Base-pair statistics (frequencies and scores together) (view)

predominant_types
Base-pair types shown in bold in the published table (most frequent).
covarying_types
Base-pair types marked * in the published table (involved in a covariation).
sequences
Number of sequences in the group.

217 rows where conformation = "No BP" sorted by position_1

✎ View and edit SQL

This data as json, CSV (advanced)

Suggested facets: helix_number, reference_base_pair, AA, AC, AG, CA, CC, CU, GG, PE, DfDel

group_code 7

  • 3 31
  • A 31
  • B 31
  • C 31
  • E 31
  • M 31
  • T 31

strength 5

tertiary_type 2

molecule 2

conformation 1

  • No BP · 217 ✖
molecule helix_number position_1 ▼ position_2 reference_base_pair conformation tertiary_type strength group_code GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap sequences predominant_types covarying_types Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1_C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc
16S 1 13 21 U:G No BP   Weak T   0.1 8.8 0.1   88.5 0.1   1.5 0.1     0.1 0.1   0.3 0.5 3890 UA,UG UG,AA 14 68 3 0.07 0.02 0.0 0.02 0.09 0.98 1.8 1.5 0.0 0.46
16S 1 13 21 U:G No BP   Weak 3   0.1 0.2     99.0     0.1         0.1   0.1 0.4 3097 UG   4 7 1 0.18 0.05 0.0 0.05 0.0 1.0 1.93 1.91 0.0 0.43
16S 1 13 21 U:G No BP   Weak B     0.2     98.9     0.2         0.1   0.1 0.1 2128 UG   4 6 1 0.2 0.05 0.0 0.05 0.0 0.99 1.94 1.89 0.0 0.36
16S 1 13 21 U:G No BP   Weak A           100.0                       154 UG   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 2.0 2.0 0.0 0.58
16S 1 13 21 U:G No BP   Weak C     0.8     94.4                   4.8   126 UG,UU   0 2 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.95 2.0 1.66 0.0 0.69
16S 1 13 21 U:G No BP   Weak E   0.1 0.1     98.9                     0.8 815 UG   0 1 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.9 1.97 0.01 0.77
16S 1 13 21 U:G No BP   Weak M     50.2 0.1   38.6 0.4   8.1 0.7     0.4 0.1   0.6 0.6 669 UA,UG,AG UA,AG 10 59 2 0.06 0.16 0.0 0.16 0.51 0.9 1.4 0.89 0.0 0.57
16S 15 375 388 U:G No BP   Weak T   0.1 0.9     97.8     0.1         0.1 0.1 0.4 0.4 6852 UG   10 30 4 0.2 0.05 0.0 0.05 0.01 0.99 1.94 1.68 0.02 0.8
16S 15 375 388 U:G No BP   Weak 3   0.1 0.4     98.5     0.1           0.1 0.4 0.3 5867 UG   3 21 1 0.08 0.01 0.0 0.01 0.0 0.99 1.96 1.88 0.0 0.81
16S 15 375 388 U:G No BP   Weak B     0.3     98.8     0.1           0.2 0.5   4613 UG   2 17 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.99 1.97 1.89 0.0 0.79
16S 15 375 388 U:G No BP   Weak A     2.2     95.6                     2.2 228 UA,UG   0 3 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.02 1.0 1.81 1.85 0.02 0.84
