Base-pair collective (covariation) scores

425 rows where group_code = "T", molecule = "16S" and strength = "Strong" sorted by position_1

✎ View and edit SQL

This data as json, CSV (advanced)

Suggested facets: reference_base_pair, tertiary_type, DfDel

conformation 6

strength 1

  • Strong · 425 ✖

molecule 1

  • 16S · 425 ✖

group_code 1

Link rowid molecule helix_number position_1 ▼ position_2 pair_note header_format reference_base_pair conformation ai_code tertiary_type header_extra strength group_code Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
1 1 16S 1 9 25   v4 G:C cWW       Strong T 32 27 12 0.41 0.94 0.97 1.91 0.97 0.98 0.52 0.64 0.0 0.43 3661
8 8 16S 1 10 24   v4 A:U cWW       Strong T 33 22 8 0.29 0.93 0.97 1.9 0.97 0.99 0.44 0.56 0.0 0.44 3741
15 15 16S 1 11 23   v4 G:C cWW       Strong T 23 16 10 0.51 0.26 0.96 1.21 0.96 0.96 1.61 1.84 0.0 0.45 3799
22 22 16S 1 12 22   v4 U:G cWW       Strong T 35 31 9 0.27 0.89 0.97 1.86 0.25 0.93 0.79 0.88 0.0 0.46 3888
36 36 16S 2 17 918   v4 U:A cWW   3°: pseudoknot   Strong T 13 16 7 0.48 0.15 0.0 0.15 0.99 0.99 1.92 1.9 0.0 0.46 3912
43 43 16S 2 18 917   v4 C:G cWW   3°: pseudoknot   Strong T 44 41 21 0.49 0.62 0.97 1.6 0.97 0.98 1.62 1.59 0.0 0.46 3930
50 50 16S 2 19 916   v4 A:U cWW   3°: pseudoknot   Strong T 49 31 7 0.17 0.71 0.96 1.67 0.96 0.96 1.38 1.41 0.0 0.46 3959
57 57 16S 3 27 556   v4 G:C cWW       Strong T 50 80 26 0.4 0.85 0.96 1.81 0.96 0.96 0.83 0.96 0.0 0.52 4476
64 64 16S 3 28 555   v4 A:U cWW       Strong T 69 103 33 0.38 0.7 0.82 1.53 0.82 0.97 0.51 0.55 0.0 0.58 4977
71 71 16S 3 29 554   v4 U:A cWW       Strong T 103 125 48 0.42 0.9 0.94 1.84 0.94 0.96 0.39 0.48 0.01 0.59 5079
78 78 16S 3 30 553   v4 U:A cWW       Strong T 98 108 65 0.63 0.96 0.97 1.93 0.97 0.99 0.14 0.21 0.0 0.6 5157
85 85 16S 3 32 552   v4 A:U cWW       Strong T 23 28 12 0.47 0.95 0.99 1.94 0.99 0.99 1.0 1.09 0.0 0.61 5253
92 92 16S 3 33 551   v4 A:U cWW       Strong T 20 22 11 0.52 0.96 0.99 1.96 0.99 1.0 1.17 1.25 0.0 0.62 5282
99 99 16S 3 34 550   v4 C:G cWW       Strong T 68 55 28 0.46 0.38 0.81 1.19 0.81 0.99 0.74 1.37 0.0 0.63 5366
113 113 16S 3 36 548   v4 C:G cWW       Strong T 55 59 30 0.53 0.85 0.98 1.83 0.98 0.99 1.45 1.52 0.0 0.65 5516
134 134 16S 4 40 402   v4 C:G cWW       Strong T 87 84 53 0.62 0.94 0.98 1.92 0.98 0.99 0.93 0.99 0.0 0.69 5927
141 141 16S 4 41 401   v4 G:C cWW       Strong T 83 97 58 0.64 0.65 0.9 1.55 0.9 0.91 0.74 0.77 0.0 0.69 5909
148 148 16S 4 42 400   v4 G:C cWW       Strong T 62 67 42 0.65 0.96 0.99 1.95 0.99 0.99 0.77 0.84 0.0 0.7 5987
