Base-pair statistics (frequencies and scores together) (view)

predominant_types
Base-pair types shown in bold in the published table (most frequent).
covarying_types
Base-pair types marked * in the published table (involved in a covariation).
sequences
Number of sequences in the group.

460 rows where conformation = "cWW", group_code = "B" and molecule = "16S" sorted by position_1

✎ View and edit SQL

This data as json, CSV (advanced)

Suggested facets: reference_base_pair, AA, AC, CA, CC, CU, GG, UC, WCGU, DfDel

strength 4

tertiary_type 2

molecule 1

  • 16S · 460 ✖

group_code 1

conformation 1

  • cWW · 460 ✖
molecule helix_number position_1 ▼ position_2 reference_base_pair conformation tertiary_type strength group_code GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap sequences predominant_types covarying_types Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1_C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc
16S 1 9 25 G:C cWW   Strong B 97.2       1.2 0.1   1.2           0.1 0.3   0.1 1946 GC GC,UG 13 7 1 0.1 0.02 0.0 0.02 0.97 0.98 1.86 1.85 0.0 0.33
16S 1 10 24 A:U cWW   Strong B       96.2 2.8       0.1     0.6       0.1   2016 AU,GU   14 8 1 0.09 0.01 0.0 0.01 0.96 0.99 1.73 1.9 0.0 0.34
16S 1 11 23 G:C cWW   Strong B 99.1     0.2       0.4                 0.1 2053 GC GC,AU 6 4 1 0.2 0.27 0.99 1.26 0.99 0.99 1.91 1.94 0.0 0.35
16S 1 12 22 U:G cWW   Strong B   0.4       98.6     0.1         0.2 0.1 0.1 0.2 2131 UG   6 6 1 0.17 0.08 0.0 0.08 0.01 0.99 1.88 1.91 0.0 0.36
16S 2 17 918 U:A cWW 3°: pseudoknot Strong B     99.1     0.1             0.1     0.2 0.2 2163 UA   1 3 0 0.0 0.07 0.0 0.07 0.99 0.99 1.95 1.96 0.0 0.37
16S 2 18 917 C:G cWW 3°: pseudoknot Strong B   95.2 3.0     0.7     0.2 0.5   0.1         0.1 2163 CG,UA CG,UA 24 18 10 0.48 0.64 0.98 1.62 0.98 0.99 1.7 1.75 0.0 0.37
16S 2 19 916 A:U cWW 3°: pseudoknot Strong B   79.9 0.3 13.9   0.4     1.7 0.2 0.1 3.2   0.1     0.2 2190 CG,AU,CU CG,UA,AU 32 13 1 0.04 0.72 0.94 1.66 0.94 0.95 1.29 1.34 0.0 0.37
16S 3 27 556 G:C cWW   Strong B 99.3             0.2     0.1       0.1   0.2 2600 GC   3 1 1 0.5 0.0 0.0 0.0 0.99 0.99 1.92 1.98 0.0 0.44
16S 3 28 555 A:U cWW   Strong B 51.4 0.2   46.9 1.0     0.1     0.1           0.1 3080 GC,AU GC,CG,AU 12 12 5 0.42 0.97 0.99 1.96 0.99 1.0 0.95 0.97 0.0 0.53
16S 3 29 554 U:A cWW   Strong B 10.0   21.2 67.7 0.3     0.1       0.2 0.1     0.3   3182 GC,UA,AU GC,UA,AU 28 31 19 0.64 0.97 0.99 1.96 0.99 0.99 0.76 0.79 0.0 0.54