16S 15 375 388 U:G No BP   Weak C     0.6     99.4                       164 UG   0 1 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 1.0 2.0 1.95 0.0 0.9
16S 15 375 388 U:G No BP   Weak E 0.1 0.2 0.1     98.0             0.1 0.2   0.1 1.3 1026 UG GC,UG 1 1 1 1.0 0.12 0.0 0.12 0.0 1.0 1.93 1.84 0.01 0.96
16S 15 375 388 U:G No BP   Weak M 0.2 0.4 5.1     92.9 0.4   0.1         0.2   0.1 0.6 829 UA,UG GC,UG,AA 7 8 3 0.4 0.09 0.0 0.09 0.06 0.99 1.82 0.84 0.11 0.71
16S 20 582 758 C:C No BP 3°: base pair Strong T 0.1 7.6 7.8 0.1   52.0 0.9 0.2 0.1 0.5 10.5 0.5   0.1 15.3 0.3 3.9 6988 CG,UA,UG,CC,UC UG,AA,CC 95 111 26 0.25 0.26 0.66 0.92 0.16 0.7 0.79 0.52 0.03 0.79
16S 20 582 758 C:C No BP 3°: base pair Strong 3 0.1 8.9 2.3     57.7   0.1   0.1 12.3 0.6     17.5 0.3   5946 CG,UA,UG,CC,UC UG,CC 56 55 17 0.31 0.29 0.7 0.99 0.11 0.69 1.2 0.89 0.0 0.83
16S 20 582 758 C:C No BP 3°: base pair Strong B 0.1 11.2 2.6     68.4   0.1   0.2 15.6 0.8     0.6 0.3   4697 CG,UA,UG,CC UG,CC 54 47 17 0.34 0.5 0.84 1.34 0.14 0.82 1.11 1.08 0.0 0.8
16S 20 582 758 C:C No BP 3°: base pair Strong A     1.8     94.9                 3.2     217 UG,UC   0 4 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.02 0.97 2.0 1.52 0.0 0.82
16S 20 582 758 C:C No BP 3°: base pair Strong C   0.6 3.0 1.2   73.8   0.6 0.6   1.8     1.2 15.9 1.2   164 UA,UG,UC AU,UG,CC 8 17 4 0.32 0.12 0.0 0.12 0.05 0.79 1.55 0.98 0.0 0.9
16S 20 582 758 C:C No BP 3°: base pair Strong E 0.3   0.9     1.2   0.2             97.4   0.1 1032 UC   2 4 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 0.02 1.95 1.82 0.0 0.98
16S 20 582 758 C:C No BP 3°: base pair Strong M 0.1 0.3 45.6 0.7 0.2 9.1 7.2 1.1 0.7 3.2 0.1     0.1 0.5 0.1 31.0 886 UA,UG,AA,CA CG,UA,GU,AC 31 39 5 0.14 0.07 0.0 0.07 0.68 0.81 -0.31 0.37 0.2 0.53
16S 21 606 632 G:U No BP   Weak T 1.7 1.7 1.4 1.7 47.5 1.7 0.4 0.1 0.4   0.3 0.3 2.0 8.1 1.4 2.4 28.8 7251 GU,GA,GG,UU GU,UG,AA,CC 89 148 18 0.15 0.15 0.0 0.15 0.09 0.78 -0.06 -0.3 0.01 0.61
16S 21 606 632 G:U No BP   Weak 3 2.0 0.8 0.8 1.9 56.4 1.6 0.3 0.1 0.4   0.4 0.3 2.4 9.7 1.5 2.8 18.4 6068 GC,GU,GA,GG,UU GU,UG,AA,CC 67 128 12 0.12 0.1 0.0 0.1 0.07 0.78 0.34 0.02 0.01 0.69
16S 21 606 632 G:U No BP   Weak B 2.2 1.0 1.0 2.3 69.1 1.9 0.4 0.1 0.5   0.5 0.4 2.9 12.1 1.8 2.0 1.7 4794 GC,AU,GU,GA,GG,UU GU,UG,AA,CC 64 114 12 0.14 0.1 0.0 0.1 0.07 0.79 1.25 0.72 0.01 0.8
16S 21 606 632 G:U No BP   Weak A 5.2     2.2 47.0 4.3           0.4 0.9 3.9 4.3 31.0 0.9 232 GC,AU,GU,UG,GG,UC,UU GU,UC 3 14 0 0.0 0.08 0.0 0.08 0.07 0.59 0.86 1.0 0.01 0.87
