Base-pair statistics (frequencies and scores together) (view)

predominant_types
Base-pair types shown in bold in the published table (most frequent).
covarying_types
Base-pair types marked * in the published table (involved in a covariation).
sequences
Number of sequences in the group.

1,330 rows where conformation = "cWW" and group_code = 3 sorted by position_1

✎ View and edit SQL

This data as json, CSV (advanced)

Suggested facets: reference_base_pair, DfDel

strength 5

molecule 3

group_code 1

  • 3 · 1,330 ✖

conformation 1

  • cWW · 1,330 ✖
molecule helix_number position_1 ▼ position_2 reference_base_pair conformation tertiary_type strength group_code GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap sequences predominant_types covarying_types Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1_C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc
23S 1 1 2902 G:C cWW   Strong 3 50.8 1.2 2.4 7.7 3.7   1.6     0.8   0.8       0.4 30.4 246 GC,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU 14 10 3 0.25 0.61 0.9 1.5 0.9 0.95 -0.19 -0.23 0.04 0.27
5S 1 1 119 U:A cWW   Strong 3 5.2 0.7 8.7 2.6 0.5 1.3 0.3 0.5 0.3 0.2 0.2 0.2 0.2   0.3 2.3 76.6 611 GC,UA,AU,UU GC,CG,UA,AU                          
23S 1 2 2901 G:C cWW   Strong 3 45.9 3.3 3.7 16.3 2.0   0.8 0.4   0.4   0.8     0.8 0.4 25.1 246 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU 13 13 4 0.31 0.8 0.92 1.73 0.92 0.95 -0.43 -0.33 0.03 0.29
5S 1 2 118 G:C cWW   Strong 3 20.0 1.8 3.8 3.8 0.5 1.3 0.5 1.8 0.2   0.2 0.2 0.3   0.7 0.7 64.4 610 GC,UA,AU GC,CG,UA,AU                          
23S 1 3 2900 U:A cWW   Strong 3 5.3 7.3 49.0 2.8 0.8 1.2       1.2   3.6     0.4 3.6 24.6 247 GC,CG,UA,AU,CU,UU GC,CG,UA,AU 11 12 6 0.52 0.58 0.85 1.44 0.85 0.88 -0.4 -0.38 0.02 0.29
5S 1 3 117 C:G cWW   Strong 3 27.2 23.4 9.0 23.3 0.7 9.6 0.3 0.7 0.2   0.2 0.2 0.2 0.2 0.7 0.7 3.7 602 GC,CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU                          
23S 1 4 2899 U:A cWW   Strong 3 3.2 30.8 36.4 4.5   0.8 1.2   0.4 0.4         0.4   21.8 247 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU 18 19 13 0.7 0.92 0.96 1.88 0.96 0.97 -0.36 -0.37 0.02 0.31
5S 1 4 116 C:G cWW   Strong 3 9.1 46.2 13.0 2.5 5.6 13.4   0.2 0.2 0.2 0.3 0.2 0.3 0.3 0.2 6.9 1.5 606 GC,CG,UA,AU,GU,UG,UU GC,CG,UA,AU                          
23S 1 5 2898 A:U cWW   Strong 3 6.9 2.0 0.8 70.2 0.4   0.4         0.4         18.9 248 GC,CG,AU GC,CG,UA,AU 10 6 3 0.38 0.89 0.98 1.87 0.98 0.99 0.26 0.3 0.03 0.32
5S 1 5 115 U:A cWW   Strong 3 8.6 31.1 41.8 11.0 0.3 3.8 0.2   1.2 0.7           0.2 1.3 608 GC,CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU                          
