cWW 3°: base pair Strong C   96.8               0.6 1.3     0.6     0.6 156 CG   1 1 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.97 0.97 1.88 1.85 0.01 0.85
23S 4.1 47 178 C:G cWW   Strong C   94.9 1.3       1.3                   2.5 79 CG CG,UA 2 2 1 0.5 0.5 0.99 1.49 0.99 0.99 1.8 1.54 0.02 0.75
16S 5 52 359 C:G cWW   Strong C   96.2 2.6             0.6             0.6 156 CG,UA CG,UA 2 3 2 0.8 0.8 0.99 1.79 0.99 0.99 1.83 1.74 0.01 0.85
16S 5 53 358 A:U cWW   Strong C       100.0                           158 AU   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 2.0 2.0 0.0 0.87
16S 5 54 357 C:G cWW   Weak C   100.0                               158 CG   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 2.0 2.0 0.0 0.87
23S 5 54 116 G:C cWW   Strong C 98.8     1.2                           81 GC GC,AU 1 2 1 0.67 1.0 1.0 2.0 1.0 1.0 1.9 1.86 0.0 0.79
23S 5 55 115 G:C cWW   Strong C 100.0                                 86 GC   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 2.0 2.0 0.0 0.83
16S 5 56 356 U:A cWW   Weak C     100.0                             158 UA   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 2.0 2.0 0.0 0.87
23S 5 56 114 A:U cWW   Strong C 94.2     4.7       1.2                   86 GC,AU GC,AU 2 2 1 0.5 0.8 0.99 1.79 0.99 0.99 1.68 1.76 0.0 0.83
16S 5 57 355 G:C cWW   Strong C 99.4             0.6                   157 GC   1 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.99 0.99 1.95 2.0 0.0 0.86
23S 6 57 70 C:G cWW   Strong C   97.7       2.3                       87 CG,UG   1 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.98 1.0 1.84 2.0 0.0 0.84
16S 5 58 354 C:G cWW   Weak C   100.0                               158 CG   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 2.0 2.0 0.0 0.87
23S 6 58 69 G:C cWW   Strong C 100.0                                 94 GC   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 2.0 2.0 0.0 0.91
23S 6 59 68 U:G cWW   Strong C   45.7 53.2     1.1                       94 CG,UA CG,UA 5 6 4 0.73 0.98 0.99 1.97 0.99 1.0 1.0 1.0 0.0 0.91
16S 6 61 106 G:C cWW   Strong C 97.5     2.5                           162 GC,AU GC,AU 1 1 1 1.0 1.0 1.0 2.0 1.0 1.0 1.83 1.84 0.0 0.89
23S 6.1 61 93 C:G cWW 3°: pseudoknot Strong C 67.0 3.2   7.4 16.0               2.1   2.1   2.2 94 GC,CG,AU,GU,GA,UC GC,CG,AU 5 7 3 0.5 0.34 0.79 1.14 0.79 0.96 1.13 0.8 0.0 0.89
16S 6 62 105 U:G cWW   Weak C           99.4                     0.6 162 UG   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 2.0 1.94 0.01 0.89