16S 21 606 632 G:U No BP   Weak C 2.4 44.7 27.1 2.4 1.8 12.4 1.2   1.2     0.6     4.1 1.8 0.6 170 GC,CG,UA,AU,UG,UC GC,CG,UA,AU 15 15 5 0.33 0.58 0.77 1.35 0.77 0.91 0.52 0.46 0.0 0.93
16S 21 606 632 G:U No BP   Weak E                                 100.0 1042     0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
16S 21 606 632 G:U No BP   Weak M   0.1 0.6 0.2 2.0 0.2 0.4   0.2 0.1     0.1     0.4 95.8 1021 GU UA,GU,AG 7 5 1 0.17 0.01 0.0 0.01 0.01 0.03 -0.25 -0.23 0.0 0.0
23S 33 687 775 C:G No BP   Weak T   95.8 0.2 0.9   1.2   0.1 0.3 0.1 0.1 0.3 0.1 0.3     0.3 886 CG CG,UA,AU 11 7 0 0.0 0.29 0.97 1.27 0.97 0.98 1.72 1.8 0.0 0.84
23S 33 687 775 C:G No BP   Weak 3   99.0               0.2 0.2     0.4     0.2 524 CG   2 1 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.99 0.99 1.96 1.94 0.0 0.83
23S 33 687 775 C:G No BP   Weak B   99.3               0.4 0.4             282 CG   0 1 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.99 0.99 2.0 1.93 0.0 0.86
23S 33 687 775 C:G No BP   Weak A   100.0                               37 CG   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 2.0 2.0 0.0 0.9
23S 33 687 775 C:G No BP   Weak C   95.0             2.0     3.0           100 CG,AG,CU   1 2 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.95 0.95 1.86 1.81 0.0 0.97
23S 33 687 775 C:G No BP   Weak E   98.5                       1.0     0.5 205 CG   2 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.99 0.99 1.92 1.95 0.0 0.78
23S 33 687 775 C:G No BP   Weak M   89.7 0.8 3.1   4.2   0.4 0.4       0.4 0.4     0.8 262 CG,AU,UG CG,UA,AU 8 4 0 0.0 0.4 0.94 1.34 0.94 0.98 1.34 1.62 0.01 0.83
23S 33 688 774 U:G No BP   Significant T     90.9 1.5 0.1 3.6       0.1         3.3 0.3 0.2 886 UA,UG,UC UA,AU 4 14 3 0.33 0.17 0.0 0.17 0.93 0.96 1.84 1.42 0.0 0.85
23S 33 688 774 U:G No BP   Significant 3     89.5     5.3                 5.0 0.2   524 UA,UG,UC   0 7 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.9 0.95 2.0 1.4 0.0 0.83
23S 33 688 774 U:G No BP   Significant B     88.7     9.2                 2.1     282 UA,UG,UC   0 4 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.89 0.98 2.0 1.41 0.0 0.86
23S 33 688 774 U:G No BP   Significant A     100.0                             37 UA   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 2.0 2.0 0.0 0.9
23S 33 688 774 U:G No BP   Significant C     100.0                             100 UA   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 2.0 2.0 0.0 0.97
23S 33 688 774 U:G No BP   Significant E     88.8     1.0                 9.8 0.5   205 UA,UC   0 3 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.89 0.9 2.0 1.42 0.0 0.78