16S 3 30 553 U:A cWW   Strong B 0.1 50.4 47.0     1.6 0.1   0.1 0.3   0.1 0.1     0.1   3238 CG,UA GC,CG,UA 41 47 27 0.61 0.95 0.98 1.93 0.98 0.99 0.94 0.96 0.0 0.55
16S 3 32 552 A:U cWW   Strong B     0.2 98.8 0.4   0.1 0.1       0.1       0.2 0.1 3333 AU UA,AU 6 7 1 0.15 0.14 0.0 0.14 0.99 0.99 1.89 1.92 0.0 0.57
16S 3 33 551 A:U cWW   Strong B       99.6 0.2                         3361 AU   4 1 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 1.96 1.97 0.0 0.57
16S 3 34 550 C:G cWW   Strong B   98.6 0.3     0.1     0.3   0.1 0.1   0.3     0.2 3444 CG CG,UA 8 8 3 0.38 0.29 0.99 1.28 0.99 0.99 1.89 1.92 0.0 0.59
16S 3 35 549 G:C cWW   Weak B 98.8 0.1     0.1     0.2     0.4       0.1   0.2 3467 GC GC,CG 10 2 2 0.33 0.11 0.0 0.11 0.99 0.99 1.91 1.94 0.0 0.59
16S 3 36 548 C:G cWW   Strong B   96.2 2.4     0.2     0.1 0.2 0.1 0.1   0.3     0.3 3539 CG,UA CG,UA 13 14 6 0.44 0.69 0.99 1.68 0.99 0.99 1.75 1.79 0.0 0.6
16S 4 39 403 G:C cWW   Weak B 96.4   1.0 0.5 1.0     0.2     0.2   0.1 0.1 0.3   0.1 3830 GC GC,UA,AU 18 24 5 0.24 0.44 0.98 1.42 0.98 0.99 1.8 1.75 0.0 0.65
16S 4 40 402 C:G cWW   Strong B   98.5 0.7     0.2     0.2   0.1     0.2       3915 CG CG,UA 12 6 4 0.44 0.5 0.99 1.49 0.99 0.99 1.89 1.88 0.0 0.67
16S 4 41 401 G:C cWW   Strong B 94.6   2.3 2.1 0.3     0.1     0.1     0.1 0.1   0.3 3896 GC,UA,AU GC,UA,AU 16 18 12 0.71 0.86 0.99 1.85 0.99 1.0 1.65 1.66 0.0 0.66
16S 4 42 400 G:C cWW   Strong B 96.7     2.4 0.3     0.1     0.2       0.1   0.3 3959 GC,AU GC,AU 15 12 6 0.44 0.78 0.99 1.77 0.99 1.0 1.78 1.82 0.0 0.67
16S 4 43 399 C:G cWW   Strong B 0.8 88.1 7.1 1.2   0.9     0.1 0.4 0.6 0.2   0.3 0.1   0.2 3943 CG,UA GC,CG,UA,AU 48 57 31 0.59 0.78 0.97 1.75 0.97 0.98 1.4 1.38 0.0 0.67
16S 4 44 398 A:U cWW   Strong B 53.1 0.1   44.4 0.4   1.2 0.3                 0.2 4002 GC,AU GC,CG,AU 34 39 29 0.8 0.95 0.98 1.93 0.98 0.98 0.96 0.9 0.0 0.68
16S 4 45 396 G:C cWW   Strong B 27.0 5.3 37.2 0.8 0.2 25.2       0.1     0.2 0.1 3.6   0.2 3969 GC,CG,UA,UG,UC GC,CG,UA,AU 37 65 19 0.37 0.53 0.7 1.24 0.7 0.96 0.78 0.34 0.0 0.68
16S 4 46 395 G:C cWW   Strong B 99.2     0.1       0.1     0.1     0.1 0.1   0.1 4020 GC GC,AU 8 3 1 0.18 0.19 0.0 0.19 0.99 0.99 1.93 1.96 0.0 0.69
16S 5 47 361 C:G cWW 3°: base pair Strong B   92.6 3.9     0.5             1.6 0.7     0.3 4038 CG,UA CG,UA 6 3 3 0.67 0.57 0.97 1.54 0.97 0.97 1.55 1.67 0.0 0.69
