Base-pair collective (covariation) scores

460 rows where conformation = "cWW", group_code = 3 and molecule = "16S" sorted by position_1

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Suggested facets: reference_base_pair, tertiary_type, DfDel

strength 4

molecule 1

  • 16S · 460 ✖

group_code 1

conformation 1

  • cWW · 460 ✖
Link rowid molecule helix_number position_1 ▼ position_2 pair_note header_format reference_base_pair conformation ai_code tertiary_type header_extra strength group_code Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel PNuc Seq
2 2 16S 1 9 25   v4 G:C cWW       Strong 3 16 9 3 0.24 0.94 0.98 1.92 0.98 0.99 0.93 1.03 0.0 0.4 2878
9 9 16S 1 10 24   v4 A:U cWW       Strong 3 20 12 5 0.31 0.92 0.97 1.89 0.97 0.99 0.76 0.96 0.0 0.41 2956
16 16 16S 1 11 23   v4 G:C cWW       Strong 3 7 4 1 0.18 0.23 1.0 1.23 1.0 1.0 1.91 1.95 0.0 0.42 3010
23 23 16S 1 12 22   v4 U:G cWW       Strong 3 11 13 6 0.5 0.93 0.98 1.91 0.3 0.98 0.95 1.07 0.0 0.43 3095
37 37 16S 2 17 918   v4 U:A cWW   3°: pseudoknot   Strong 3 3 6 1 0.22 0.05 0.0 0.05 0.99 0.99 1.94 1.92 0.0 0.43 3123
44 44 16S 2 18 917   v4 C:G cWW   3°: pseudoknot   Strong 3 27 23 11 0.44 0.56 0.97 1.53 0.97 0.98 1.68 1.66 0.0 0.44 3137
51 51 16S 2 19 916   v4 A:U cWW   3°: pseudoknot   Strong 3 32 16 1 0.04 0.72 0.96 1.68 0.96 0.96 1.39 1.41 0.0 0.44 3166
58 58 16S 3 27 556   v4 G:C cWW       Strong 3 16 13 8 0.55 0.94 0.99 1.93 0.99 0.99 1.09 1.28 0.0 0.51 3638
65 65 16S 3 28 555   v4 A:U cWW       Strong 3 25 29 8 0.3 0.68 0.82 1.5 0.82 0.99 0.89 0.9 0.0 0.57 4137
72 72 16S 3 29 554   v4 U:A cWW       Strong 3 43 48 27 0.59 0.97 0.98 1.95 0.98 0.99 0.43 0.55 0.01 0.58 4239
79 79 16S 3 30 553   v4 U:A cWW       Strong 3 55 60 37 0.64 0.96 0.97 1.93 0.97 0.99 0.35 0.41 0.0 0.6 4314
86 86 16S 3 32 552   v4 A:U cWW       Strong 3 13 14 5 0.37 0.94 0.99 1.92 0.99 0.99 1.15 1.25 0.0 0.61 4408
93 93 16S 3 33 551   v4 A:U cWW       Strong 3 11 10 5 0.48 0.92 1.0 1.92 1.0 1.0 1.65 1.72 0.0 0.62 4439
100 100 16S 3 34 550   v4 C:G cWW       Strong 3 22 12 5 0.29 0.03 0.0 0.03 0.79 0.99 1.18 1.9 0.0 0.63 4520
107 107 16S 3 35 549   v4 G:C cWW       Weak 3 14 10 4 0.33 0.03 0.0 0.03 0.94 0.99 1.89 1.68 0.0 0.63 4555
114 114 16S 3 36 548   v4 C:G cWW       Strong 3 13 15 6 0.43 0.67 0.99 1.66 0.99 0.99 1.78 1.82 0.0 0.64 4632
128 128 16S 4 39 403   v4 G:C cWW       Weak 3 24 35 6 0.2 0.24 0.81 1.05 0.81 0.82 1.57 1.12 0.0 0.69 4942
135 135 16S 4 40 402   v4 C:G cWW       Strong 3 30 26 20 0.71 0.95 0.99 1.94 0.99 0.99 1.19 1.24 0.0 0.7 5027