23S 33 688 774 U:G No BP   Significant M     90.1 5.0 0.4 1.5       0.4         1.1 0.8 0.8 262 UA,AU UA,AU 4 7 3 0.55 0.54 0.96 1.5 0.96 0.98 1.56 1.41 0.01 0.83
23S 34 703 729 U:G No BP   Weak T   15.1 0.1 0.1 0.1 71.4 0.2   5.1 0.1   0.1   0.6     7.1 887 CG,UG,AG GU,UG,AA 40 4 1 0.04 0.02 0.0 0.02 0.17 0.93 0.55 1.49 0.01 0.79
23S 34 703 729 U:G No BP   Weak 3   22.5       77.3       0.2               524 CG,UG UG,CA 20 0 0 0.0 0.01 0.0 0.01 0.23 1.0 1.23 1.98 0.0 0.83
23S 34 703 729 U:G No BP   Weak B   1.8       98.2                       282 UG   1 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.02 1.0 1.87 2.0 0.0 0.86
23S 34 703 729 U:G No BP   Weak A   32.4       67.6                       37 CG,UG   3 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.32 1.0 1.09 2.0 0.0 0.9
23S 34 703 729 U:G No BP   Weak C           100.0                       100 UG   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 2.0 2.0 0.0 0.97
23S 34 703 729 U:G No BP   Weak E   49.3       50.2       0.5               205 CG,UG UG,CA 16 0 0 0.0 0.01 0.0 0.01 0.49 0.99 1.0 1.96 0.0 0.78
23S 34 703 729 U:G No BP   Weak M   6.1 0.4 0.4 0.4 48.7 0.8   17.1     0.4   1.9     24.0 263 CG,UG,AG GU,UG,AA 20 4 1 0.08 0.04 0.0 0.04 0.09 0.73 -0.3 0.73 0.04 0.64
16S 30 944 1237 G:C No BP   No Support T 99.3       0.2     0.1                 0.3 6633 GC   3 4 0 0.0 0.04 0.0 0.04 1.0 1.0 1.95 1.97 0.0 0.78
16S 30 944 1237 G:C No BP   No Support 3 99.6             0.1                 0.2 5326 GC   2 1 0 0.0 0.11 0.0 0.11 1.0 1.0 1.96 1.99 0.0 0.74
16S 30 944 1237 G:C No BP   No Support B 99.7                               0.1 4162 GC   2 1 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 1.97 1.99 0.0 0.71
16S 30 944 1237 G:C No BP   No Support A 99.5             0.5                   191 GC   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.99 0.99 1.96 2.0 0.0 0.72
16S 30 944 1237 G:C No BP   No Support C 100.0                                 160 GC   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 2.0 2.0 0.0 0.88
16S 30 944 1237 G:C No BP   No Support E 99.2                       0.1     0.1 0.6 972 GC GC,UU 0 0 0 0.0 0.5 1.0 1.5 1.0 1.0 1.92 1.98 0.01 0.92
16S 30 944 1237 G:C No BP   No Support M 98.4       1.1     0.2         0.1       0.3 1152 GC   1 3 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.99 1.0 1.95 1.9 0.0 0.99
16S 31 960 975 U:A No BP   Weak T     61.8 14.8   22.4 0.2   0.1           0.2 0.2 0.3 6871 UA,AU,UG UA,AU 10 32 1 0.05 0.39 0.77 1.16 0.77 0.99 1.35 0.64 0.0 0.81