155 155 16S 4 43 399   v4 C:G cWW       Strong T 135 146 92 0.66 0.6 0.86 1.46 0.86 0.88 0.94 0.81 0.0 0.7 5974
162 162 16S 4 44 398   v4 A:U cWW       Strong T 106 113 69 0.63 0.71 0.82 1.53 0.82 0.83 0.73 0.74 0.0 0.71 6046
169 169 16S 4 45 396   v4 G:C cWW       Strong T 134 168 78 0.52 0.51 0.65 1.15 0.63 0.81 0.29 0.14 0.0 0.7 6007
176 176 16S 4 46 395   v4 G:C cWW       Strong T 86 90 50 0.57 0.82 0.95 1.77 0.95 0.99 1.05 1.04 0.0 0.71 6074
183 183 16S 5 47 361   v4 C:G cWW   3°: base pair   Strong T 85 51 22 0.32 0.69 0.89 1.58 0.89 0.9 0.75 0.66 0.0 0.71 6093
190 190 16S 5 52 359   v4 C:G cWW       Strong T 73 73 55 0.75 0.95 0.98 1.94 0.98 0.99 0.53 0.52 0.0 0.72 6188
197 197 16S 5 53 358   v4 A:U cWW       Strong T 22 16 9 0.47 0.93 0.98 1.91 0.98 0.99 1.07 1.15 0.0 0.72 6181
218 218 16S 5 57 355   v4 G:C cWW       Strong T 15 9 2 0.17 0.04 0.0 0.04 0.99 0.99 1.91 1.94 0.0 0.74 6323
232 232 16S 6 61 106   v4 G:C cWW       Strong T 23 39 13 0.42 0.6 0.99 1.58 0.99 0.99 1.79 1.75 0.0 0.77 6539
246 246 16S 6 63 104   v4 C:G cWW       Strong T 57 41 27 0.55 0.67 0.99 1.66 0.99 1.0 0.79 0.5 0.11 0.57 6600
253 253 16S 6 66 103   v4 A:U cWW       Strong T 112 108 77 0.7 0.9 0.96 1.85 0.96 0.97 0.28 0.34 0.01 0.68 6563
260 260 16S 6 67 102   v4 C:G cWW       Strong T 58 66 40 0.65 0.93 0.98 1.91 0.98 0.99 0.41 0.47 0.01 0.69 6597
274 274 16S 6 69 99   v4 G:C cWW       Strong T 132 139 48 0.35 0.6 0.79 1.39 0.79 0.94 -0.55 -0.67 0.01 0.49 6585
281 281 16S 6 70 98   v4 U:A cWW       Strong T 186 181 107 0.58 0.79 0.86 1.66 0.86 0.96 -0.92 -0.85 0.0 0.48 6610
288 288 16S 6 73 97   v4 C:G cWW       Strong T 60 53 23 0.41 0.84 0.94 1.78 0.94 0.97 -0.73 -0.71 0.0 0.25 6642
295 295 16S 6 74 96   v4 A:U cWW       Strong T 75 74 38 0.51 0.8 0.9 1.7 0.9 0.95 -0.7 -0.81 0.05 0.17 6634
302 302 16S 6 75 95   v4 G:C cWW       Strong T 93 93 54 0.58 0.55 0.69 1.23 0.69 0.9 -0.76 -0.83 0.0 0.2 6635
309 309 16S 6 76 93   v4 G:U cWW       Strong T 124 130 47 0.37 0.47 0.59 1.06 0.59 0.78 -0.8 -0.79 0.01 0.2 6662
316 316 16S 6 77 92   v4 A:U cWW       Strong T 159 163 53 0.33 0.54 0.66 1.2 0.66 0.87 -0.89 -0.89 0.0 0.26 6626
323 323 16S 6 78 91   v4 A:U cWW       Strong T 197 184 87 0.46 0.69 0.77 1.46 0.77 0.91 -0.96 -0.96 0.01 0.32 6638
330 330 16S 6 79 90   v4 G:C cWW       Strong T 243 240 128 0.53 0.7 0.78 1.49 0.78 0.95 -0.95 -0.96 0.01 0.42 6648
337 337 16S 6 80 89   v4 A:U cWW       Strong T 281 291 195 0.68 0.85 0.9 1.75 0.9 0.97 -0.87 -0.9 0.01 0.51 6611
344 344 16S 6 81 88   v4 A:U cWW       Strong T 264 263 201 0.76 0.91 0.94 1.85 0.94 0.99 -0.82 -0.77 0.01 0.55 6644