16S 5 52 359 C:G cWW   Strong B 2.2 72.8 19.1 3.6 1.0 0.2   0.1 0.2 0.1 0.2 0.2   0.1       4113 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU 37 32 25 0.72 0.92 0.98 1.89 0.98 0.99 0.88 0.89 0.0 0.7
16S 5 53 358 A:U cWW   Strong B 3.8 0.1   94.0 1.6     0.1       0.1       0.1 0.1 4095 GC,AU GC,CG,AU 16 9 6 0.48 0.65 0.98 1.63 0.98 1.0 1.66 1.75 0.0 0.7
16S 5 54 357 C:G cWW   Weak B   99.3 0.4     0.1     0.1                 4138 CG CG,UA 5 2 1 0.29 0.52 1.0 1.51 1.0 1.0 1.94 1.94 0.0 0.71
16S 5 56 356 U:A cWW   Weak B     99.8                   0.1     0.1   4124 UA   1 1 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 1.98 1.99 0.0 0.7
16S 5 57 355 G:C cWW   Strong B 98.8       0.1     0.3     0.4   0.1 0.1 0.2     4194 GC   11 3 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.99 0.99 1.91 1.97 0.0 0.71
16S 5 58 354 C:G cWW   Weak B   99.3       0.1     0.1 0.1 0.2     0.1     0.1 4221 CG   5 3 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.99 0.99 1.96 1.94 0.0 0.72
16S 6 61 106 G:C cWW   Strong B 98.5     0.3 0.2     0.1     0.2     0.3     0.3 4392 GC GC,AU 9 10 2 0.21 0.29 0.99 1.29 0.99 0.99 1.91 1.9 0.0 0.75
16S 6 62 105 U:G cWW   Weak B   0.4 0.2     98.6                 0.4 0.2 0.1 4404 UG   4 12 1 0.12 0.02 0.0 0.02 0.01 0.99 1.95 1.9 0.0 0.75
16S 6 63 104 C:G cWW   Strong B 0.1 98.0 0.7 0.3   0.2       0.1 0.1     0.1     0.2 4402 CG GC,CG,UA,AU 14 12 8 0.61 0.65 0.99 1.64 0.99 1.0 1.86 1.84 0.0 0.75
16S 6 66 103 A:U cWW   Strong B 43.8   0.4 53.9 0.9     0.4       0.1   0.1 0.1   0.2 4409 GC,AU GC,UA,AU 85 80 61 0.74 0.96 0.98 1.95 0.98 0.99 0.94 0.94 0.0 0.75
16S 6 67 102 C:G cWW   Strong B 3.4 94.5 0.3 0.1 0.1       0.1 0.5 0.2 0.1   0.3     0.3 4438 GC,CG GC,CG,UA,AU 28 35 18 0.57 0.73 0.99 1.71 0.99 0.99 1.69 1.65 0.0 0.76
16S 6 68 101 G:A cWW 3°: base pair Weak B 0.7   0.1   0.2 0.3 0.2     0.3     97.0 0.5     0.6 4427 GA UG,GA 15 18 1 0.06 0.13 0.0 0.13 0.01 0.01 1.86 1.76 0.0 0.75
16S 6 69 99 G:C cWW   Strong B 43.5 9.2 0.5 19.0 13.6 0.2 0.4 0.3 1.5 0.1 0.1 0.6 0.5 0.8     9.5 4378 GC,CG,AU,GU GC,CG,UA,AU 99 116 40 0.37 0.61 0.8 1.41 0.8 0.95 0.2 -0.02 0.01 0.68
16S 6 70 98 U:A cWW   Strong B 8.2 15.9 22.9 30.7 6.9 1.2 0.3 0.2 0.2 0.1 0.2   0.7 0.3   0.3 11.5 4404 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU 158 157 96 0.61 0.81 0.88 1.69 0.88 0.97 -0.42 -0.35 0.01 0.67