23S 6.1 62 92   cWW 3°: pseudoknot Strong C   8.4 15.8 2.1     57.9   4.2 6.3       1.1   3.2 1.1 95 CG,UA,AU,AA,AG,CA,UU CG,AA,UU 10 7 4 0.47 0.28 0.7 0.98 0.27 0.27 0.65 1.02 0.01 0.91
16S 6 63 104 C:G cWW   Strong C   85.8 6.8     6.8           0.6           162 CG,UA,UG CG,UA 9 8 4 0.47 0.48 0.93 1.4 0.93 0.99 1.43 1.6 0.0 0.89
23S 6.1 64 90 A:U cWW 3°: pseudoknot Significant C       5.2     54.2 34.4 1.0         1.0   1.0 3.1 96 AU,AA,AC AA,GG,UU 2 8 1 0.2 0.05 0.0 0.05 0.05 0.05 1.57 0.66 0.03 0.9
23S 6.1 65 89 U:A cWW 3°: pseudoknot Strong C   81.2 6.2 2.1                 8.3   1.0   1.0 96 CG,UA,AU,GA CG,AU,GA,UC 5 4 4 0.89 0.65 0.94 1.58 0.91 0.91 0.98 1.2 0.01 0.92
16S 6 66 103 A:U cWW   Strong C       100.0                           163 AU   1 1 1 1.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 2.0 2.0 0.0 0.9
23S 6.1 66 88 C:G cWW 3°: pseudoknot Weak C   92.7 3.1               1.0       2.1   1.0 96 CG,UA,UC CG,UA 2 2 1 0.5 0.5 0.97 1.47 0.97 0.97 1.66 1.51 0.01 0.92
16S 6 67 102 C:G cWW   Strong C   95.7 1.8 0.6             1.2         0.6   163 CG CG,UA,AU 2 4 1 0.33 0.57 0.98 1.55 0.98 0.98 1.78 1.69 0.0 0.9
16S 6 68 101 G:A cWW 3°: base pair Weak C 1.8   2.4 0.6 0.6               92.7 1.8       164 UA,GA AU,GA 4 5 1 0.22 0.08 0.0 0.08 0.05 0.06 1.78 1.65 0.0 0.9
16S 6 69 99 G:C cWW   Strong C 31.7 1.8 1.2 28.0 11.6   4.9 7.9 5.5   1.8   2.4 0.6   1.8 0.6 164 GC,AU,GU,AA,AC,AG,GA GC,CG,UA,AU 20 20 5 0.25 0.46 0.63 1.09 0.63 0.75 0.59 0.31 0.0 0.9
16S 6 70 98 U:A cWW   Strong C 34.4   3.1 36.2 13.5 1.2   1.8     0.6   2.5 1.8   2.5 2.4 163 GC,UA,AU,GU,GA,UU GC,UA,AU 18 18 7 0.39 0.61 0.76 1.36 0.76 0.91 0.52 0.41 0.01 0.87
16S 6 73 97 C:G cWW   Strong C   0.6 3.0 1.8 1.2   1.2           0.6   0.6 3.0 87.8 164 UA,UU CG,UA,AU 2 2 0 0.0 0.27 0.45 0.72 0.45 0.55 -0.51 -0.49 0.02 0.11
16S 6 74 96 A:U cWW   Strong C     2.4 1.2 0.6   1.8           1.2 2.4   3.0 87.2 164 UA,GG,UU AA,GG,UU 4 1 0 0.0 0.44 0.57 1.01 0.29 0.33 -0.53 -0.52 0.02 0.12
16S 6 75 95 G:C cWW   Strong C   0.6 4.3 3.0 0.6   1.2       1.8 0.6     0.6 1.2 85.9 164 UA,AU UA,AU,CC 4 3 0 0.0 0.5 0.65 1.15 0.56 0.61 -0.65 -0.57 0.06 0.13
16S 6 76 93 G:U cWW   Strong C 1.2 4.3 7.9 14.6 0.6 1.8   0.6 3.0             0.6 65.2 164 CG,UA,AU,AG GC,CG,UA,AU 9 9 5 0.56 0.67 0.81 1.47 0.81 0.88 -0.8 -0.83 0.03 0.31
23S 7 76 110 C:G cWW   Strong C   94.9 4.1                     1.0       98 CG,UA CG,UA 3 2 2 0.8 0.8 0.99 1.79 0.99 0.99 1.67 1.76 0.0 0.95
16S 6 77 92 A:U cWW   Strong C 0.6 1.8 12.8 17.7 2.4       1.2         0.6     62.8 164 UA,AU,GU GC,CG,UA,AU 9 9 6 0.67 0.78 0.89 1.67 0.89 0.95 -0.8 -0.74 0.03 0.34