16S 31 960 975 U:A No BP   Weak 3     72.2     27.5                     0.1 5561 UA,UG   1 14 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.72 1.0 1.97 1.14 0.0 0.77
16S 31 960 975 U:A No BP   Weak B     92.1     7.5                     0.2 4347 UA,UG   1 10 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.92 1.0 1.97 1.59 0.0 0.74
16S 31 960 975 U:A No BP   Weak A           100.0                       208 UG   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 2.0 2.0 0.0 0.79
16S 31 960 975 U:A No BP   Weak C     96.9                         3.1   162 UA,UU   0 2 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.97 0.97 2.0 1.8 0.0 0.89
16S 31 960 975 U:A No BP   Weak E     0.7     99.0     0.1         0.2       1006 UG   0 4 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 1.0 1.97 1.94 0.0 0.95
16S 31 960 975 U:A No BP   Weak M     6.5 89.1   0.6 0.9 0.3 0.6   0.1 0.3     1.0 0.7 0.1 1153 UA,AU UA,AU,CC 9 16 1 0.08 0.61 0.96 1.56 0.96 0.96 1.53 1.43 0.0 0.99
16S 31 961 974 U:A No BP   Weak T 0.1 0.1 66.4 0.1 0.1 16.8 0.3     0.6 0.2 2.1     8.7 4.1 0.3 6856 UA,UG,CU,UC,UU GC,UA,CU 48 99 4 0.05 0.07 0.0 0.07 0.67 0.84 1.73 0.59 0.0 0.8
16S 31 961 974 U:A No BP   Weak 3 0.1 0.1 68.1     20.8         0.2       8.9 1.5 0.3 5546 UA,UG,UC UA,CC 4 37 0 0.0 0.01 0.0 0.01 0.69 0.89 1.94 0.72 0.0 0.77
16S 31 961 974 U:A No BP   Weak B 0.1   86.4     0.3         0.1       11.3 1.2 0.4 4330 UA,UC GC,UA 1 28 0 0.0 0.01 0.0 0.01 0.87 0.87 1.95 1.32 0.0 0.74
16S 31 961 974 U:A No BP   Weak A   3.3 3.3     78.5                   14.8   209 CG,UA,UG,UU   3 2 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.07 0.85 1.79 1.22 0.0 0.79
16S 31 961 974 U:A No BP   Weak C     96.9             2.5           0.6   163 UA,CA   1 1 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.97 0.97 1.83 1.95 0.0 0.9
16S 31 961 974 U:A No BP   Weak E   0.1 2.4     96.7         0.4     0.1 0.3     1007 UA,UG UG,CC 0 7 0 0.0 0.12 0.0 0.12 0.03 0.99 1.94 1.78 0.0 0.95
16S 31 961 974 U:A No BP   Weak M 0.6   54.6 0.6 0.4 0.1 1.5 0.1   3.3 0.3 12.3 0.1   8.9 17.3   1151 UA,CA,CU,UC,UU GC,UA,CU 43 61 4 0.08 0.28 0.67 0.96 0.56 0.56 1.14 0.69 0.0 0.99
16S 34 1053 1205 G:U No BP   Weak T 2.6     15.1 81.7     0.1       0.1         0.3 6891 GC,AU,GU GU,AC 7 20 0 0.0 0.01 0.0 0.01 0.18 1.0 1.35 1.79 0.0 0.81
16S 34 1053 1205 G:U No BP   Weak 3 3.0     0.1 96.4             0.2         0.3 5581 GC,GU   2 13 0 0.0 0.01 0.0 0.01 0.03 1.0 1.95 1.77 0.0 0.78
16S 34 1053 1205 G:U No BP   Weak B 3.8       95.6             0.2         0.2 4383 GC,GU   2 12 0 0.0 0.01 0.0 0.01 0.04 1.0 1.95 1.75 0.0 0.75