23S 1 6 2897 A:U cWW   Strong 3 8.9 0.4 1.2 69.8 0.4   0.4             0.8     18.1 248 GC,AU GC,CG,UA,AU 7 6 3 0.46 0.87 0.98 1.85 0.98 0.98 0.36 0.28 0.03 0.32
5S 1 6 114 G:C cWW   Strong 3 47.8 7.1 33.2 9.4 1.0 0.7 0.2 0.3       0.2         0.3 609 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU                          
23S 1 7 2896 G:C cWW   Strong 3 72.5 4.8 0.8 2.8 0.8   0.4     0.4 0.4           17.2 251 GC,CG,AU GC,CG,UA,AU 10 7 4 0.47 0.81 0.98 1.78 0.98 0.99 0.33 0.33 0.01 0.33
5S 1 7 113 G:C cWW   Strong 3 59.0 1.3 4.4 33.9 0.8 0.2   0.2         0.2         610 GC,UA,AU GC,CG,UA,AU                          
23S 1 8 2895 C:G cWW   Weak 3 5.6 27.1 27.5 1.2   19.9         0.4     0.4     18.0 251 GC,CG,UA,UG GC,CG,UA,AU 22 21 5 0.23 0.62 0.75 1.37 0.75 0.99 -0.14 -0.16 0.01 0.33
5S 1 8 112 C:G cWW   Strong 3 2.5 70.0 0.5 0.7 0.3 25.9         0.2             611 GC,CG,UG GC,CG,UA,AU                          
16S 1 9 25 G:C cWW   Strong 3 65.7 31.5     0.8 0.1   0.8           0.1 0.2   0.6 2878 GC,CG GC,CG 16 9 3 0.24 0.94 0.98 1.92 0.98 0.99 0.93 1.03 0.0 0.4
5S 1 9 111 G:U cWW   Strong 3 42.5 0.7 0.3 2.5 52.5 0.2   0.2         0.5       0.8 610 GC,AU,GU CG,UA,GU,AC                          
16S 1 10 24 A:U cWW   Strong 3   3.9 26.1 66.9 1.9       0.1 0.1   0.5       0.1 0.3 2956 CG,UA,AU CG,UA,AU 20 12 5 0.31 0.92 0.97 1.89 0.97 0.99 0.76 0.96 0.0 0.41
5S 1 10 110 G:C cWW   Strong 3 51.1 2.5 5.6 32.6 5.2 0.3 0.7 1.1 0.2 0.2         0.2 0.2 0.3 611 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU                          
16S 1 11 23 G:C cWW   Strong 3 99.1     0.1       0.3             0.1   0.3 3010 GC GC,AU 7 4 1 0.18 0.23 1.0 1.23 1.0 1.0 1.91 1.95 0.0 0.42
16S 1 12 22 U:G cWW   Strong 3 29.1 0.3 0.1 0.2   68.3   1.3 0.1   0.1     0.2 0.1 0.1 0.3 3095 GC,UG GC,AU,UG 11 13 6 0.5 0.93 0.98 1.91 0.3 0.98 0.95 1.07 0.0 0.43
23S 2 15 525 G:U cWW   Strong 3 1.3 20.8 1.8 2.0 63.4 4.0   0.5 2.0 1.3   1.8 0.3   0.3 0.3 0.6 399 CG,AU,GU,UG,AG CG,UA,GU,AC 14 19 4 0.24 0.64 0.87 1.51 0.26 0.94 0.63 0.68 0.0 0.63
23S 2 16 524 C:G cWW   Strong 3 32.7 13.1 24.4 17.6 8.5 2.3     0.3 0.5 0.5           0.3 398 GC,CG,UA,AU,GU,UG GC,CG,UA,AU 19 36 12 0.44 0.82 0.88 1.7 0.88 0.99 0.1 0.05 0.0 0.63
5S 2 16 68 G:C cWW   Strong 3 57.5 32.5 7.9 0.7 0.7 0.7   0.2                   610 GC,CG,UA GC,CG,UA,AU                          
16S 2 17 918 U:A cWW 3°: pseudoknot Strong 3     98.5     0.5       0.1     0.1   0.2 0.2 0.3 3123 UA   3 6 1 0.22 0.05 0.0 0.05 0.99 0.99 1.94 1.92 0.0 0.43