16S 6 73 97 C:G cWW   Strong B 11.8 29.0 1.2 1.0 0.4 1.0 0.1 0.1 0.3     0.1 0.1 0.2   0.1 54.7 4435 GC,CG GC,CG,UA,AU 54 46 23 0.46 0.85 0.95 1.8 0.95 0.98 -0.68 -0.64 0.01 0.34
16S 6 74 96 A:U cWW   Strong B 7.7 2.0 3.0 16.4 0.6 0.4             0.5 0.1   0.1 69.0 4427 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU 65 69 36 0.54 0.15 0.0 0.15 0.29 0.3 -0.78 -0.9 0.0 0.0
16S 6 75 95 G:C cWW   Strong B 12.4 7.5 4.6 1.4 7.3 0.5 0.1   2.0   0.1 0.4 0.5 0.1   0.1 63.0 4428 GC,CG,UA,GU,AG GC,CG,UA,AU 87 83 54 0.64 0.55 0.7 1.25 0.7 0.91 -0.83 -0.93 0.01 0.28
16S 6 76 93 G:U cWW   Strong B 3.6 4.4 5.0 7.7 5.9 1.1 0.5 0.2 4.9       0.9 0.7 0.1 0.7 64.2 4456 GC,CG,UA,AU,GU,AG GC,CG,UA,AU 114 119 41 0.35 0.46 0.58 1.04 0.58 0.77 -0.91 -0.89 0.0 0.27
16S 6 77 92 A:U cWW   Strong B 6.6 4.6 7.4 11.8 6.8 3.1 0.2 0.2 3.5 0.1   0.1 0.8 0.1 0.6 0.7 53.1 4420 GC,CG,UA,AU,GU,UG,AG GC,CG,UA,AU 146 151 47 0.32 0.53 0.65 1.18 0.65 0.86 -0.95 -0.95 0.01 0.35
16S 6 78 91 A:U cWW   Strong B 10.7 8.4 9.5 15.9 5.0 2.9 0.2 0.2 2.4   0.1 0.1 1.6 0.3 0.1 0.3 42.3 4430 GC,CG,UA,AU,GU,UG,AG GC,CG,UA,AU 184 170 79 0.45 0.68 0.77 1.46 0.77 0.91 -0.94 -0.95 0.0 0.44
16S 6 79 90 G:C cWW   Strong B 20.8 16.9 8.9 12.3 10.4 2.8 0.8 0.3 1.2 0.1 0.1 0.1 0.2 0.1   0.4 24.5 4439 GC,CG,UA,AU,GU,UG GC,CG,UA,AU 218 220 116 0.53 0.7 0.78 1.48 0.78 0.96 -0.7 -0.74 0.01 0.57
16S 6 80 89 A:U cWW   Strong B 32.5 18.9 18.1 12.1 5.2 1.2 0.1 0.3 1.2 0.1   0.1   0.2   0.2 9.7 4409 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU 254 264 172 0.66 0.85 0.9 1.75 0.9 0.97 -0.33 -0.38 0.0 0.68
16S 6 81 88 A:U cWW   Strong B 8.3 25.7 23.5 34.9 3.2 1.2   0.1 0.2 0.1 0.1   0.1 0.1   0.1 2.3 4440 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU 230 231 182 0.79 0.92 0.95 1.87 0.95 0.99 -0.06 0.04 0.01 0.74
16S 6 82 87 G:C cWW   Strong B 42.2 36.8 1.9 12.3 0.3 4.2 0.1   0.1   0.1   0.2     0.1 1.4 4468 GC,CG,AU,UG GC,CG,UA,AU 193 158 122 0.69 0.91 0.95 1.85 0.95 0.99 0.21 0.37 0.0 0.75
16S 6.1 113 314 G:C cWW   Strong B 99.0 0.7                             0.1 4720 GC GC,CG 5 4 4 0.89 0.83 1.0 1.83 1.0 1.0 1.9 1.92 0.0 0.81
16S 6.1 114 313 U:A cWW   Strong B 0.6 0.1 98.5 0.4   0.1       0.1             0.1 4704 UA GC,CG,UA,AU 5 6 6 1.0 0.83 1.0 1.83 1.0 1.0 1.86 1.88 0.0 0.8
16S 6.1 115 312 G:C cWW   Strong B 98.1 0.3 1.0   0.2     0.1                 0.2 4659 GC GC,CG,UA 8 11 7 0.74 0.79 1.0 1.78 1.0 1.0 1.85 1.84 0.0 0.79