351 351 16S 6 82 87   v4 G:C cWW       Strong T 232 196 152 0.71 0.89 0.94 1.83 0.94 0.99 -0.68 -0.59 0.01 0.56 6676
358 358 16S 6.1 113 314   v4 G:C cWW       Strong T 11 8 7 0.74 0.98 1.0 1.98 1.0 1.0 1.26 1.27 0.0 0.81 6916
365 365 16S 6.1 114 313   v4 U:A cWW       Strong T 11 9 9 0.9 0.65 0.99 1.64 0.99 1.0 1.85 1.86 0.0 0.81 6906
372 372 16S 6.1 115 312   v4 G:C cWW       Strong T 19 18 12 0.65 0.97 0.99 1.96 0.99 1.0 1.22 1.21 0.0 0.8 6856
379 379 16S 7 122 239   v4 G:U cWW       Strong T 144 141 37 0.26 0.53 0.7 1.23 0.19 0.55 0.55 0.21 0.0 0.81 6923
386 386 16S 7 123 238   v4 U:A cWW       Strong T 63 65 54 0.84 0.84 0.99 1.82 0.99 0.99 1.51 1.53 0.0 0.81 6977
393 393 16S 7 124 237   v4 C:G cWW       Strong T 65 67 52 0.79 0.97 0.99 1.96 0.99 0.99 0.42 0.44 0.0 0.81 6975
400 400 16S 7 125 236   v4 U:A cWW       Strong T 35 82 20 0.34 0.33 0.7 1.04 0.44 0.99 0.84 0.65 0.0 0.81 6897
407 407 16S 7 126 235   v4 G:C cWW       Strong T 151 134 72 0.51 0.63 0.79 1.42 0.79 0.84 0.17 0.34 0.0 0.81 6969
414 414 16S 7 127 234   v4 G:C cWW       Strong T 155 147 63 0.42 0.56 0.81 1.37 0.81 0.86 0.38 0.37 0.0 0.81 6995
421 421 16S 7 128 233   v4 G:C cWW       Strong T 183 148 78 0.47 0.78 0.92 1.7 0.92 0.93 0.53 0.52 0.0 0.81 6986
428 428 16S 7 129 232   v4 A:G cWW   3°: base pair   Strong T 204 218 59 0.28 0.3 0.51 0.81 0.38 0.61 0.26 0.58 0.01 0.8 6964
435 435 16S 7 131 231   v4 A:U cWW       Strong T 214 222 127 0.58 0.86 0.92 1.78 0.92 0.96 0.51 0.5 0.0 0.81 6998
442 442 16S 7 132 230   v4 C:G cWW       Strong T 160 154 112 0.71 0.94 0.98 1.92 0.98 0.99 0.53 0.53 0.0 0.81 6974
449 449 16S 7 136 227   v4 C:G cWW       Strong T 23 76 16 0.32 0.84 0.97 1.81 0.85 0.85 0.69 1.04 0.08 0.72 6934
456 456 16S 7 137 226   v4 U:G cWW       Strong T 194 243 145 0.66 0.9 0.95 1.85 0.95 0.99 0.11 0.31 0.05 0.72 6935
463 463 16S 7 138 225   v4 G:C cWW       Strong T 248 284 136 0.51 0.78 0.85 1.63 0.85 0.95 -0.31 -0.51 0.02 0.73 6940
470 470 16S 7 139 224   v4 A:U cWW       Strong T 299 301 155 0.52 0.65 0.75 1.4 0.75 0.94 -0.35 -0.34 0.02 0.73 6986
477 477 16S 7 140 223   v4 U:A cWW       Strong T 295 310 186 0.61 0.73 0.83 1.56 0.83 0.93 -0.35 -0.43 0.02 0.73 6978
484 484 16S 7 141 222   v4 G:C cWW       Strong T 166 170 125 0.74 0.73 0.87 1.6 0.87 0.91 -0.07 -0.17 0.02 0.73 7002
491 491 16S 7 142 221   v4 G:C cWW       Strong T 120 125 82 0.67 0.64 0.84 1.49 0.84 0.86 0.18 0.04 0.02 0.74 7034
498 498 16S 8 144 178   v4 G:C cWW       Strong T 214 188 120 0.6 0.79 0.86 1.65 0.86 0.98 -0.37 -0.22 0.01 0.72 6972