23S 2 17 523 G:C cWW   Strong 3 60.7 19.2 15.7 0.5 2.2 0.2           1.0         0.4 402 GC,CG,UA,GU GC,CG,UA,AU 7 12 5 0.53 0.91 0.96 1.88 0.96 0.99 0.62 0.38 0.0 0.64
5S 2 17 67 C:G cWW   Strong 3 9.0 69.9 7.7 5.7   3.1 0.2     3.9     0.2 0.3       611 GC,CG,UA,AU,UG,CA GC,CG,UA,AU                          
16S 2 18 917 C:G cWW 3°: pseudoknot Strong 3   92.8 3.9     0.7     0.2 2.1   0.1         0.2 3137 CG,UA,CA CG,UA 27 23 11 0.44 0.56 0.97 1.53 0.97 0.98 1.68 1.66 0.0 0.44
23S 2 18 522 U:A cWW   Strong 3 2.7 60.7 30.1 0.5   3.7 0.2   0.2     0.2 0.2 0.2   0.7 0.2 402 GC,CG,UA,UG GC,CG,UA,AU 13 19 6 0.38 0.85 0.94 1.8 0.94 0.98 0.77 0.68 0.0 0.64
5S 2 18 65 G:U cWW   Strong 3 36.0 3.9 5.4 42.7 9.7 0.2 0.5 0.8   0.2 0.2 0.2 0.3         611 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU                          
16S 2 19 916 A:U cWW 3°: pseudoknot Strong 3   85.3 0.9 9.6   0.3     1.2 0.3 0.1 2.2   0.1     0.2 3166 CG,AU,CU CG,UA,AU 32 16 1 0.04 0.72 0.96 1.68 0.96 0.96 1.39 1.41 0.0 0.44
23S 2 19 521 A:U cWW   Strong 3 9.2 15.6 23.3 28.0 19.6 0.2 1.0       0.2     0.5   2.0 0.2 403 GC,CG,UA,AU,GU,UU GC,CG,UA,AU 25 31 12 0.43 0.67 0.76 1.44 0.76 0.96 0.01 0.19 0.0 0.64
5S 2 19 64 C:G cWW   Strong 3 23.0 30.2 18.9 23.0 1.3 0.8 0.2 0.5 0.3 0.7 0.5     0.3 0.2 0.2   609 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU                          
23S 2 20 520 C:G cWW   Strong 3 6.9 36.2 17.4 32.8 1.5 2.5   0.2   0.7         0.2 1.0 0.4 403 GC,CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU 28 29 17 0.6 0.9 0.94 1.84 0.94 0.98 0.11 0.18 0.0 0.64
5S 2 20 63 G:C cWW   Strong 3 36.1 23.6 14.9 18.4 3.0 0.7   0.8     0.2       0.8 1.5   609 GC,CG,UA,AU,GU GC,CG,UA,AU                          
23S 2 21 519 A:U cWW   Strong 3 14.6 9.9 5.7 46.4 7.9 13.4     0.5     0.5       0.7 0.2 403 GC,CG,UA,AU,GU,UG GC,AU,UG 26 32 16 0.55 0.53 0.75 1.27 0.77 0.98 0.17 0.46 0.0 0.64
5S 2 21 62 G:C cWW   Strong 3 37.2 17.5 19.0 16.9 2.6 3.6   1.1 0.3 0.3 0.2 0.2 0.2 0.2   0.7   610 GC,CG,UA,AU,GU,UG GC,CG,UA,AU                          
23S 2 22 518 C:G cWW   Strong 3 0.5 59.2 24.4 2.5   11.9       0.5 0.5           0.4 402 CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU 17 20 8 0.43 0.68 0.87 1.55 0.87 0.99 0.81 1.0 0.0 0.64
5S 2 22 61 U:G cWW   Strong 3 25.7 10.2 29.2 16.2 0.7 15.2   0.2 0.3   0.2     1.6 0.2 0.3   610 GC,CG,UA,AU,UG GC,CG,UA,AU                          
23S 2 23 517 G:C cWW   Strong 3 80.1   0.2 15.6 2.5   0.2   1.0               0.2 403 GC,AU,GU GC,UA,AU 10 11 5 0.48 0.81 0.96 1.77 0.96 0.99 1.29 1.1 0.0 0.64