142 142 16S 4 41 401   v4 G:C cWW       Strong 3 30 44 19 0.51 0.52 0.89 1.41 0.89 0.9 1.0 0.93 0.0 0.69 5009
149 149 16S 4 42 400   v4 G:C cWW       Strong 3 22 21 10 0.47 0.96 0.99 1.96 0.99 1.0 1.11 1.17 0.0 0.7 5078
156 156 16S 4 43 399   v4 C:G cWW       Strong 3 68 73 42 0.6 0.45 0.85 1.29 0.85 0.86 1.18 0.93 0.0 0.7 5063
163 163 16S 4 44 398   v4 A:U cWW       Strong 3 56 56 41 0.73 0.64 0.8 1.45 0.8 0.81 0.86 0.91 0.0 0.71 5134
170 170 16S 4 45 396   v4 G:C cWW       Strong 3 59 79 28 0.41 0.55 0.68 1.23 0.58 0.79 0.33 0.32 0.0 0.71 5092
177 177 16S 4 46 395   v4 G:C cWW       Strong 3 26 17 10 0.47 0.81 0.96 1.77 0.96 1.0 1.19 1.17 0.0 0.72 5159
184 184 16S 5 47 361   v4 C:G cWW   3°: base pair   Strong 3 12 9 9 0.86 0.91 0.97 1.89 0.97 0.98 0.97 1.0 0.0 0.72 5173
191 191 16S 5 52 359   v4 C:G cWW       Strong 3 43 39 31 0.76 0.95 0.98 1.94 0.98 0.99 0.5 0.48 0.0 0.73 5252
198 198 16S 5 53 358   v4 A:U cWW       Strong 3 19 12 8 0.52 0.93 0.98 1.92 0.98 0.99 1.0 1.08 0.0 0.73 5240
205 205 16S 5 54 357   v4 C:G cWW       Weak 3 6 2 1 0.25 0.41 1.0 1.4 1.0 1.0 1.94 1.94 0.0 0.74 5285
212 212 16S 5 56 356   v4 U:A cWW       Weak 3 2 2 0 0.0 0.0 0.0 0.0 1.0 1.0 1.98 1.98 0.0 0.73 5283
219 219 16S 5 57 355   v4 G:C cWW       Strong 3 11 4 0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.99 0.99 1.92 1.96 0.0 0.74 5351
226 226 16S 5 58 354   v4 C:G cWW       Weak 3 9 6 2 0.27 0.54 0.99 1.54 0.99 0.99 1.9 1.89 0.0 0.75 5381
233 233 16S 6 61 106   v4 G:C cWW       Strong 3 10 21 3 0.19 0.21 0.99 1.19 0.99 0.99 1.92 1.87 0.0 0.77 5558
240 240 16S 6 62 105   v4 U:G cWW       Weak 3 9 18 1 0.07 0.01 0.0 0.01 0.02 0.99 1.9 1.87 0.0 0.78 5571
247 247 16S 6 63 104   v4 C:G cWW       Strong 3 34 21 13 0.47 0.07 0.0 0.07 0.82 0.82 1.5 0.85 0.0 0.0 5580
254 254 16S 6 66 103   v4 A:U cWW       Strong 3 102 100 69 0.68 0.9 0.96 1.85 0.96 0.97 0.92 0.9 0.0 0.78 5579
261 261 16S 6 67 102   v4 C:G cWW       Strong 3 46 54 32 0.64 0.93 0.98 1.92 0.98 0.99 1.07 1.05 0.0 0.78 5613
268 268 16S 6 68 101   v4 G:A cWW   3°: base pair   Weak 3 27 32 7 0.24 0.04 0.0 0.04 0.21 0.21 1.18 1.55 0.0 0.78 5599
275 275 16S 6 69 99   v4 G:C cWW       Strong 3 99 116 40 0.37 0.61 0.8 1.41 0.8 0.95 -0.37 -0.53 0.01 0.55 5600
282 282 16S 6 70 98   v4 U:A cWW       Strong 3 158 157 96 0.61 0.81 0.88 1.69 0.88 0.97 -0.83 -0.76 0.01 0.54 5626
289 289 16S 6 73 97   v4 C:G cWW       Strong 3 54 46 23 0.46 0.85 0.95 1.8 0.95 0.98 -0.7 -0.67 0.01 0.28 5657
296 296 16S 6 74 96   v4 A:U cWW       Strong 3 65 69 36 0.54 0.87 0.94 1.8 0.94 0.97 -0.71 -0.84 0.05 0.19 5649