16S 34 1053 1205 G:U No BP   Weak A 1.0     0.5 98.5                         197 GU   0 1 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 1.0 1.96 1.92 0.0 0.75
16S 34 1053 1205 G:U No BP   Weak C 0.6       99.4                         163 GU   0 1 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.01 1.0 2.0 1.95 0.0 0.9
16S 34 1053 1205 G:U No BP   Weak E         99.8                       0.2 997 GU   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.99 1.98 0.0 0.94
16S 34 1053 1205 G:U No BP   Weak M 0.5     90.9 7.8     0.5       0.1       0.1 0.1 1152 AU,GU GC,AU 5 6 0 0.0 0.06 0.0 0.06 0.92 0.99 1.55 1.9 0.0 0.99
16S 34 1064 1192 G:C No BP   Strong T 73.2   2.5 0.4 1.8 0.2 0.2 0.1 0.1 0.7 0.1 12.9 2.5 0.5 4.2 0.4 0.1 6914 GC,UA,CU,GA,UC GC,UA,AG,CU 53 71 16 0.26 0.58 0.89 1.47 0.76 0.78 0.99 1.0 0.0 0.81
16S 34 1064 1192 G:C No BP   Strong 3 79.8   0.4   1.8 0.2   0.1 0.1     15.9 0.1 0.4 0.8 0.2 0.1 5606 GC,CU GC,UA,AG,CU 9 32 6 0.29 0.82 0.96 1.78 0.8 0.82 1.23 1.21 0.0 0.78
16S 34 1064 1192 G:C No BP   Strong B 97.1       2.1     0.1         0.1 0.6       4404 GC,GU   2 24 1 0.08 0.0 0.0 0.0 0.97 0.99 1.99 1.78 0.0 0.75
16S 34 1064 1192 G:C No BP   Strong A 100.0                                 198 GC   0 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 2.0 2.0 0.0 0.75
16S 34 1064 1192 G:C No BP   Strong C 89.6       6.1   0.6             3.7       163 GC,GU,GG GC,AA 1 8 1 0.22 0.06 0.0 0.06 0.9 0.96 1.95 1.4 0.0 0.9
16S 34 1064 1192 G:C No BP   Strong E   0.1 2.2   1.0 1.3     0.3 0.1 0.1 89.3     4.3 1.1 0.2 1000 UA,CU,UC AG,CU,UC 7 8 5 0.67 0.44 0.94 1.38 0.02 0.05 1.45 1.45 0.0 0.95
16S 34 1064 1192 G:C No BP   Strong M 38.0 0.1 12.9 3.0 1.0   1.0 0.2 0.3 3.9 0.7   15.0 0.3 21.7 1.6 0.5 1150 GC,UA,AU,CA,GA,UC GC,CG,UA,AU 43 31 9 0.24 0.26 0.54 0.8 0.54 0.55 0.55 0.73 0.0 0.99
16S 40 1158 1178 C:G No BP   Weak T   81.2 0.4 0.1   0.5       0.1 1.8 0.2   0.1 0.2 0.1 15.2 7138 CG CG,UA,AU 12 156 4 0.05 0.13 0.0 0.13 0.96 0.97 0.97 1.02 0.12 0.71
16S 40 1158 1178 C:G No BP   Weak 3   96.4       0.5       0.2 2.2 0.1     0.2   0.2 5825 CG,CC CG,UC 7 9 1 0.12 0.06 0.0 0.06 0.97 0.97 1.91 1.77 0.0 0.81
16S 40 1158 1178 C:G No BP   Weak B   99.8                               4605 CG   1 1 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 1.98 1.99 0.0 0.79
16S 40 1158 1178 C:G No BP   Weak A   99.5       0.5                       195 CG   1 0 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.99 1.0 1.95 2.0 0.0 0.74
16S 40 1158 1178 C:G No BP   Weak C   91.0   0.6   3.0 0.6   0.6     0.6         3.6 167 CG,UG CG,AU 0 2 0 0.0 0.11 0.0 0.11 0.95 0.98 1.38 1.71 0.03 0.89