5S 2 23 60 G:C cWW   Strong 3 79.5 0.8 0.2 1.1 1.6 0.5   1.6 0.2   0.3 1.0 2.1 0.5 8.9 1.5 0.2 609 GC,GA,UC GC,CG,UU                          
23S 2 24 516 G:C cWW   Strong 3 75.1   2.0 19.2 2.2 0.2   0.2   0.7             0.2 402 GC,UA,AU,GU GC,UA,AU 9 16 6 0.48 0.86 0.96 1.82 0.96 0.99 1.06 0.89 0.0 0.64
16S 3 27 556 G:C cWW   Strong 3 78.8 2.4 0.1 17.2 0.1   0.1 0.3     0.1       0.1 0.4 0.2 3638 GC,CG,AU GC,CG,UA,AU 16 13 8 0.55 0.94 0.99 1.93 0.99 0.99 1.09 1.28 0.0 0.51
16S 3 28 555 A:U cWW   Strong 3 45.4 1.4   35.5 16.8     0.1     0.1 0.2       0.1 0.2 4137 GC,AU,GU GC,CG,AU 25 29 8 0.3 0.68 0.82 1.5 0.82 0.99 0.89 0.9 0.0 0.57
5S 2 28 56 C:G cWW   Strong 3 0.2 20.9   2.3 0.5 0.7   0.3   0.3 2.8 62.2   0.2 7.7 2.0   611 CG,AU,CC,CU,UC CU,GG,UC                          
16S 3 29 554 U:A cWW   Strong 3 7.7 2.4 36.3 51.0 0.2 0.5   0.1       0.1   0.1   0.3 1.2 4239 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU 43 48 27 0.59 0.97 0.98 1.95 0.98 0.99 0.43 0.55 0.01 0.58
5S 2 29 55 A:U cWW   Strong 3 10.5   5.9 83.3 0.2     0.2                   611 GC,UA,AU GC,UA,AU                          
16S 3 30 553 U:A cWW   Strong 3 1.4 40.1 35.8 20.0 0.3 1.4 0.2     0.2   0.1 0.1       0.1 4314 CG,UA,AU GC,CG,UA,AU 55 60 37 0.64 0.96 0.97 1.93 0.97 0.99 0.35 0.41 0.0 0.6
23S 2 30 510 G:C cWW 3°: base pair Strong 3 76.2 13.2 1.7 5.7 0.7 1.2 0.7                   0.4 403 GC,CG,AU GC,CG,UA,AU 10 13 7 0.61 0.88 0.97 1.86 0.97 0.99 0.88 0.75 0.0 0.64
5S 2 30 54 C:G cWW   Strong 3 2.8 94.9 1.6 0.2   0.2         0.2     0.2       611 GC,CG GC,CG,UA,AU                          
23S 3 31 474 C:G cWW   Strong 3 9.7 62.3 16.7 8.2 0.2 0.7     0.2     0.2         1.4 401 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU 6 9 4 0.53 0.96 0.98 1.94 0.98 0.99 0.46 0.16 0.02 0.63
5S 2 31 51 C:G cWW   Strong 3 5.2 85.3 4.1 0.3 0.2 0.5 0.7     2.0 0.2 0.8 0.2   0.7     611 GC,CG,UA GC,CG,UA,AU                          
16S 3 32 552 A:U cWW   Strong 3 0.6   19.1 78.7 0.3   0.1         0.1   0.5   0.2 0.3 4408 UA,AU GC,UA,AU 13 14 5 0.37 0.94 0.99 1.92 0.99 0.99 1.15 1.25 0.0 0.61
23S 3 32 473 C:G cWW   Strong 3   96.0 0.2 2.5   0.2         0.2     0.2     0.4 403 CG,AU CG,UA,AU 3 3 2 0.67 0.79 0.99 1.78 0.99 0.99 1.72 1.61 0.02 0.64
5S 2 32 50 U:A cWW   Strong 3 33.8 38.4 22.0 4.6   0.8     0.2 0.2 0.2             610 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU                          
16S 3 33 551 A:U cWW   Strong 3   3.0 1.1 95.2 0.2                       0.2 4439 CG,AU CG,UA,AU 11 10 5 0.48 0.92 1.0 1.92 1.0 1.0 1.65 1.72 0.0 0.62