303 303 16S 6 75 95   v4 G:C cWW       Strong 3 87 83 54 0.64 0.55 0.7 1.25 0.7 0.91 -0.78 -0.86 0.01 0.23 5650
310 310 16S 6 76 93   v4 G:U cWW       Strong 3 114 119 41 0.35 0.47 0.58 1.04 0.58 0.77 -0.83 -0.82 0.0 0.22 5677
317 317 16S 6 77 92   v4 A:U cWW       Strong 3 149 152 47 0.31 0.54 0.65 1.19 0.65 0.86 -0.93 -0.92 0.01 0.29 5641
324 324 16S 6 78 91   v4 A:U cWW       Strong 3 188 175 83 0.46 0.69 0.78 1.47 0.78 0.91 -0.98 -0.97 0.0 0.37 5652
331 331 16S 6 79 90   v4 G:C cWW       Strong 3 226 225 120 0.53 0.7 0.78 1.48 0.78 0.96 -0.9 -0.93 0.01 0.48 5662
338 338 16S 6 80 89   v4 A:U cWW       Strong 3 263 272 179 0.67 0.85 0.91 1.76 0.91 0.97 -0.74 -0.78 0.0 0.58 5625
345 345 16S 6 81 88   v4 A:U cWW       Strong 3 242 244 192 0.79 0.92 0.95 1.87 0.95 0.99 -0.65 -0.6 0.0 0.63 5658
352 352 16S 6 82 87   v4 G:C cWW       Strong 3 209 173 136 0.71 0.91 0.95 1.85 0.95 0.99 -0.46 -0.36 0.0 0.64 5690
359 359 16S 6.1 113 314   v4 G:C cWW       Strong 3 9 6 6 0.8 0.99 1.0 1.99 1.0 1.0 1.23 1.26 0.0 0.82 5931
366 366 16S 6.1 114 313   v4 U:A cWW       Strong 3 6 6 6 1.0 0.74 1.0 1.74 1.0 1.0 1.88 1.9 0.0 0.82 5921
373 373 16S 6.1 115 312   v4 G:C cWW       Strong 3 16 17 12 0.73 0.98 0.99 1.97 0.99 1.0 1.18 1.19 0.0 0.82 5871
380 380 16S 7 122 239   v4 G:U cWW       Strong 3 105 89 20 0.21 0.64 0.78 1.43 0.1 0.49 0.57 0.32 0.0 0.82 5935
387 387 16S 7 123 238   v4 U:A cWW       Strong 3 35 38 32 0.88 0.86 0.99 1.85 0.99 0.99 1.58 1.62 0.0 0.83 5989
394 394 16S 7 124 237   v4 C:G cWW       Strong 3 40 44 37 0.88 0.98 0.99 1.98 0.99 1.0 0.64 0.66 0.0 0.83 5987
401 401 16S 7 125 236   v4 U:A cWW       Strong 3 15 51 8 0.24 0.44 0.79 1.23 0.38 1.0 1.25 0.63 0.0 0.82 5909
408 408 16S 7 126 235   v4 G:C cWW       Strong 3 93 84 58 0.66 0.57 0.78 1.35 0.78 0.84 0.32 0.68 0.0 0.83 5980
415 415 16S 7 127 234   v4 G:C cWW       Strong 3 68 88 47 0.6 0.52 0.83 1.34 0.83 0.88 0.65 0.64 0.0 0.83 6006
422 422 16S 7 128 233   v4 G:C cWW       Strong 3 87 81 61 0.73 0.91 0.97 1.88 0.97 0.98 0.77 0.8 0.0 0.83 5997
429 429 16S 7 129 232   v4 A:G cWW   3°: base pair   Strong 3 130 111 47 0.39 0.34 0.54 0.88 0.4 0.67 0.33 0.94 0.0 0.82 5974
436 436 16S 7 131 231   v4 A:U cWW       Strong 3 108 114 92 0.83 0.91 0.95 1.86 0.95 0.99 0.77 0.75 0.0 0.83 6012
443 443 16S 7 132 230   v4 C:G cWW       Strong 3 80 86 70 0.84 0.96 0.99 1.95 0.99 1.0 0.6 0.6 0.0 0.83 5986
450 450 16S 7 136 227   v4 C:G cWW       Strong 3 12 16 7 0.5 0.85 0.97 1.82 0.85 0.85 1.29 1.19 0.0 0.82 5943