505 505 16S 8 145 177   v4 G:G cWW   3°: base pair   Strong T 211 148 61 0.34 0.16 0.0 0.16 0.39 0.56 -0.33 0.13 0.0 0.73 7032
512 512 16S 8 146 176   v4 G:C cWW       Strong T 76 101 55 0.62 0.82 0.96 1.78 0.96 0.99 0.38 0.25 0.0 0.74 7057
519 519 16S 8 147 175   v4 G:C cWW       Strong T 30 33 12 0.38 0.66 0.99 1.66 0.99 1.0 1.15 1.13 0.0 0.74 7071
526 526 16S 8 152 169   v4 A:C tHW   3°: base pair   Strong T 98 108 48 0.47 0.41 0.88 1.29 0.01 0.09 0.53 0.41 0.0 0.73 7096
533 533 16S 8 153 168   v4 C:G cWW       Strong T 48 81 23 0.36 0.48 0.87 1.35 0.77 0.88 0.69 0.32 0.0 0.73 7070
540 540 16S 8 154 167   v4 U:A cWW       Strong T 217 220 129 0.59 0.7 0.81 1.51 0.81 0.88 -0.33 -0.33 0.0 0.73 7029
547 547 16S 8 155 166   v4 A:U cWW       Strong T 235 229 131 0.56 0.65 0.77 1.42 0.77 0.84 -0.47 -0.28 0.0 0.73 7030
554 554 16S 8 156 165   v4 C:G cWW       Strong T 253 221 129 0.54 0.73 0.82 1.55 0.82 0.99 -0.31 -0.29 0.0 0.72 7030
561 561 16S 8 157 164   v4 U:G cWW       Strong T 193 199 91 0.46 0.39 0.62 1.01 0.38 0.99 -0.22 -0.26 0.0 0.73 7078
568 568 16S 8 158 163   v4 G:C cWW       Strong T 123 125 96 0.77 0.92 0.98 1.9 0.98 0.99 0.27 0.29 0.0 0.74 7078
575 575 16S 9 184 193   v4 G:C cWW       Strong T 303 291 144 0.48 0.76 0.82 1.58 0.82 0.94 -0.81 -0.73 0.0 0.61 7034
582 582 16S 9 185 192   v4 U:A cWW       Strong T 273 259 150 0.56 0.8 0.89 1.68 0.89 0.97 -0.6 -0.55 0.01 0.61 7065
589 589 16S 9 186 191   v4 C:G cWW       Strong T 177 136 82 0.52 0.66 0.91 1.57 0.91 0.98 -0.25 -0.06 0.0 0.61 7040
596 596 16S 10 198 219   v4 G:U cWW       Strong T 76 145 38 0.34 0.34 0.87 1.21 0.87 0.99 0.33 0.06 0.0 0.62 7137
603 603 16S 10 199 218   v4 A:U cWW       Strong T 226 191 118 0.57 0.8 0.88 1.68 0.88 0.97 -0.79 -0.73 0.0 0.57 7117
610 610 16S 10 200 217   v4 G:C cWW       Strong T 135 138 95 0.7 0.86 0.91 1.77 0.91 0.97 -0.94 -0.94 0.0 0.32 7093
617 617 16S 10 201 216   v4 G:U cWW       Strong T 48 46 20 0.43 0.44 0.81 1.25 0.29 0.96 -0.6 -0.7 0.0 0.27 7143
624 624 16S 10 202 215   v4 G:C cWW       Strong T 29 26 18 0.66 0.91 0.98 1.89 0.98 0.99 -0.59 -0.6 0.0 0.25 7151
631 631 16S 10 203 214   v4 G:C cWW       Strong T 50 33 17 0.41 0.71 0.88 1.59 0.88 0.98 -0.7 -0.66 0.0 0.22 7167
638 638 16S 10 206 213   v4 C:G cWW       Strong T 46 42 36 0.82 0.92 0.96 1.88 0.96 0.98 -0.58 -0.58 0.0 0.16 7176
645 645 16S 10 207 212   v4 C:G cWW       Strong T 41 36 23 0.6 0.7 0.92 1.62 0.92 0.99 -0.55 -0.53 0.0 0.16 7178
652 652 16S 11 240 286   v4 G:C cWW       Strong T 125 130 111 0.87 0.97 0.99 1.96 0.99 1.0 0.58 0.59 0.0 0.84 7196