5S 2 33 49 G:C cWW   Strong 3 70.7 21.1 2.3 4.3 0.2 1.1               0.3       611 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU                          
16S 3 34 550 C:G cWW   Strong 3   78.2 0.6     20.0     0.2   0.1 0.1   0.4     0.3 4520 CG,UG CG,UA 22 12 5 0.29 0.03 0.0 0.03 0.79 0.99 1.18 1.9 0.0 0.63
5S 2 34 48 A:U cWW   Strong 3 9.8   32.9 57.0 0.2                   0.2     611 GC,UA,AU GC,UA,AU                          
16S 3 35 549 G:C cWW   Weak 3 93.4 0.1     5.3     0.2     0.3   0.1   0.2   0.4 4555 GC,GU GC,CG 14 10 4 0.33 0.03 0.0 0.03 0.94 0.99 1.89 1.68 0.0 0.63
23S 4 35 445 G:C cWW   Strong 3 99.0     0.2                         0.7 402 GC GC,AU 1 2 1 0.67 1.0 1.0 2.0 1.0 1.0 1.9 1.97 0.01 0.63
16S 3 36 548 C:G cWW   Strong 3   96.8 1.8     0.2     0.1 0.2 0.2 0.1   0.2     0.4 4632 CG CG,UA 13 15 6 0.43 0.67 0.99 1.66 0.99 0.99 1.78 1.82 0.0 0.64
23S 4 36 444 G:C cWW   Strong 3 95.8 1.0   1.7       0.7     0.2           0.5 403 GC GC,CG,AU 4 4 1 0.25 0.73 0.99 1.72 0.99 0.99 1.68 1.78 0.0 0.64
23S 4 37 442 C:G cWW   Strong 3 1.7 88.8 1.7 2.5   4.7               0.2     0.2 401 CG,AU,UG GC,CG,UA,AU 13 12 5 0.4 0.55 0.95 1.5 0.95 1.0 1.32 1.53 0.0 0.64
23S 4 38 441 A:U cWW   Strong 3 10.2 0.5 37.7 51.4                         0.2 401 GC,UA,AU GC,CG,UA,AU 15 16 14 0.9 1.0 1.0 2.0 1.0 1.0 0.55 0.66 0.0 0.64
16S 4 39 403 G:C cWW   Weak 3 75.2   5.4 0.4 1.1   0.1 0.2     0.2   16.7 0.1 0.3   0.3 4942 GC,UA,GA GC,UA,AU 24 35 6 0.2 0.24 0.81 1.05 0.81 0.82 1.57 1.12 0.0 0.69
23S 4 39 440 G:C cWW   Strong 3 10.5 54.9 24.2 9.7   0.2   0.2                 0.2 401 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU 19 24 14 0.65 0.99 0.99 1.98 0.99 1.0 0.34 0.47 0.0 0.64
16S 4 40 402 C:G cWW   Strong 3 0.4 79.3 18.9 0.2   0.3     0.1 0.1 0.1   0.1 0.1 0.1   0.2 5027 CG,UA GC,CG,UA,AU 30 26 20 0.71 0.95 0.99 1.94 0.99 0.99 1.19 1.24 0.0 0.7
23S 4 40 439 U:A cWW   Strong 3 16.3 23.1 52.1 6.5 0.3 1.0           0.3   0.3     0.3 399 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU 25 33 20 0.69 0.96 0.98 1.95 0.98 0.99 0.3 0.3 0.0 0.63
16S 4 41 401 G:C cWW   Strong 3 77.2 7.6 1.9 2.0 0.3 0.6   0.1   4.1 0.1 5.5     0.1   0.2 5009 GC,CG,AU,CA,CU GC,CG,UA,AU 30 44 19 0.51 0.52 0.89 1.41 0.89 0.9 1.0 0.93 0.0 0.69
23S 4 41 438 C:G cWW   Strong 3 27.4 33.7 9.7 28.4               0.2         0.4 401 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU 29 35 23 0.72 1.0 1.0 1.99 1.0 1.0 0.09 0.09 0.0 0.63
16S 4 42 400 G:C cWW   Strong 3 79.1 0.4 17.5 1.9 0.3 0.1   0.1   0.1 0.2       0.1   0.4 5078 GC,UA GC,CG,UA,AU 22 21 10 0.47 0.96 0.99 1.96 0.99 1.0 1.11 1.17 0.0 0.7