23S 7 77 109 G:C cWW   Strong C   2.0 93.9   1.0 1.0                 2.0     98 CG,UA,UC CG,UA,GU 2 5 2 0.57 0.5 0.97 1.47 0.96 0.98 1.77 1.58 0.0 0.95
16S 6 78 91 A:U cWW   Strong C 3.0 1.8 17.6 5.5 9.1 1.2 0.6   0.6     0.6     0.6   59.4 165 GC,UA,AU,GU CG,UA,GU 7 8 4 0.53 0.47 0.7 1.18 0.69 0.94 -0.85 -0.84 0.02 0.37
23S 7 78 108 U:G cWW   Strong C   9.2 54.1     34.7                   2.0   98 CG,UA,UG,UU CG,UA 5 12 2 0.23 0.2 0.0 0.2 0.63 0.98 1.56 0.88 0.0 0.95
16S 6 79 90 G:C cWW   Strong C 3.6 10.3 7.9 30.9 2.4 3.0 0.6     0.6     0.6 0.6     39.4 165 GC,CG,UA,AU,GU,UG GC,CG,UA,AU 15 14 7 0.48 0.73 0.87 1.6 0.87 0.96 -0.81 -0.69 0.02 0.55
23S 7 79 107 C:G cWW   Strong C 2.0 86.7 8.2 2.0   1.0                       98 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU 7 6 7 1.0 0.92 0.99 1.91 0.99 1.0 1.28 1.31 0.0 0.95
16S 6 80 89 A:U cWW   Strong C 18.2 8.5 12.7 50.3 0.6 1.2   1.8             0.6 0.6 5.5 165 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU 17 18 16 0.91 0.89 0.95 1.84 0.95 0.97 0.0 -0.08 0.02 0.86
23S 7 80 106 G:C cWW   Strong C 95.9   1.0 2.0   1.0                       98 GC,AU GC,UA,AU 2 1 1 0.67 0.75 0.99 1.74 0.99 1.0 1.71 1.7 0.0 0.95
16S 6 81 88 A:U cWW   Strong C 9.1 9.1 33.3 23.6 13.9 7.3             1.8       1.8 165 GC,CG,UA,AU,GU,UG GC,CG,UA,AU 20 17 9 0.49 0.65 0.77 1.41 0.77 0.98 0.03 0.04 0.0 0.89
23S 7 81 105 G:C cWW   Strong C 85.7   3.1 7.1       3.1               1.0   98 GC,UA,AU,AC GC,UA,AU 5 4 4 0.89 0.71 0.96 1.67 0.96 0.96 1.28 1.4 0.0 0.95
16S 6 82 87 G:C cWW   Strong C 7.3 21.2 29.1 13.3 10.9 14.5 0.6                 1.2 1.8 165 GC,CG,UA,AU,GU,UG GC,CG,UA,AU 20 21 15 0.73 0.6 0.72 1.33 0.72 0.98 0.05 0.04 0.01 0.89

Next page

Advanced export

JSON shape: default, array, newline-delimited

CSV options: 

CREATE VIEW basepair_combined as
select f.molecule, f.helix_number, f.position_1, f.position_2,
       f.reference_base_pair, f.conformation, f.tertiary_type, f.strength, f.group_code,
       f.GC, f.CG, f.UA, f.AU, f.GU, f.UG, f.AA, f.AC, f.AG, f.CA, f.CC, f.CU, f.GA, f.GG, f.UC, f.UU, f.gap, f.Seq as sequences,
       f.predominant_types, f.covarying_types,
       s.Xch, s.Ych, s.PE, s.PES, s.Cov1, s.Cov3, s."C1+C3" as C1_C3,
       s.WC, s.WCGU, s.XCons, s.YCons, s.DfDel, s.PNuc
from basepair_frequency f
left join basepair_collective_score s
  on s.molecule = f.molecule and s.position_1 = f.position_1
 and s.position_2 = f.position_2 and s.group_code = f.group_code;