16S 7 122 239 G:U cWW   Strong B 0.3     11.5 49.1   0.7 4.1 33.6     0.2 0.1 0.1     0.2 4717 AU,GU,AC,AG GU,AG 85 75 16 0.2 0.67 0.83 1.49 0.12 0.61 0.95 0.76 0.0 0.8
16S 7 123 238 U:A cWW   Strong B 0.1 91.9 7.1   0.2 0.2         0.1     0.1     0.2 4769 CG,UA CG,UA,GU 29 33 27 0.87 0.93 0.99 1.92 0.99 1.0 1.55 1.58 0.0 0.81
16S 7 124 237 C:G cWW   Strong B 75.6 7.2 3.5 12.8 0.2 0.1           0.1 0.1     0.1 0.2 4767 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU 32 38 33 0.94 0.98 0.99 1.97 0.99 1.0 0.83 0.84 0.0 0.81
16S 7 125 236 U:A cWW   Strong B   0.2 25.4 0.1   73.6       0.1         0.1 0.1 0.2 4679 UA,UG AU,UG,CA 6 42 3 0.12 0.01 0.0 0.01 0.26 1.0 1.92 1.12 0.0 0.8
16S 7 126 235 G:C cWW   Strong B 61.2 6.7 0.2 27.8 3.2 0.1           0.1 0.1 0.1   0.1 0.3 4751 GC,CG,AU,GU GC,CG,UA,AU 75 74 54 0.72 0.9 0.96 1.86 0.96 0.99 0.75 0.74 0.0 0.81
16S 7 127 234 G:C cWW   Strong B 76.3 1.5 4.5 13.8 2.3 0.7   0.1           0.2     0.5 4777 GC,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU 49 72 43 0.71 0.85 0.97 1.82 0.97 1.0 1.0 0.91 0.0 0.81
16S 7 128 233 G:C cWW   Strong B 85.0 3.8 0.9 7.5 0.4 0.6   0.1     0.3   0.1 0.5     0.5 4770 GC,CG,AU GC,CG,UA,AU 62 63 48 0.77 0.84 0.98 1.82 0.98 0.99 1.2 1.22 0.0 0.81
16S 7 129 232 A:G cWW 3°: base pair Strong B 1.5 17.8 11.5 1.0 0.4 25.1 0.1 0.1 38.0 0.2 0.2   2.4 0.3 0.1   1.2 4743 CG,UA,UG,AG,GA GC,UA,AG 113 88 42 0.42 0.21 0.52 0.73 0.32 0.58 0.24 1.08 0.0 0.8
16S 7 131 231 A:U cWW   Strong B 0.1 50.5 40.0 3.4 0.1 4.7     0.1 0.1 0.1 0.1       0.3 0.4 4782 CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU 96 104 85 0.85 0.89 0.94 1.83 0.94 0.99 0.77 0.76 0.0 0.81
16S 7 132 230 C:G cWW   Strong B 14.2 76.5 3.4 4.3 0.1 0.5       0.1   0.1   0.1     0.5 4755 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU 67 68 60 0.89 0.96 0.99 1.95 0.99 1.0 0.9 0.9 0.0 0.81
16S 7 136 227 C:G cWW   Strong B   98.4 0.6     0.2       0.3   0.1         0.5 4743 CG CG,UA 6 7 5 0.77 0.5 0.99 1.49 0.99 1.0 1.91 1.87 0.0 0.81
16S 7 137 226 U:G cWW   Strong B 1.8 53.9 38.3 0.4 0.6 3.3 0.1   0.1 0.3           0.4 0.6 4737 CG,UA,UG GC,CG,UA,AU 155 154 116 0.75 0.89 0.95 1.84 0.95 0.99 0.77 0.79 0.0 0.8
16S 7 138 225 G:C cWW   Strong B 10.5 17.3 36.4 17.8 0.5 11.0 0.1   0.1 0.2 0.1 0.1   0.1 0.2 5.2 0.4 4733 GC,CG,UA,AU,UG,UU GC,CG,UA,AU 220 243 117 0.51 0.72 0.82 1.54 0.82 0.94 0.26 0.08 0.0 0.8
