Base-pair statistics (frequencies and scores together) (view)

predominant_types
Base-pair types shown in bold in the published table (most frequent).
covarying_types
Base-pair types marked * in the published table (involved in a covariation).
sequences
Number of sequences in the group.

42 rows where conformation = "No BP", molecule = "23S" and strength = "Weak" sorted by position_1

✎ View and edit SQL

This data as json, CSV (advanced)

Suggested facets: helix_number, position_1, position_2, reference_base_pair, UG, AA, AC, CA, CU, GA, GG, UU, gap, sequences, predominant_types, covarying_types, Xch, Ych, PE, PES, Cov1, Cov3, C1_C3, WC, WCGU, XCons, YCons, DfDel, PNuc

group_code 7

strength 1

  • Weak · 42 ✖

molecule 1

  • 23S · 42 ✖

conformation 1

  • No BP · 42 ✖

tertiary_type 0

molecule helix_number position_1 ▼ position_2 reference_base_pair conformation tertiary_type strength group_code GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap sequences predominant_types covarying_types Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1_C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc
23S 33 687 775 C:G No BP   Weak T   95.8 0.2 0.9   1.2   0.1 0.3 0.1 0.1 0.3 0.1 0.3     0.3 886 CG CG,UA,AU 11 7 0 0.0 0.29 0.97 1.27 0.97 0.98 1.72 1.8 0.0 0.84
23S 33 687 775 C:G No BP   Weak 3   99.0               0.2 0.2     0.4     0.2 524 CG   2 1 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.99 0.99 1.96 1.94 0.0 0.83
23S 33 687 775 C:G No BP   Weak B   99.3               0.4 0.4             282 CG   0 1 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.99 0.99 2.0 1.93 0.0 0.86
23S 33 687 775 C:G No BP   Weak A   100.0                               37 CG   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 2.0 2.0 0.0 0.9
23S 33 687 775 C:G No BP   Weak C   95.0             2.0     3.0           100 CG,AG,CU   1 2 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.95 0.95 1.86 1.81 0.0 0.97
23S 33 687 775 C:G No BP   Weak E   98.5                       1.0     0.5 205 CG   2 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.99 0.99 1.92 1.95 0.0 0.78
23S 33 687 775 C:G No BP   Weak M   89.7 0.8 3.1   4.2   0.4 0.4       0.4 0.4     0.8 262 CG,AU,UG CG,UA,AU 8 4 0 0.0 0.4 0.94 1.34 0.94 0.98 1.34 1.62 0.01 0.83
23S 34 703 729 U:G No BP   Weak T   15.1 0.1 0.1 0.1 71.4 0.2   5.1 0.1   0.1   0.6     7.1 887 CG,UG,AG GU,UG,AA 40 4 1 0.04 0.02 0.0 0.02 0.17 0.93 0.55 1.49 0.01 0.79
23S 34 703 729 U:G No BP   Weak 3   22.5       77.3       0.2               524 CG,UG UG,CA 20 0 0 0.0 0.01 0.0 0.01 0.23 1.0 1.23 1.98 0.0 0.83
23S 34 703 729 U:G No BP   Weak B   1.8       98.2                       282 UG   1 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.02 1.0 1.87 2.0 0.0 0.86
23S 34 703 729 U:G No BP   Weak A   32.4       67.6                       37 CG,UG   3 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.32 1.0 1.09 2.0 0.0 0.9
23S 34 703 729 U:G No BP   Weak C           100.0                       100 UG   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 2.0 2.0 0.0 0.97
23S 34 703 729 U:G No BP   Weak E   49.3       50.2       0.5               205 CG,UG UG,CA 16 0 0 0.0 0.01 0.0 0.01 0.49 0.99 1.0 1.96 0.0 0.78
23S 34 703 729 U:G No BP   Weak M   6.1 0.4 0.4 0.4 48.7 0.8   17.1     0.4   1.9     24.0 263 CG,UG,AG GU,UG,AA 20 4 1 0.08 0.04 0.0 0.04 0.09 0.73 -0.3 0.73 0.04 0.64
23S 66 1799 1820 G:U No BP   Weak T 22.1   0.1 0.6 73.2     0.1         0.4       3.5 842 GC,GU UA,GU,AC 3 10 1 0.15 0.01 0.0 0.01 0.24 0.99 1.63 0.93 0.0 0.78
23S 66 1799 1820 G:U No BP   Weak 3 40.0       58.3     0.2                 1.5 458 GC,GU GU,AC 0 4 0 0.0 0.01 0.0 0.01 0.41 1.0 1.83 0.9 0.0 0.72
23S 66 1799 1820 G:U No BP   Weak B         100.0                         262 GU   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 2.0 2.0 0.0 0.8
23S 66 1799 1820 G:U No BP   Weak A 90.2       9.8                         41 GC,GU   0 2 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.9 1.0 2.0 1.54 0.0 1.0
23S 66 1799 1820 G:U No BP   Weak C 1.0       96.0               3.0         101 GU,GA   0 3 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.97 2.0 1.73 0.0 0.98
23S 66 1799 1820 G:U No BP   Weak E 97.4       0.6     0.6                 1.2 155 GC   0 2 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.99 0.99 1.82 1.78 0.0 0.58