23S 4 42 437 A:U cWW   Strong 3 47.1 0.2 4.5 47.1 0.5     0.2                 0.2 401 GC,UA,AU GC,CG,UA,AU 22 29 17 0.67 0.99 0.99 1.98 0.99 1.0 0.73 0.63 0.0 0.64
16S 4 43 399 C:G cWW   Strong 3 3.3 72.2 7.3 1.8   1.1 0.6   0.1 12.4 0.5 0.1   0.2   0.1 0.3 5063 GC,CG,UA,CA GC,CG,UA,AU 68 73 42 0.6 0.45 0.85 1.29 0.85 0.86 1.18 0.93 0.0 0.7
23S 4 43 436 G:C cWW   Strong 3 38.1 36.6 4.5 5.5 1.0   4.0   1.0   0.2       0.2 0.7 8.1 402 GC,CG,UA,AU,AA GC,CG,UA,AU 21 27 17 0.71 0.87 0.92 1.79 0.92 0.93 -0.09 -0.07 0.01 0.59
16S 4 44 398 A:U cWW   Strong 3 44.3 0.2 0.2 35.3 0.3 0.1 1.3 16.7     0.2   0.1   0.3 0.8 0.4 5134 GC,AU,AC GC,CG,UA,AU 56 56 41 0.73 0.64 0.8 1.45 0.8 0.81 0.86 0.91 0.0 0.71
23S 4 44 434 A:U cWW   Strong 3 3.5 6.5 3.0 73.5 1.8 0.5 2.2 1.8 3.5 0.8 0.2   1.5 0.5   0.5 0.2 400 GC,CG,UA,AU,AA,AG GC,CG,UA,AU 11 26 4 0.22 0.49 0.87 1.36 0.87 0.89 0.98 0.61 0.01 0.63
16S 4 45 396 G:C cWW   Strong 3 21.5 5.4 29.8 1.7 0.7 20.2 0.1   16.9 0.1     0.2 0.4 2.8   0.2 5092 GC,CG,UA,UG,AG,UC GC,UA,AG 59 79 28 0.41 0.55 0.68 1.23 0.58 0.79 0.33 0.32 0.0 0.71
23S 4 45 433 G:C cWW   Strong 3 68.1 0.5 1.0 5.7 2.2 2.0 0.2 2.7     0.2       5.5 8.7 2.8 401 GC,AU,GU,UG,AC,UC,UU GC,CG,AA,UU 10 21 6 0.39 0.33 0.8 1.13 0.78 0.82 0.76 0.52 0.03 0.62
16S 4 46 395 G:C cWW   Strong 3 78.5 2.5 0.1 14.7 3.6     0.1     0.1     0.1 0.1   0.2 5159 GC,CG,AU,GU GC,CG,UA,AU 26 17 10 0.47 0.81 0.96 1.77 0.96 1.0 1.19 1.17 0.0 0.72
23S 4.1 46 179 G:C cWW   Strong 3 40.0 28.6 4.2                     0.5     26.5 402 GC,CG,UA GC,CG,UA 6 23 6 0.41 0.98 0.99 1.98 0.99 0.99 -0.28 0.28 0.17 0.47
16S 5 47 361 C:G cWW 3°: base pair Strong 3 21.2 72.3 3.5     0.4         0.1   1.2 0.6     0.4 5173 GC,CG,UA GC,CG,UA 12 9 9 0.86 0.91 0.97 1.89 0.97 0.98 0.97 1.0 0.0 0.72
23S 4.1 47 178 C:G cWW   Strong 3   95.7 1.0 0.5   2.3                     0.6 399 CG,UG CG,UA,AU 5 4 2 0.44 0.4 0.98 1.38 0.98 1.0 1.72 1.79 0.0 0.63
16S 5 52 359 C:G cWW   Strong 3 22.4 57.7 15.0 2.8 0.8 0.2   0.1 0.2 0.1 0.2 0.1   0.1     0.1 5252 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU 43 39 31 0.76 0.95 0.98 1.94 0.98 0.99 0.5 0.48 0.0 0.73
16S 5 53 358 A:U cWW   Strong 3 3.0 21.7   73.5 1.3     0.1     0.1 0.1       0.1 0.1 5240 GC,CG,AU GC,CG,AU 19 12 8 0.52 0.93 0.98 1.92 0.98 0.99 1.0 1.08 0.0 0.73
16S 5 54 357 C:G cWW   Weak 3   99.3 0.3     0.1     0.1 0.1               5285 CG CG,UA 6 2 1 0.25 0.41 1.0 1.4 1.0 1.0 1.94 1.94 0.0 0.74
23S 5 54 116 G:C cWW   Strong 3 75.6     2.5 21.4               0.2       0.2 406 GC,AU,GU GC,AU 2 7 2 0.44 0.1 0.0 0.1 0.78 1.0 1.8 1.14 0.0 0.64
23S 5 55 115 G:C cWW   Strong 3 77.0 0.2   21.2 1.2                       0.2 405 GC,AU GC,CG,AU 7 4 2 0.36 0.95 0.99 1.93 0.99 1.0 1.2 1.16 0.0 0.64