16S 7 139 224 A:U cWW   Strong B 11.4 7.1 31.1 20.5 16.8 6.6 1.4 0.1 0.2 0.3   0.4 0.3 0.1 0.1 3.4 0.2 4768 GC,CG,UA,AU,GU,UG,UU GC,CG,UA,AU 247 243 116 0.47 0.57 0.7 1.27 0.7 0.94 0.16 0.18 0.0 0.81
16S 7 140 223 U:A cWW   Strong B 8.0 18.5 36.1 22.2 7.2 5.5 0.6 0.1 0.1 0.1   0.2 0.3 0.3 0.1 0.4 0.3 4760 GC,CG,UA,AU,GU,UG GC,CG,UA,AU 237 240 146 0.61 0.77 0.85 1.62 0.85 0.98 0.09 0.14 0.0 0.81
16S 7 141 222 G:C cWW   Strong B 22.1 4.5 4.5 64.0 0.3 2.9 0.1 0.1   0.1   0.1   0.1   0.7 0.3 4787 GC,CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU 122 119 102 0.85 0.87 0.95 1.83 0.95 0.99 0.57 0.61 0.0 0.81
16S 7 142 221 G:C cWW   Strong B 63.7 31.6 0.4 2.2 0.7 0.2 0.1 0.1     0.1 0.1 0.2 0.1 0.1   0.5 4814 GC,CG,AU GC,CG,UA,AU 66 75 57 0.81 0.95 0.98 1.94 0.98 0.99 0.87 0.82 0.0 0.82
16S 8 144 178 G:C cWW   Strong B 40.4 23.7 8.9 10.9 0.2 14.5 0.1 0.1     0.1   0.1 0.1 0.1 0.1 0.5 4750 GC,CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU 163 146 89 0.58 0.74 0.84 1.58 0.84 0.99 0.1 0.23 0.0 0.81
16S 8 145 177 G:G cWW 3°: base pair Strong B 6.7 24.1 2.4 2.8 0.2 21.8 0.1 0.1 0.3 0.1   0.1 0.1 40.8   0.1 0.3 4809 GC,CG,UA,AU,UG,GG UA,AU,GG 147 99 32 0.26 0.09 0.0 0.09 0.36 0.58 0.3 1.23 0.0 0.82
16S 8 146 176 G:C cWW   Strong B 91.6 0.4 0.4 2.9 3.6 0.4             0.1 0.2     0.2 4836 GC,AU,GU GC,CG,UA,AU 34 56 23 0.51 0.46 0.96 1.42 0.96 1.0 1.67 1.5 0.0 0.82
16S 8 147 175 G:C cWW   Strong B 98.7     0.6 0.2               0.1       0.3 4845 GC GC,AU 7 10 3 0.35 0.62 1.0 1.61 1.0 1.0 1.91 1.89 0.0 0.82
16S 8 153 168 C:G cWW   Strong B 0.1 70.0 1.4   13.1 0.2       13.8 0.2 0.4       0.1 0.5 4851 CG,GU,CA CG,UA,GU 33 68 17 0.34 0.49 0.85 1.34 0.72 0.85 1.28 0.78 0.0 0.82
16S 8 154 167 U:A cWW   Strong B 7.6 39.3 22.8 18.3 3.7 4.8 0.1 0.1 0.1 0.5 0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 1.9 0.1 4802 GC,CG,UA,AU,GU,UG GC,CG,UA,AU 184 188 111 0.6 0.81 0.88 1.69 0.88 0.97 0.12 0.18 0.0 0.82
16S 8 155 166 A:U cWW   Strong B 12.9 40.3 17.4 19.1 1.8 6.6 0.1 0.1 0.1 0.6   0.1   0.1   0.3 0.2 4805 GC,CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU 203 191 116 0.59 0.83 0.9 1.73 0.9 0.98 0.08 0.16 0.0 0.82
16S 8 156 165 C:G cWW   Strong B 8.8 31.8 20.4 15.8 2.9 18.6 0.1   0.1 0.1   0.1 0.1 0.1 0.1 0.1 0.9 4805 GC,CG,UA,AU,GU,UG GC,CG,UA,AU 220 191 109 0.53 0.67 0.78 1.44 0.78 0.99 0.08 0.22 0.0 0.81
16S 8 157 164 U:G cWW   Strong B 13.2 10.3 11.2 2.4 33.1 29.0   0.1   0.1       0.2   0.1 0.3 4852 GC,CG,UA,AU,GU,UG GU,UG,AC,CA 171 180 80 0.46 0.44 0.62 1.06 0.37 0.99 0.46 0.17 0.0 0.82