457 457 16S 7 137 226   v4 U:G cWW       Strong 3 172 170 127 0.74 0.9 0.95 1.85 0.95 0.99 0.64 0.66 0.0 0.82 5944
464 464 16S 7 138 225   v4 G:C cWW       Strong 3 228 252 121 0.5 0.78 0.85 1.63 0.85 0.94 0.17 0.01 0.0 0.82 5949
471 471 16S 7 139 224   v4 A:U cWW       Strong 3 281 277 143 0.51 0.64 0.75 1.39 0.75 0.94 0.12 0.23 0.0 0.83 5995
478 478 16S 7 140 223   v4 U:A cWW       Strong 3 270 283 168 0.61 0.72 0.82 1.54 0.82 0.93 0.15 0.13 0.0 0.83 5987
485 485 16S 7 141 222   v4 G:C cWW       Strong 3 151 156 113 0.74 0.72 0.86 1.58 0.86 0.91 0.44 0.42 0.0 0.83 6012
492 492 16S 7 142 221   v4 G:C cWW       Strong 3 107 109 69 0.64 0.64 0.84 1.48 0.84 0.86 0.72 0.65 0.0 0.84 6043
499 499 16S 8 144 178   v4 G:C cWW       Strong 3 193 169 107 0.59 0.78 0.86 1.64 0.86 0.98 0.11 0.27 0.01 0.82 5980
506 506 16S 8 145 177   v4 G:G cWW   3°: base pair   Strong 3 193 120 48 0.31 0.17 0.0 0.17 0.37 0.55 0.15 0.7 0.0 0.83 6040
513 513 16S 8 146 176   v4 G:C cWW       Strong 3 58 82 42 0.6 0.83 0.96 1.79 0.96 0.99 0.95 0.8 0.0 0.84 6065
520 520 16S 8 147 175   v4 G:C cWW       Strong 3 19 21 9 0.45 0.69 0.99 1.69 0.99 1.0 1.82 1.8 0.0 0.84 6079
534 534 16S 8 153 168   v4 C:G cWW       Strong 3 45 78 21 0.34 0.48 0.87 1.35 0.77 0.88 1.35 0.92 0.0 0.84 6079
541 541 16S 8 154 167   v4 U:A cWW       Strong 3 203 204 122 0.6 0.69 0.81 1.5 0.81 0.87 0.22 0.21 0.0 0.84 6038
548 548 16S 8 155 166   v4 A:U cWW       Strong 3 215 205 123 0.59 0.65 0.77 1.41 0.77 0.84 0.04 0.28 0.0 0.84 6041
555 555 16S 8 156 165   v4 C:G cWW       Strong 3 233 201 117 0.54 0.73 0.81 1.54 0.81 0.99 0.19 0.23 0.0 0.83 6040
562 562 16S 8 157 164   v4 U:G cWW       Strong 3 181 184 83 0.46 0.38 0.61 0.99 0.38 0.99 0.31 0.27 0.0 0.84 6087
569 569 16S 8 158 163   v4 G:C cWW       Strong 3 110 111 88 0.8 0.93 0.98 1.92 0.98 0.99 0.85 0.88 0.0 0.84 6087
576 576 16S 9 184 193   v4 G:C cWW       Strong 3 292 277 142 0.5 0.77 0.84 1.61 0.84 0.94 -0.66 -0.56 0.0 0.69 6041
583 583 16S 9 185 192   v4 U:A cWW       Strong 3 260 244 139 0.55 0.79 0.88 1.68 0.88 0.97 -0.42 -0.37 0.01 0.69 6072
590 590 16S 9 186 191   v4 C:G cWW       Strong 3 159 118 70 0.51 0.62 0.91 1.53 0.91 0.98 0.04 0.3 0.01 0.69 6048
597 597 16S 10 198 219   v4 G:U cWW       Strong 3 57 126 30 0.33 0.31 0.87 1.19 0.87 0.99 0.67 0.36 0.0 0.71 6144
604 604 16S 10 199 218   v4 A:U cWW       Strong 3 215 179 112 0.57 0.8 0.88 1.68 0.88 0.98 -0.66 -0.58 0.0 0.65 6124
611 611 16S 10 200 217   v4 G:C cWW       Strong 3 121 126 86 0.7 0.87 0.91 1.78 0.91 0.97 -0.96 -0.96 0.0 0.36 6101