16S 5 56 356 U:A cWW   Weak 3     99.6                   0.1     0.1 0.1 5283 UA   2 2 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 1.98 1.98 0.0 0.73
23S 5 56 114 A:U cWW   Strong 3 8.9 3.7 3.0 83.7 0.2     0.2                 0.2 406 GC,CG,UA,AU GC,CG,UA,AU 12 17 12 0.83 0.97 0.99 1.96 0.99 1.0 1.1 1.12 0.0 0.64
16S 5 57 355 G:C cWW   Strong 3 98.8       0.1     0.2     0.3   0.1 0.1 0.2   0.2 5351 GC   11 4 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.99 0.99 1.92 1.96 0.0 0.74
23S 6 57 70 C:G cWW   Strong 3   91.4 7.9     0.2                     0.4 406 CG,UA CG,UA 2 1 1 0.67 0.97 1.0 1.97 1.0 1.0 1.56 1.53 0.0 0.64
16S 5 58 354 C:G cWW   Weak 3 0.7 98.5       0.1     0.1 0.1 0.2     0.1     0.2 5381 CG GC,CG 9 6 2 0.27 0.54 0.99 1.54 0.99 0.99 1.9 1.89 0.0 0.75
23S 6 58 69 G:C cWW   Strong 3 98.5     0.2 0.7     0.2                 0.2 406 GC GC,AU 2 3 1 0.4 0.2 0.0 0.2 0.99 1.0 1.93 1.84 0.0 0.64
23S 6 59 68 U:G cWW   Strong 3 8.3 40.7 9.8     40.9                     0.2 408 GC,CG,UA,UG GC,UG 14 9 5 0.43 0.14 0.0 0.14 0.59 1.0 0.68 1.06 0.0 0.65
16S 6 61 106 G:C cWW   Strong 3 98.1     0.3 0.6     0.1     0.2   0.1 0.3 0.1   0.2 5558 GC GC,AU 10 21 3 0.19 0.21 0.99 1.19 0.99 0.99 1.92 1.87 0.0 0.77
23S 6.1 61 93 C:G cWW 3°: pseudoknot Strong 3 26.0 14.3 8.8 15.7   0.5   5.7         0.2 0.2     28.5 407 GC,CG,UA,AU,AC GC,CG,UA,AU 22 20 13 0.62 0.85 0.91 1.76 0.91 0.91 0.29 -0.76 0.19 0.46
16S 6 62 105 U:G cWW   Weak 3   1.0 0.7     97.6               0.1 0.3 0.1 0.1 5571 UG   9 18 1 0.07 0.01 0.0 0.01 0.02 0.99 1.9 1.87 0.0 0.78
23S 6.1 62 92   cWW 3°: pseudoknot Strong 3 5.6 25.1 19.8 1.0 0.2 0.5 4.1   1.2 0.2 0.2   1.0 0.2   12.2 28.5 410 GC,CG,UA,AA,UU GC,CG,UA,AU 23 14 10 0.54 0.57 0.72 1.29 0.72 0.73 0.41 -0.73 0.19 0.47

Next page

Advanced export

JSON shape: default, array, newline-delimited

CSV options: 

CREATE VIEW basepair_combined as
select f.molecule, f.helix_number, f.position_1, f.position_2,
       f.reference_base_pair, f.conformation, f.tertiary_type, f.strength, f.group_code,
       f.GC, f.CG, f.UA, f.AU, f.GU, f.UG, f.AA, f.AC, f.AG, f.CA, f.CC, f.CU, f.GA, f.GG, f.UC, f.UU, f.gap, f.Seq as sequences,
       f.predominant_types, f.covarying_types,
       s.Xch, s.Ych, s.PE, s.PES, s.Cov1, s.Cov3, s."C1+C3" as C1_C3,
       s.WC, s.WCGU, s.XCons, s.YCons, s.DfDel, s.PNuc
from basepair_frequency f
left join basepair_collective_score s
  on s.molecule = f.molecule and s.position_1 = f.position_1
 and s.position_2 = f.position_2 and s.group_code = f.group_code;