16S 8 158 163 G:C cWW   Strong B 70.0 17.3 0.5 10.5 0.2 0.8         0.2 0.1   0.1     0.2 4850 GC,CG,AU GC,CG,UA,AU 102 101 85 0.84 0.95 0.99 1.94 0.99 0.99 0.75 0.78 0.0 0.82
16S 9 184 193 G:C cWW   Strong B 14.6 29.0 13.3 28.1 6.0 2.7 0.2 0.4 1.9 0.2 0.1 0.4 0.1 0.3 0.1 0.9 1.8 4800 GC,CG,UA,AU,GU,UG GC,CG,UA,AU 271 262 137 0.51 0.81 0.87 1.68 0.87 0.95 -0.07 0.05 0.0 0.81
16S 9 185 192 U:A cWW   Strong B 4.3 42.7 28.5 11.4 1.7 7.1 0.1   0.1 0.6 0.1 0.2 0.1 0.2   1.7 1.3 4829 GC,CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU 246 231 126 0.53 0.79 0.88 1.67 0.88 0.97 0.23 0.33 0.01 0.81
16S 9 186 191 C:G cWW   Strong B 10.9 73.9 2.0 2.1 0.3 7.4 0.1   0.2   0.2 0.1 0.1 0.3 0.1 0.6 1.6 4806 GC,CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU 157 114 70 0.52 0.62 0.91 1.52 0.91 0.98 0.73 1.09 0.01 0.81
16S 10 198 219 G:U cWW   Strong B 81.3 0.6 0.6 4.3 11.8 0.1   0.1     0.1   0.1 0.3 0.1   0.5 4898 GC,AU,GU GC,CG,UA,AU 53 120 27 0.31 0.3 0.87 1.18 0.87 0.99 1.57 1.18 0.0 0.83
16S 10 199 218 A:U cWW   Strong B 13.6 24.3 6.0 36.6 7.7 1.2   0.2     0.1 0.2 1.2 0.1   0.2 8.3 4880 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU 191 162 101 0.57 0.8 0.88 1.68 0.88 0.98 -0.25 -0.16 0.0 0.76
16S 10 200 217 G:C cWW   Strong B 15.5 6.6 8.3 15.7 1.1 1.8     0.1 0.1   0.1 0.7 0.2   0.2 49.5 4854 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU 114 119 80 0.69 0.87 0.91 1.79 0.91 0.97 -0.96 -0.96 0.0 0.42
16S 10 201 216 G:U cWW   Strong B 5.5 3.4 2.2 0.9 30.6 0.5 0.1 0.1     0.1 0.1 0.1 0.2   0.4 55.9 4903 GC,CG,UA,GU CG,UA,GU,AC 38 38 17 0.45 0.42 0.82 1.25 0.27 0.97 -0.51 -0.66 0.0 0.37
16S 10 202 215 G:C cWW   Strong B 33.1 7.6 0.3 0.6 0.3 0.1   0.1     0.1     0.2     57.6 4910 GC,CG GC,CG,UA,AU 22 19 14 0.68 0.92 0.98 1.9 0.98 0.99 -0.5 -0.54 0.0 0.35
16S 10 203 214 G:C cWW   Strong B 21.7 8.2 1.1 1.0 0.1 3.3         0.2   0.1 0.2     63.9 4926 GC,CG,UG GC,CG,UA,AU 44 26 16 0.46 0.72 0.89 1.61 0.89 0.98 -0.75 -0.68 0.0 0.3
16S 10 206 213 C:G cWW   Strong B 0.3 14.3 10.0 0.5 0.1 0.3     0.1 0.1 0.1 0.1         74.1 4935 CG,UA GC,CG,UA,AU 37 38 32 0.85 0.94 0.97 1.91 0.97 0.99 -0.62 -0.63 0.0 0.22
16S 10 207 212 C:G cWW   Strong B 1.1 20.6 1.5 1.2 0.3 1.1                     74.0 4937 CG GC,CG,UA,AU 36 30 20 0.61 0.72 0.94 1.66 0.94 1.0 -0.58 -0.55 0.0 0.22