659 659 16S 11 241 285   v4 G:C cWW       Strong T 174 165 145 0.85 0.92 0.95 1.87 0.95 1.0 0.17 0.17 0.0 0.84 7233
666 666 16S 11 242 284   v4 G:C cWW       Strong T 149 129 82 0.59 0.53 0.71 1.24 0.67 0.99 0.42 0.56 0.0 0.84 7218
673 673 16S 11 245 283   v4 U:U cWW   3°: base pair   Strong T 46 39 29 0.68 0.98 0.99 1.97 0.0 0.0 0.93 0.94 0.0 0.84 7222
680 680 16S 11 247 277   v4 G:C cWW       Strong T 22 26 17 0.71 0.96 0.99 1.96 0.99 1.0 1.32 1.32 0.0 0.85 7251
687 687 16S 11 248 276   v4 C:G cWW       Strong T 125 117 94 0.78 0.95 0.99 1.93 0.99 0.99 0.87 0.89 0.0 0.85 7247
694 694 16S 11 249 275   v4 U:G cWW       Strong T 47 29 16 0.42 0.12 0.0 0.12 0.09 0.98 1.44 1.81 0.0 0.85 7256
701 701 16S 11 252 274   v4 U:A cWW       Strong T 74 79 54 0.71 0.94 0.98 1.92 0.98 0.99 1.02 1.0 0.0 0.84 7244
708 708 16S 11 253 273   v4 A:U cWW       Strong T 68 73 58 0.82 0.95 0.99 1.95 0.99 0.99 1.08 1.06 0.0 0.83 7209
715 715 16S 11 254 272   v4 G:C cWW       Strong T 33 44 22 0.57 0.76 0.99 1.75 0.99 0.99 1.22 1.08 0.02 0.77 7105
722 722 16S 11 255 271   v4 G:C cWW       Strong T 24 31 18 0.66 0.75 0.99 1.74 0.99 1.0 1.16 1.04 0.02 0.77 7290
729 729 16S 11 256 270   v4 U:A cWW       Strong T 107 38 24 0.33 0.24 0.93 1.17 0.93 0.94 0.85 0.99 0.02 0.77 7283
736 736 16S 11 257 269   v4 G:C cWW       Strong T 154 193 58 0.33 0.48 0.68 1.17 0.68 0.99 0.41 0.27 0.02 0.76 7236
743 743 16S 11 258 268   v4 G:U cWW       Strong T 222 214 143 0.66 0.8 0.91 1.72 0.91 0.96 0.3 0.27 0.02 0.77 7275
750 750 16S 11 259 267   v4 G:C cWW       Strong T 59 52 48 0.86 0.78 0.98 1.76 0.98 0.99 0.94 0.91 0.02 0.77 7297
757 757 16S 12 289 311   v4 G:C cWW       Strong T 60 65 43 0.69 0.94 0.99 1.93 0.99 0.99 0.96 0.95 0.0 0.85 7244

Next page

Advanced export

JSON shape: default, array, newline-delimited

CSV options: 

CREATE TABLE "basepair_collective_score" (
   "molecule" TEXT,
   "helix_number" TEXT,
   "position_1" INTEGER,
   "position_2" INTEGER,
   "pair_note" TEXT,
   "header_format" TEXT,
   "reference_base_pair" TEXT,
   "conformation" TEXT,
   "ai_code" TEXT,
   "tertiary_type" TEXT,
   "header_extra" TEXT,
   "strength" TEXT,
   "group_code" TEXT,
   "Xch" INTEGER,
   "Ych" INTEGER,
   "PE" INTEGER,
   "PES" REAL,
   "Cov1" REAL,
   "Cov3" REAL,
   "C1+C3" REAL,
   "WC" REAL,
   "WCGU" REAL,
   "XCons" REAL,
   "YCons" REAL,
   "DfDel" REAL,
   "PNuc" REAL,
   "Seq" INTEGER
);
CREATE INDEX "idx_basepair_collective_score_molecule_position_1_position_2"
    ON "basepair_collective_score" ("molecule", "position_1", "position_2");