23S 66 1799 1820 G:U No BP   Weak M 0.7   0.4 1.8 89.0                       8.1 283 GU UA,GU 3 3 1 0.33 0.12 0.0 0.12 0.03 1.0 1.27 1.37 0.0 0.83
23S 69 1911 1919 U:A No BP   Weak T     97.9             0.5           0.1 1.5 852 UA   2 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.99 0.99 1.82 1.86 0.0 0.8
23S 69 1911 1919 U:A No BP   Weak 3     98.6             0.9           0.2 0.2 440 UA   2 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.99 0.99 1.9 1.98 0.0 0.7
23S 69 1911 1919 U:A No BP   Weak B     98.0             1.6             0.4 244 UA   2 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.98 0.98 1.83 1.95 0.0 0.74
23S 69 1911 1919 U:A No BP   Weak A     100.0                             41 UA   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 2.0 2.0 0.0 1.0
23S 69 1911 1919 U:A No BP   Weak C     100.0                             101 UA   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 2.0 2.0 0.0 0.98
23S 69 1911 1919 U:A No BP   Weak E     99.4                         0.6   155 UA   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.99 0.99 2.0 1.94 0.0 0.59
23S 69 1911 1919 U:A No BP   Weak M     96.1                           3.8 311 UA   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 1.71 1.71 0.0 0.96
23S 74 2075 2434 U:A No BP   Weak T   0.1 97.8     0.4 0.2         0.1     0.2 1.2   845 UA CG,UA 4 8 3 0.5 0.05 0.0 0.05 0.98 0.98 1.94 1.83 0.0 0.81
23S 74 2075 2434 U:A No BP   Weak 3     99.3                         0.7   437 UA   0 1 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.99 0.99 2.0 1.94 0.0 0.69
23S 74 2075 2434 U:A No BP   Weak B     100.0                             241 UA   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 2.0 2.0 0.0 0.74
23S 74 2075 2434 U:A No BP   Weak A     100.0                             41 UA   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 2.0 2.0 0.0 1.0
23S 74 2075 2434 U:A No BP   Weak C     100.0                             99 UA   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 2.0 2.0 0.0 0.96
23S 74 2075 2434 U:A No BP   Weak E     98.1                         1.9   155 UA   0 1 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.98 0.98 2.0 1.86 0.0 0.59
23S 74 2075 2434 U:A No BP   Weak M   0.3 94.8     1.0 0.6         0.3     0.6 2.3   309 UA,UU CG,UA 4 7 3 0.55 0.06 0.0 0.06 0.95 0.96 1.85 1.67 0.0 0.99
23S 80 2249 2255 U:G No BP   Weak T     4.1     94.6       0.6       0.4 0.1 0.1 0.1 845 UA,UG UG,CA 2 10 1 0.17 0.11 0.0 0.11 0.04 0.99 1.91 1.68 0.0 0.81
23S 80 2249 2255 U:G No BP   Weak 3           99.1               0.7     0.2 434 UG   1 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.99 1.94 1.97 0.0 0.69
23S 80 2249 2255 U:G No BP   Weak B           99.6                     0.4 238 UG   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 2.0 1.95 0.0 0.73
23S 80 2249 2255 U:G No BP   Weak A           100.0                       41 UG   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 2.0 2.0 0.0 1.0
23S 80 2249 2255 U:G No BP   Weak C     2.0     98.0                       102 UA,UG   0 2 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.02 1.0 2.0 1.86 0.0 0.99
23S 80 2249 2255 U:G No BP   Weak E           98.1               1.9       155 UG   1 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.98 1.86 2.0 0.0 0.59
23S 80 2249 2255 U:G No BP   Weak M     10.7     87.1       1.6         0.3 0.3   309 UA,UG UG,CA 1 8 1 0.22 0.12 0.0 0.12 0.11 0.98 1.88 1.4 0.0 0.99

Advanced export

JSON shape: default, array, newline-delimited

CSV options: 

CREATE VIEW basepair_combined as
select f.molecule, f.helix_number, f.position_1, f.position_2,
       f.reference_base_pair, f.conformation, f.tertiary_type, f.strength, f.group_code,
       f.GC, f.CG, f.UA, f.AU, f.GU, f.UG, f.AA, f.AC, f.AG, f.CA, f.CC, f.CU, f.GA, f.GG, f.UC, f.UU, f.gap, f.Seq as sequences,
       f.predominant_types, f.covarying_types,
       s.Xch, s.Ych, s.PE, s.PES, s.Cov1, s.Cov3, s."C1+C3" as C1_C3,
       s.WC, s.WCGU, s.XCons, s.YCons, s.DfDel, s.PNuc
from basepair_frequency f
left join basepair_collective_score s
  on s.molecule = f.molecule and s.position_1 = f.position_1
 and s.position_2 = f.position_2 and s.group_code = f.group_code;