16S 11 240 286 G:C cWW   Strong B 10.0 69.7 14.3 4.9   0.4 0.1     0.1 0.1 0.1   0.1     0.1 4956 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU 93 99 87 0.91 0.97 0.99 1.96 0.99 0.99 0.66 0.66 0.0 0.84
16S 11 241 285 G:C cWW   Strong B 32.7 36.8 14.7 11.8 2.8 0.5   0.1     0.1     0.2       4993 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU 128 117 111 0.91 0.94 0.96 1.9 0.96 0.99 0.15 0.12 0.0 0.85
16S 11 242 284 G:C cWW   Strong B 48.4 20.6 6.8 0.1   23.5         0.3       0.1     4979 GC,CG,UA,UG GC,AU,UG 72 53 44 0.7 0.46 0.72 1.18 0.76 0.99 0.47 0.68 0.0 0.85
16S 11 245 283 U:U cWW 3°: base pair Strong B                     25.2 0.1     0.1 74.3   4985 CC,UU CC,UU 24 24 21 0.88 0.98 1.0 1.98 0.0 0.0 1.17 1.16 0.0 0.85
16S 11 247 277 G:C cWW   Strong B 99.2     0.1 0.4           0.1     0.1       5011 GC GC,AU 5 8 4 0.61 0.24 0.99 1.23 0.99 1.0 1.96 1.93 0.0 0.85
16S 11 248 276 C:G cWW   Strong B 9.8 82.2 4.7 1.5   0.7       0.1 0.5 0.1   0.1 0.1   0.1 5006 GC,CG,UA GC,CG,UA,AU 97 93 71 0.75 0.91 0.98 1.89 0.98 0.99 1.12 1.12 0.0 0.85
16S 11 249 275 U:G cWW   Strong B   0.1 0.1     98.4     0.1 1.2         0.1 0.1   5017 UG UG,CA 11 12 8 0.7 0.75 1.0 1.74 0.0 0.99 1.89 1.88 0.0 0.86
16S 11 252 274 U:A cWW   Strong B   0.2 98.2 1.4                     0.1     5006 UA CG,UA,AU 25 25 24 0.96 0.9 1.0 1.9 1.0 1.0 1.86 1.85 0.0 0.85
16S 11 253 273 A:U cWW   Strong B   0.4 95.5 3.7                       0.2   4958 UA,AU CG,UA,AU 32 37 30 0.87 0.93 1.0 1.92 1.0 1.0 1.72 1.71 0.0 0.85
16S 11 254 272 G:C cWW   Strong B 99.2       0.5     0.1         0.1 0.1       4855 GC   1 8 0 0.0 0.03 0.0 0.03 0.99 1.0 1.98 1.94 0.0 0.83

Next page

Advanced export

JSON shape: default, array, newline-delimited

CSV options: 

CREATE VIEW basepair_combined as
select f.molecule, f.helix_number, f.position_1, f.position_2,
       f.reference_base_pair, f.conformation, f.tertiary_type, f.strength, f.group_code,
       f.GC, f.CG, f.UA, f.AU, f.GU, f.UG, f.AA, f.AC, f.AG, f.CA, f.CC, f.CU, f.GA, f.GG, f.UC, f.UU, f.gap, f.Seq as sequences,
       f.predominant_types, f.covarying_types,
       s.Xch, s.Ych, s.PE, s.PES, s.Cov1, s.Cov3, s."C1+C3" as C1_C3,
       s.WC, s.WCGU, s.XCons, s.YCons, s.DfDel, s.PNuc
from basepair_frequency f
left join basepair_collective_score s
  on s.molecule = f.molecule and s.position_1 = f.position_1
 and s.position_2 = f.position_2 and s.group_code = f.group_code;