16S 40 1158 1178 C:G No BP   Weak E   80.9 0.1     2.7   0.1 0.1 0.8 12.7 0.7   0.2 1.2 0.1 0.5 1019 CG,UG,CC CG,UC 5 8 1 0.15 0.06 0.0 0.06 0.81 0.84 1.71 1.23 0.01 0.96
16S 40 1158 1178 C:G No BP   Weak M 0.1 2.5 2.3 0.3     0.2   0.1     0.3   0.2   0.4 93.5 1152 CG,UA GC,CG,UA,AU 5 145 3 0.04 0.03 0.0 0.03 0.05 0.05 -0.32 0.02 0.0 0.0
16S 40 1159 1177 U:G No BP   Weak T   5.5 0.2 0.1   73.5 1.5 0.3 1.5 0.4 0.4 0.1 0.1 0.8   0.4 15.2 7135 CG,UG UG,AA,CC 80 167 11 0.09 0.16 0.0 0.16 0.07 0.94 0.49 1.0 0.12 0.71
16S 40 1159 1177 U:G No BP   Weak 3   6.6 0.2 0.1   87.0 1.8 0.4 1.8 0.4   0.1 0.1 0.9 0.1 0.4 0.3 5822 CG,UG UG,AA,CU 65 16 5 0.12 0.14 0.0 0.14 0.07 0.94 1.29 1.71 0.0 0.81
16S 40 1159 1177 U:G No BP   Weak B   5.7 0.1     93.5     0.5               0.1 4600 CG,UG   43 2 1 0.04 0.0 0.0 0.0 0.06 0.99 1.63 1.97 0.0 0.78
16S 40 1159 1177 U:G No BP   Weak A   53.0       46.0           0.5       0.5   198 CG,UG CG,UU 7 1 0 0.0 0.01 0.0 0.01 0.53 0.99 1.0 1.92 0.0 0.75
16S 40 1159 1177 U:G No BP   Weak C   3.0 0.6 0.6   90.4     1.2 0.6       0.6   0.6 2.4 167 CG,UG AU,UG,CA 7 3 2 0.4 0.17 0.0 0.17 0.04 0.97 1.39 1.74 0.02 0.9
16S 40 1159 1177 U:G No BP   Weak E 0.1 1.6 0.7 0.4   65.6 10.1 2.2 8.0 2.3 0.2 0.2 0.4 5.1 0.3 2.3 0.7 1018 UG,AA,AC,AG,CA,GG,UU UG,AA,CC 15 13 4 0.29 0.31 0.77 1.07 0.03 0.69 0.72 1.0 0.01 0.96
16S 40 1159 1177 U:G No BP   Weak M   0.3 0.3 0.2 0.1 2.5 0.1   0.1 0.3 2.0 0.2   0.2   0.4 93.6 1152 UG,CC AU,UG,CC 8 148 4 0.05 0.02 0.0 0.02 0.01 0.03 -0.32 0.0 0.0 0.0
23S 55 1420 1578 A:U No BP   Strong T 4.5 10.9 5.9 7.0 0.8 0.2 0.1 0.2 0.6 0.2   0.8       22.3 46.3 860 GC,CG,UA,AU,UU GC,CG,AA,UU 29 38 14 0.42 0.5 0.71 1.2 0.53 0.55 -0.83 -0.73 0.1 0.44
23S 55 1420 1578 A:U No BP   Strong 3 8.1 18.8 9.1 10.5 1.0 0.4   0.2 0.8 0.4   1.2       39.5 9.8 484 GC,CG,UA,AU,UU GC,CG,UU 26 22 11 0.46 0.53 0.74 1.27 0.52 0.53 -0.18 -0.05 0.02 0.69

Next page

Advanced export

JSON shape: default, array, newline-delimited

CSV options: 

CREATE VIEW basepair_combined as
select f.molecule, f.helix_number, f.position_1, f.position_2,
       f.reference_base_pair, f.conformation, f.tertiary_type, f.strength, f.group_code,
       f.GC, f.CG, f.UA, f.AU, f.GU, f.UG, f.AA, f.AC, f.AG, f.CA, f.CC, f.CU, f.GA, f.GG, f.UC, f.UU, f.gap, f.Seq as sequences,
       f.predominant_types, f.covarying_types,
       s.Xch, s.Ych, s.PE, s.PES, s.Cov1, s.Cov3, s."C1+C3" as C1_C3,
       s.WC, s.WCGU, s.XCons, s.YCons, s.DfDel, s.PNuc
from basepair_frequency f
left join basepair_collective_score s
  on s.molecule = f.molecule and s.position_1 = f.position_1
 and s.position_2 = f.position_2 and s.group_code = f.group_code;