618 618 16S 10 201 216   v4 G:U cWW       Strong 3 42 42 18 0.43 0.45 0.82 1.27 0.29 0.97 -0.58 -0.7 0.0 0.31 6151
625 625 16S 10 202 215   v4 G:C cWW       Strong 3 27 23 17 0.68 0.92 0.98 1.9 0.98 0.99 -0.57 -0.59 0.0 0.3 6159
632 632 16S 10 203 214   v4 G:C cWW       Strong 3 47 30 17 0.44 0.72 0.89 1.6 0.89 0.98 -0.72 -0.68 0.0 0.25 6175
639 639 16S 10 206 213   v4 C:G cWW       Strong 3 42 40 34 0.83 0.93 0.97 1.9 0.97 0.99 -0.6 -0.61 0.0 0.19 6184
646 646 16S 10 207 212   v4 C:G cWW       Strong 3 37 31 20 0.59 0.7 0.93 1.62 0.93 1.0 -0.57 -0.55 0.0 0.19 6186
653 653 16S 11 240 286   v4 G:C cWW       Strong 3 106 111 96 0.89 0.96 0.99 1.95 0.99 1.0 0.81 0.82 0.0 0.86 6203
660 660 16S 11 241 285   v4 G:C cWW       Strong 3 144 130 121 0.88 0.9 0.95 1.85 0.95 1.0 0.23 0.25 0.0 0.87 6240
667 667 16S 11 242 284   v4 G:C cWW       Strong 3 83 62 48 0.66 0.6 0.76 1.36 0.64 0.99 0.47 0.73 0.0 0.87 6225
674 674 16S 11 245 283   v4 U:U cWW   3°: base pair   Strong 3 29 31 26 0.87 0.99 1.0 1.99 0.0 0.0 1.03 1.02 0.0 0.87 6230
681 681 16S 11 247 277   v4 G:C cWW       Strong 3 11 14 10 0.8 0.96 0.99 1.96 0.99 1.0 1.44 1.43 0.0 0.87 6257
688 688 16S 11 248 276   v4 C:G cWW       Strong 3 111 104 82 0.76 0.91 0.98 1.9 0.98 0.99 1.1 1.12 0.0 0.87 6253
695 695 16S 11 249 275   v4 U:G cWW       Strong 3 18 16 11 0.65 0.63 0.99 1.62 0.01 0.98 1.86 1.86 0.0 0.87 6263
702 702 16S 11 252 274   v4 U:A cWW       Strong 3 32 34 30 0.91 0.96 0.99 1.95 0.99 0.99 1.32 1.31 0.0 0.87 6251
709 709 16S 11 253 273   v4 A:U cWW       Strong 3 50 56 46 0.87 0.93 0.99 1.92 0.99 0.99 1.57 1.56 0.0 0.86 6207
716 716 16S 11 254 272   v4 G:C cWW       Strong 3 4 15 3 0.32 0.22 0.99 1.22 0.99 1.0 1.96 1.91 0.0 0.85 6090

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JSON shape: default, array, newline-delimited

CSV options: 

CREATE TABLE "basepair_collective_score" (
   "molecule" TEXT,
   "helix_number" TEXT,
   "position_1" INTEGER,
   "position_2" INTEGER,
   "pair_note" TEXT,
   "header_format" TEXT,
   "reference_base_pair" TEXT,
   "conformation" TEXT,
   "ai_code" TEXT,
   "tertiary_type" TEXT,
   "header_extra" TEXT,
   "strength" TEXT,
   "group_code" TEXT,
   "Xch" INTEGER,
   "Ych" INTEGER,
   "PE" INTEGER,
   "PES" REAL,
   "Cov1" REAL,
   "Cov3" REAL,
   "C1+C3" REAL,
   "WC" REAL,
   "WCGU" REAL,
   "XCons" REAL,
   "YCons" REAL,
   "DfDel" REAL,
   "PNuc" REAL,
   "Seq" INTEGER
);
CREATE INDEX "idx_basepair_collective_score_molecule_position_1_position_2"
    ON "basepair_collective_score" ("molecule", "position_1", "position_2");